DASAR-DASAR BAKTERIOLOGI

Marwoto,dr., MSc., SpMK Lab. Mikrobiologi FK UNS

TAKSONOMI DAN MORFOLOGI BAKTERI

TAKSONOMI
Adalah ilmu yang mempelajari tentang penggolongan makhluk hidup Taksonomi bakteri mengikuti sistem binomial dari Linnaeus

 Taksonomi terdiri dari klasifikasi, nomenklatur dan identifikasi

Dengan taksonomi ilmuwan dapat mengorganisasi banyak informasi mengenai organisme dan mengelompokkan organisme yang memiliki kemiripan sifat.

 Bakteri dikelompokkan dalam :

Domain Kingdom Filum Klas Ordo Famili Genus Spesies

Bacteria

Archaea

Eukarya

Sistem 3 domain
Carl Woese Akhir 1970s & awal 1980s
Woese, C. R. 2004. A New Biology for a New Century. MMBR. June 68(2):173-86. Woese, C.R. 2002. On the evolution of cells. Proc Natl Acad Sci USA 99(13):8742-7. Woese, C.R. 2000. Interpreting the universal phylogenetic tree. Proc Natl Acad Sci USA 97(15):8392-6.
6

5 kingdom

[INSERT FIGURE 4.23]

NOMENKLATUR
Suatu cara penamaan suatu organisme Mengikuti binomial name dari Linnaeus

Kode Internasional tentang Nomenklatur bakteri dipublikasikan oleh ICSP (International Comittee on Systematics of Procariotes)

Linnaeus

 Taxonomi dan nomenklatur didasarkan pada phylogenetics tree yang menggunakan dasar rRNA sel

Binomial nomenclature
Genus & species

Escherichia coli Nama Genus selalu diawali dengan huruf besar (Escherichia) Nama Species tidak pernah diawali dengan huruf besar (coli) Penulisan genus dan spesies selalu dicetak miring atau diberi garis bawah Cara penulisan singkatan : E. coli
11

Klasifikasi bakteri
Klasifikasi awal dilakukan menggunakan mikroskop cahaya Bakteri pertama kali diklasifikasikan berdasarkan bentuk sel bakteri

4 bentuk dasar bakteri (Basic shape)

Coccus Bacillus Spirilla Spirochetes

13

Unusual shape
a. Starshaped cells b. Rectangular/flat cells c. Triangular cells

 Secara genetik, sebagian besar kuman mempunyai sifat monomorphic, di mana mereka hanya mempunyai 1 bentuk . Namun ada beberapa bakteri seperti Rhizobium, Corynebacterium, Mycoplasma bersifat pleomorphic, di mana mereka mempunyai lebih dari 1 bentuk.

 Karakteristik yang menjadi dasar taksonomi dan identifikasi :

Karakteristik fisik Uji biokimia Uji serologi Phage typing Analisis asam nukleat

STRUKTUR BAKTERI

STRUKTUR EKSTERNAL DINDING SEL BAKTERI

1. Glikokaliks
- adalah substansi yg dikeluarkan di permukaan sel - bersifat viscous, terdiri dari polimer gelatin (tersusun oleh polisakarida dan atau polipeptida) - jika substansi tersebut terikat erat pada dinding sel disebut kapsul - jika tdk terikat erat disebut slime layer

 Fungsi kapsul : 1. Mempengaruhi virulensi kuman 2. Melindungi dari fagositosis 3. Melindungi sel dari dehydrasi dan sifat viscousnya mencegah keluarnya makanan dari dalam sel 4. Membantu bakteri untuk tumbuh dan melekat pada berbagai permukaan

2. Flagel - bakteri yang tidak mempunyai flagel disebut athricous - ada 4 tipe flagel : a. Monotrich (A) b. Lopotrich (B) c. Amphitrich C) d. Peritrich (D)

