Objectives of Pharmacogenetics

1. 2.

Identify variation in response (Identifikasi

variasi respon)

Elucidate molecular mechanisms (Elusidasi

mekanisme molekular)

Pharmacogenomics
(Farmakologi molekuler)
Dra.Mayagustina Andarini,M.Sc,Apt

Introduction to

3. 4. 5.

Evaluate clinical significance (Evaluasi

signifikansi klinis)

Develop screening tests (Penyusunan tes skrining) Individualize drug therapy (Individualisasi terapi
obat)

Define Pharmacogenetics
The role of genetics in drug responses, refers to the study of genetic influences on an individuals response to drugs. In pharmacogenetics, the analysis of a specific gene, or group of genes, may be used to predict responses to a specific drug or class of drugs.
Pharmacogenetics adalah studi mengenai pengaruh genetik pada respon obat secara individual. Dalam pharmacogenetics, analisis spesifik gen, atau kelompok gen, dapat dipergunakan untuk melakukan prediksi respon obat tertentu atau kelompok suatu obat.

Farmakogenetik
Faktor-faktor yang berkontribusi dalam variasi respon obat:

jenis kelamin usia body mass diet terdapatnya obat lain yang sedang dikonsumsi penyakit lain yang sedang diderita bahan kimia atau toksin tertentu, seperti asap rokok faktor genetik juga berpengaruh pada respon obat. Introduction.mp4

Farmakogenomik
Cabang ilmu farmakologi yang berfokus pada pengaruh variasi genetik atas respon obat pada pasien dengan menghubungkan ekspresi gen atau single-nucleotide plymorphism (SNPs) dengan efikasi atau toksisitas obat. Farmakogenomik adalah aplikasi ilmu pengetahuan mengenai genom (genomics) untuk studi berbagai variasi manusia dalam merespon obat.
(Genom adalah keseluruhan bahan genetik yang membawa semua informasi pendukung kehidupan pada suatu makhluk hidup, baik yang merupakan gen atau bukan. Pada semua makhluk hidup, genom mencakup semua informasi genetik yang dibawa DNA, baik di inti sel (nukleus), mitokondria, maupun plastida)

Genomics: The study of gene organization

DNA is made of four basepairs:A,T,G,C Each gene is about 10,000 base pairs of DNA sequence. There are about 30,000-50,000 genes. There are 2.9 billion base pairs in the human genome, of which only 0.1% accounts for differences between individuals and 3% of which encode for genes.

Farmakogenomik
Efek dosis tertentu pada spesifik obat akan berbeda pada tiap individu. Obat yang efektif pada satu orang mungkin tidak mempunyai efek terapi yang sama pada orang lain, mungkin memperlihatkan respon yang berbeda; atau bahkan mungkin terjadi efek samping yang tidak diinginkan bagi orang lain.

Farmakogenomik
Using genetic information to predict whether a drug will help make a patient well or ill.

(Menggunakan informasi genetik untuk memprediksi apakah suatu obat akan membantu pasin menjadi lebih baik atau tidak)

What makes pharmacogenomics possible today?

1.

Pharmacogenomics as a field
Pharmacogenomics studies how genes determine interindividual variability in drug response. Combines many different fields: Genetics, genomics, molecular biology, pharmacology, pharmaceutics, toxicology, population biology, statistics. For Pharmacists: It may be used to predict how a patient may respond to drug, with the help of a genetic test.

2.

Sequencing of the human genome reveals 2.9 billion base pairs that are constant, narrowing down variability to about 3 million base pairs, of which 100,000 capture the full human variation and <10,000 may be pharmaceutically relevant. (Sekuensi genom manusia telah terungkap sebanyak 2,9 milyar base pair, variabilitasnya sekitar 3 juta base pair, 100.000 diantaranya merupakan varian dan <10.000 relevan secara farmasetikal) Advances in genome sequencing technology make possible addressing those individual base pairs. (Kemajuan teknologi untuk melakukan sekuensi genom memungkinkan identifikasi base pair genom secara individual). Automatization and miniaturization significantly drive down cost of DNA sequencing reaction. (Automatisasi dan miniaturisasi secara signifikan menekan biaya reaksi sekuensi DNA). Computer technology and computer networks facilitate handling of data. (Teknologi komputer dan jaringannya memberikan fasilitas proses data).

