1

Pengaturan (pengendalian) ekspresi genetik merupakan aspek yg

sangat penting bagi jasad hidup, baik pada prokariot maupun eukariot Tanpa sistem pengaturan yg efisien, sel akan kehilangan banyak energi Sebagai contoh : jika di dlm medium pertumbuhan E. coli terdapat gula sederhana, misalnya glukosa (monosakarida), maka sel tidak perlu menjalankan sistem ekspresi gen yg bertanggung jawab untuk metabolisme gula yg lebih kompleks, misalnya laktosa (disakarida). Gen yg bertanggung jawab dlm metabolisme laktosa baru akan diaktifkan setelah melalui suatu rangkaian regulasi tertentu

 Ada 2 sistem pengaktifan ekspresi gen, yaitu ekspresi gen secara

konstitutif dan induktif Secara konstitutif berarti selalu diekspresikan dalam keadaan apapun Sebaliknya, bermakna gen yg hanya diekspresikan jika ada keadaan yg memungkinkan atau ada proses induksi Kelompok gen konstitutif merupakan kelompok gen yg bertanggung jawab terhadap metabolisme dasar, misalnya metabolisme energi atau sintesis komponen-komponen selular. Sebaliknya, gen yang baru diaktifkan (diinduksi) menunjukkan adanya efisiensi selular

Gen yg bersifat konstitutif

Gen yg menghasilkan protein ribosomal, rRNA, tRNA, RNA polimerase Gen yg menghslkan yg enzim-enzim yang mengkatalisis berbagai reaksi metabolisme yang berkaitan dengan fungsi pemeliharaan sel

Pada prokariot maupun eukariot

1.melibatkan penyalapadaman (turn on and turn off) ekspresi gen sebagai respon terhadap perubahan kondisi lingkungan 2. ekspresi gen berupa siklus yang telah terprogram (preprogramed circuits). -- produk suatu gen akan menekan transkripsi gen itu
sendiri dan sekaligus memacu transkripsi gen kedua, produk gen kedua akan menekan transkripsi gen kedua dan memacu transkripsi gen ketiga, demikian seterusnya
5

 Jadi, ekspresi genetik merupakan rangkaian proses kompleks yg

melibatkan banyak faktor Secara umum, dpt dikatakan bahwa proses ekspresi genetik dimulai dan diatur sejak pra-inisiasi transkripsi. Pada sel prokariot, telah dikenal kelompok gen yg disebut operon. Eukariot tidak mengenal sistem operon karena diatur oleh satu promoter tersendiri Pada prokariot, pengendalian ekspresi genetik hanya terjadi pada level transkripsi, sedangkan pd eukariot mulai dari transkripsi sampai pascatranslasi. Pengendalian ekspresi genetik pada jasad hidup (pro- dan eu-kariot) meliputi pengendalian positif dan pengendalian negatif
6

 Pada prokariot, pengaturan (pengendalian) pd suatu gen atau operon

melibatkan aktivitas suatu gen regulator Pengendalian positif pd suatu operon tsb dpt diaktifkan oleh produksi ekspresi gen regulator Sebaliknya, apabila operon dinonaktifkan oleh produk ekspresi gen regulator merupakan pengendalian negatif Produk gen regulator ada 2, yaitu aktivator dan represor Aktivator berperanan dlm pengendalian positif, sedangkan represor dlm pengendalian negatif Produk keduanya bekerja dengan menempel pada sisi pengikatan protein regulator pada daerah promoter gen (operator) yg diaturnya.

 Pengikatan aktivator atau represor pada promoter ditentukan oleh

keberadaan suatu molekul efektor yg biasanya berupa molekul kecil, misalnya asam amino, gula atau metabolit serupa lainnya Molekul efektor yg mengaktifkan ekspresi suatu gen disebut induser, sedangkan yg bersifat menekan ekspresi suatu gen disebut represor

Promotor Gen represor represor

daerah daerah promotor operator

Gen represor

daerah daerah Tiga gen struktural operon laktosa promotor operator

Tiga gen struktural penyandi enzim-enzim pengurai laktosa tidak diekspresi

10

An Inducible Operon in the Absence of an Inducer (The Lactose Operon)

repressor gene

11

Gen represor

daerah daerah Tiga gen struktural operon laktosa promotor operator

Tiga gen struktural penyandi enzim-enzim pengurai laktosa diekspresi

12

An Inducible Operon in the Presence of an Inducer (The Lactose Operon)

repressor gene

13

Gen represor

daerah daerah promotor operator

lima gen struktural operon laktosa

lima enzim yang diperlukan untuk sintesis triptofan

14

A Repressible Operon in the Absence of a Corepressor (The Tryptophan (trp) Operon)

