MOLEKULARNI MARKERI

Marker moe biti: - svaki gen poznate hromosomske lokacije koji ima jasnu fenotipsku ekspresiju - antigenski fragment upotrebljiv za distinkciju tipova elija - segmenti DNK, RNK i proteina poznate veliine Genetiki marker: - upotrebljava se za opis dijela DNK ija su svojstva i pozicije poznate i koji se koristi u genetikoj identifikaciji elije, tkiva ili organizma Marker gen:

- svaki gen poznate funkcije i lokacije

- indirektni fenotipski markeri (osobine) - direktni genetiki markeri u uem smislu te rijei (DNK i RNK markeri)

Indirektni markeri: -morfoloki markeri - biohemijski markeri (krvne grupe, osjetljivost na PTC)

Direktni markeri: - DNK markeri (genetiki marker prve vrste) - RNK markeri (genetiki marker druge vrste) Osobine dobrog markera: - polimorfnost - reproducibilnost (stabilan rezultat) - kodominantnost (detektabilnost heterozigota) - diskriminativnost (jasne razlike meu varijantama) - neovisnost o uticaju sredine - selektivna neutralnost

- jednostavna, jeftina i brza manipulacija

Tipovi markera: Non-PCR RFLP - Restriction Fragment Length Polymorphism bazira se na osobini restrikcionih endonukleaza II tipa i detektuje se prvenstveno hibridizacijskim metodama

Tipovi markera: PCR-RFLP - PCR + Restriction Fragment Length Polymorphism - prvo ide umnoavanje ciljanih dijelova genoma, pa digestija enzimom a zatim detekcija gel elektroforezom - jako dobro ako je polazna koliina nasljednog materijala jako mala

Bb1 Bb2 Bb3 Bb4 Bb5 Bb6 Bb7 Bb8 Bb9 Bh1 Bh11 Bs1 Bs3 Bs5 Bs6 Bs7 Bs8 Bs9 Bs11 Bs12 M+

Figura 8 Rezultati analize prisustva CG mutacije na M9 regionu (zaokruena G varijanta)

Tipovi markera: AFLP - Amplified Fragment Length Polymorphism - Restriction Fragment Length Polymorphism + PCR - selektivna amplifikacija restrikcionih DNK fragmenata; digestija DNK sa dva odabrana enzima a potom vezivanje sintetiziranih oligonukleotida putem ligaze - obojena detekcija poliakrilamidnom gel elektroforezom - omoguava brzi pregled genoma

Bc4 Bc6 Bc8 B10 Bn1 Bn3 Bn5 Bn7 Bn9 Bn11 Bl2 Bl4 Bl6 Bl8 Bl10 Bc5 Bc7 Bc9 B11 Bn2 Bn4 Bn6 Bn8 Bn10 Bl1 Bl3 Bl5 Bl7 Bl9 M12f2 Bc4 Bc6 Bc8 B10 Bn1 Bn3 Bn5 Bn7 Bn9 Bn11 Bl2 Bl4 Bl6 Bl8 Bl10 Bc5 Bc7 Bc9 B11 Bn2 Bn4 Bn6 Bn8 Bn10 Bl1 Bl3 Bl5 Bl7 Bl9 M12f2

Figura 12 - Rezultati analize prisustva 10kb varijante (zaokruena) na 12f2 regionu

Tipovi markera: RAPD - Random Amplified Polymorphic DNA - kratki prajmeri koji se nespecifino veu za matricu - separacija fragmenata i analiza gel elektroforezom

Tipovi markera: VNTR - Variable Number of Tandem Repeats

Tipovi markera: STR - Short Tandem Repeats

AATG

7 repeats 8 repeats Homozigot - oba alela su iste duine Heterozigot - aleli su razliite duine

Tipovi markera: SNP

- Single Nucleotid Polymorphism

CG CG AT GC AT

CG CG GC GC AT

Denaturacija-Renaturacija HETERODUPLEX HOMODUPLEX

dNTPs Primer enzim

CG CG CG CG CG CG CG CG AC GT AC GC GC GC GC GC AT AT AT AT 25% 25% 25% 25%