Z

F N XXXIII / 2003, s. 6473

ARTYKUY Magdalena FIKUS

Instytut Biochemii i Biozyki PAN Warszawa

INFORMACJA GENETYCZNA: WYROK CZY MOLIWO

Mwimy o terapii genowej, jak gdyby moga zmieni czyj los, ale mona take go zmieni, jeli spaci si czyje zaduenie na karcie kredytowej. (James Watson)

Zaczo si od serii przypadkw. Wybrano 21 dawcw, ktrzy sami okrelili swoj przynaleno etniczn. Od kadego pobrano 130 ml krwi, od mczyzn take nasienie, piciokrotnie. Zakaajc cz limfocytw dawcw wirusem Epsteina-Barra utworzono niemiertelne linie komrek. Z jdrowego DNA wykonano banki genomowe. Do ostatecznych bada wybrano DNA piciu osobnikw, kierujc si wieloma okolicznociami, m.in. jakoci banku genw. DNA wybranych dawcw posuyo w rmie Celera do oznaczenia sekwencji nukleotydw ludzkiego genomu. Caa procedura bya zgodna z Deklaracj Helsinsk o prawach czowieka. Weszlimy w wiek XXI z pokanym posagiem genetycznym. Przez pierwsze 25 lat uprzedniego wieku trwaa identykacja komrkowych struktur nonikw materiau genetycznego, ktre nazwano chromosomami. W poowie wieku dwu badaczy James Watson, ktry nieUWAGA: Tekst zosta zrekonstruowany przy pomocy rodkw automatycznych; moliwe s wic pewne bdy, ktrych sygnalizacja jest mile widziana (obi@opoka.org). Tekst elektroniczny posiada odrbn numeracj stron. 1 Referat wygoszony na VII Krakowskiej Konferencjii Metodologicznej Konieczno i przypadek, Krakw 8-9 maja 2001.

FIKUS

dawno przekroczy dwudziestk, Francis Crick, trzydziestk opisujc budow chemiczn i struktur przestrzenn kwasu deoksyrybonukleinowego, DNA, dokonao najwikszego przyrodniczego odkrycia stulecia. Trzeba byo upywu kolejnych 25 lat i bada wieczonych licznymi nagrodami Nobla, aby opisane zostay w gwnych zarysach zasady regulacji ekspresji genw, czyli regulacji intensywnoci reakcji prowadzcych od DNA do dwu grup czsteczek: kwasu rybonukleinowego (RNA) oraz biaek. Od pocztku lat 70. rozpocza si era manipulacji genetycznych, czyli procedur wiodcych do kontrolowanych zmian genetycznych, zwanych potocznie inynieri genetyczn. Jednym z waniejszych wynikw osignitych w tym okresie jest opracowanie metody ustalania kolejnoci czterech podjednostek tworzcych DNA (nukleotydw A, G, C, T), zwanej sekwencjonowaniem DNA. Sekwencja nukleotydw to zapis informacji genetycznej w jzyku czteroliterowym. Do koca XX wieku oznaczono sekwencje 205 naturalnych plazmidw, 185 organelli, genomw 600 wirusw, 31 eubakterii, 7 archebakterii, 1 grzyba, 2 zwierzt bezkrgowych i 1 roliny. W lutym 2001 roku ogoszono triumfalnie zakoczenie prac dwu niezalenie pracujcych zespow naukowych, ktre poday sekwencje ponad 90% genomu ludzkiego. Ciekawe, wykorzystano rne sposoby przygotowania DNA, rne algorytmy obliczeniowe i.... rne rda nansowania. W kadej grupie uczestniczyo po kilkaset osb. Jedna skadaa si z pracownikw instytucji publicznych USA (ponad 70% wynikw), Wielkiej Brytanii, Japonii, Chin, Francji, Niemiec, druga nansowana bya przez prywatne instytuty o amerykaskich siedzibach, TIGR i Celera. Oba programy wyszy z fundamentalnego zaoenia, e budowa wszystkich biaek i RNA zakodowana jest w DNA. Milczco zakadano, e po zidentykowaniu wszystkich czsteczek wystpujcych w komrce i organizmie uzyska si szczegow wiedz o tym, jak one dziaaj i jak ich dziaanie jest regulowane. J. Collins, szef grupy publicznej, przewiduje, e ok. 2030 roku uzyskanie wasnego, indywidualnego paszportu genetycznego bdzie kosztowa mniej ni $1000. Sdzi rwnie, e technologia genowa w zastosowaniach medycznych bdzie udziaem jedynie mieszkacw krajw o zaawanso-

