ENZIMOLOGI

( Bagian I )

Pendahuluan
Di dalam mahluk hidup berlangsung beraneka

ragam rangkaian reaksi biokimia yang dikenal sebagai jalur metabolisme.

Contoh: - jalur metabolisme pembentuk

energi

biologis (mis. glikolisis)

- jalur metabolisme pembentuk

bahan struktural penyusun jaringan

Pada lingkungan normal di dalam mahluk hidup kebanyakan reaksi biokimia berlangsung amat lambat sehingga tak mampu menunjang kehidupan

Pada dasarnya laju reaksi kimia dapat ditingkatkan dengan: meningkatkan kadar reaktan ( tak selalu dapat terlaksana pada mahluk hidup! ) meningkatkan suhu reaksi ( tak mungkin terjadi pada mahluk hidup! ) Solusi : pada mahluk hidup laju reaksi ditingkatkan dengan cara lain menggunakan katalis biologis (enzim)

Peningkatan laju reaksi oleh enzim Enzim Karbonik anhidrase Triosa fosfat isomerase Karboksipeptidase A Nuklease stafilococcus Laju reaksi tanpa enzim 1,3 x 10-1 4,3 x 10-6 3,0 x 10-9 1,7 x 10-13 Laju reaksi enzimatik 1 x 106 4300 578 95 Peningkatan laju reaksi 7,7 x 106 1 x 109 1,9 x 1011 5,6 x 1014

Enzim meningkatkan laju reaksi 106 -1014 x !

Enzim sebagai katalis

Katalis adalah senyawa yang dapat meningkatkan laju reaksi kimia dengan jalan memodifikasi mekanisme reaksi tanpa dikonsumsi oleh reaksi (pada akhir reaksi di dapatkan kembali secara utuh) Enzim merupakan katalis biologis (biokatalis) yang mangkatalisis raksi-reaksi biokimia Sebagai katalis, enzim memiliki ciri: Berujud protein dan sebagian kecil juga berupa RNA ( ribozim ) Spesifik (terhadap substrat/terhadap jenis reaksi kimia) Rentan terhadap pengaruh faktor-faktor tertentu

Keuntungan pengunaan enzim sebagai katalis

Reaksi berlangsung pada keadaan yang sesuai untuk mahluk hidup (suhu dan kadar substrat yang tak perlu tinggi, pH yang sesuai) Reaksi spesifik, tanpa produk sampingan Laju reaksi yang dapat dikendalikan, sesuai dengan kebutuhan

Struktur enzim
Secara kimiawi molekul enzim berujud protein (sebagian kecil enzim berupa RNAtidak dibicarakan di sini). Protein adalah makromolekul berupa rantai peptida yang terbentuk dari satuan-satuan asam amino yang terangkai oleh ikatan peptida. Urutan asam amino pada rantai peptida dinamai struktur primer protein. Rantai peptida akan melipat membentuk struktur sekunder berupa bentukan 3dimensi berujud heliks, -pleat, dan lipatan acak (random coil). Struktur sekunder melipat lebih lanjut

Metionin

Leusin

Aspartat

Tirosin

Rantai peptida

Ikatan peptida

Ikatan peptida

Struktur primer protein: Ikatan peptida merangkai unit-unit asam amino menjadi rantai peptida

 -Pleat

Heliks
Struktur sekunder (heliks dan -pleat) dan tersier proein

Beberapa rantai peptida berstruktur tersier dapat bergabung melalui ikatan non-kovalen membentuk protein berstruktur kuarterner. Sebagian enzim berujud protein tersier dan sebagian lagi berupa protein kuarterner yang terbentuk dari beberapa unit rantai peptida. Struktur sekunder, tersier dan kuarterner terbentuk oleh ikatan non kovalen yang relatif lemah, sedangkan struktur primer terbentuk oleh ikatan kovalen berupa ikatan peptida yang kuat.

Struktur primer

Struktur sekunder

Struktur tersier

Struktur kuarterner

Struktur primer, sekunder, tersier, dan kuarterner protein

Pengaruh fisika dan kimia dapat memutus ikatan lemah intramolekul sehingga mengubah konfigurasi tiga dimensi protein. Pengaruh yang lebih kuat dapat merusak struktur kuarterner, tersier dan sekunder protein sehingga mengakibatkan denaturasi protein. Perubahan struktur protein dapat mempengaruhi kerja enzim sehingga berdampak pada efektifitasnya sebagai katalis.