 Flagel terdiri dari 3 bagian utama : 1. Filament (bagian panjang terluar) - mengandung protein flagellin 2. Hook - Filament melekat pada hook yang mengandung protein-protein berbeda 3. Basal body, merupakan alat untuk melekatkan flegellum ke dinding sel dan membran plasma Pergerakan flagel prokariotik merupakan hasil dari perputaran basal body

Gb. Struktur flagel bakteri negatif Gram

 Pergerakan bakteri menuju dan menjauhi rangsang disebut taxis Stimulus dapat berupa kimia (chemotaxis) dan cahaya (phototaxis) sinyal chemotactic positif disebut attractant, jika sinyal negatif disebut repellent

3. Fimbriae dan pili Fimbriae : - terdapat pada salah satu ujung sel bakteri atau tersebar merata di seluruh permukaan kuman - seperti glikokaliks, fimbriae dapat melakukan adhesi pada permukaan

Pili
- umumnya lebih panjang dari fimbria - untuk konjugasi sehingga disebut pili konjugasi)

4. Dinding sel - Fungsi : a. mencegah ruptur kuman b. menjaga bentuk kuman c. secara klinis penting karena turut berperan dalam menentukan kemampuan suatu species untuk menimbulkan infeksi d. sebagai tempat bekerjanya beberapa antibiotika - komponen : terdiri dari peptidoglycan (murein)

Komposisi dan karakteristik dinding sel Terdiri makromolekul yang disebut peptidoglycan (murein), yang bisa berdiri sendiri atau bergabung bersama substansi lain Peptidoglycan terdiri dari disakarida yang dilekati oleh polipeptida Bagian disakarida tersusun oleh monosakarida yangdisebut N-acetylglucosamine (NAG) dan N-acetylmuramic acid (NAM)

Gb. Dinding sel bakteri positif & negatif Gram

STRUKTUR INTERNAL DINDING SEL BAKTERI

D. STRUKTUR INTERNAL DINDING SEL 1. Membran sitoplasma - terutama terdiri dari fosfolipid dan sebagian kecil terdiri dari protein - tersusun sebagai lipid bilayer - berfungsi sebagai selective permeability dan juga untuk memecah makanan menjadi energi

2. Sitoplasma - delapan puluh persen (80%) terdiri dari air dan mengandung protein (enzymes), karbohidrat, lipids, ion anorganik - di dalamnya terdapat berbagai organella

Organella yang terdapat dalam sitoplasma

a. Nucleoid - terdapat kromosom dan plasmid b. Ribosom - merupakan tempat pembentukan protein (rRNA)

c. Inclusions 1. metachromatic granules 2. polysaccharides granules 3. lipid inclusions 4. Sulfur granules 5. carboxysomes 6. Gas vacuoles 7. magnetosomes

Endospora - merupakan sel dalam bentuk istirahat. - terbentuk jika lingkungan bakteri tidak menguntungkan

PERTUMBUHAN DAN METABOLISME BAKTERI

Kondisi yang diperlukan untuk pertumbuhan Bakteri

Nutrisi penting untuk bakteri

Macronutrients: diperlukan dalam jumlah besar
Diperlukan dalam jumlah yang lebih besar :CHONPS
Carbon, hydrogen, oxygen, nitrogen, phosphorous, and sulfur.

Diperlukan dalam jumlah yang lebih sedikit

Berbagai mineral seperti Ca+2, Fe+3, Mg+2, K+

Micronutrients/trace element = unsur tambahan

Diperlukan dalam jumlah yang sangat sedikit ; e.g. Zn+2, Mo+2, Mn+2

Pembagian bakteri menurut kebutuhan Oksigen

1. Obligat aerob - organisme yang tidak dapat hidup / tumbuh tanpa adanya oksigen superoxide dismutase: superoxide --> H2O2 catalase: H2O2 --> H2O + O2 2. Obligat anaerob- organisme yang tidak dapat hidup bila da oksigen, menggunakan jalur fermentasi

3. Facultative anaerob Bakteri anaerob yang masih dapat tumbuh dalam kondisi kadar oksigen rendah Dapat tumbuh dengan atau tanpa okigen Meliputi sebagaian besar bakteri patogen

