Centro de Pesquisas Ren Rachou FIOCRUZ Minas Minerao de Dados e Textos

Projeto

MODELO DE PREDITOR BASEADO EM MQUINA DE VETORES DE SUPORTE

Felipe Carlos Brito de Souza Agosto/2013

Centro de Pesquisas Ren Rachou FIOCRUZ Minas Minerao de Dados e Textos

A natureza multifatorial e complexa dos problemas biolgicos, bem como a natureza dos dados que podemos obter para subsidiar a soluo destes, demandam a utilizao de mtodos

que aportem essa complexidade e que possam portanto, tornar inteligveis as informaes
biolgicas extradas dos processos.
Fator A

Soluo Fator B Bioinformtica

Fator C

Centro de Pesquisas Ren Rachou FIOCRUZ Minas Minerao de Dados e Textos

No entanto, de elevada importncia que possamos predizer o desenvolvimento dos inibidores antes do desenvolvimento efetivo destes, valendo-se por exemplo do perfil imunolgico (citocinas), destes pacientes para tal.

Gerar um classificador baseado em SVM (Suport Vector Machine) para predizer o desenvolvimento de inibidores a partir de dados de dosagem de citocinas plasmticas em pacientes portadores de hemofilia A com e sem inibidores.

Centro de Pesquisas Ren Rachou FIOCRUZ Minas Minerao de Dados e Textos

Realizar SOM (self-organized maps) com uso de dados de citocinas e comparar o resultado com a classificao realizada pelo teste de Bethesda (presena / ausncia de anticorpo inibidor). Treinar um classificador baseado em um SVM para classificar as duas categorias j conhecidas de perfil de inibidores a partir de dados de citocinas. Realizar a validao cruzada com uso de 5-fold change Calcular os valores de acurcia, preciso, recall a partir da tabela de confuso criada com

cruzamento de dados do padro ouro (teste de Bethesda) e a categorizao realizada pelo

SVM proposto.

Centro de Pesquisas Ren Rachou FIOCRUZ Minas Minerao de Dados e Textos

1 Perfil de citocinas 2 SOM 3 Distncia Euclidiana 4 Distncia de Manhatan 5 Pacote R 6 Threshold 7 Grupo Controle 8 Grupo inibidor negativo 9 Grupo inibidor positivo 10 SVM 11 Cross-validation 12 5-fold change 13 Validao 14 Matriz de confuso 15 Acurcia 16 Recall 17 Precision 18 P-value 19 Grupo de Treinamento 20 Grupo de Teste 21 Predio de categoria Mtodo No 22 Supervisionado 23 Mtodo Supervisionado 24 Classificador otimizado

1 24

23

22 2

4
6

10 19 20

21 14 11 18 12 15

17

16

13