Tratat de Biotehnologie

Cap.2 Structura acizilor nucleici

STRUCTURA ACIZILOR NUCLEICI

2.1 INTRODUCERE
Trsturile (caracterele) ereditare se caracterizeaz prin capacitatea de a se transmite de la o generaie la cealalt. Caracterele ereditare sunt determinate de factorii genetici, iar totalitatea acestora alctuiesc genotipul unui organism. n timpul vieii oricrui organism genotipul acestuia funcioneaz (adic se exprim), iar din interaciunea genotipului cu mediul rezult manifestarea vizibil, denumit fenotip. Toate funciile unui organism, fie el unicelular, fie pluricelular, sunt ndeplinite cu ajutorul materialului genetic. Genetica este tiina care studiaz caracterele ereditare ale organismelor, structura i funcionarea acestora, modul n care se transmit la descendeni. Datorit dezvoltrii tehnicilor de studiu n ultimii douzeci de ani, n prezent genetica este reprezentat de un complex ntreg de tiine, de la citogenetic clasic, pn la inginerie genetic. Setul complet de informaie genetic dintr-un organism poart numele de genom. Cercetrile desfurate pe ntindere de aproape un secol au demonstrat c toate organismele descrise pe Terra pn n prezent au genom format din acizi nucleici. Mai mult dect att, la toate organismele, att cele procariote, ct i cele eucariote, au genomul format din ADN. Se poate deci spune c molecula ADN reprezint materialul genetic aproape universal pe Pmnt. O excepie notabil o reprezint anumite virusuri, la care materialul genetic este reprezentat de molecule ARN. Viaa - flux continuu de informaie Dintr-un anumit punct de vedere, viaa ar putea fi definit i ca un flux continuu de informaie. Astfel, materialul genetic conine informaie pentru: formarea tuturor structurilor unei celule pentru diferenierea unor diverse tipuri de celule i esuturi pentru desfurarea tuturor reaciilor biochimice i, n final, fiziologice multiplicarea celulelor i pentru nmulirea organismelor pentru moartea celular i chiar i pentru moartea unui organism ntreg

2.2 STRUCTURA PRIMAR A ACIZILOR NUCLEICI

Acizii nucleici reprezint molecule foarte complexe, produse att de organisme vii (celule), ct i de virusuri. Denumirea de acizi nucleici se datoreaz faptului c prima oar au fost izolate din nuclei de celule. Cercetri ulterioare au dovedit ns faptul c anumite tipuri de acizi nucleici nu se gsesc n nucleu, ci n citoplasm. n ansamblu, acizii nucleici ndeplinesc dou funcii biologice majore: - transmit informaia ereditar de la o generaie la alta - conin informaie pentru producerea de proteine specifice Exist dou categorii majore de acizi nucleici : acid deoxiribonucleic (pe scurt, ADN) i acid ribonucleic (pe scurt, ARN). O molecula de acid nucleic este format din uniti de baz, numite nucleotide, legate ntre ele prin legturi chimice de tip covalent (legturi fosfodiesterice). Fiecare nucleotid este alctuit din 3 categorii de molecule, i ele legate ntre ele (Figurile 2.2 i 2.3):

34

Tratat de Biotehnologie

Cap.2 Structura acizilor nucleici

baz azotat pentoz (un zahar format din 5 atomi de carbon) un rest de radical fosforic Att n structura ADN, ct i n ARN, exist 4 tipuri majore de baze azotate: adenin, timin, citozin, guanin - n ADN adenin, uracil, citozin, guanin - n ARN Adenina i guanina sunt baze azotate derivate din structura purinei i, ca atare, mai sunt numite i baze purinice (sau, simplu purine). Timina, citozina i uracilul sunt derivate din structura pirimidinei baze pirimidinice/pirimidine (Figura 2.2). n mod curent, cele 5 baze azotate se prescurteaz A, T, C, G i, respectiv, U. Pentoza este, fie riboz n ARN, fie deoxiriboz n ADN (Figura 2.4) Formarea nucleotidelor Baz azotat + pentoz = nucleosid de ex. A + pentoz = adenosina nucleosid + radical fosforic = nucleotid de ex. adenosin + radical fosforic = acid adenilic
Figura 2.1 Clasificarea nucleosidelor i a nucleotidelor.