3.

4.

Current Impact
(Dampak pada saat ini)
1.

Genetika:
aspek yang menyangkut pewarisan sifat dan variasi sifat pada organisme Genes : unit of information encoding an inherited trait. Inheritance (Warisan): how traits are transmitted from parents to offspring Traits (Ciri Khas): characteristics of a person (from the color of the eyes Phenotype: The physical manifestation of to the response to drugs) genes: eye color, height, blood group,
Genotype: The actual genes we have.

Pharmacogenomics broadly adopted in drug discovery and development phases in the pharmaceutical industry.
(Farmakogenomik secara luas disertakan pada fase penelitian penemuan obat dan perkembangan obat di industri farmasi).

2.

Pharmacogenomics research heavily invested upon by public and private companies. (Penelitian Farmakogenomik sangat besar
diinvestasikan oleh perusahaan milik publik dan swasta)

3.

Pharmacogenomics seen as the future of medicine so called PERSONALIZED MEDICINE. (Farmakogenomik dipandang
sebagai prospek masa depan pengobatan yang disebut Pengobatan Individual)

GENOTYPES

Pharmacology: How drugs exert their effects on the body

Studies how drugs interact with cellular molecules, and act by inhibiting or stimulating that target molecule. (Studi bagaimana obat
berinteraksi dengan molekul seluler, dan bertindak menghalangi atau menstimulasi molekul target)

Most drug targets are proteins encoded by genes. (Kebanyakan

sasaran obat adalah protein yang disandikan sebagai gen)

Molecular Biology: How gene encode traits

Basic tenets of molecular biology
(Prinsip dasar biologi molekuler):
1.

Pharmaceutics
Studies how drug transport and distribution in the body influences drug efficacy and toxicity. yang mempelajari pengaruh transpor dan distribusi obat di dalam badan terhadap efikasi dan toksisitas).
(Studi

Genes are encoded in DNA (Gen disandikan dalam DNA). DNA is transcribed to RNA which is translated into protein (DNA ditranskripsikan pada RNA yang diterjemahkan ke dalam protein) . Proteins and RNA are the basic building blocks of cells and tissues, and comprise the molecular machinery of life. (Protein dan RNA adalah komponen dasar pembentukan sel dan jaringan, sebagai mesin molekuler kehidupan)

2.

Drug concentration in different body compartments determine where drug acts.

(Konsentrasi obat akan berbeda pada tiap kompartemen tubuh untuk menentukan di mana obat melakukan aksinya).

3.

Drug concentration varies with time after drug administration according to rate constants determining flux of drug into and out of tissue compartments. (Konsentrasi obat berubah-ubah sejalan dengan waktu setelah obat masuk ke dalam tubuh, sesuai konstan laji yang menentukan transpor obat masuk ke dalam dan keluar dari jaringan kompartemen)

Toxicology
Toxicology: Studies the ability of a drug to make a person sick (Studi
mengenai pengaruh obat yang merugikan bagi manusia).

While everything that goes into the body can have a good effect, it can also have bad effect. (Semua yang
masuk ke dalam tubuh bisa mempunyai efek baik, juga bisa mengakibatkan efek buruk)

QUESTION What are the driving forces behind pharmacogenomics?

(Apa yang mendorong penelitian mengenai farmakogenomik?)

Efficacy: Good effect (Efek baik) Toxicity:Bad effect (Efek buruk)

Population Biology
Population biology: studies gene combinations as they exist in the human population, how they arose, how they spread.
(Biologi Populasi : studi tentang kombinasi gen pada populasi manusia, bagaimana mereka meningkat dan berkembang biak)

Adverse drug reaction costs

Reasons: Prescription error, overdosing, drug interactions, population genetic variables.
(Kesalahan peresepan, overdosis, interaksi obat, variabilitas populasi genetik) Adverse drug effects are estimated to be the 5th or 6th cause of illness and death in the US. Costs estimates range between 30 to 150 billion a year. Adverse drug effects account for up to 7% of hospitalizations in US

Gene variation in the human population is not random; rather, gene variations are found in certain combinations that are more prevalent than others. (Variasi gen
pada populasi manusia tidak acak; namun ditemukan dengan kombinasi tertentu)

Drug interactions: Two or more drugs metabolized or eliminated by the same mechanism administered at same time can saturate mechanism, leading to toxicity.

