LAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA (BI-2105) KROMATOGRAFI PIGMEN MATA Drosophila Melanogaster

Tanggal Praktikum : 21 Oktober 2013 Tanggal Pengumpulan : 28 Oktober 2013

Disusun Oleh: Annisa Amalia 10612007 Kelompok 1

Asisten : Ibnu Nur Fikri Muhamad 10611050

PROGRAM STUDI BIOLOGI SEKOLAH ILMU DAN TEKNOLOGI HAYATI INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG BANDUNG 2013

BAB I PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang Pada tahun 1940, George Beadle dan Edward Tatum melakukan serangkaian percobaan pada jamur roti Neurospora crassa yang menunjukkan hubungan langsung antara gen dan enzim yang mengkatalisis reaksi biokimia tertentu. Dari percobaan tersebut, Beadle dan Tatum dapat menarik hipotesis bahwa gen berisi informasi untuk memproduksi enzim tertentu, dan mereka menyimpulkan bahwa satu gen menyintesis satu enzim (one gene - one enzyme theory). Pigmen mata pada Drosophila melanogaster dapat dipengaruhi oleh aktivitas produk gen yang mempengaruhi fenotip. Gen dapat ditranskripsi dan ditranslasi menjadi suatu protein, di dalam sel protein dapat berfungsi sebagai enzim yang mengkatalisis reaksi-reaksi yang terjadi ataupun sebagai protein struktural yang membentuk sel. Apabila suatu protein tidak berfungsi, maka akan terjadi mutasi. (Hartwell, 2008) Kromatografi kertas digunakan untuk memisahkan campuran dari substansinya menjadi komponen-komponennya. Kromatografi kertas menggunakan prinsip kecepatan dengan menggunakan fasa stasioner (kertas saring) dan fasa bergerak (eluen yang terdiri dari campuran pelarut), komponen-komponen bergerak dengan kecepatan yang berbeda dan campuran dipisahkan berdasarkan pada perbedaan bercak warna. Dalam percobaan kali ini digunakan kromatografi kertas untuk memisahkan pigmen-pigmen penyusun warna mata Drosophila melanogaster. Tujuan pemisahan pigmen-pigmen penyusun warna mata Drosophila melanogaster tersebut yaitu untuk menentukan komposisi pigmen Drosoptrin dan pigmen Ommokrom pada mata Drosophila melanogaster wiltype, mutan white, mutan claret, dan mutan sepia. (Bruner, 1985)

1.2. Tujuan Tujuan dari praktikum kali ini adalah : 1. Menentukan nilai Rf dari hasil kromatografi pigmen mata Drosophila melanogaster wiltype, mutan white, mutan claret, dan mutan sepia. 2. Menentukan kelompok pigmen mata pada Drosophila melanogaster mutan white, sepia, dan claret berdasarkan hasil pemberian sinar ultra violet.

BAB II TINJAUAN PUSTAKA

2.1.Hubungan Antara Gen, DNA, Protein, dan Enzim Dalam sebuah sel terdapat nukleus, di dalam nukleus terdapat benang-benang halus yang disebut kromatin. Pada saat sel akan mulai membelah diri, kromatin tersebut menebal dan memendek untuk membentuk kromosom. Kromosom adalah struktur padat yang terdiri dari dua komponen molekul, yaitu DNA dan protein. Gen merupakan bagian dari kromosom (DNA) yang dapat ditranskripsi dan ditranslasi menjadi suatu protein. Protein merupakan produk utama dari gen. Fenotip-fenotip yang dapat diamati dari suatu mahluk hidup disebabkan oleh aktivitas dari protein. Berdasarkan percobaan George Beadle dan Edward Tatum pada tahun 1941, gen berisi informasi untuk memproduksi enzim tertentu, dan mereka menyimpulkan bahwa satu gen menyintesis satu enzim (one gene-one enzyme). Masing-masing gen bertanggung jawab untuk memproduksi sebuah enzim tunggal yang mempengaruhi satu langkah dalam jalur metabolisme. Salah satu fungsi protein di dalam sel yaitu sebagai enzim yang mengkatalis reaksi-reaksi yang terjadi di dalam sel. (Snustad dan Simmons, 2012; Falk, 2009)

2.2. Teori Beadel-Tatum Pada tahun 1940, George Beadle dan Edward Tatum melakukan serangkaian percobaan pada jamur roti Neurospora crassa yang menunjukkan hubungan langsung antara gen dan enzim yang mengkatalisis reaksi biokimia tertentu. Beadle dan Tatum mengarahkan sinar X ke jamur Neurospora crassa yang menyebabkan jamur tersebut mengalami mutasi. Jamur yang termutasi kehilangan kemampuan memproduksi senyawa arginin untuk pertumbuhan. Lalu, Beadle dan Edward Tatum menambahkan senyawa yang berbeda namun serupa dan menyaksikan bila jamur menggunakan senyawa tersebut, terjadi reaksi kimia jamur itu dapat mensintesis bahan kimia yang

diperlukan.