Denumirea nucleosidelor i a nucleotidelor

Baze azotate Purine Adenin (A) n ARN n ADN adenosina Deoxiadenosi-n AMP, ADP, ATP dAMP dADP dATP acid adenilic acid deoxiadenilic Guanin (G) guanosin deoxiguanosin GMP, GDP, GTP dGMP dGDP dGTP acid guanosilic acid deoxiguanosilic Pirimidine Citozin (C) Uracil (U) Timin (T) citidin uridin deoxicitidina Deoxitimidin CMP, CDP, CTP UMP, UDP, UTP dCMP dCDP dCTP acid citidilic acid deoxicitidilic dTMP dTDP dTTP acid uridilic acid deoxitimidilic

Nucleoside

Nucleosid mono-, di-, trifosfai (n ARN)

Deoxinucleosid mono-, di-, trifosfai (n ADN) Nucleotide n ARN n ADN

Figura 2.2 Toate nucleotidele au acelai plan general de structur. (a) Structura chimic a riboadenozin 5monofosfatului (AMP), nucleotid prezent n moleculele ARN. (b) Structura chimic a celor 2 zaharuri prezente n moleculele de acizi nucleici: riboza n ARN i 2-deoxiriboza n ADN.

35

Tratat de Biotehnologie

Cap.2 Structura acizilor nucleici

Figura 2.3 Structura chimic a principalelor baze azotate din acizii nucleici. Azotul din poziia 9 (N9) al purinelor i azotul 1 (N1) al pirimidinelor se leag la carbonul din poziia 1 (C1) al unei molecule de riboz sau deoxiriboz.

2.3 STRUCTURA SECUNDAR A ACIZILOR NUCLEICI

Nucleotidele se leag ntre ele prin legturi fosfodiesterice ce se formeaz ntre o pentoz a unui nucleotid i radicalul fosforic al nucleotidului urmtor. Asemenea lanuri de nucleotide poart numele de catene polinucleotidice i reprezint structura primar a unui acid nucleic. Astfel de molecule sunt, deci, monocatenare (prescurtat m.c.) Mai toate tipurile de acizi ribonucleici (ARN) sunt formate dintr-o singur caten polinucleotidic, n timp ce majoritateta moleculelor de ADN sunt alctuite din dou catene polinucleotidice, avnd astfel i o structur secundar. Asemenea molecule sunt dublucatenare (prescurtat d.c.). Formarea unor molecule de acizi nucleici dublucatenare respect o serie de legi chimice, ce poart numele cercettorului care le-a descris prima oar Chargaff (vezi caseta cu Legile lui Chargaff).

Figura 2.4 Reprezentare schematic a unei poriuni dintr-o molecul de ADN d.c.

36

Tratat de Biotehnologie Legile lui Chargaff

Cap.2 Structura acizilor nucleici

1. cele 2 catene polinucleotidice sunt complementare una fa de cealalt

Aceasta nseamn c unei adenine de pe una din catene i corespunde o timin pe cealalt caten, de care se leag prin 2 legturi de hidrogen (A = T); se spune, deci, c adenina este complementar cu timina. n mod similar, guanina este complementar cu citozina, de care se leag prin 3 legturi de hidrogen (G C). Se deduce c legturile de hidrogen permise sunt: A = T i G C n moleculele de acizi nucleici dublucatenare dar formate dintr-o caten ADN i o caten ARN (asemenea molecule hibrid se formeaz de obicei n procesul de transcriere genetic), adeninelor din catena ADN le corespund n catena ARN molecule de uracil. i n acest caz se fromeaz tot 2 legturi de hidrogen: A = U.

2. ntr-o molecul de acid nucleic d.c. purinele sunt n raport echimolar cu pirimidinele
Aceast regul este, de fapt, o consecin a primei legi. Astfel, dac oricrei A de pe una din catene i corespunde o T pe cealalt caten i oricrei G i corespunde o C, atunci numrul moleculelor de adenin este egal cu numrul celor de timin, adic A = T i, respectiv, G =C De aici, prin adunarea celor dou ecuaii, se deduce: A + G = T + C Deci, numrul purinelor dintr-o molecul de acid nucleic d.c. este egal cu numrul pirimidinelor. Altfel spus, cele dou tipuri de molecule se afl n raport echimolar.

3. cele dou catene polinucleotidice dintr-o molecul de acid nucleic d.c. sunt antiparalele
O caten polinucleotidic are dou capete: la un capt se afl carbonul din poziia 5 (C5) al unei pentoze, iar la cellalt capt se afl carbonul din poziia 3 (C3) al unei alte pentoze. n interiorul unei celule o asemenea caten polinucleotidic este sintetizat chiar n aceast direcie: 5 3. Cele 2 catene polinucleotidice ale unei molecule d.c. sunt n orientri inverse una fa de cealalt: capul 5 al fiecreia corespunde cu capul 3 al celeilalte. Cele 2 catene sunt antiparalele.