Many drugs are intrinsically unsafe and could be made safer

Example
Anticoagulants: Anticancer: Pain killers: Statins Acetaminophen Warfarin
Paclitaxel

Variasi respon obat

Dua kelompok utama gen yang penting dalam mempelajari variasi respon obat. Farmakokinetik: cabang farmakologi yang dikaitkan dengan penentuan nasib obat dalam tubuh, yang mencakup absorbsi, distribusi, metabolisme dan ekskresi. Bagaimana metabolisme obat oleh enzim-enzim dan obat transporters, yang mempengaruhi bagaimana obat bekerja dalam tubuh. Farmakodinamik: Cara kerja obat , efek obat terhadap fungsi berbagai organ, dan pengaruh obat terhadap reaksi biokimia dan struktur organ obat, termasuk target-target obat seperti enzim, reseptor dan kanal ion, serta mekanisme mereka yang dihubungkan dengan efek di dalam tubuh.

Too little
clots, stroke
Cancer grows

Too much
bleeding/death
immunocytopenia

Morphine Lipitor Tylenol

No effect Addiction/death high cholestrol myopathy/death No pain relief Liver failure/death

Variasi respon obat

Faktor-faktor genetik berkontrobusi antara 20 sampai 95% dari variasi respon obat yang diteliti pada individu-individu.
Obat mengalami lima tahap setelah berada dalam tubuh, yaitu: 1. Absorpsi 2. Distribusi 3. Target interaksi (ikatan pada reseptor selular atau pada kanal ion) 4. Metabolisme 5. Eksresi dari tubuh. Secara teoritis, gen dapat berpengaruh pada tiap tahap di atas terhadap respon obat secara keseluruhan

Variasi respon obat

Contoh gen yang mempengaruhi Farmakokinetik obat adalah gen ABCB1, yang berkode drug transporters MDR1; variant ABCB1 dikorelasikan dengan resistensi pada efek obat seperti antiepilepsi phenytoin. Contoh gen yang mempengaruhi Farmakodinamik obat adalah gen CYP2C19, yang berkode enzim metabolik cytochrome p450. Variant CYP2C19 dikorelasikan dengan berkurangnya respon omeprazole, obat peptic ulcer dan gangguan gastrointestinal lain video PG 2 Variation in drug response.mp4

Variasi Farmakogenetik
What is SNPs.mp4

Implikasi Klinis
Efikasi dan toksisitas adalah dua aspek pokok respon obat dalam relevansi klinis.

Variasi genetik yang mempengaruhi aksi obat:

1.

Single nucleotide polymorphisms (SNPs atau disebut SNIP),

adalah variasi urutan DNA ketika single nucleotide A, T, C, atau G pada genom (atau urutan lain yang terbagi) berbeda di antara spesies-spesies (atau di antara kromosom yang dipasangkan dalam suatu individu). Misalnya, dua urutan fragmen DNA dari individu yang berbeda, AAGCCTA ke AAGCTTA, mengandung satu perbedaan dalam satu single nucleotide. Di kasus ini kita dapat mengatakan bahwa ada dua alel: C dan T. hampir semua SNPs biasanya hanya mempunyai dua alel.

Variasi Farmakogenomik
2.

Implikasi Klinis
Efikasi adalah respon manfaat atau terapi maksimum yang bisa dihasilkan oleh obat, dan merupakan ukuran keefektifan klinis. Dapat dipresentasikan dengan persentase pasien yang memperlihatkan respon terapi pada dosis standar yang diberikan.

Haplotypes

Satu set alel yang biasanya diwariskan bersama sebagai satu kelompok. Satu set alel dihubungkan berdekatan pada kromosom yang cenderung diwarisi bersama; biasanya digunakan untuk referensi ikatan gen pada kompleks histocompatibility utama. Umumnya merupakan predictor yang lebih baik pada respon suatu obat daripada SNPs yang terisolasi. Misalnya, jika respon obat tertentu Y berpengaruh oleh suatu bidang SNPs pada gen X, dan secara umum terjadi lima haplotypes (kombinasi-kombinasi SNPs) dalam suatu populasi, kemudian ada dua yang mungkin memberikan respon yang baik, satu dengan respon yang cukup baik, dan dua memberikan respon yang buruk. Dengan menggunakan ilustrasi yang real-life, ada dua variasi umum, C atau T, pada posisi spesifik dalam gen multi-drug transporter ABCB1. Kebanyakan individu akan mempunyai genotipe CC, CT atau TT yang berkaitan dengan SNP ini, dan genotipe CC terhubungkan dengan resistensi obat anti-epilepsi video PG 3 Variation.mp4

