Virologi Dasar-1

Drs. Djoko Yuwono, MS

Puslitbang Pemberantasan Penyakit Badan Litbang Kesehatan Dep Mikrobiologi FK UPN Veteran, Jakarta (untuk kebutuhan intern FK UPN Veteran)

Peristiwa bersejarah dalam bidang virologi

Th 1789; Penemuan vaksin cacar E. Jenner Th 1892; Penemuan virus mozaik daun tembakau Th 1918; Pandemi influenza Th 1940; Penemuan Mikroskop Elektron Th 1949; Penemuan teknik Tissue Culture Th 1952; Penemuan DNA : Wartson & Crick Th 1959; Penemuan vaksin polio (Sabin) Th 1985; Kontroversi Penemuan virus HIV Th 1990; Teknik rekombinan vaksin (Hep B) Th 1992; Aplikasi bio molekuler virus: HCV Th 1997; Avian Influenza pd manusia; HK Th 2002; Multi Country Epidemi: SARS

Sifat umum Virus:

Jasad renik hidup; ultra mikroskopik Parasit obligat intra sel Partikel gen berdiri sendiri Dapat lolos saringan kuman (0,45 u) Dapat mensintesa ensim Tropisme spesifik thdp hospes Bersifat antigenik Dapat dikristalkan Bersifat onkogenik Bersifat Hemaglutinasi Bersifat interferensi Dapat bermutasi

Bersifat toksik Resisten thd antibiotik Dpt dihambat dg khemoterafi Dpt direkayasa menjadi virus beda sifat Dpt direkonstruksi menjadi vrius lengkap Dpt membentuk plaques dan pocks

Teknik embrio ayam

POCKS

Selaput khorio alantoik

rongga udara

HDV

Embrio ayam umur 9-11 hr

SARSV characterization
Vero E6 cells inoculated with Oropharyngeal Specimens from Patients with SARS. The typical early cytopathic effect seen with coronavirus isolates from patients with SARS is shown in Panel A (x40). Infected Vero cells are shown reacting with the serum of a convalescent patient in an indirect fluorescence antibody assay in Panel B (x400).

Ksiazek et al. A novel Coronavirus associated with SARS. NEJM April 10, 2003

Teknik biakan sel

PLAQUES virus pd biakan sel dlm media agar

PLAQUES

Morfologi virus
Simetri kubus: ikosahedral Simetri heliks: spiral Simetri kompleks: gab. kubus + heliks A. Simetri kubus:

ikosahedron heksamer pentamer berenvelop Contoh: Picornaviridae; polio, coxsackie, ECHO

B. Simetri heliks
penampang lintang

Spike
NP M

RNA

penampang bujur
Lipid bilayer

Contoh: Orthomyxoviridae; Paramyxoviridae,

Simetri kompleks:

Simetri kubus

Simetri heliks

contoh: bakteriofag

Struktur virus:
Unit kimiawi: asam nukleat (DNA/RNA) Unit struktural: kapsomer kapsid nukleokapsid; envelop (peplos): selubung protein virus Unit morfologi: virion bentuk virus infektif

Unit kimiawi virus:

Genom virus: suatu as. nukleat virus yang diwariskan: suatu rangkaian kode genetik yang mengekspresi protein virus dengan bantuan komponen sel inang (host). Suatu ORF: open reading frame
NCR struktural Non struktural (NS) NCR

5
intron hekson

3
intron

Sistem Polisistronik: menghasilkan suatu rangkaian protein panjang

Sistem Monosistronik: menghasilkan satu jenis protein

1 2 2-1 3 4 5 6 7

Cell penetration
(+) genomic RNA (-) strand template

RNA#
2
3 4 5 6 7 1

Protein

------> NS2
------> S ------> NS4 ------> NS5a, b ------> M ------> N ------> Pol

2-1 ------> HE

genomic RNA for new virions

Unit struktural virus:

Protein pada envelop virus Glikoprotein: hemaglutinin (bentuk duri (spike); 10 nm). Lipoprotein: neuraminidase (ensim utk replikasi virus) Membran lipid bilayer

Unit morfologi: bentuk virion

Replikasi virus
Replikasi virus DNA: 1. Adsorbsi 2. Penetrasi 3. Uncoating 4. Transkripsi awal 5. Translasi awal 6. Transkripsi akhir 7. Translasi akhir 8. Perakitan (morfogenesis) 9. Sel lisis 10. Virus baru (anak)

