Qu es la Protemica? Protemica? Es una rama de la biologa que estudia el proteoma. Qu es Proteoma? Proteoma?

Es el conjunto de protenas que expresa un genoma, o que se expresan en una clula o un tejido.

Protemica
La organizacin de las biomolculas en una clula es un proceso altamente complejo pero finito. Por lo tanto podremos comprender el funcionamiento celular si es que logramos observar una cantidad suficiente de los elementos que constituyen una clula

Conoceremos la funcion global de la clula conociendo cmo sus protenas funcionan!!!

Protemica
El objetivo inicial es identificar todas la protenas expresadas por una clula o tejido El estudio de las protenas puede ser gentico o bioqumico

Gen

mARN

Protena

Genoma

Transcriptoma

Proteoma

De Genes a Protenas

Las caractersticas fenotpicas de los organismos vivos depende de la expresin de genes.

Genoma Humano contiene 35.000 genes

Proyecto Genoma Humano

~ 35.000 genes en el humano, no muy diferente a otras especies. Dogma antiguo: 1 gen: 1 protena Clave est en la relacin gen:protena bacteria 1:2 levaduras 1:3 humanos 1:6-8

Procesamiento alternativo da origen diferentes protenas

1 gen Isoformas de protenas A B C

modificaciones post-traduccionales

fosforilacin

glicosilacin

miristilacin

otras

complejos proteicos

El genoma humano contiene slo 35.000 genes que dan origen aproximadamente a 200.000 protenas!!!!

Cul es la diferencia entre Genmica y Protemica? Protemica?

A diferenciad del genoma, que es relativamente esttico, el Proteoma cambia constantemente en respuesta a miles de seales intra y extracelulares. El proteoma vara con la salud y la enfermedad, la naturaleza de cada tejido, el estado de desarrollo, y el efecto de tratamientos con drogas. Es por eso que el proteoma a menudo es definido como las protenas presentes en una muestra (tejido, organismo, cultivo celular) a un tiempo determinado.

La dinmica de las protenas son la vida

transporte movimiento

hormonas estructura

reserva

defenza

catalizadores

Cmo se puede aplicar la protemica a la medicina?

Perfiles proteicos: El objetivo es determinar la abundancia, modificacin, localizacin, actividad, e interaccin de las protenas en un tejido o clula determinada. Se puede seguir el perfil de varias protenas. Determinacin de la funcin El objetivo es determinar cul es la funcin de la protena durante los procesos de salud y enfermedad.

PROYECTO PROTEOMA HUMANO (PPH)

Objetivos
Crear un catlogo general de protenas humanas que incluya todas las variantes posibles de cada protena. Estimular el conocimiento de las interacciones entre protenas y protenas o entre protenas y cidos nucleicos. Descubrir los mecanismos que gobiernan los niveles relativos de expresin y las formas de esa expresin de las protenas de cada tejido u rgano en situaciones de salud, enfermedad o terapia.

El Objetivo de la Protemica en Medicina es identificar Biomarcadores de las enfermedades humanas

El conocimiento de estos marcadores sern de gran beneficio para ser usados como mtodos de:

Diagnstico Pronstico Evolucin de la enfermedad Indicador de respuesta al tratamiento

Las mayores enfermedades del siglo 21 estn relacionadas con el envejecimiento

Life expectancy (CH)

80 70 60 50 1900 1920 1940 1960 1980 199

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Tasa 3500 de incidencia de Cncer 1998-1999. segn edad. Registro Regin.Aos de Cncer de la II Regin. Aos 1998-1999.
3000

Tasa de Incidencia de Cncer segn Edad. Registro de Cncer de II

Tasa x 100 mil Hts.

