Klasifikasi , Taksonomi Virus & Inang Virus

Prinsip Taksonomi Virus 1971 International Committee for Taxonomy of Viruses mengembangkan suatu bentuk system klasifikasi yang mengelompokkan berdasar: Tipe asam nukleat Nucleic acid strandedness (double or single stranded) Sense dari genom ssRNA (+/-) Ada atau tidak adanya envelope Inang

 Karakteristik lain meliputi:

Inang : tanaman, hewan, bakteri,insekta, fungi) Asam nukleat : DNA/RNA, ss/ds

Simetri CAPSID (icosahedral, helix, )

Diameter capsid , nukleokapsid Adanya envelop jumlah capsomer pada virus yang icosahedral

 Sifat imunologis Jumlah gen dan map gen Lokasi intraseluler dari replikasi virus

Ada atau tidak adanya DNA intermediate dalam

replikasi virus ssRNA. Tipe pembebasan virus Menyebabkan penyakit, gambaran klinis, cara berpindahnya

KLASIFIKASI VIRUS
A. Berdasarkan

jenis sel inangnya, virus diklasifikasikan dalam kelompok yaitu: 1. Bacteriophaga 2. Vrus Hewan 3. Virus Tumbuhan

Bacteriophaga
Virus bakteri adalah virus yang sel inangnya merupakan sel bakteri. Virus bakteri mengandung materi genetik berupa DNA. Contoh virus bakteri: E.coli

Kriteria penting pada Bacteriophage

morfologi dan asam nukleat Sebagian besar bacteriophage mempunyai double-

stranded DNA (dsDNA), disamping single-stranded DNA (ssDNA) dan virus RNA Sebagian besar dapat digolongkan dalam : tailless icosahedral, contractile tails, noncontractile tails, and filamentous viruses

REPLIKASI BAKTERIOFAG bakteriofag memiliki dua siklus hidup yaitu: 1) Siklus Litik Diakhiri dengan lisisnya dinding sel inang dan kematian sel inang akibat dari virus mensintesis enzim lisozim yang menyebabkan runtuhnya dinding sel inang.

Secara umum replikasi virus terdiri dari beberapa tahapan :

1.

2.
3. 4.

5.

adsorpsi (Pelekatan) penetrasi dan uncoating Biosintesis Pendewasaan pelepasan

Figure 13.11: The lytic cycle of a T-even bacteriophage

Bacterial Bacterial Capsid DNA cell wall chromosome Capsid (head)

Sheath

1 Attachment: Phage attaches to host cell.

Tail Baseplate Pin Cell wall Plasma membrane

Tail fiber

2 Penetration: Phage penetrates host cell and injects its DNA.

Sheath contracted

Tail core

3 Biosynthesis: Phage DNA directs synthesis of viral components by the host cell.

Tail

DNA

4 Maturation: Viral components are assembled into virions.

Capsid

5 Release: Host cell lyses, and new virions are released.

Tail fibers

Siklus Litik 1. Adsorpsi/pelekatan Proses melekatnya virion pada permukaan sel inang yang diperantarai oleh interaksi spesifik antara virus dengan reseptor (protein,polisakarida,lipoprotein,glikoprotein)
2. Penetrasi dan uncoating

Masuknya genom virus ke dalam sel inang.Virus memasukkan materi genetik(DNA) ke alam sel.Pelepasan selubung berlangsung melalui serabut ekor faga yang berkontraksi sehingga terjadi cengkeraman pada bagian spike pada membran sel bakteri

Biosintesis Protein dan asam nukleat virus disintesis Fase eclipse: tidak ada virion yang dihasilkan dari sel yang terinfeksi 4. Pendewasaan Kapsid dan DNA faga dirakit menjadi virion 5. Pelepasan/pembebasan Virion dibebaskan dari sel. Faga memerintahkan untuk memproduksi lisozim yang mencerna dinding sel bakteri, plasma membran pecah dan sel lisis
3.

Burst time: Waktu dari mulai penempelan atau pelekatan sampai pembebasan virion baru (20-40 menit). Burst size: Jumlah partikel faga baru yang berasal dari unit tunggal (biasanya mencapai 50-200 partikel).

2)

Siklus Lisogenik Siklus Lisogenik merupakan siklus hidup virus dimana virus terintegrasi dengan DNA inang

1.

2.
3.

4.

Pelekatan dan penetrasi: Ekor virus melekat pada spesifik reseptor pada permukaan sel dan menginjeksikan DNA ke dalam sel Sirkularisasi: Faga DNA yang sirkuler masuk ke siklus litik atau lisogenik Integrasi: Phage DNA berintegrasi dengan kromosom bakteri dan membentuk prophage. Prophage tetap bersifat latent. Excision: Prophage DNA dipindahkan karena adanya stimulus ( chemicals, UV radiation) dan masuk ke siklus litik.