INFORMACJA GENETYCZNA: WYROK CZY MOLIWO

wanej technologii, co przyczyni si do dalszego rozwarstwiania wiata na bogatych i biednych. Wydawa by si mogo, e odczytanie sekwencji genomu osobnika jest jednoczenie sentencj wyroku. Skoro jednak liczba i ilo kodowanych przez DNA biaek podlega regulacji, a czsto procesy te rozpoczynaj si, kocz, lub ich prdko ulega zmianom, w wyniku oddziaywania organizmu z otoczeniem, to do realizacji genetycznego wyroku wkracza przypadek i nieoznaczono. Geny i genom ludzki porwnywano na wiele sposobw z uprzednio poznanymi w innych gatunkach. Nikogo nie zdziwio, e znaleziono wrd nich pewn grup genw i biaek uniwersalnych, obecnych jako podstawowe genetyczne wyposaenie wszystkich organizmw. Ich istnienie wskazuje na utrwalone i zoptymalizowane w toku ewolucji procesy metabolizmu komrek. Tym bardziej zainteresowanie badaczy zwraca si nie ku informacjom o genach wsplnych z innymi stworzeniami, a ku poznaniu genw swoistych czowiekowi. Niestety czowiek pooony jest daleko w sensie ewolucyjnym od dwojga poznanych uprzednio zwierzt: nicienia Caenorabditis elegans i muszki Drosophila melanogaster. Z niecierpliwoci oczekiwane s zatem dane o sekwencji genomowej gryzoni (mysz, szczur), ryb i wreszcie naczelnych.2 Ustalone jako charakterystycznie ludzkie cechy genomu by moe dzielimy z krgowcami, moe tylko ze ssakami. A za takie uznano: 1. Tylko 1,2 1,4% ludzkiego DNA to obszary eksonowe, podczas gdy transkrybowany RNA zajmuje 28% genomu. Introny ludzkich genw s bardzo dugie, a geny rozrzucone po genomie rzadko. Na 1 milion nukleotydw w drodach przypada rednio 483 geny, u poznanych bezkrgowcw ok. 200, u czowieka 15. Identykacja genw w sekwencji ludzkiego DNA jest zatem bardzo trudna, a wyniki przeczesywania poznanej sekwencji programami komputerowymi nie zawsze wiarygodne. 2. Ponad 50% DNA czowieka stanowi kilkanacie typw sekwencji nie kodujcych, powtarzajcych si. Ich rola zjologiczna nie zostaa ustalona, cz z nich porwnuje si do pasoytniczych czsteW maju 2001 w zespoach Celera oznaczono sekwencj genomow myszy, jednak ze wzgldw komercyjnych nie podano jej do publicznej wiadomoci
2

