Ruang lingkup biokimia

Nyi Mekar Saptarini, M.Si., Apt.

Kontribusi biokimia pada perkembangan ilmu biologi modern

Ilmu biologi telah mengalami perkembangan yang revolusioner, dan biokimia adalah jantung dari perkembangan ini. Ilustrasi:
Gertrude Elion dan Goerge Hitchings dari USA memperoleh hadiah Nobel di tahun 1988 dibidang Kedokteran dan fisiologi kerena penemuan senyawa analog asam nukleat untuk obat leukemia. James Black mendapat hadiah Nobel di tahun 1988 dibidang yang sama untuk penemuan obat yang dapat mengurangi resiko serangan jantung.

Penemuan di atas dapat dilakukan setelah adanya akumulasi pengetahuan biokimia tentang struktur dan fungsi protein, sintesis asam nukleat, vitamin dan koenzim, mekanisme kerja enzim, reseptor dan pengendalian metabolisme dan biokimia komparatif.

Manfaat biokimia dlm desain obat

Obat leukemia Obat HIV

Obat asma

What is Biochemistry ?
Biokimia adalah ilmu yang mempelajari struktur, organisasi, dan fungsi materi hidup pada tingkat molekul. Biokimiawan mempertanyakan:
Bagaimana struktur kimia dari materi hidup? Bagaimana interaksi dari materi hidup sehingga dapat membentuk supramolekul, sel, jaringan multisel dan organisma? Bagaimana materi hidup dapat mengambil energi dari lingkungan? Bagaimana organisma dapat menyimpan dan meneruskan informasi yang diperlukan untuk pertumbuhan dan reproduksi? Perubahan kimia apa yang menyertai reproduksi, penuaan, kematian sel atau organisma? Bagaimana reaksi kimia dikendalikan di dalam sel?

Pembagian kajian biokimia

Struktur & Fungsi Biomolekul

Metabolisme

Informasi Genetika

Sejarah biokimia

Percobaan Wohler (1828)

O
+NH

4NCO

H2N

C Urea

NH2

Amonium sianat

Biokimia sebagai interdisiplin ilmu

Kedokteran Nutrisi Kimia organik

Genetik

Biokimia
Biofisik Biologi sel

Mikrobiologi

Fisiologi

Biokimia sebagai disiplin ilmu mandiri

Biokimia membatasi kajian pada:
Struktur biomolekul dan reaksi yang dijalaninya. Enzim dan mekanisme biokatalisis. Elusidasi jalur metabolisme dan pengendaliannya. Prinsip dari proses-proses kehidupan yang dapat difahami melalui hukum-hukum kimia.

Biokimia sebagai ilmu kimia

Untuk memahami peran biokimia pada biologi, maka diperlukan pemahaman mengenai: Unsur-unsur kimia penyusun biomolekul, Struktur dan fungsi dari ratusan senyawa biomolekul, Peran biomolekul dalam reaksi metabolisme termasuk stoikiometri dan mekanisme reaksinya.

Unsur-unsur kimia penyusun materi hidup

Biomolekul adalah senyawa karbon

Keunikan atom karbon

Keunikan atom karbon

Keunikan atom karbon

Senyawa organik memiliki bentuk dan dimensi spesifik

Tidak ada unsur lain selain dari karbon yang dapat membentuk molekul dengan berbagai variasi bentuk dan gugus fungsi.

Gugus fungsi menentukan sifat kimia

Biomolekul merupakan senyawa polifungsi

Struktur tiga dimensi

Sebagian besar biomolekul adalah asimetrik

Stereokimia

Interaksi antara biomolekul bersifat stereospesifik

Interaksi enzim substrat adalah stereospesifik

Lima transformasi kimia yang berlangsung di dalam sel

Transfer gugus fungsi Oksidasi-reduksi Penataan ulang Pemotongan Kondensasi

Transfer gugus fungsi

Oksidasi-reduksi

Penataan ulang

Pemotongan

Kondensasi

Makromolekul dan monomernya

Makromolekul terdiri dari monomer

Monomer memiliki struktur yang sederhana

Multifungsi monomer makromolekul

Organisasi molekul di dalam sel

Biokimia sebagai ilmu biologi

Ciri fundamental yang membedakan materi hidup dan tak hidup: Adanya proses pembaruan Dapat mengambil energi dari lingkungan Dapat melakukan replikasi

Biokimia sebagai ilmu biologi

Sel: satuan organisasi biologi. Variasi ukuran sel:
Sel bakteri: 12 m Organisma tingkat tinggi: 5-20 m Sel syaraf: 1 m.

Ukuran sel tidak mencerminkan ukuran organisma.

Gajah dan serangga memiliki ukuran sel yang kira-kira sama, tetapi gajah memiliki jumlah sel lebih banyak.

Keseragaman ukuran sel lebih dipertahankan untuk menjaga rasio luas permukaan/volume yang sangat bergantung pada ukuran sel.

Bagaimana luas permukaan/volume bergantung pada ukuran?

Kompleksnya proses kimia di dalam sel dan besarnya ukuran molekul yang berpartisipasi dalam proses tersebut menyebabkan diperlukannya volume yang cukup besar. Tetapi sel harus efektif dalam berkomunikasi dengan lingkungannya, sehingga memerlukan luas permukaan yang cukup besar. Terlalu besar ukuran sel, maka luas permukaan yang tersedia tidak cukup untuk mempertukarkan zat dengan lingkungan.

Pembagian organisma berdasarkan struktur sel

Sel hewan dan tanaman

Sel hewan dikelilingi oleh membran plasma tunggal, sedangkan sel tanaman memiliki lapisan tambahan diluar membran, yaitu dinding sel selulosa. Sel hewan memiliki lisosom sebagai pusat pencernaan/metabolisme, sedangkan sel tanaman memiliki kloroplast sebagai tempat berlangsungnya fotosintesis dan peroksisom yang membantu metabolisme.

Struktur sel hewan

Struktur sel tanaman