Computational Science - ITB

Model dan Simulasi Sains - Molecular Dynamics

Simulasi Lysozyme dalam Air

Ridlo W. Wibowo  20912009

May 2, 2013

Tujuan

Simulasi ini bertujuan untuk mengetahui kestabilan Lysozyme (putih telur) di dalam air. Simulasi ini hanya sampai pada pencarian kestabilan tersebut dan sudah biasa dilakukan sebelum melakukan simulasi lebih lanjut terhadap protein melibatkan sistem dan parameter yang lebih kompleks (misalnya protein folding pada Lysozyme ini).

Struktur Lysozyme di tampilkan menggunakan PyMOL (kiri) dan VMD (kanan) dari le 1AKI.pdb (masih terdapat kristal air).

Dasar Teori:

Simulasi dilakukan dengan menggunakan software prinsip

Molecular Dynamics

molecular dynamics.

GROMACS

(), yang menerapkan

Molekular dinamik saat ini menjadi alat utama un-

tuk mempelajari dan mensimulasikan perilaku zat kimia dalam ranah atomistik.

Prinsip yang diterapkan adalah menyelesaikan persamaan gerak Newtonian yang diterapkan pada atom. Ikatan antar atom, antar molekul, dan interaksinya dapat dapat dimodelkan menggunakan potensial-potensial tertentu yang kemudian dapat diturunkan untuk diperoleh gaya dan percepatan masing-masing objek. Percepatan ini dapat digunakan untuk menentukan kecepatan dan posisi baru, yang pada akhirnya dapat kita peroleh dalam sistem.

trajectory

dari masing-masing benda (atom) di

mi
persamaan gerak Newtonian tikel sejumlah

2 ri = Fi , i = 1, 2, ..., N t2 (klasik), F sebagai gaya V ri

untuk masing-masing par-

N,

yang ditentukan dari negatif turunan potensial

V.

Fi =

Prinsip molekular dinamik ini juga diterapkan pada simulasi N-body.

Simulasi

gerakan planet, asteroid, gugus bintang, dan peluncuran wahana antariksa juga menggunakan prinsip yang sama namun dengan dimensi yang berbeda. Simulasi pada molekul melibatkan struktur atom yang dibangun sedemikian rupa sesuai hasil eksperimen. Struktur yang dibangun dari hasil eksperimen (misal difraksi Xray dan pengukuran kalorimeter) melibatkan posisi, sudut ikatan, jenis ikatan dan potensial yang digunakan pada simulasi nantinya. Simulasi pada kasus ini lebih rumit karena tidak hanya melibatkan translasi, tetapi juga rotasi dan/atau vibrasi.

Pair potential

yang digunakan bisa lebih dari satu tergantung pada interaksi anLennard-Jones, Morse, dan Coulomb's.

tar atom di dalam sistem, antara lain: lasi quantum ( sebagai

Selain dari eksperimen, parameter potensial ini juga dapat diperoleh dari simu-

ab initio ).

Bentuk potensial dan parameter dari fungsi matematis

yang mendeskripsikan sebuah sistem atom/partikel di bidang kimia biasa disebut

force eld.

Metode Simulasi

http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/ Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/index.html. Penjelasan dari

yang ditunjukkan pada tutorial berikut: langkah-langkah tersebut kami sampaikan sebagai berikut: 1. Pengambilan data struktur protein dan di

Simulasi menggunakan

Gromacs

ini dilakukan dengan mengikuti langkah-langkah

Gromacs.

generate

le

topology

sebagai input

Data struktur protein Lysozyme (1AKI.pdb) diambil dari databank protein

http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do.

Sebelum dilakukan simu-

lasi data ini dibersihkan dahulu dari struktur kristal air (HOH) karena untuk simulasi ini kita tidak membutuhkannya.

Setelah struktur yang ada bersih (hanya protein saja) maka dapat dilakukan langkah selanjutnya menggunakan

tools

di

Gromacs

yaitu

pdb2gmx.

Tujuan-

nya adalah untuk menghasilkan tiga le yaitu:

le

topology

molekul, yang berisi parameter-parameter molekul yang

dibutuhkan di dalam simulasi (misal: jenis atom, muatan, ikatan, sudut ikatan, dan dihedral).

le posisi

restraint, untuk atom-atom berat.

Gromacs
dengan

le struktur baru yang sudah diproses (sesuai format penambahan atom H pada asam amino protein).

Eksekusinya:
pdb2gmx

1AKI noHOH . pdb

1 AKI_processed . g r o

w a t e r

spce

kemudian program ini akan memberikan pilihan

force eld

yang akan digu-

nakan untuk menulis informasi potensial pada le topology. Untuk kasus ini digunakan force eld untuk semua atom OPLS. Keluaran dari eksekusi ini adalah tiga le di atas. 2.