Gen represor

15

Gen represor

daerah daerah promotor operator

lima gen struktural operon laktosa

16

A Repressible Operon in the Presence of a Corepressor (The Tryptophan (trp) Operon)

repressor gene

Without the transcription of the five genes, the five enzymes needed for the bacterium to synthesize the amino acid tryptophan are not made.
17

 Pengaturan ekspresi genetik pada eukariot dilakukan pada banyak titik pengendalian. Pengendalian ekspresi genetik dpt ditinjau dari 3 sisi, yaitu : 1) sinyal pengendali ekspresi;

2) level pengendalian ekspresi;

3) mekanisme pengendalian Sinyal pengendali ekspresi meliputi semua molekul yg berperanan dlm proses pengendalian ekspresi, misalnya faktor transkripsi dan protein regulator khusus Level pengendalian ekspresi terjadi pd tahapan : a) inisiasi transkripsi dan perpanjangan transkrip;

b) pengakhiran (terminasi) transkripsi;

c) pengendalian pasca-transkripsi dan d) pengendalian selama proses translasi dan pasca translasi
18

19

 Mekanisme

pengendalian

ekspresi

membahas

proses

rinci

pengendalian ekspresi genetik yg meliputi interaksi antar sinyal pengendali ekspresi Sinyal pengendali ekspresi genetik pada eukariot Proses ekspresi genetik pd eukariot diatur oleh banyak molekul yg berinteraksi secara spesifik Interaksi antar molekul tsb dpt terjadi melalui ikatan antara DNA dengan protein, protein dengan protein maupun protein dengan molekul lain, misalnya hormon

20

 Mekanisme

pengendalian

ekspresi

membahas

proses

rinci

pengendalian ekspresi genetik yg meliputi interaksi antar sinyal pengendali ekspresi

Sinyal pengendali ekspresi genetik pada eukariot

Sinyal (molekul) pengendali ekspresi genetik dpt dikelompokkan menjadi 2 yaitu

a) RNA polimerase sebagai protein utama yg melakukan proses

transkripsi; dan b) protein-protein pembantu (auxilliary protein) yg meliputi 1) faktor transkripsi umum; 2) protein yg berikatan dg urutan nukleotida spesifik dan 3) protein yg terlibat dlm proses translasi
21

 Secara umum, protein pengendali mempunyai 3 domain fungsional, yaitu : domain pengikat DNA,

domain yg mengaktifkan transkripsi dan

domain dimerisasi Domain pengikat DNA adalah bagian protein yg berikatan

langsung dg DNA
Domain yg mengaktifkan transkripsi adalah bagian struktur protein yg berperanan dlm melakukan aktivasi transkripsi Beberapa protein membentuk dimer baik dlm bentuk

homodimer (2 monomer yg identik menjadi satu) atau dlm bentuk heterodimer (2 monomer yg berbeda menjadi satu)
22

 Protein yang membentuk dimer mempunyai domain yg

merupakan tempat pengikatan antara satu monomer dengan

monomer yg lain. Daerah inilah yg disebut dengan domain dimerisasi

domain dimerisasi
Telah dijelaskan sebelumnya bahwa gen kelas I pada eukariot mengkode sintesis rRNA

Faktor yg mempengaruhi laju sintesis pd gen kelas I adalah

jumlah enzim RNA polimerase, level fosforilasi RNA

polimerase dan jumlah serta aktivitas faktor transkripsi.

Pada gen kelas II, pengendalian terjadi pd beberapa level,

yaitu level metabolisme mRNA; level translasi mRNA menjadi polipeptida dan pasca-translasi
23

 Pd level metabolisme, pengendalian dpt terjadi pd proses stabilisasi/destabilisasi mRNA. Stabilisasi/destabilisasi meliputi aktivasi atau represi transkripsi terutama dlm pemrosesan transkrip primer (pre-mRNA) sehingga dpt menghasilkan polipeptida berbeda Contoh : regulasi gen GAL pd khamir. Gen GAL adalah serangkaian gen yg bertanggung jawab dlm

metabolisme galaktosa.
Sistim regulasinya melibatkan suatu rangkaian aktivasi dan represi transkripsi. Secara umum, regulasi ekspresi ditentukan oleh dua protein utama, yaitu Gal4 (dikode oleh gen GAL4) dan protein Gal80. Gal4 berperan sbg aktivator transkripsi, sedangkan Gal80 sebagai represor
24