Virus Hewan

4.

Virus hewan/manusia sel inangnya sel hewan atau sel manusia. mengandung DNA dan RNA. Contohnya virus pada mulut dan kaki sapi virus rabies pada anjing.

REPLIKASI VIRUS HEWAN

1.

2.

Attachment /adsorption: Virus melekat pada receptor specific (protein atau glycoprotein) di permukaan sel. Penetrasi: Mekanisme masuknya seluruh virion melalui Pagositosis yang disebut VIROPEKSIS yang diikuti oleh pelepasan selubung (kapsid) Virus masuk ke dalam sel melalui satu dari proses: Fusi langsung dengan sel membran Endocytosis melalui clathrin coated pit

Keterangan Gambar

(A) Beberapa virus berenvelop seperti HIV, melebur (fusi) dengan membran plasma inang, untuk membebaskan capsidnya ke dalam cytosol (B) Virus beramplop yang lain, seperti virus influenza, pertama melekat pada reseptor di permukaan sel, virus beramplop berfusi dengan membran endosome, melepaskan nukleokapsid ( biru) ke dalam cytosol

C).Poliovirus, virus tidak beramplop, melekat pada reseptor (hijau) permukaan sel inang dan selanjutnya membentuk pori di membran sel inang , mendorong genom RNA (biru) D) Adenovirus , virus tidak beramplop yang lain, menggunakan strategi yang lebih komplek. Ini mempengaruhi endositosis. Selanjutnya mengganggu membran endosom, membebaskan bagian kapsid ke cytosol. Akhirnya capsid mengkaitkan ke dalam lubang inti dan membebaskan genom DNA (merah) secara langsung ke nukleus. 2002 by Bruce Alberts, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts,
and Peter Walter, Molecular Biology of the Cell, 4th ed.

3. Uncoating: Protein capsid dipisahkan dari asam nukleat virus. Melibatkan lisosome ,cytoplasma ataupun enzim virus 4. Fase Sintesis meliputi: Sintesis protein virus dalam cytoplasma Replikasi genom virus Virus DNA di dalam nukleus Virus RNA di cytoplasma Membebaskan partikel progeni virus

Pada fase sintesis dibedakan: Early Period: sintesis protein yang diperlukan untuk replikasi material genetik virus Late period: replikasi asam nukleat dan sintesis capsid serta protein envelop

5. Pelepasan progeny virions ada dua mekanisme:

A. Lysis sel: Virus telanjang dan pox virus meninggalkan sel dengan memecahkan membran sel. Sel inang mati Contoh: Poliovirus
B. Budding:

Virus beramplop memasukkan protein virus pada daerah membran yang spesifik dan muncul melewati membrane. Sel inang tidak mati. Contoh: Human Immunodeficiency Virus

 Perbedaan replikasi Virus hewan dan

bacteriophag? Perbedaan siklus litik dan lisogenik? Apa yang dapat dimanfaatkan dari siklus lisogenik pada perkembangan bidang kedokteran

Bakteri

Virus

Parasit intraseluler Membran plasma

Binary fission Melewati filter bakteria Mempunyai DNA dan RNA ATP Ribosom Sensitif pada antibiotik Sensitif pada interferon

Bacteriofag
Penempelan penetrasi uncouting biosintesis pelepasan

Virus hewan

3. Virus Tumbuhan

sel inangnya adalah tumbuhan sebagian besar mengandung RNA

Virus memproduksi protein, merakit secara spontan Penyebaran virus melalui sistem vaskuler Virus menyebabkan beberapa perubahan sel, seperti pembentukkan inklusi bodi dan degenerasi chloroplast

Postulat Koch dapat diaplikasikan terhadap penyakit virus 1. Virus harus menyertai penyakit 2. Virus harus dapat diisolasi dari tumbuhanyang sakit Terpisah dari kontaminan Memperbanyak diri dalam inang perkembangbiakan Dapat dimurnikan secara fisiko kimia Dapat diidentifikasi sifat-sifatnya

Apabila diinkulasi ke dalam tumbuhan inang yang sehat, harus dapat kembali menghasilkan penyakit yang serupa 4. Virus yang sama harus dapat ditunjukkan ada di dalam tumbuhan percobaan dan harus dapat direinokulasi kembali
3.

1892 D. lvanovski Melewatkan agensia tobacco mosaic pada Chamberland filter, yang sekarang dikenal sebagai Tobacco Mosaic Virus (TMV)--- sel hidup? 1898, M. Beijerinck Dengan konsepnya bahwa virus berukuran kecil dan infeksius. Agensia infeksius tersebut dikenal sebagai contagium vivum fluidum.