FIKUS

czek, cz do symbiotycznych. S nierwnomiernie rozrzucone po genomie, niektre mog da pocztek nowym genom i prawdopodobnie daway w przeszoci. Dla porwnania: powtarzajce si sekwencje stanowi 3% genomu muszki, 6,5% genomu nicienia, i 10,5% roliny. 3. Z wyrnionych 1278 rodzin genw wsplnych dla poznanych ju organizmw eukariotycznych tylko 94 uprzednio nie opisano. To tak, jak by obserwowany dzi kres dziaa procesw ewolucji nie wiele doda do repertuaru genetycznego. Jak naleao si spodziewa dla caego wielotkankowego organizmu ssaka, genom czowieka bogaty jest w geny i biaka ukadu immunologicznego, krwiononego, neurologicznego; a z punktu widzenia jego komrek w biaka regulujce procesy transkrypcji (syntezy RNA na matrycy DNA. 4. Wzdu danego chromosomu i w rnych chromosomach rna jest czstotliwo rekombinacji (wymiany fragmentw DNA), u mczyzn rekombinacja bya szczeglnie aktywna w chromosomie 12, u kobiet w 16. Drastyczne rnice miedzy pciami na poziomie genetycznym pojawiaj si take w trakcie dojrzewania pciowych komrek; mutacje s 5 razy czstsze w komrkach mskich. 5. W kadym okresie ycia osobniczego, cho czciej w yciu podowym i dziecistwie, mog objawi si choroby warunkowane genetycznie. Ponad 1000 z nich zostao molekularnie i klinicznie zrnicowanych. Cechy zwizane z zachowaniami s zawsze wielogenowe, dlatego mwi si, e geny nadaj osobowoci czowieka okrelone predyspozycje. Trudnoci w cisym zdeniowaniu tych predyspozycji zwiksza fakt, i nie ma dobrych sposobw na ilociowe oceny takich np. cech jak agresywno, inteligencja, podatno na stresy itd. Geny zwizane z zachowaniem zazwyczaj ulegaj ekspresji w mzgu, najsabiej poznanym organie czowieka, nawet na poziome zjologicznym, a co dopiero molekularnym. Genom jest zatem u danej osoby w zasadzie niezmiennym zapisem informacji. Ale tylko zapisem. Jej realizacja zaley od dwu cigw bardzo zoonych procesw: transkrypcji i translacji. W wyniku transkrypcji powstaj czsteczki RNA, jedno niciowego kwasu nukleinowego, komplementarne do jednej z nici kodujcego go DNA. O trans-

INFORMACJA GENETYCZNA: WYROK CZY MOLIWO

kryptach RNA wiemy mniej ni o DNA. Sam proces regulacji intensywnoci ich syntezy jest zoony i podlega m.in. wpywom warunkw panujcych wok organizmu i wok i wewntrz danej komrki. To znaczy, e gen moe, ale nie musi w danym momencie by transkrybowany, a RNA moe by z rn szybkoci degradowany, jeszcze zanim wczy si do procesu translacji. A kilka lat temu odkryto zadziwiajce zjawisko: z tego samego pierwotnego produktu transkrypcji jednego genu, (pre-mRNA), moe w komrkach eukariotycznych, dziki rnemu wycinaniu intronw, powstawa wicej ni jedna dojrzaa czsteczka informacyjnego RNA, (m-RNA). Jeeli tak, jeeli eksony cz si ze sob w rnej kolejnoci, to ostatecznie uformowane rne informacyjne RNA koduj rne biaka, poniewa kolejno trjek nukleotydw stanowicych kodony okrelonych aminokwasw jest rna w rnych wersjach m-RNA. Ten sam gen moe kodowa wicej ni jedno biako, a opisany powyej proces dojrzewania m-RNA, zwany alternative splicing (ang), jest wyjtkowo intensywny w komrkach ludzkich. Liczba biaek decydujcych o naszej rnorodnoci i odrbnoci gatunkowej znacznie przewysza liczb genw. Jeeli chodzi o m-RNA nie koniec na tym. Kilkanacie lat temu odkryto take, e do ju dojrzaej czsteczki mRNA pewne enzymy mog w czci kodujcej dodawa pojedyncze i kilka naraz nukleotydw, co podobnie do alternatywnego dojrzewania zmienia sens zapisu genetycznego, co wicej, nie ma swojego odpowiednika w sekwencji genu. Odnotowywano take dla danego mRNA przesunicia co do miejsca startu i koca transkrypcji, a wic raz jeszcze, rne odkodowywanie informacji genetycznej zapisanej w tej samej sekwencji DNA. Wreszcie w roli jak odegra jako matryca informacji genetycznej dany mRNA niebagatelne znaczenie ma trwao w komrce danej czsteczki jej czas ycia moe si waha od kilku sekund do godzin. W rozwaaniach o grze koniecznoci i przypadku w procesach ekspresji informacji genetycznej pozosta jeszcze niezwykle bogaty obszar proteomu, czyli zespou syntetyzowanych biaek, w danym gatunku, w danych tkance i komrce, w danym momencie ich

