DNA (Gene)

Rearrangement
Oleh :
Purnomo Soeharso
Departemen Biologi Medik FKUI

Gene rearrangement :

Rekombinan DNA in vivo
Perubahan struktur & komposisi gen pada khromosom
menyebabkan reorganisasi lokus dapat terjadi pada
virus, prokariota & eukariota untuk mengatur &
mengontrol perubahan ekspresi gen.

Rekombinasi DNA pada gene rearrangement melibatkan
site-specific recombination yang ada pada sikuens DNA
dari segmen (gen) yang mengalami rekombinasi.

Interaksi DNA yang terlibat rekombinasi dimediasi oleh
protein (enzim) yang mengenal sikuens spesifik pada
DNA target.





Contoh :

Rekombinasi DNA bakteriofag pada genom bakteri.
Apabila bakteriofag menginfeksi E. coli, DNA akan
direplikasi untuk menghasilkan virion baru hingga sel
lisis, atau terintegrasi ke genom bakteri membentuk
profag direplikasi didistribusikan ke sel baru
generasi berikutnya (lisogeni). Pada kondisi tertentu,
profag dapat dieksisi & direplikasi kembali membentuk
virion baru.

Baik integrasi maupun eksisi DNA akan melibatkan
site- specific recombination sequens pada virus dan
sel host (bakteri)




Rekombinasi (rearrangement) bakteriofag DNA
dan genom bakteri dimediasi oleh protein
bakteriofag disebut integrase (int).

Protein int mengenal site- specific recombination
sequens pada virus (attP) dan sel host/bakteri
(attB). Keduanya dipotong & diintegrasikan.





Rekombinasi DNA pada rearrangement gen Ig & TCR :


Rekombinasi segmen V & D dimediasi recombination
signal sequence (RSS) terletak dihulu & dihilir exon V
dan D. RSS dikenali dan di eksisi oleh 2 protein
kompleks RAG1 & RAG2.

Setelah eksisi noncoding sequence antara V dan D
dihilangkan rekombinasi (rearrangement) kedua
segmen gen menghasilkan gen fungsional (Ig & TCR)
domain V yang sangat bervariasi.






Perubahan ekspresi gen pada bakteri

menghasilkan varian protein yang diperlukan untuk
beradaptasi pada perubahan lingkungan :
- resisten terhadap antibiotik
- menghindar dari intervensi sistem imun host.

Pada bakteri gene rearrangement dapat terjadi dengan cara :

1. Transposisi gen / DNA
Gen yang tidak aktif (silent gene) diaktifkan dengan
memindahkannya ke situs ekspresi mengubah ekspresi gen
sebelumnya.
Gen yang mengalami transposisi (dipindahkan) disebut
transposon.
Neisseria gonorhoeae menghindar respon sIgA
dengan mengubah antigen permukaan.

N. gonorhoeae melekat ke epitel mukosa uretra
atau servix dengan pili dikonstruksi protein
pilin.

Bakteri mengubah komposisi protein pilin untuk
menghindar respon IgA memori tidak dikenal
sIgA.

Varian pilin dihasilkan oleh gene rearrangement
dari gen (coding sequence) pilin dengan
mekanisme transposisi

2. Inversi gen segmen DNA dipotong & disambung
kembali dengan orientasi berbeda (terbalik) dari
sebelumnya.


Campylobacter fetus bakteri gram (+) & patogen
pada hewan (sapi) & manusia.

C. fetus mengekspresikan S-layer protein (SLP)
dipermukaan selnya dapat bereaksi dengan
komplemen C3b opsonisasi & mediasi fagositosis.

Gen SLP dapat mengalami rearrangement membentuk
6,2 kb invertible element SLP berubah & tidak
bereaksi dengan komplemen C3b terhindar dari
fagositosis.
Gene rearrangement pada eukariota.

1. Pathological gene rearrangement

bcr/abl gene rearrangement karena translokasi
khromosom 9 dan 22; t(9;22)(q34;q11).