Fig. 19-2

RESULTS

1 Extracted sap

2 Passed sap

3 Rubbed filtered

from tobacco plant with tobacco mosaic disease

through a porcelain filter known to trap bacteria

sap on healthy tobacco plants

4 Healthy plants

became infected

 Kharakteristik virus tumbuhan

Sangat kecil . dilihat dengan mikroskop electron 2. Partikel virus (virion) tersusun oleh Asam nukleat sebanyak 5 40%, tergantung jenis virus Tipe asam nukleatnya RNA, tetapi beberapa terdiri dari DNA. Asam nukleat single- atat double-stranded Protein ( capsid) 60 to 95% tergantung virus. Capsid melindungi virus terhadap panas, enzim, UV dan agensia yang menyebabkan denaturasi.
1.

Bentuk a. Rigid rods - long, straight rods with nucleic acid core and protein coat. Raw spaghetti. Ex: Tobacco Mosaic Virus (TMV) is 15 x 300 nm. b. Flexuous rods - long curved rods with nucleic acid core and protein coat. Cooked spaghetti. Ex: Citrus Tristeza Virus is ca 2,000 nm long. c. Short rods (aka. Rhabdoviruses) - truncated, bullet shaped. Ex: Potato Yellow Dwarf Virus (PYDV) is 75 x 380 nm.
3.

 . Eicosahedrons (20-sided isometric particles).

Formerly referred to as spherical viruses, because they appeared spherical in the earliest electron micrographs with poor resolution. Ex: Wound Tumor Virus (WTV) can vary in diameter from 17 to 60 nm

4. Virus

replication depends on "directions" contained in viral nucleic acid. Viruses code for their own enzymes (replicases) to replicate themselves. 5. Multi-component viruses - complete genetic information is carried in > particles. x: Tobacco Rattle Virus (TRV) - consists of two particles of different lengths. Can infect but unstable because it lacks the gene for protein coat. Carries info for protein coat. Virus is stable only when both are present.

B. Berdasarkan kandungan materi genetik

Jenis Asam
Nukleat Campak, cacar, myxomatosis pada kelinci, dan penyakit pada burung hantu. Herpes, Infeksi Mulut dan alat kelamin manusia, tumor Infeksi Usus & alat pernapasan manusia, konjungtivitis, dan Tumor. Kutil pada manusia dan kanker pada hewan

Nama Virus

Penyakit yang ditimbulkan

Poxivirus

Herpesvirus,

Virus DNA
Adenovirus

Papovirus.

Jenis Asam Nukleat

Nama Virus

Penyakit yang ditimbulkan

Parmyxovirus Myxovirus Retrovirus Rhabdovirus

Virus RNA

NCD (tetelo pada ayam) Influenza Tumor kelenjar susu, leukemia, AIDS dan sarkoma rous pada ayam Rabies Muntah dan diare Demam berdarah

Reovirus Togavirus

Picornavirus

Infeksi perut, hepatitis A.

poliomyelitis,

dan

C. jaringan yang biasa diserang Neurotropic : Japanese enchepalistis, St. louis

enchepalistis, Equine enchepalistis, Lymphocytic chorio meningitis Dermatotropic: Molluscum contangiosum, Rubella, Herpes, Variola (small pox) Viscerotropic : Infectious hepatitis, Colorado tick fever, serum hepatitis : yelow fever Pantropic : Cox sackie, Dengue Miscellaneous : Mumps, Influenza, Common cold

D. Berdasarkan tropisme dan cara penyebaran

Virus Enterik Virus respirasi Arbovirus Virus Onkogenik Hepatitis virus

E. Untuk saat ini klasifikasi virus dikelompokkan

hanya dari tingkat ordo sampai spesies Family: Picornaviridae (picornavirus family) Genus: enterovirus Species: poliovirus Coxsackievirus Genus: rhinovirus Species: rhinovirus

F. Klasifikasi Baltimore
Dirancang oleh David Baltimore

didasarkan pada mekanisme produksi mRNA.

Virus harus menghasilkan m RNA dari genom

mereka untuk memproduksi protein dan mereplikasikan dirinya sendiri untuk mencapai mRNA mekanisme nya berbeda Virus dapat diklasifikasikan ke dalam tujuh kelompok

Klasifikasi Baltimore

Kelas I : DNA untai ganda (double stranded) yang meliputi Replikasi terjadi di inti sel dan menggunakan protein seluler/ tergantung faktor-faktor seluler. Contoh: Adenoviridae, Polyomaviridae, Herpesviridae Replikasi terjadi di sitoplasma. Virus ini melibatkan semua faktor yang penting untuk transkripsi dan replikasi genomnya, dan membuat enzim sendiri untuk replikasi asam nukleat. Contoh: Poxviridae
1.

2.

Kelas II : DNA untai tunggal Replikasi terjadi di inti sel , melibatkan bentuk untai ganda intermediate sebagai cetakan untuk sintesis untai tunggal turunannya (melibatkan untai sense (-), yang berfungsi sebagai template untuk untai RNA (+) dan sintesis DNA, Contoh: Parvovoridae

3.