FIKUS

ycia. Skal problemu rozszerza jeszcze fakt, e jakkolwiek coraz bardziej wzbogaca si nasza wiedza o przestrzennych strukturach biaek, to w dalszym cigu nie mona przewidzie funkcji tych czsteczek w oparciu o samo poznanie struktury. Ta ostatnia niechtnie odkrywa swoje tajemnice, metody badawcze s w tej dziedzinie trudne w wykonaniu, kosztowne i cay problem wymaga zastosowania kilku metod jednoczenie. Nadal przewidywanie struktury przestrzennej biaka ze znajomoci sekwencji aminokwasw, bez danych dowiadczalnych, jest gr sam w sobie. Wiadomo, e to samo biako, w zalenoci od otaczajcych warunkw, moe przyj rne struktury przestrzenne i spenia rne funkcje. Dramatycznym przykadem takiej sytuacji s zogi amyloidowe obserwowane w przebiegu rnych chorb neurodegeneracyjnych. W budowie wielu biaek eukariotycznych wyrni mona obszary przyjmujce pewien ksztat, takie obszary nazywamy domenami. Wiele domen biaek wyszych eukariotw (w tym czowieka), w niszych organizmach wystpuje jako odrbne biaka o innej funkcji, ni wtedy gdy s czci wikszej czsteczki. Domeny mog take wystpowa w rnych kombinacjach, co znakomicie zwiksza liczb rozwiza alternatywnych. I tak np. pewna domena proteazy serynowej, enzymu trawicego inne biaka i podobnego do trzustkowej trypsyny, oddziauje w komrkach ludzkich z 18. rnymi domenami, kompleksy te maj rne funkcje. T sam domen w komrkach muszki odnajduje si w 8 kompleksach, u nicienia w 5, a w drodach tylko w jednym. Toczy si spr wok doniesie grupy Celera o obecnoci w ludzkim genomie 223 genw pochodzcych wprost od bakterii. S badacze, ktrzy twierdz, e jest to bd w oznaczeniach i artefakt. Po dokadnym zbadaniu tej grupy genw ostao si tylko ok. 40 genw. Wyjanienie tego sporu nie jest bahym problemem, cho liczba genw niewielka wie si on z wielk zagadk biologii molekularnej, z pytaniem czy moliwe byo w trakcie ewolucji, a wic czy moliwe jest obecnie, tak zwane horyzontalne przenoszenie genw miedzy gatunkami. Wiadomo, i zdarza si to miedzy mikroorganizmami, jednak brak bezporednich dowodw na takie wdrwki genw mi-

INFORMACJA GENETYCZNA: WYROK CZY MOLIWO

dzy prokariotami i eukariotami. Gdyby byy one moliwe, wzrosa by liczba argumentw przeciw manipulacjom z transgenicznymi rolinami i zwierztami. Czy jednak jestemy nosicielami genw pochodzcej w prostej linii od bakterii poka najblisze lata, w ktrych werykowane bd dowiadczenia grupy Celera. Horyzontalne przenoszenie genw mogoby by kolejnym przykadem roli przypadku w rozwoju ycia. Przetumaczone z mRNA biako podlega jeszcze modykacjom potranslacyjnym. Moe zosta udekorowane przez wyspecjalizowane w takiej funkcji enzymy rnymi dodatkowymi grupami funkcyjnymi: acetylow, metylow, fosforanow i innymi. Te dekorujce grupy bardzo czsto okrelaj dalsz aktywno i czas ycia czsteczki biaka, stanowi take gatunkowy wyrnik, zauwaany przez systemy immunologiczne. Przyjmowanie okrelonych struktur przestrzennych, o czym ju bya mowa, take moe czy si z modykacjami chemicznymi, z ktrych najwaniejsz jest jednoczesna redukcja bocznych odgazie aminokwasw, grup SH, z utworzeniem utlenionego mostka S-S, spinajcego czsto oddalone odcinki acucha biakowego. U czowieka, cho znaleziono tylko 30-40 tysicy genw, liczb rnorodnych biaek, ktre moe wytwarza nasz organizm ocenia si na blisk 100 tysicom. W zwizku za z rnicami w funkcjach rnych tkanek, rwnie w przyblieniu sdzi si, e w danym typie komrek powstaje w danym momencie ok. 10 tysicy biaek. No i nie budzi adnej wtpliwoci intuicyjnie przewidywalna sytuacja, e te 10 tysicy biaek wchodzi w wielorakie oddziaywania midzy sob i innymi czsteczkami obecnymi w komrce, oddziaywania dyktowane potrzeb chwili, atwo powstajce i atwo si rozpadajce. O ich istnieniu bardzo czsto decyduje take charakterystyczny transport substancji wewntrz komrki i jej podzielenie na przedziay wysoko wyspecjalizowanymi bonami. Nad caoci procesw realizacji informacji genetycznej czuwaj swoiste czynniki sygnaowe (biaka, produkty genw regulacyjnych). Nie ulega zatem wtpliwoci, e procesy ekspresji genw podlegaj rnorodnym modykacjom, przyczyn tych