2500

2000

1500

1000

500

0 0-4 Total Mujeres Hombres 11 11 11 5-9 9 0 13 10-14 15-19 20-24 25-29 30-34 35-39 40-44 45-49 50-54 55-59 60-64 65-69 7 14 0 9 8 10 43 52 34 55 58 53 81 103 62 194 269 124 281 383 185 336 369 306 543 513 572 761 644 877 1168 906 1445 1523

70 y mas 2241

1212 1666 1889 3118

Qu se est haciendo hoy en da?

Identificando nuevos marcadores biolgicos de enfermedades Evaluando respuestas individuales de pacientes a drogas Desarrollando drogas ms especficas Creando bases de datos con informacin

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Cules son los problemas enfermedades como el cncer?

Enfermedad multifactorial Diagnstico tardo Clasificacin ambigua Quimioterapias no especficas, txicas Variabilidad individual
Todo esto puede mejorar con la aplicacin de la Protemica que permitir identificar protenas que sirvan de Biomarcadores de una enfermedads como es el cncer.

Qu tcnicas protemicas han emergido para resolver esto?

Tcnicas de separacin de protenas: Geles de bidimensionales Cromatografias bi y tridimensionales Espectrometra de masas Microarreglos de protenas (anticuerpos) Bioinformtica

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PROTEOMICA Y CANCER
PACIENTE SANO PACIENTE CANCER DE VEJIGA ORINA Y/O SANGRE EXTRAER PROTEINAS

ORINA Y/O SANGRE EXTRAER PROTEINAS

IDENTIFICAR DIFERENCIAS QUE PROTEINAS SE HAN ALTERADO

Cmo se podran detectar marcadores de enfermedades?

Utilizando microarreglos de anticuerpos especficos para protenas conocidas. Utilizando mtodos bidimensionales de purificacin de protenas y luego espectrometra de masas para identificar las protenas que se expresan diferencialmente Con estos mtodos se pueden estudiar un gran nmero de protenas simultneamente.

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Gel 2D-SDS PAGE

La primera dimensin (separacin por isoelectric focusing) - gel con un gradiente de pH -corriente elctrica mueve protenas cargadas hasta que logra el punto isoelctrico (carga neta de la protena es cero). La segunda dimensin -Todas las protenas estn cargadas negativamente y migran segn peso molecular. -Se identifican aquellas protenas que se expresan diferencialmente. -Pero esto no es posible con todas las protenas por lo que se recurre a marcaje con sondas fluorescentes o radioactivas.

Enfermo

Control normal

EXISTEN BASES DE DATOS CON RESULTADOS DE GELES DE 2D DE DIFERENTES TEJIDOS HUMANOS Plasma humano

Fluido sinovial

Tejido muscular

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Componentes de Protemica
Separacin de Protenas Espectroscopa de masas

Bioinformtica

Identificacin de Pptidos MS

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Cmo usar un protein microarray

1. Anticuerpos especficos para una protena.Cada spot contiene un Ab diferente.

2. El microarreglo es expuesto al suero del paciente y ocurre la Unin de las protenas a sus Ab.

3. Deteccin con anticuerpos marcados con sondas fluorescentes especficas para las protenas

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Analisis de Dos-Hbridos

Interactoma: Redes de interaccin de protenas

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Cmo se podran detectar marcadores de enfermedades? Muestra Muestra

Se desconocen los marcadores proteicos Se conocen los marcadores proteicos

Se separan las protenas: Geles 2D, cromatografa

Se agrega la muestra sobre microarreglo de anticuerpos Se cuantifica nivel de expresin y se compara muestra normal con la del enfermo Se determina el tipo de enfermedad y que tan avanzada est

Se identifican aquellas protenas cuya expresin est alterada por espectrometra de masas Se identifican marcadores potenciales de esta enfermedad

A QUE NOS CONDUCIRAN ESTOS ESTUDIOS?

Prevencin y tratamiento molecular antes de las manifestaciones clnicas Diagnstico molecular de las enfermedades Valoracin pronstica personalizada Tratamiento farmacolgico individualizado Ingeniera gentica de tejidos y rganos Terapia celular Terapia gnica

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20