Gen bcr pada khromosom 22 berekombinasi dengan
gen abl pada khromosom 9 menghasilkan rekombinan
bcr/abl chronic myeloblastic leukemia.


bcr/abl gene rearrangement
Khromosom Philadelphia
2. Natural gene rearrangement

Reseptor antigen manusia / vertebrata :

- Reseptor sel T (TCR) limfosit T mengenal
kompleks Ag HLA (reaksi seluler).
struktur molekul : o & |
& o

- Imunoglobulin (Ig) limfosit B mengenal Ag
bebas (reaksi humoral).
struktur molekul : H & Lk, L
Gen yang mengkode subunit TCR dan Ig


Gen Lokus
TCR o
|

o
14 q 4
7 q 32 35
7 p 15
14 q 4
Ig Lk
L
H
2
22
14 q 9
Bentuk gen Ig dan TCR

1. Bentuk germline gen nonfungsional pada sel
non T/ non B dan presel T / presel B.

2. Bentuk rearrangement gen fungsional pada sel T
dan sel B yang telah matur berasal dari
rekombinasi somatik segmen gen bentuk germline
pada waktu deferensiasi sel T dan sel B.
Komposisi gen TCR bentuk germline dan rearrangement


Domain (exon) TCRo TCR|
Bentuk germline
V
D
J
C

50
--
50
1

70
2
13
2
Bentuk rearrangement
Kombinasi
Tambahan N-sequence

2,5 X 10
3
2,5 X 10
5


3,6 X 10
3
3,6 X 10
5


Diversitas TCR o|

~ 10
11
kombinasi
Komposisi gen Ig bentuk germline dan rearrangement


Domain (exon) Rantai Lk Rantai L Rantai H
Bentuk germline
V
D
J
C

300
--
5
1

300
--
--
5

300
50
8
9
Bentuk rearrangement
Kombinasi
Tambahan N-sequence

1,5 X 10
3
1,5 X 10
5


1,5 X 10
3
1,5 X 10
5

11 X 10
4
11 X 10
6


Diversitas Ig

~ 16,5 X 10
11


kombinasi
Rearrangement gen TCR dan Ig sebagai penanda
(marka) galur dan distribusi klon sel T dan sel B.

- Limfosit T/B dari galur tertentu menunjukkan pola
rearrangement gen TCR/Ig yang khas.

- Limfosit T/B anggota dari satu klon mempunyai
patron (gambaran) rearrangement yang sama.
Cara deteksi rearrangement gen TCR dan Ig :

1. RFLP determinasi fragmen restriksi pada blot
Southern.
- situs restriksi pada intron gen germline akan
terinterupsi oleh rekombinasi segmen gen yang
berpartisipasi/mengalami rearrangement sehingga
komposisi fragmen restriksi akan berubah
berbeda dari bentuk germline.

- hibridisasi dengan DNA pelacak (probe) menyebab
kan patron hibridisasi pada radioautogram blot
Southern berubah dan berbeda dari patron germline
2. Amplifikasi gen dengan PCR menggunakan primer
yang komplementer dengan intron segmen gen
pasangannya rearrangement menyebabkan
segmen gen yang berkombinasi tidak teramplifikasi.
Rearrangement gen TCR dan Ig sebagai alat untuk
memantau kelainan dan patologi limfoproliferasi.

1. Leukemia limfositik dan limfoma
Sel leukemia dan neoplasma limfoblastik berasal dari
satu sel ansestor yang berproliferasi lebih agresif dari
pada sel normal, membentuk satu klon dominan
dalam sirkulasi atau kelenjar limfe analisa
rearrangement pada limfosit yang diisolasi dari darah
tepi atau kelenjar limfe menunjukkan ekspansi klon
sel neoplasia limfositik / limfoblastik.
2. Penyakit-penyakit autoimun
Analisa limfosit yang diisolasi dari organ atau jaringan
yang mengalami lesi karena reaksi autoimun,
menunjukkan adanya prliferasi sel T monoklonal atau
oligoklonal yang spesifik.
- rhematoid arthritis
- autoimun chronic active hepatitis
- psoriasis

3. Penyakit-penyakit infeksi virus dan bakteri intraseluler
Respon imun thd antigen virus menyebabkan
proliferasi sel T spesifik dalam sirkulasi dan jaringan/
organ target analisa rearrangement pada limfosit
dari sirkulasi/organ memperlihatkan ekspansi
monoklonal atau oligoklonal sel T.
Kesimpulan

1. Rearangement gen TCR dan Ig adalah marka sensitif
untuk mendeteksi galur dan distribusi klon sel T dan
sel B.

2. Rearrangement gen TCR dan Ig adalah metoda
efektif untuk mendiagnosa dan memantau kelainan
atau patologi limfoproliferasi yang disebabkan oleh
neoplasia limfositik, autoimun dan penyakit-penyakit
infeksi.
Terima kasih
&
Selamat Belajar