4. Aerotolerant anaerob dapat bertahan sementara waktu pada lingkungan yang mengandung banyak oksigen (namun tidak dapat tumbuh dan berkembang biak) 5. Microaerophilic bacteria paling baik tumbuh pada lingkungan dengan kadar CO2 rendah

Gambar pembagian bakteri berdasar kebutuhan oksigen

A. Obligat aerob B. Mikroaerofilik C. Fakultatif anaerob D. Obligat anaerob

Kondisi fisik yang diperlukan untuk pertumbuhan bakteri

Suhu optimum untuk pertumbuhan 20-40C (mesofil)
- Thermophilic bacteria 50 to 60C - Psychrophilic bacteria 0 to 10C

Tekanan osmosis Sebagian besar bakteri dapat hidup pada lingkungan yang memiliki kadar garam 1-2% halophilic organisms (e.g. S. aureus) tahan terhadap kadar garam yang tinggi pH Bakteri tumbuh paling baik pada pH netral

Klasifikasi bakteri berdasarkan suhu

45

Istilah khusus :
Psychrotrophs: bakteri yang dapat tumbuh pada suhu normal (mesofilik) misal suhu ruang, tapi juga dapat tumbuh pada refrigerator Thermoduric: tahan terhadap pemanasan

Penggolongan bakteri berdasarkan pH pertumbuhannya

ACIDOPHILES NEUTROPHILES ALKALOPHILES Suka asam, Ph 1 - 5 Optimal pada Ph 5.5 8 Optimal pada Ph 8.5 11.5

KONSENTRASI CO2
Capnophiles adalah organisme yang memerlukan konsentrasi CO2 yang tinggi (misal. Neisseria gonorrhoea, H. influenza)

REPRODUKSI BAKTERI

Reproduksi bakteri
Pembelahan biner merupakan proses perkembangbiakan secara aseksual yang menghasilkan dua sel anak yang identik

 Generation time : waktu yang diperlukan untuk melakukan regenerasi

Genertion time E.coli 10-20 menit, M. tuberculosis >12 jam, Giardia lamblia 18 jam Cell numbers : - mengacu pada CFU (Colony Forming Unit) - masing-masing koloni identik dengan satu sel yang berasal dari induknya.

 Cell mass
- massa sel dapat dihitung dengan mngukur kekeruhannya - jika sel terus tumbuh maka kekeruhannya juga akan meningkat - kekeruhan dapat diukur dengan spektrofotometer

Proses pembelahan biner

PERTUMBUHAN BAKTERI

Kurva pertumbuhan bakteri

Terdapat 4 fase : Fase Lag - sel beradaptasi dengan lingkunganyang baru,

4 fase : Fase Eksponensial atau Logaritmik fase maksimal pembelahan sel. Generation time konstan

Kurva pertumbuhan bakteri

4 phases: Fase Decline atau fase kematian sel-sel bakterimulai lisis karena adanya produk toksik, terjadi penuruna jumlah sel bakteri

METABOLISME BAKTERI

TRANSPORT NUTRISI
Nutrien masuk ke sel dengan cara : 1. Transport aktif menggunakan energi dan protein transport spesifik. 2. Difusi terfasilitasi menggunakan protein transport, namun tidak membutuhkan energi 3. Difusi sederhana 4. Endocytosis untuk transport yang besar

METABOLISME BAKTERI
Glikolisis
adalah suatu proses katabolisme glukosa menjadi piruvat

 Fermentasi :
adalah suatu proses yang tidak membutuhkan oksigen . NADH digunakan untuk mengirim H menjadi transport organik

- melalui proses fermentasi akan dapat dihasilkan berbagai produk sesuai dengan kebutuhan sel - Fermentasi dibagi menjadi 2 : 1. Fermentasi alkohol 2. Fermentasi asam Organisme yang menghasilkan alkohol misalnya yeasts (ethanol), bacteria (buthanol, isoprapanol)

 Respirasi :
Aerob Anaerob