Figura 2.5 Dou reprezentri ale dublului helix ADN. (a) Dublu-helix ADN de form B. Scheletul glucido-fosforic (n gri i marcat cu linii roii) se afl la exteriorul helixului. Bazele azotate se afl la interior. Sunt marcate curbura major i cea minor a helixului. (b) Structura schematizat a unui ADN dublu-helix. Cele dou schelete glucido-fosforice (n verde nchis i deschis) sunt n orientare invers: 5 3, fa de 3 - 5. Bazele azotate de pe cele dou catene sunt prezentate n albastru i rou.

37

Tratat de Biotehnologie

Cap.2 Structura acizilor nucleici

2.4 ADN - ELICEA VIETII

Datorit formei spaiale a nucleotidelor cele 2 catene polinucleotidice dintr-o molecul d.c. se dispun spaial una fa de cealalt ntr-o form de elice (dublu helix), nvrtindu-se una n jurul celeilalte i amndou n jurul unui ax central. Aceast dispunere formeaz structura teriar a unei molecule de acid nucleic d.c. n arhitectura unei asemenea molecule, la exterior se gsec cele 2 schelete glucido-fosforice ale catenelor, iar spre interior sunt bazele azotate. Perioada modern a biologiei moleculare a nceput n 1953, cnd James Watson, Francis Crick i Maurice Wilkins au propus modelul de structur dublu-helical a ADN. Toate cercetrile ulterioare au demonstrat corectitudinea acestui model (Figurile 2.4 i 2.5). Un dublu-helix de acid nucleic prezint o serie de parametri fizici, denumii parametri helicali (vezi caseta cu parametri helicali). Parametri helicali n = numrul de nucleotide per tur de spir (de elice) h = distana dintre perechile de nucleotide adiacente P = pasul elicei i este distana traversat de-a lungul axei helixului de un tur complet de spir (adic de o rotaie de 360o). P poate fi exprimat n raport cu numrul de nucleotide dintr-un tur (n) i cu distana dintre 2 nucleotide n procesul de rotaie (h) t = unghiul de rsucire sau de rotaie a perechile de baze azotate; acestea nu sunt perfect perpendiculare pe axa helixului (sau, altfel spus, dou perechi de baze adiacente nu sunt coplanare), ci sunt nclinate cu un unghi de rsucire t care, de obicei, este 34,6o. Aceaste este de fapt cauza pentru care cele dou catene se rsucesc una n jurul celeilalte, formnd o structur de dublu-helix. Valorile acestori parametri pot varia ntre anumite limite i determin mai multe forme topologice ale moleculei de ADN d.c. Forma B reprezint conformaia cel mai des ntlnit n celule. Are un diametru de aproximativ 20 Angstrom (), iar distanele dintre perechile de baze este de aproximativ 3,4 . n aceast conformaie exist o medie de 10,4 baze azotate per tur de spir, iar unghiul de rotaie dintre 2 baze adiacente este de +34,6. Forma A se ntlnete n celule n regiunile dublucatenare ale moleculelor de ARN i n dubluhelixurile hibride ADN ARN ce se formeaz n procesele de transcriere genetic. Are un diametru de aproximativ 23 A, 11 baze per tur de spir i un unghi de +34,7. Forma Z este mai subire (un diametru de 18A), 12 baze per tur i un unghi de -30 ntre ele. Datorit acestui lucru, formele A i B sunt denumite de dreapta, iar forma Z este de stnga.

Figura 2.6 Reprezentarea schematic a celor 2 forme principale de ADN d.c.

38

Tratat de Biotehnologie

Cap.2 Structura acizilor nucleici

Figura 2.7 Denaturarea i renaturarea moleculelor de ADN dublu-catenare.

Figura 2.8 Variaia absorbanei n denaturarea termic a ADN. (a) Denaturarea (topirea) moleculelor de ADN d.c. poate fi monitorizat prin variaia absorbanei n lumin ultraviolet 260 nm: pe msur ce ADN denatureaz, absorbana crete pn aproape de dublu. Temperatura la care jumtate din molecule sunt denaturate poart numele de temperatur de topire (Tm). (b) Valoarea Tm depinde de coninutul n guanin i citozin a moleculelor de ADN d.c.: cu ct procentul molar de guanin citozin (%molGC) este mai mare, cu att este mai mare i valoarea Tm.

Moleculele de ADN d.c. pot fi lineare sau circulare (Figurile 2.9 i 2.10). Astfel, cromozomii la organismele eucariote, dar i o serie de plasmide, sunt alctuite din molecule de ADN d.c. linear. Cromozomul bacterian, precum i o serie de plasmide bacteriene, sunt alctuite din molecule de ADN d.c. circular.