Dari percobaan tersebut, Beadle dan Tatum dapat menarik hipotesis

bahwa gen berisi informasi untuk memproduksi enzim tertentu, dan mereka menyimpulkan bahwa satu gen menyintesis satu enzim (one gene - one enzyme theory). Manfaat percobaan yang dilakukan Beadle dan Tatum adalah mereka membuktikan bahwa pembentukan enzim atau kelompok enzim diatur oleh gen atau kelompok gen dalam kromosom. (Hartwell, 2008)

2.3. Hubungan Kerja Protein dengan Pigmen Mata Salah satu fungsi protein di dalam sel yaitu berfungsi sebagai enzim yang mengkatalisis reaksi-reaksi yang terjadi. Protein merupakan bentuk utama dari suatu gen. Fenotip-fenotip yang teramati dari suatu mahluk hidup terjadi akibat aktivitas dari protein. Jika suatu gen termutasi dimana urutan nukleotida dari gen tersebut berubah dapat mengakibatkan terjadi perubahan dari protein yang dihasilkan. Hal tersebut dapat mengakibatkan perubahan dari aktivitas protein dan fenotip yang kita amati. Di dalam pigmen mata terdapat bermacam-macam protein yang menghasilhan warna mata yang berbeda-beda (Falk, 2009). Pigmen mata pada Drosophila melanogaster dapat dipengaruhi oleh aktivitas produk gen yang mempengaruhi fenotip. Drosophila melanogaster memiliki warna pigmen mata yang berbeda-beda tergantung pada gen yang berperan dalam pembentukan pteridin. Jika terjadi mutasi, warna mata Drosophila melanogaster menjadi coklat apabila kelompok drosopterin tidak ada. Sedangkan warna mata akan menjadi merah terang jika kelompok ommokrom yang tidak ada (Dahmann, 2008).

2.4. Alur Sintesis Pigmen Mata Drosopterin dan Ommokrom Menurut Cherokee High School (2013), Pteridin menyebabkan warna mata pada Drosophila melanogaster berwarna merah. Pteridin yang terdapat pada lalat buah meliputi drosopterin dan ommokrom. Warna mata pada Drosophila melanogaster merupakan hasil dari interaksi antara dua jalur pigmen ini, jalur drosopterin yang memproduksi pigmen berwarna merah dan jalur ommokrom yang memproduksi

pigmen berwarna coklat. Warna mata Drosophila melanogaster yang teramati merupakan jumlah berbagai konsentrasi pigmen yang berbeda ini. Jika jalur

ommokrom terganggu , persentase pigmen coklat di mata akan berkurang , sehingga mata akan menjadi warna merah . Jika jalur drosopterin terganggu, mata akan lebih cokelat daripada mata wildtype . Pada jalur ommokrom , pigmen xanthommatin coklat dihasilkan dari asam amino triptofan dengan jalur biosintesis berikut :

Gambar 2.1. Jalur Ommokrom (Cherokee High School, 2013)

Jalur drosopterin ditampilkan pada gambar di bawah ini :

Gambar 2.2. Jalur Drosopterin (Cherokee High School, 2013)

2.5. Prinsip Dasar Kromatografi dan Rf Kromatografi adalah metode yang digunakan untuk pemisahan komponen dari suatu sampel. Teknik pemisahan pada kromatografi didasarkan atas perbedaan migrasi dan distribusi senyawa yang terjadi dalam dua fasa berbeda yaitu fasa stasioner dan fasa gerak. Pada kromatografi kertas, bahan yang akan dipisahkan diletakkan pada kertas saring (fasa stasioner) dan ujung kertas saring dicelupkan pada eluen (fasa gerak). Semakin dekat kepolaran antara sampel dengan eluen maka sampel akan semakin terbawa oleh fase gerak tersebut. Secara kapiler eluen akan bergerak ke atas. Bila suatu senyawa lebih larut dalam pelarut yang stasioner, maka pergerakannya lebih lambat dibandingkan dengan bahan yang lebih larut dalam pelarut yang bergerak. Oleh karena itu, senyawa dalam suatu bahan dapat dipisahkan berdasarkan perbedaan kecepatan pergerakan senyawa-senyawa tersebut. Selain itu, berat molekul dari suatu senyawa dapat mempengaruhi kecepatan pergerakannya (Bruner, 1985). Harga Rf mengukur kecepatan bergeraknya zona relatif terhadap garis depan pengembang. Kromatogram yang dihasilkan diuraikan dan zona-zona dicirikan oleh nilai-nilai Rf. Nilai Rf
=

. Pengukuran itu dilakukan dengan mengukur

jarak dari titik pemberangkatan (pusat zona campuran awal) ke garis depan pengembang dan pusat rapatan tiap zona. Nilai Rf harus sama baik pada descending maupun ascending. Nilai Rf akan menunjukkan identitas suatu zat yang dicari, contohnya asam amino dan intensitas zona itu dapat digunakan sebagai ukuran konsentrasi dengan membandingkan dengan noda-noda standar (Bruner, 1985).