Kelas III: RNA untai Ganda (double stranded) Virus mempunyai genom yang tersegmentasi. Masing-masing segmen ditranskripsi secara terpisah untuk menghasilkan mRNA monosistronik Contoh: Reoviridae

Kelas IV: RNA untai tunggal (+) / RNA(single stranded (+) a. Virus dengan polisistronik m RNA dimana kelas ini genom RNA membentuk m RNA yang ditranslasikan untuk membentuk suatu polyprotein yang dipecah membentuk protein Contoh: Picornaviridae, Hepatitis A b. Transkripsi yang kompleks Contoh: Togavirus
4.

Kelas V: RNA untai tunggal (-) / RNA single stranded (-) a. Genom tersegmentasi. Contoh: Orthomuxovirus. Langkah pertama dalam replikasi adalah transkripsi RNA (-) oleh RNA polymerase yang tergantung RNA virion untuk menghasilkan mRNA monosistronik, yang berfungsi juga sebagai template untuk replikasi genom b. Tidak tersegmentasi . Contoh: Rhabdovirus. Replikasi terjadi seperti di atas dan dihasilkan monosistronik mRNA
5.

6.

Kelas VI : RNA untai tunggal(+) dengan intermediate DNA Contoh : Retrovirus. Genom untai tunggal (+) bersifat diploid dan tidak dipakai secara langsung sebagai mRNA tetapi sebagai template untuk reverse transcriptase (transkripsi balik) menjadi DNA

7.

Kelas VII: DNA untai tunggal dengan RNA intermediate Kelompok virus ini juga tergantung dari transkripsi balik, namun tidak seperti Retrovirus, hal ini terjadi di dalam partikel virus pada maturasi. Pada sel baru, peristiwa pertama yang terjadi adalah perbaikan dari genom gapped diikuti transkripsi

2.

Virus mikroorganisma eukariot protozoa dan jamur. mengandung RNA

Virus Fungi

 Mr. Hollings of Glasshouse Crop Research Institute,

USA untuk pertamakalinya mendapatkan hasil eksperimen mengenai virus yang ditemukan pada jamur Agaricus bisporus yang menyebabkan dieback disease pada tahun 1962. Karakteristik yang paling umum dari mushroom virus diseases yaitu kerusakan pada panen dan kehilangan kemampuan untuk menghasilkan mycelium.

 Morphology of Mycoviruses Bentuk basil, batang, filament Pada umumnya isodiametric dengan ukuran 25 and

50 nm (diameter) dan berat partikelnya 6-13 x 106 dalton. Memiliki double-stranded ribonucleic acid (dsRNA) The dsRNA segments are separately enclosed into identical capsids. This feature of mycoviruses differentiates them from plant and animal dsRNA viruses in which the genetic material segments are, usually, all enclosed in a single virion.

 Beberapa fungi penting yang mengandung

Mycoviruses yaitu :
Agaricus bisporus (25-50 nm)

Alternaria tenius (30-40 nm),

Aspergillus foetidus (40-42 nm) Penicillium brevicompactum (40 nm) P.chrysogenum (35 nm),

Virus Insekta

Tujuh familia dari virus: 1. Baculoviridae 2. Iridoviridae 3. Poxviridae 4. Reoviridae 5. Parvoviridae 6. Picornaviridae 7. Rhabdoviridae Merupakan virus yang menginfeksi insekta dan insekta merupakan inang utama

Beberapa insekta yang terinfeksi virus , dijumpai Inclusion bodies ( merupakan protein yang menutupi satu atau beberapa virion). Memproduksi inclusion bodies , untuk membantu transmisi
Bentuk Virus granulosis :

Protein granular , umumnya terdapat dalam sitoplasma

Virus

nuclear polyhidrosis dan cytoplasma polyhidrosis, menginfeksi dengan menghasilkan inclusion bodies dalam nukleus atau cytoplasma
sel

 Meskipun Baculoviridae, Iridoviridae, Reoviridae

sama-sama menghasilkan inclusion bodies, --------------beda familia

Virus cytoplasmic polyhedrosis adalah Reovirus:

Icosahedral, ds RNA
Virus nuclear polyhedrosis dan granulosis adalah

Baculovirus: bentuk batang, berenvelop, helix, ds DNA

Baculovirius Agensia biological control : 1. menyerang hanya invertebrata (spesifik inang) 2. Karena berperan dalam proteksi thd inclusion bodies, virus-vieus tersebut mempunyai kemampuan hidup ketika tersebar di lingkungan 3. Produk yang komersial , sejak diketahui ada dalam jaringan larva dengan konsnetrasi yang tinggi (1010 Virus per larva)