 Jika protein Gal4 dlm keadaan bebas maka protein ini akan mengaktifkan gen-gen GAL1, GAL7 dan GAL10 (terletak pd kromosom II), gen GAL2 (kromosom XII) dan gen MEL1. Dlm medium yg mengandung glukosa dan galaktosa untuk menumbuhkan khamir, maka glukosa dpt bertindak sebagai korepresor yang akan menekan masuknya galaktosa dari luar sel Keadaan ini menyebabkan tidak dpt disintesisnya induser, meskipun seandainya di dlm sel sudah ada induser (karena glukosa akan mem-blok induser ini) Sebaliknya, jika khamir ditumbuhkan dlm medium yg hanya mengandung galaktosa, maka gen GAL3 akan diekspresikan untuk menghasilkan enzim yg akan membentuk produk metabolik galaktosa yg dpt berfungsi sebagai induser
25

 Induser berperan untuk mem-blok Gal80 sehingga protein ini tidak dpt menghalangi protein Gal4 untuk mengaktifkan rangkaian gen GAL, jika di dlm medium pertumbuhan tsb ada glukosa dan galaktosa. Dg dmk., glukosa menghalangi pembentukan induser atau memblok induser sehingga induser tidak dpt mem-blok Gal80. Dlm keadaan ini, Gal80 akan bebas sehingga dpt memblok protein Gal4

26

 Gen kelas III adalah gen yg mengkode sintesis tRNA dan 5SrRNA Salah satu model pengendalian ekspresi gen ini adalah regulasi sintesis 5SRNA selama proses oogenesis dan embriogenesis Ada 2 tipe gen 5SrRNA, yaitu gen 5S somatik dan 5S pd oosit. Laju sintesis keduanya berbeda Gen 5S somatik diketahui juga ditranskripsi di oosit dan tetap aktif di dalam sel somatik. Sebaliknya, gen 5S oosit hanya ditranskripsi di oosit. Faktor kunci yg menyebabkan perbedaan pengendalian ekspresi keduanya adalah faktor transkripsi TFIIIA TFIIIA mempunyai daya ikat (affinity) yg lebih besar thd gen 5S somatik daripada gen 5S oosit
27

 Pengendalian ekspresi genetik juga terjadi pd saat transkripsi telah selesai dilakukan (pasca-transkripsi). Contoh : pengendalian stabilitas mRNA

Faktor transkripsi adalah protein yg berperanan di dlm pengaturan

ekspresi sehingga faktor transkripsi juga mengalami regulasi yg dpt mempengaruhi aktivitasnya

28

 Faktor transkripsi diatur dg melalui beberapa cara, yaitu : 1.Regulasi temporal. Contoh : pengikatan mitogen atau faktor differensiasi, impuls saraf dan kerusakan fisik 2.Regulasi dengan pengikatan ligan. Contoh : ikatan anggota reseptor hormon steroid dengan ligan eksternal yang mengaktivasinya 3.Regulasi dengan sekuestrasi (pengasingan). Contoh : protein NF-B merupakan faktor transkripsi yg diatur dg mekanisme pengasingan 4.Regulasi dg modifikasi pasca-transkripsi. Contoh : faktor transkripsi CREB difosforilasi oleh protein kinase PKA yg tergantung pada cAmP. Selain fosforilasi, mekanisme regulasi aktivitas dengan glikosilasi, yaitu penambahan gugus karbohidrat pd struktur protein 5.Regulasi dengan pengeblokan tempat ikatan pd DNA
29

6. Regulasi dg pengeblokan aktivitas. Aktivitas faktor transkripsi dpt ditekan oleh protein lain yg mengeblok domain aktivasinya, misalnya faktor transkripsi Gal4 dpt ditekan aktivitasnya oleh protein Gal80 7. Regulasi dg mekanisme silencing. Silencer adalah suatu sekuens yg berperanan sebagai faktor pengendali negatif ekspresi suatu gen. Sebagai contoh, khamir Saccharomyces cerevisiae ada elemen silencer yg dpt menekan aktivitas gen yg bertanggung jawab dlm perubahan tipe kawin (mating type) yaitu gen HMR dan HML

30