FIKUS

zjawisk nie w peni pojmujemy, wic te i wynik kocowy czsto nie daje si przewidzie. Take metody bada dowiadczalnych zespow genw, ich transkryptw i ich kocowych produktw biakowych wymagaj rozwinicia, lub wrcz stworzenia. Przykadem moe by technika tzw. czipw DNA, pozwalajca na jednoczesne badanie intensywnoci wielu tysicy genw w prbkach pobranych z komrek w okrelonym stanie zjologicznym, od chorego, od osobnikw w rnym wieku itd. Wydaje si, e w biologii molekularnej jestemy wiadkami przekraczania niezwykle wanej granicy, dzielcej zbieranie szczegowych faktw i tworzenie czstkowych hipotez, od teorii uoglniajcych, ktre pozwol spojrze na komrk i organizm, kiedy take na biosfer, jako na caoci, funkcjonujce zgodnie z dajcymi si zrozumie reguami. Koczy si epoka pojedynczych badaczy, ktrzy cae swoje ycie powicili badaniu jednego genu lub jednego biaka. Ubstwo metod badawczych w stosunku do cech wielogenowych zmusza do analiz statystycznych. Przez wiele lat w sporze o cechy ludzi warunkowane czy to przez geny, czy przez rodowisko najwaniejsze dane uzyskiwano z bada jednojajowych (monozygotycznych) blinit, wychowywanych wsplnie lub osobno.3 Z bada tych jasno wynika, e cechy zoone s tak rnie warunkowane (w tym obecnoci rnych wersji kilkunastu, czsto kilkudziesiciu genw), e i ich podoe trudno przy dzisiejszej wiedzy jednoznacznie opisa. Zaangaowane w gr geny stwarzaj predyspozycj organizmu do okrelonych cech, nie za pewno, i cechy takie si pojawi. Cay problem jeszcze bardziej komplikuje fakt (take statystyczny), e w miar gromadzenia przez jednostk dowiadcze yciowych wzrasta rola genw w przejawianiu si cech, a maleje wpyw rodowiska. Dziedziczno nie jest synonimem niezmiennoci.
3 Korelacja wspczynnika inteligencji, IQ, z genetycznym pokrewiestwem, wyraona w procentach wynosi dla tej samej osoby testowanej dwa razy 87, dla jednojajowych blinit razem wychowywanych 86, osobno 76, dwujajowych wychowywanych razem 55, rodzestwa 47, rodzicw i dzieci yjcych razem 40, osobno 31, adoptowanych dzieci yjcych razem 0. 100 oznaczao by doskona zbieno, 0 losow rnic. Cyt. za M. Ridley, Genom, Rebis, 2001.

INFORMACJA GENETYCZNA: WYROK CZY MOLIWO

Geny s tylko rusztowaniem, na ktrym ksztatujemy nasze ycie. Genom przytraaj si przypadkowe przygody, prowadzce do zmian, ktre genetycy nazwali mutacjami. Utrwalone w kolejnych pokoleniach mutacje staj si koniecznoci. Ale te, jak w cytowanej ju ksice napisa Matt Ridley: ....caa ludzka natura jest elastycznie zaprogramowana z gry w naszych chromosomach i wyjtkowa dla kadego z nas. Kady ma niepowtarzaln i odmienn, endogenn natur. Swoje ja . Genom ludzki opisany zosta w Nature, numerze specjalnym 6822, z dn. 15 lutego 2001 (Konsorcjum Projektu Genomu Czowieka, zespoy akademickie nansowane przez budety wielu krajw) i w Science, numerze 5507 z dn. 13 lutego 2001 (prywatna rma Celera).