Struktur tiga demensi molekul enzim

Active site
Molekul enzim memiliki bagian yang secara tiga dimensi berbentuk celah, dikenal sebagai active site. Pada active site ini terikat substrat yang sesuai membentuk kompleks enzimsubstrat, ikatan berujud ikatan lemah (nonkovalen).

Kofaktor
Untuk dapat bekerja sebagai katalis, beberapa enzim memerlukan kofaktor Apoenzim (enzim asli=nya) + kofaktor = holoenzim Kofaktor dapat berupa: Koenzim, yang dapat berujud - Kosubstrat (koenzim): senyawa organik nonprotein yang terikat enzim melalui ikatan lemah, contoh NAD+ - Gugus prostetik: senyawa organik yang terhubung melalui ikatan kuat (ikatan kovalen) dengan enzim, contoh: Koenzim-A (CoASH) Aktivator ion logam, sepetti misalnya K+, Fe++, Cu++, Zn++, Mg++, Ca++.

Energetika reaksi kimia

Untuk dapat bereaksi, molekul-molekul senyawa kimia harus memiliki energi kinetik yang cukup Energi kinetik tersebut diperlukan untuk mencapai keadaan transisi Keadaan transisi adalah suatu keadaan di mana ikatan intra molekul menjadi tak stabil sehingga mudah terganggu dan selanjutnya dapat membentuk ikatan baru ( molekul baru) Energi yang diperlukan untuk mencapai keadaan transisi ini disebut energi aktivasi

Kurva perjalanan reaksi

Keadaan transisi

Energi aktivasi tanpa enzim

Energi
Reaktan CO2 + H2O

Energi yang dibebaskan selama reaksi

Produk H2CO3

Koordinat reaksi

Mekanisme kerja enzim

Pelibatan enzim akan menciptakan mekanisme reaksi alternatif dengan keadaan transisi yang memiliki tingkat energi yang lebih rendah Keadaan transisi berenergi lebih rendah menyebabkan energi aktivasi yang diperlukan menjadi lebih kecil Karena energi aktivasi lebih kecil, suhu reaksi yang diperlukan menjadi lebih rendah

Kurva perjalanan reaksi dengan enzim

Tanpa enzim

Energi aktivasi tanpa enzim

Energi

Dengan enzim Energi aktivasi dengan enzim Reaktan CO2 + H2O Keadaan transisi

Energi yang dibebaskan selama reaksi

Produk H2CO3

Koordinat reaksi

Spesifisitas enzim

Berbeda dengan katalis umum yang dapat mengkatalisis berbagai macam reaksi, enzim merupakan katalis spesifik yang hanya bekerja pada substrat atau jenis reaksi kimia tertentu saja Spesifisitas enzim ditentukan oleh ujud active site nya Untuk dapat mengkatalisis reaksi, substrat harus terikat pada active site Mekanisme pengikatan enzim-substrat dijelaskan menurut 2 hipotesis: Mekanisme lock and key

Mekanisme induced fit

Mekanisme lock and key

Menurut hipotesis ini struktur active site bersifat kaku dan tak dapat berubah bentuk Substrat memiliki struktur yang tepat komplementer dengan active site enzim (analogi anak kunci dengan kuncinya) Hipotesis ini menjelaskan spesifisitas enzim, namun tak dapat menjelaskan beberapa aspek mekanisme kerja enzim (mis. keadaan transisi)

Mekanisme lock and key

Active site ( Struktur active site tepat komplementer dengan substrat ) Produk

Substrat

Enzim Substrat mendekati Kompleks enzimactive site enzym substrat

Kompleks enzimproduk

Produk terlepas dari enzim

Mekanisme induced fit

Menurut hipotesis ini, walau memiliki afinitas terhadap substrat, struktur active site dalam keadaan aslinya tidak tepat komplementer dengan substrat Active site (dan keseluruhan molekul enzim-nya) bersifat lentur, dan setelah berikatan dengan substrat akan sedikit berubah bentuk sehingga akhirnya menjadi tepat komplementer dengan substrat Hipotesis ini menjelaskan dapat menjelaskan spesifisitas enzim tertentu yang agak longgar terhadap beberapa substrat sejenis Mampu menjelaskan mekanisme kerja enzim dengan mempengaruhi keadaan transisi

