rm(list=ls(all=TRUE))

ujian<- read.table("D:/Ujian Ektum 2013/Kelompok3/Pohon3/Pohon2.csv",

header=TRUE, sep=",")
diameter<-function(x)
{(diameter<-x/pi)
return(diameter)}
diameter<-diameter(ujian$Keliling)
ujian<-data.frame(ujian,diameter)
options(digits=3)
#menghitung basal area setiap spesies(ba)
ba<-function(x)
{((0.5*x)^2)*pi}
ba<-ba(ujian$diameter)
#----------------ujian<-data.frame(ujian,ba)
#menghitung frekuensi dari lapangan
fr<-tapply(ujian$diameter,list(ujian$PLOT,ujian$Nama.Daerah),length)
frog<-data.frame(fr)
frog[is.na(frog)]<-0
frekuensi<-apply(frog>0,2,sum)
#-----------------------------------#menghitung densitas dan dominansi
#--------------------------------------densitas<-tapply(ujian$PLOT,ujian$Nama.Daerah,length)
#--------------------------------------dominansi<-tapply(ujian$ba,ujian$Nama.Daerah,sum)
#-------------------------------------pohon2<-data.frame(frekuensi,densitas,dominansi)
#-------------------------------------#menghitung frekuensi mutlak
#jumlah plot sebanyak 10 buah
#ukuran plot 10 x 10
frmut<-function(x) {x/25}
frekMut<-frmut(pohon2$frekuensi)
#-----------------------------------#menghitung densitas mutlak
denmut<-function(x,k=10,n=10)
{
#ini bisa jalan
#---------------#k=ukuran plot
#n=jumlah plot
kn<-k*k*n
dn<-x/kn
return(dn)
}
#k dan n merupakan nilai default
#k dan n diganti
densMut<-denmut(pohon2$densitas,k=10,n=10)
#-------------------------------------domMut<-denmut(pohon2$dominansi,k=5,n=25)
#----------------------KLP3<-data.frame(pohon2,frekMut,densMut,domMut)
#----------------------------------#menghitung total frekuensi mutlak, densitas mutlak dan dominansi mutlak
#---------------------------------TfrekMut<-sum(KLP3$frekMut)

TdnMut<-sum(KLP3$densMut)
TdmMut<-sum(KLP3$domMut)
#---------------------------------#menghitung frekuensi, densitas, dominansi relatif
#---------------------------------frrel<-(KLP3$frekMut/TfrekMut)*100
dnrel<-(KLP3$densMut/TdnMut)*100
dmrel<-(KLP3$domMut/TdmMut)*100
#------------------------------------tegakan1<-data.frame(KLP3,frrel,dnrel,dmrel)
#----------------------------------------INP<-(tegakan1$frrel+tegakan1$dnrel+tegakan1$dmrel)
#-------------------------------#-- Menggabungkanindeksnilaipenting (INP)-----------#-- kedalam data frame Ujian paraktek -----------------Ujianpraktek<-data.frame(tegakan1, INP)
Ujianpraktek
total.INP<-sum(Ujianpraktek$INP)
total.INP
div <-function(x){
b = x/sum(x)
d = log(b)
h = -1*(b*d)
H = sum (h)
return(H)}
shanon <-div(Ujianpraktek$INP)
D <-function(x,y){a <- x - 1
b <- x * a
c <- sum(b)
d <- y - 1
e <- y * d
s <- c/e
return(s)}
simpson <- D(Ujianpraktek$INP, total.INP)
simpson
SID <- function(x)
{sid <- 1 - x
return(sid)
}
diversitas.simpson <- SID(simpson)
diversitas.simpson
sri<- function(x)
{
# --- simpson reciprocal index --sid <- 1/x
return(sid)
}
SRI <-sri(simpson)
SRI
Ujianpraktek
length(Ujianpraktek)
Jumlah.Spesies <- length(Ujianpraktek$INP)
Jumlah.Spesies
ksp <- function(x,y)
{ a <- x/sum(sqrt(y))
b <- sum(a)
return(b)

}
Kekayaan.Spesies <-ksp(Jumlah.Spesies, Ujianpraktek$domMut)
Kekayaan.Spesies
kms <-function(x,y)
{a <- x/log(sum(y))
return(a)
}
Kemerataan.Spesies <-ksp(shanon,Ujianpraktek$domMut)
Kemerataan.Spesies
H <- shanon
D <- simpson
Div.h <- diversitas.simpson
Ri.D <- SRI
H <- Jumlah.Spesies
R <- Kekayaan.Spesies
e <- Kemerataan.Spesies
Keanekaragaman <-c(H, D, Div.h, Ri.D, Jumlah.Spesies, R, e)
Keanekaragaman <-c('Shannon Wienner (H)','Indeks Simpson (D)','Diversitas Simpso
n (1-D)','Reciprocal Simpson (1/D)','Jumlah Spesies (H)','Indeks Kekayaan Spesie
s (R)','Indeks Kemerataan Spesies (e)')
Nilai <-c(shanon,simpson,diversitas.simpson,SRI,Jumlah.Spesies,R,e)
Keanekaragaman.tegakan <-data.frame(Keanekaragaman, Nilai)
Keanekaragaman.tegakan
Keanekaragaman1 <-c('H' , 'D', '1-D' , '1/D' , 'H' , 'R' , 'e')
Keanekaragaman.Stand <-data.frame(Keanekaragaman1, Nilai)
barplot(Keanekaragaman.Stand$Nilai, names=Keanekaragaman.Stand$Keanekaragaman1,
ylim=c(0,20), xlab="Keanekaragaman.Spesies", ylab="Nilai",cex.names=0.75, horis=
FALSE)
#-----melihat kisaran diameter pohon-----------range(ujian$diameter)
head(ujian)
#---melihat pada data keberapa nilai diameter tertinggi----which.max(ujian$diameter)
#----melihat nilai tengah diameter pohon-----------median(ujian$diameter)
#-------statistik deskriptif diameter----summary(ujian$diameter)
#------membuat abjad kapital dari A sampai H---kategori<-LETTERS[1:8]
#----membuat kelas diameter pohon----KD<-cut(ujian$diameter, breaks = c(10,20,25,30,35,40,200),
labels=kategori, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
pohon<-data.frame(pohon,KD)
head(pohon)