Implikasi Klinis
Toxicity adalah jumlah obat menyebabkan efek yang tidak diinginkan atau efek berbahaya, dan dipresentasikan sebagai persentase pasien yang memperlihatkan efek merugikan pada dosis yang diberikan. Kisaran dosis optimal untuk obat adalah jika efektivitas obat tersebut adalah paling besar dan toksisitasnya paling rendah.

Implikasi Klinis
Drug X Efficacy in an Individual Patient

Therapeutic index: Dose range at which drug shows highest efficacy and low toxicity

Implikasi Klinis
Drug-responders ekstrim dalam suatu populasi pasien cukup penting untuk dipertimbangkan:
1. 2.

Implikasi Klinis
Drug X Efficacy in Patient Population

Non-responders yang obat menjadi tidak efektif Adverse-responders yang obat menjadi memiliki efek samping yang
berbahaya. Jika hal di atas dapat diidentifikasikan sebelumnya pada individu-individu, maka pengobatan bisa diperbaiki; pada non-responders bisa ditambahkan dosisnya atau diberikan pengobatan alternatif lain, dan pada adverse responders bisa dikurangi dosisnya atau bentuk pengobatan yang lain.

Goal: Use genetic info to broaden drugs therapeutic index video PG 4 Clinical Implication.mp4

Implikasi Klinis
DoseX-%efficacy curve

Implikasi Klinis
Drug X Toxicity in Patient Population

Dose (mg/kg) 0

5 6

Implikasi Klinis
Drug X Toxicity for Individual Patient

Implikasi Klinis
DrugX-toxicity curve

Dose (mg/kg) 0

5 6

Implikasi Klinis
Drug X combined efficacy-toxicity curves

Implikasi Klinis
Efficacy-toxicity curves for safe drug

Dose (mg/kg) 0

5 6

9 Dose (mg/kg) 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9

Implikasi Klinis
Safe drug: large window

Implikasi Klinis
Unsafe drug: small window

Therapeutic window

Therapeutic window

10

Implikasi Klinis
Drug-Toxicity Curves for unsafe Drug

Implikasi Klinis
Use genetic info to enhance the therapeutic index

Dose (mg/kg) 0

5 6

Therapeutic index w/ PG

Implikasi Klinis
How can pharmacogenomics be used to enhance Therapeutic Index?
(Bagaimana Farmakogenomik dapat digunakan untuk meningkatkan Index Terapi ?)
1. 2.

Studi Farmakogenetik pada Kanker

Penggunaan yang paling banyak digunakan di bidang farmakogenetik adalah yang dalam terapi kanker. Kanker adalah penyakit karena peningkatan akumulasi mutasi yang berlipat ganda pada gen tertentu dalam sel, yang scara bersama beraksi untuk mengganggu cek dan kontrol terhadap fungsi seluler dan replikasi normal. Hal ini menyebabkan proliferasi sel yang tak terkendali dan tak diperlukan. Sel kanker mempunyai profil genetik yang jelas; genetika molekuler kanker memungkinkan untuk mengeksploitasi perbedaan antara sel biasa dan kanker yang merupakan target terapi. Masalah utama dalam kemoterapi konvensional adalah diperlukan bagaimana mencapai efektivitas yang rasional dan tingkat toksisitas yang substansial. Target obat atau terapi lain lebih dikhususkan pada sel tumor, sehingga menambah efektivitas dan mengurangi toksisitas.

Dont treat non-responders (patient stratification). Dont treat those most likely to be affected by toxicity (patient stratification). Adjust dose to maximize efficacy while avoiding toxicity for each individual patient (individualized therapy). (Menyesuaikan dosis agar terjadi efikasi maksimal, dan mencegah toksisitas untuk setiap individu pasien terapi invidual)

3.