Mekanisme induced fit

Active site (Struktur active site tidak tepat komplementer dengan substrat) Produk Substrat Active site sedikit berubah bentuk saat beikatan dengan enzym

Substrat mendekati active site enzym

Kompleks enzimsubstrat

Kompleks enzimproduk

Produk terlepas dari enzim

Skema 3 dimensi mekanisme induced fit

Active site lentur dan sedikit berubah bentuk sehingga menjadi komplementer dengan substrat Active site Substrat

Perbandingan mekanisme lock and key dan induced fit

Active site

Mekanisme lock and key

Active site

Mekanisme induced fit

Konformasi keadaan transisi

Spesifisitas enzim
Terdapat beberapa derajat spesifisitas enzim:

-Spesifisitas relatif (spesifisitas jenis

ikatan/spesifisitas rendah)

- Spesifisitas moderat (spesifisitas

gugusan/spesifisitas struktural) tinggi/spesifisitas substrat)

- Spesifisitas absolut (spesifisitas - Spesifisitas optis (stereospecificity)

Spesifisitas relatif (spesifisitas jenis ikatan/ spesifisitas rendah) Satu enzim dapat bekerja pada beberapa substrat yang memiliki ikatan kimia sejenis. Contoh: enzim amilase dapat menghidrolisis ikatan 1-4 glikosidik yang terdapat pada amilum, glikogen, dan dekstrin

Spesifisitas moderat (spesifisitas gugusan/ spesifisitas struktural) Satu enzim dapat bekerja pada beberapa substrat yang memiliki ikatan kimia sejenis yang menghubungkan gugus/struktur sejenis. Contoh: enzim pepsin menghidrolisis ikatan-ikatan peptida di bagian dalam rantai peptida dengan syarat : salah satu asam amino yang membentuk gugus amino dari ikatan peptida yang bersangkutan adalah asam amino aromatik .

Spesifisitas absolut (spesifisitas tinggi/spesifisitas substrat) Satu enzim hanya bekerja pada satu substrat saja. Contoh: - Laktase, hanya bekerja pada laktosa - Arginase, hanya bekerja pada arginin

Spesifisitas optis (stereospecificity) Satu enzim hanya bekerja pada salah satu isomer optis dari suatu senyawa spesifik. Contoh: - -glikosidase hanya bekerja pada ikatan -glikosidik, dan tak bekerja pada ikatan -glikosidik.

- L-amino acid oxidase hanya bekerja pada L-asam amino, dan tak bekerja pada D-asam amino

Faktor-faktor yang mempengaruhi aktivitas enzim

Suhu pH Kadar enzim Kadar substrat

Pengaruh pH pada aktivitas enzim

pH dapat mempengaruhi ikatan antarmolekul enzim dengan substrat pH dapat mengubah ikatan intramolekul perubahan konformasi molekul enzim perubahan aktivitas Enzim hanya dapat bekerja pada rentang pH yang sempit pH dengan aktivitas enzim tertinggi dalam rentang tersebut dikenal sebagai pH optimum

Pengaruh pH pada aktivitas enzim

pH optimum pepsin pH optimum tripsin

Laju reaksi

pH reaksi

Pengaruh suhu pada aktivitas enzim

Suhu energi kinetik molekul probabilitas benturan antarmolekul dengan energi adekuat kecepatan reaksi (berlaku untuk semua reaksi Untuk enzim (protein): bila suhu kimia) terlampau tinggi denaturasi aktivitas hilang Suhu optimum: - suhu tertinggi untuk suatu enzim tertentu tanpa efek negatif akibat denaturasi

Pengaruh suhu pada aktivitas enzim

Suhu optimum enzim manusia Suhu pH optimum optimum enzim bakteria tripsinair panas

Laju reaksi

Suhu reaksi

Akhir bagian I