3.

Protein. Protein (akar kata protos dari bahasa Yunani yang berarti "yang paling utama") adalah

senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari monomermonomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida. Molekul protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor. Protein berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. Protein merupakan pusat aksi dalam proses biologi. Diantara senyawa organik, protein mempunyai fungsi yang paling beragam, diantaranya 1. 2. Sebagai enzim, yang mengkatalisis semua reaksi kimia dalam metabolisma. Sebagai regulator, untuk aktivitas enzim (merupakan komponen dari enzim) ataupun sebagai mesenger kimia dalam hormon maupun reseptor untuk hormon tersebut. 3. 4. Sabagai transpor, berbagai senyawa penting seperti ion logam, O2, glukosa, lipid dan lain-lain. Berperan dalam gerak, seperti kontraksi serabut otot ataupun gerakan mekanis dalam pemisahan kromosom selama proses pembelahan sel. 5. 6. 7. Dibutuhkan untuk fungsi sensor, rhodopsin, protein dalam retina, diperlukan dalam proses sel syaraf. Berperan dalam sistem imun, immunoglobulin yang merupakan komponen penting dalam sistem pertahanan hewan tingkat tinggi. Bagian struktural, yang memberikan sifat karakteristik kuat, keras seperti collagen yang merupakan penyusun tulang, tendon maupun ligamen.

Fungsi protein hanya dapat difahami jika kita memahami struktur protein tersebut. Ada 4 tingkatan struktur protein seperti digambarkan pada gambar berikut:

. Gambar 3.1. Tingkatan struktur protein. 1. Struktur primer (1o structure) Menunjukkan urutan asam amino dalam suatu rantai polipeptida. Polipeptida bovine dari hormon insulin merupakan polipeptida pertama yang berhasil ditentukan urutan asam aminonya oleh Frederick Sanger tahun1953.

Gambar 3.2. Struktur Primer. 2. Struktur sekunder (2o structure) Adalah pengaturan lokal dari rangka ikatan peptida (C N) atau backbone dari suatu polipeptida. Struktur sekunder yang paling umum adalah heliks, memutar kekanan ataupun kekiri. Polipepetida yang mempunyai

struktur heliks membentuk putaran kekanan. Struktur heliks ini sering dijumpai pada protein fibrosa maupun protein globuler.

Gambar 3.3. Sruktur sekunder heliks

Gambar 3.4. Struktur heliks Pada protein globuler, setiap putaran terdiri dari 11 residu. Struktur sekunder lainya adalah struktur pleated sheet. Jika pada struktur heliks ikatan hidrogen terjadi di dalam polipeptida itu sendiri, ada struktur pleated sheet ikatan hidrogen terbentuk antara 1 polipeptida dengan polipeptida yang lain. Ada 2 macam sheet: pleated sheet paralel dan pleated sheet anti paralel. pleated sheet parallel jika ikatan hydrogen yang terbentuk antara polipeptida mempunyai arah yang berlawanan, sedang pleated sheet anti paralel ikatan hydrogen yang terbentuk searah.

Gambar 3.5. Struktur sekunder pleated sheet antiparalel dan paralel

Gambar 3.6. Struktur sekunder sheet Banyak protein fibrosa merupakan bahan struktural yang mempunyai fungsi bervariasi seperti: protektif, konektif maupun suportif. Contoh: Keratin, adalah protein yang secara mekanis sangat kuat dan secara kimia bersifat tidak reaktif. Keratin ini dijumpai pada semua vertebrata, khususnya pada lapisan luar epidermis yang sifatnya seperti tanduk misalnya rambut, tanduk, kuku, maupun bulu. Ada 2 macam keratin, keratin dijumpai pada mammalia, sedang keratin terdapat pada reptil dan burung.

Gambar 3.7. Keratin 3. Struktur Tersier (3o structure) Adalah pengaturan 3 dimensi dari protein tersebut, yaitu lipatan dari struktur sekunder bersama dengan pengaturan rantai sampingnya. Struktur tersier protein ini pertama kali ditemukan oleh John Kendrew dan kawankawan pada tahun 1950an, dengan mengamati struktur myoglobin ikan hiu menggunakan sinar X.

Gambar 3.8 Struktur tersier dari enzim. Satu sub unit dari enzim gliseraldehid 3P dehidrogenase dari Bacillus strearothermophilus. Polipeptida melipat ke dalam 2 domain yang berbeda. Domain pertama (residu 1 146, ditunjukkan oleh warna merah) berikatan dengan NAD+ (hitam) Domain kedua, ditunjukkan oleh warna hijau.

4. Struktur quartener (4o structure) Pengaturan suatu protein yang mempunyai 2 sub unit polipeptida atau lebih. Hasil penelitian menunjukkan bahwa interaksi antara satu polipeptida dengan polipeptida yang lain dalam suatu protein adalah spesifik. Struktur quartener protein ini biasanya terdapat pada protein dengan BM > 100 kD.

Gambar 3.7 Struktur quartener hemoglobin yang terdiri dari 4 sub unit 1 (kuning), 1 (biru muda), 2 (hijau), dan 2 (biru tua) dan gugus heme berwarna merah.