Solvation
Karena kita akan mensimulasikan protein ini di dalam pelarut air maka langkah yang perlu dilakukan selanjutnya adalah menentukan dimensi wadah, dan pengisian air ke dalam wadah tersebut. tuk menggunakan
editconf

Untuk simulasi ini digunakan

bentuk periodic boundary berupa dodecahedron. Kotak tersebut dapat diben-

editconf:

1 AKI_processed . g r o

1AKI_newbox . g r o

c d

1.0

b t

dodecahedron

dan untuk melakukan pengisian air dilakukan dengan perintah

genbox top

genbox:
p
topol .

c p

1AKI_newbox . g r o

c s

spc216 . gro

1 AKI_solv . g r o

Kita gunakan spc216.gro, salah satu dari model struktur air (

model )
baru

three-point

genbox

sebagai pelarut untuk kasus ini.

Selain menghasilkan le struktur

juga akan mengubah le topology karena kita menambahkan

air sebagai pelarut. 3. Menambahkan Ion Sistem larutan yang kita peroleh memiliki muatan total (dalam kondisi nyata selalu netral). keperluan ini yaitu

+8e (dari komposisi

asam amino), untuk itu kita perlu menambah ion negatif agar menjadi netral

genion. Genion

Gromacs

sudah menyediakan alat untuk

akan membaca topology dan mengganti

air dengan sejumlah ion diinginkan oleh user. Sebelum itu kita perlu mengenerate le input untuk running (.tpr), yang berisi semua parameter setiap

atom. Hal yang dapat dilakukan dengan tools membutuhkan le parameter running

namics parameters ), sehingga dapat kita gunakan input sederhana misalnya

untuk minimisasi energi (terlampir le
grompp

grompp. Namun pre-prosess ini (.mdp) untuk Gromacs (molecular dyions.mdp).

Eksekusinya:

i o n s . mdp

1 AKI_solv . g r o

t o p o l . top

ions . tpr

lalu dapat kita jalankan genbox untuk menambahkan (-nn 8) ion negatif agar protein menjadi netral:
genion CL

s i o n s nn 8

. tpr

1 AKI_solv_ions . g r o

t o p o l . top

pname

NA

nname

Struktur Lysozyme terlarut dalam air (menggunakan VMD).

4. Minimisasi Energi Setelah kita dapatkan struktur terlarutnya, maka langkah selanjutnya adalah meminimisasi energi sistem sehingga sistem berada dalam kondisi relaksasi. Untuk itu langkah selanjutnya sama seperti sebelumnya, kita perlu menghasilkan le energi adalah
grompp

.tpr menggunakan grompp dengan parameter untuk meminimisasi (minim.mdp). Metode yang digunakan untuk meminimisasi energi

steepest descent.
minim . mdp

1 AKI_solv_ions . g r o

t o p o l . top

em . t p r

selanjutnya kita dapat melakukan simulasi MD dengan mengekseskusi perintah:

mdrun

v d e f f n m

em

karena waktu eksekusi tidak akan terlalu lama maka tidak perlu dilakukan paralelisasi. Proses minimisasi energi ini dapat kita analisa dengan melihat perubahan energi selama proses tersebut. Caranya dapat menggunakan perintah

g_energy yang dapat mengeluarkan parameter energi tersebut dari le kerluaran em.edr.
g_energy

em . e d r

p o t e n t i a l . xvg

kemudian ketik 10 0 pada prompt (potensial lalu exit). imisasinya (le potential.xvg).

Konvergen atau

tidaknya dapat kita lihat dari plot energi terhadap step atau waktu min-

5.

Equilibration
Minimisasi energi menghasilkan inisiasi awal yang baik berupa struktur dan geometrinya (misal orientasi pelarut). Sebelum melakukan simulasi MD yang sebenarnya terdapat langkah ekuilibrasi terlebih dahulu, antara ion pelarut dan protein. Kita akan membawa sistem kepada kestabilan pada temperatur dan tekanan yang kita inginkan. Ekuilibrasi dilakukan dalam dua tahap yakni NVT dan dan NPT. Tahap pertama kita lakukan ekuilibrasi NVT untuk menstabilkan sistem apda suhu kamar 300K, dengan parameter terlampir dalam

nvt.mdp.
c

Kita lakukan dengan waktu integrasi 100-ps dengan

integrator leapfrog. Eksekusi:

grompp

n v t . mdp

em . g r o

t o p o l . top

nvt . t p r

mdrun

d e f f n m

nvt

Kemudian untuk menganalisa kestabilan temperatur sistem dapat digunakan perintah:

g_energy

nvt . edr

t e m p e r a t u r e . xvg

Hasilnya dapat diplot untuk melihat kestabilan temperatur sistem (temperature.xvg):

Proses ekuilibrasi selanjutnya untuk menstabilkan tekanan dengan menerapkan ensemble NPT pada sistem. Parameter yang digunakan terdapat pada

npt.mdp

relatif sama dengan parameter sebelumnya, namun pada tahap ini

melanjutkan simulasi sebelumnya ( tekanan pada sistem. Eksekusi:

grompp

continuation ) dengan melibatkan coupling

nvt . cpt

n p t . mdp

nvt . gro

t o p o l . top

npt . t p r

mdrun

d e f f n m

npt

Kemudian untuk menganalisa kestabilan tekanan sistem dapat digunakan perintah:

g_energy

npt . e d r

p r e s s u r e . xvg

Kita juga dapat melihat rapat sistem dengan menggunakan perintah:

g_energy

npt . e d r

d e n s i t y . xvg

lalu ketik 22 0.