Figura 2.9 Molecul de ADN d.c. linear.

Figura 2.10 Molecul de ADN d.c. circular.

39

Tratat de Biotehnologie

Cap.2 Structura acizilor nucleici

2.5 SUPRARASUCIREA MOLECULELOR DE ADN

Moleculele de ADN se gsesc n celule ntr-o stare de suprarsucire. Astfel, prin convenie internaional, se numesc suprarsuciri negative cele ce sunt in direcie invers fa de orientarea bazelor din B-ADN. Cu alte cuvinte, o molecul ADN ce prezint suprarsuciri negative, are un grad mai mare de relaxare. Suprarsucirile in aceeai direcie cu cele naturale dintr-o molecul B-ADN se numesc suprarsuciri pozitive i produc o nfurare mai mare a moleculei de ADN. Este important de reinut faptul c gradul de rsucire a moleculelor de ADN influeneaz esenial o serie de procese celulare: - in comparaie cu cromozomii eucariotelor, cromozomul bacterian este mult mai mic; cu toate acestea, aceast molecul de ADN ce reprezint cromozomul bacterian nu ar ncpea n celula bacterian dac nu ar fi suprarsucit i mpachetat - diverse procese, ca replicare, transcriere, recombinare precum i repararea moleculelor de ADN, presupun dersucirea local a moleculelor de ADN

2.6 ACIZII RIBONUCLEICI

Pe de o parte, acizii ribonucleici reprezint materialul genetic al anumitor tipuri de virusuri (numite virusuri ARN). Pe de alt parte, n celule, moleculele de ARN ndeplinesc diverse funcii metabolice, dintre care cele mai importante sunt legate de traducerea informaiei genetice din secven de nucleotide n secven de aminoacizi, adic n sinteza de proteine. Din punct de vedere chimic, exist trei diferene majore ntre acizii ribonucleici i ADN: - zaharul din ARN (riboza) conine o grupare hidroxil n plus fa de deoxiriboz (prezent n ADN); - n majoritatea moleculelor de ARN timina din ADN este nlocuit cu uracil; - n cele mai multe cazuri, moleculele de ARN sunt formate dintr-o singur caten polinucleotidic, spre deosebire de majoritatea moleculelor de ADN, care sunt dublu-catenare; chiar i moleculele de ARN monocatenare pot forma structuri secundare i teriare (Figura 2.11); - unele molecule de ARN (n mod special, ARNt) mai conin i o serie de baze azotate modificate, de exemplu pseudouridina, dihidrouridina, riboziltimina, inozina. Cele mai importante tipuri de acizi ribonucleici dintr-o celul sunt ARN mesager, ARN de transfer i ARN ribozomal.

ARN mesager (ARNm)

este o molecul intermediar ce reprezint o copie a uneia din cele 2 catene ale unei gene ce codifica pentru o protein

ARN de transfer (ARNt)

este un intermediar n sinteza proteic; fiecare molecul de ARNt are o zon de 3 nucleotide numit anticodon, iar pe de alt parte, la unul din capete se leag de un anumit aminoacid

ARN ribozomal (ARNr)

este un component major al ribozomilor, intervenind tot n sinteza de proteine

40

Tratat de Biotehnologie

Cap.2 Structura acizilor nucleici

Toate moleculele de ARN dintr-o celul iau natere printr-un proces numit transcriere genetic. Molecula rezultat poart numele de transcript primar i este ulterior procesat, n funcie de gena care a fost transcris, pentru a deveni ARNm, ARNt sau ARNr. Moleculele de ARN au un rol central n exprimarea genelor. Iniial, aceste molecule au fost descrise ca intermediar n sinteza proteic; ulterior ns, s-a constatat c exist multe clase de ARN ce ndeplinesc roluri complexe n diverse etape ale exprimrii genelor. Implicarea moleculelor de ARN n foarte multe funcii celulare i, n mod special n expresia genic, reprezint unul din argumentele majore n sprijinul teoriei conform creia, n fazele iniiale ale apariiei i evoluiei sistemelor biologice, ARN ar fi reprezentat componenta activ n meninerea i expresia informaiei genetice, i nu moleculele de ADN, care probabil au aprut mult mai trziu; se vorbete deci, de o aa-zis lume ARN.

Figura 2.11 Structuri secundare (a) i teriare (b) n moleculele de ARN; aceste structuri se formeaz pe baza existenei unor zone cu complementaritate intracatenar. (dupa Lodish, 2000)

41