11

Sel Kanker

Prospek Farmakogenetik
Saat ini, penelitian farmakogenetik sebagian besar terbatas untuk obat kemoterapetik, yang selektif untuk treatment secara optimal mempunyai dampak dalam biaya dan prognosis secara signifikan. Walaupun pengujian farmakogenetik secara teoretis bisa dipakai untuk obat yang lebih umum (seperti obat antidepresi), namun pembiayaan masih lebih tinggi dibanding manfaatnya. Namun demikian, suatu peningkatan pengetahuan mengenai pengaruh genetik atas aksi obat, dikombinasikan dengan teknologi baru yang mungkin dapat mengurangi biaya penelitian, membuat farmakogenomik menjadi mungkin khususnya jika pasien bisa diuji profil farmakogenetiknya sebagai bagian dari assesment medis yang rutin dan informasi ini disimpan untuk penggunaan di masa mendatang yang disebut

personalised medicine.

Studi Farmakogenetik pada Kanker

Herceptin adalah salah satu contoh obat dengan target genetik yang sangat dikenal (generik: trastuzumab). Terapi antibody-based (biologis) dipakai untuk pengobatan kanker payudara HER2 positif. Yaitu yang menghasilkan kadar tinggi human epidermal growth factor, ~20% dari seluruh kanker payudara. Sel kanker payudara yang menghasilkan kadar tinggi HER2, terstimulasi untuk mereplikasi dengan ikatan HER2. Herceptin secara kompetitif mengikat HER2, menghalangi growth factor binding dan menjadikan sel kanker dirusak sendiri oleh sistem tubuh. Sel bukan kanker tidak menghasilkan HER2 dalam jumlah banyak dan relatif tak terkena oleh efek obat, sehingga toksisitas dapat dikurangi. video testing in cancer.mp4

Prospek Farmakogenetik
Farmakogenetik hanya ditingkatkan, tetapi tidak bisa mengganti manajemen klinis, karena klinisi dan apoteker juga harus mempertimbangkan secara luas pengaruh fungsi obat yang non genetik dalam memilih suatu pengobatan ideal yang diberikan pada pasien. Meskipun dalam situasi di mana penggunaan tes farmakogeneti mungkin dapat mencegah reaksi efek samping yang serius, kegunaan uji klinis konvensional masih dipertahankan. video PG 5 The Future.mp4

12

Prospek Farmakogenetik What are the steps for translating pharmacogenomic info, from research into practice?

Step 2.
Retrospectively, find SNPs associated with response

Step 1.
Identify SNPs in genes relevant to drug efficacy or toxic Human Genome:video DNA Microarray.mp4 2,900,000,000 10,000,000 300,000 10,000 total base pairs
total single nucleotide polymorphisms (SNP)

Step 3. Prospectively, determine if those SNPs affect therapeutic outcome

variant haplotypes
haplotypes in pharmacologically-relevant genes

Determine statistical significance (the probability that such a difference is due to random chance)

13

Step 4. Require physician or pharmacist to perform those tests

New Job Responsibilities

Pharmacist may become responsible for advicing doctors and patients on gene-drug interactions. (Apoteker
bertanggung jawab untuk memberikan informasi kepada dokter dan pasien atas interaksi obat dan gen).

Pharmacist may gain access to genetic information about patients and the population at large, with added responsibility. (Apoteker mendapat akses informasi mengenai genetik
pasien dan penduduk secara luas, dan tanggung jawab yang bertambah).

Pharmacogenomics may become integral part of the future of pharmacy practice. (Pharmacogenomics mungkin
menjadi bagian integral dari praktek kefarmasian).

Future Trends
Point-of-care (Doctors office/Pharmacy) genetic testing Population screening Population sequencing Personal Genomics

Conclusions
Pharmacogenomics still a relatively new field.
(Farmakogenomik merupakan bidang yang relatif baru)

Human genome provides full information to catalog human variation, gene locations, marker locations.
(Genom memberikan informasi komplit tentang variasi manusia, lokasi gen, dan lokasi marker)

Initial pharmacogenetic examples are simple, with one gene-one drug. (Prinsip dasar Farmakogenetik pada awalnya adalah
sederhana, yaitu satu gen-satu obat.)

Future lies in complex drug responses involving many genes and quantitative response. (Selanjutnya respon obat
kompleks akan melibatkan banyak gen dan respon kuantitatif )

14