Hasilnya dapat diplot untuk melihat kestabilan tekanan (pressure.xvg) dan kerapatan sistem (density.xvg) di bawah ini. Hasil yang sangat uktiatif memang terjadi selama perhitungan sehingga untuk mendapatkan nilai rerata dan konevrgensinya dapat dilakukan menggunakan sederhana untuk melakukan ini kami buat (rmean.py) dan terlampir.

running mean.

Script

Plot tekanan sistem selama ekuilibrasi (merah) dan running mean -nya (biru).

Plot kerapatan sistem selama ekuilibrasi (merah) dan running mean -nya (biru).

6. Simulasi MD Setelah melakukan ekuilibrasi maka sistem sudah berada pada temperatur dan tekanan yang kita inginkan. posisi Sehingga selanjutnya dapat kita lepas

restraint -nya

untuk dilakukan simulasi yang diinginkan dan menda-

patkan data MD. Proses yang dilakukan selanjutnya untuk kasus ini adalah melakukan simulasi sepanjang waktu 1-ns dengan melanjutkan hasil simulasi NPT pada tahap sebelumnya, dan menggunakan metode integrasi yang sama yaitu leapfrog. Parameter MD lebih lengkapnya tertulis pada le

md.mdp.

Eksekusi yang dilakukan:

grompp

md . mdp

npt . g r o

npt . c p t

t o p o l . top

md_0_1 . t p r

jika kita menggunakan intah:

mdrun

single processor

maka dapat dijalankan dengan per-

d e f f n m

md_0_1

namun karena waktu integrasi yang lama, maka sebaiknya kita gunakan paralelisasi untuk mempercepat perhitungan. (3:1), maka dapat kita gunakan misalnya 8

processor

Karena nilai PME sebesar 0.26 (3:1, PP:PME, 6:2).

sehingga perintah yang dijalankan:

mpirun

np

mdrun_mpi

d e f f n m

md_0_1

Screenshot

proses

running :

Hasil dan Analisa

Hasil dari simulasi dapat kita analisis lebih lanjut sesuai kebutuhan kita. Untuk

trjconv yang dapat mengekstrak data koordinat, mengoreksinya adanya periodisitas (akibat
trjconv

kasus ini digunakan

tools

dasar dari

Gromacs (post-processing ).

Pertama adalah

periodic boundary ) untuk analisa trajectory.

f
md_0_1 . x t c

md_0_1 . t p r

md_0_1_noPBC . x t c

p b c

mol

u r

compact

jalankan perintah di atas lalu pilih 0-System untuk output.

Trajektori yang

sudah dikoreksi dapat dianalisa lebih lanjut, misalnya untuk melihat kestabilan strukturnya dapat kita olah RMSD (Root Mean Square Displacement) dari backbone protein. Perintah yang harus dijalankan:
g_rms

md_0_1 . t p r

md_0_1_noPBC . x t c

rmsd . x v g

t u

ns

lalu pilih 4 (Backbone) untuk perhitungan imisasi dan ekuilibrium:

least square

maupun RMSD. Hasil

output menunjukkan RMSD relatif terhadap sistem saat itu yang telah termin-

Apabila kita menginginkan perhitungan RMSD relatif terhadap struktur kristal awal maka dapat kita jalankan perintah:
g_rms

em . t p r

md_0_1_noPBC . x t c

rmsd_xtal . xvg

t u

ns

Kedua plot menunjukkan bahwa RMSD berada pada bahwa struktur ini sangat stabil.

0.1 nm, menandakan

Analisa selanjutnya dapat dilakukan dengan melihat nilai struktur protein ini.

Rg

(radius gyration)

Apabila protein stabil mengalami folding maka nilai

Rg

akan relatif tetap, sedangkan apabila protein membuka lipatannya maka nilainya (g_gyrate).
g_gyrate

akan berubah terhadap waktu.

Gromacs

telah menyediakan alat untuk analisa ini

md_0_1 . t p r

md_0_1_noPBC . x t c

g y r a t e . xvg

dapat dilihat dari perubahan nilai

Rg

bahwa protein tetap dalam kondisi stabil

selama simulasi, berada pada fase pepat (folded) selama 1 ns pada suhu 300 K.

10

Kesimpulan

Salah satu jenis simulasi MD telah dijalankan pada

Gromacs untuk kasus Lysozyme.

Hasilnya menunjukkan bahwa stuktur protein apabila diletakkan dalam air dengan suhu dan tekanan normal akan tetap stabil, setidaknya selama waktu integrasi. Analisa lain dapat dilakukan lebih mendalam dan suhu sistem dapat diubah untuk melihat bagaimana protein ini mengalami panaskan.

unfolding

seperti pada saat telur kita

11