Replikasi virus DNA

3 virus 4 Inti sel 2 1

5 7

10

Contoh:
Adenovirus; virus Hepatitis B

Replikasi virus RNA (RNA positif)

progeni genom genom - genom +

translasi

morfogenesis
Protein virus diferensiasi RNA positif:

Inti sel
polimerase; protein struktural

contoh: Picornavirus (virus polio)

 Replikasi virus RNA negatif: pd. Orthomyxoviridae (virus influenza) Replikasi virus RNA dg ensim reverse transkriptase (HIV; virus Hepatitis C)

Replikasi retrovirus
RNA ds DNA

Integrasi ke dlm kromosom inti sel host transkripsi

translasi protein virus

morfogenesis

Reaksi thd. pengaruh kimia dan fisika

Pelarut lemak: kloroform; ether ether sensitif dan ether resisten Deterjen: SDS: Sodium Dodesil Sulfat Triton X-100 Zat warna vital: penetrasi zw vital inaktif. ZW vital inaktif: HSV; vaccinia inaktif sedang: Adenovirus; Reovirus ZW vital resisten: poliovirus Antibiotik: semua virus resisten antibiotik

 Khemoterafi: menghambat replikasi virus dg cara menghambat kerja ensim virus. Beberapa virus non responsif obat: VHB; VHC non responsif interferon; HIV non responsif AZT. Desinfektan: semua virus sensitif thd khlor aktif (khlorin); formalin; HCl. Stabil dlm larutan garam anorganik: MgCl2: polio; enterovirus; reovirus MgSO4: influenza; campak Na2SO4: herpes virus

 Pemanasan: 50 60 C; 30 menit inaktif Penyimpanan: -20 C : enterovirus -70C s/d -120C (N2 cair/ CO2 kering utk transportasi); preservatif: gelatin; glyserin. Liofilais: beku kering; kristal 4C. pH; virus tahan pd pH asam: enterovirus. Radiasi sinar glb pendek: sinar UV; sinar X as. nukleat rusak mutasi/inaktif.

Klasifikasi
Dasar klasifikasi: 1. Tipe as nukleat: DNA/RNA 2. Sifat as nukleat: ss/ds 3. BM as nukleat: kD/kb 4. Simetri kapsid: ikosahedral; heliks; kompleks 5. Tempat perakitan kapsid; inti sel/sitoplasma 6. Selubung/envelop:/peplos: ada/tdk ada 7. Tempat perakitan/morfogenesis: mbr sel. sitoplasma; inti sel 8. Diameter: virion; nukleokapsid 9. Kapsomer: jumlah kapsomer (pentamer; heksamer)

Klasifikasi yg sederhana

Virus DNA:
As nukleat ss ds ds ds ds ds simetri Ikosahedral Komplex Diameter (nm) 18-26 45-55 70-90 100 230-400 22-42 Famili Parvoviridae Papovaviridae Adenoviridae Herpesviridae Poxviridae Hepadnaviridae

As nukleat
ss ds ss ss ss ss ss ss ss ss

Klasifikasi virus RNA simetri Diameter Famili (nm) Ikosahedral 20-30 Picornaviridae 60-80 Reoviridae 30-90 Togaviridae Komplex 50-300 Arenaviridae 80-130 Coronaviridae s/d 100 Retroviridae Heliks 90-160 Bunyaviridae 80-120 Orthomyxoviridae 150-300 Paramyxoviridae 70-175 Rhabdoviridae

Nomenklatur virus
Dasar: I. Gambaran klinik: measles; morbilli; small pox Gambaran patologik; polimyelitis, hepatitis,dll Gambaran epidemiologik: parotitis epidemika II. Geografis: NCDV (New Castle Diarrhea Virus); Murray valley Ensefalitis virus (MEV); West Nile fever virus; Coxsackie virus, dll. III. Sifat utama partikel virus: Orthomyxovirus mempunyai ensim neuraminidase (N-asetil neuraminat) IV. Nama orang: virus fibroma Shope, strain virus: Edmonston; Schwarz; Sabin; Salk, Saukett, dll.

V. Huruf awal: REO (Respiratory Enteric Orphan ARD: Acute Respiratory Disaeses VI. Gabungan kata: PicoRNAvirus: virus RNA kecil (25 nm) HepaDNAvirus: virus DNA dlm hepar Papovavirus: papiloma-polioma-vakuolavirus ARBOvirus: Arthrophode Born Virus

Referensi:
1. Buku ajar Mikrobiologi FKUI 2. Zeinser Mikrobiology 3. Clinical Microbiology