Bakteri Gram negatif terlihat merah karena bakteri Gram negatif memiliki lapisan peptidoglikan yang tipis yaitu;

hanya 1-2 lapisan. Oleh sebab itu, pori-pori pada dinding sel gram negatif cukup besar dan permeabilitasnya yang tinggi memungkinkan terjadinya pelepasan komplek Kristal ungu violet yodium. Dalam proses pewarnaan gram, pencucian dengan Alkohol akan menyebabkan terekstrasinya lipid pada bakteri gram negatif. Hal ini menyebabkan komplek ungu Kristal yodium yang telah memasuki dinding sel pada langkah awal pewarnaan dapat terekstraksi. Sedangkan pada bakteri gram positif, mempunyai lapisan dinding sel kaku dengan lapisan peptidoglikan yang terdiri dari 30 lapisan. Permeabilitas dinding sel bakteri gram positif yang rendah mengakibatkan kompliks Ungu Kristal Yodium (UKY) tidak dapat keluar setelah pencucian dengan alkohol. Kandungan lipid pada gram positif rendah sehingga dinding selnya akan terhidrasi akibat pemberian alkohol dan menyebabkan pori-pori mengecil, permeabilitas berkurang dan kompleks UKY tidak dapat terekstraksi.