BAB III METODOLOGI

3.1. Alat dan Bahan Alat dan bahan yang digunakan pada praktikum kali ini adalah :
Tabel 3.1. Alat dan Bahan

Alat Gunting Bejana kromatografi dengan tutup kaca Pensil Jarum Pentul Alat Penjepret Penggaris Lampu sinar ultra violet 3.2. Metode Kerja

Bahan Drosophila melanogaster wildtype Drosophila melanogaster mutan (white, claret, sepia) Kertas saring Whatman no.1 Larutan NBA Vaselin

Kertas saring digunting dengan ukuran 16 x 20 cm. Kemudian, dikedua bagian dari ujung kertas saring yang sejajar sisi berukuran 16 cm digarisi lurus dengan pensil. Garis pertama 2cm dan garis kedua 18cm dari ujung bawah kertas. Di garis lurus yang pertama, diberi 4 tanda O dengan jarak masing-masing 4 cm. Diujung atas kertas saring ditulisi nama kelompok menggunakan pensil. Empat ekor Drosophila melanogaster (wildtype ,white, claret, sepia) dipotong kepalanya menggunakan jarum pentul. Setiap kepala Drosophila melanogaster tersebut (wildtype ,white, claret, sepia) diletakkan di atas keempat tanda O pada kertas saring dan ditekan. Kertas saring digulung sehingga letak sisi kiri dan kanan bersebelahan dan kertas saring dijepret sebanyak dua kali disebeah atas dan dua kali disebelah bawah. Bejana diisi dengan larutan NBA setinggi 1cm. Kertas saring yang telah digulung, dimasukkan ke dalam bejana. Lalu, bejana ditutup dan diberi vaselin disekitar penutup bejana. Kertas saring didalam bejana, didiamkan selama beberapa jam

hingga eluen bergerak melewati garis kedua. Setelah eleuen bergerak melewati garis kedua, kertas saring diambil dan digarisi dengan pensil pada batas pergerakan eluen. Kemudian, kertas saring dikeringkan dan diamati dibwaha sinar ultra violet. Disekeliling bercak yang terlihat saat penyinaran sinar ultra violet diberi tanda dengan pensil dan dicatat warnanya dan warna fluorosensinya. Berdasarkan hasil kromatograi, pigmen-pigmen mata dari keempat Drosophila melanogaster (wildtype ,white, claret, sepia) tersebut dibandingkan sehingga dapat ditentukan pigmen-

pigmen yang termasuk kelompok drosopterin dan temasuk kelompok ommokrom.

BAB IV HASIL PENGAMATAN DAN PEMBAHASAN

4.1. Hasil Pengamatan 4.1.1. Foto Hasil Pengamatan Berdasarkan percobaan, didapatkan hasil pengamatan sebagai berikut :

Gambar 4.1. Kertas kromatografi sebelum dicelupkan ke eluen

Gambar 4.2. Kertas kromatografi setelah dicelupkan ke eluen

Gambar 4.3. Kertas kromatografi saat diberi sinar ultra violet

Gambar 4.4. Kertas kromatografi setelah diberi sinar ultra violet

4.1.2. Hasil Perhitungan Rf

Rf

Jarak Eluen = 7 cm Jenis Drosophila melanogaster Wildtype Mutan White Mutan Claret Mutan Sepia Warna Pendar Kuning Biru-Kehijauan Kuning Biru Kehijauan Kuning Biru Kehijauan Kuning Biru Kehijauan Panjang Pendar (cm) 0,9 1,6 0 0 0,7 1,6 0 2,9 Total Panjang Pendar (cm) 2,5 0 2,3 2,9 Nilai Rf 0,357 0 0,329 0,414

4.2. Pembahasan Pada praktikum kali ini dilakukam pengamatan terhadap kromatografi pigmen mata Drosophila melanogaster wildtype dan beberapa mutan (white, clot, dan sepia). Kepala dari keempat jenis Drosophila melanogaster tersebut ditekan dan

ditempatkan pada kertas saring whatman no.1. Setelah itu, kertas saring dimasukkan ke dalam bejana kromatografi yang telah berisi pelarut eluen atau NBA (N-Butanol Asetatglasial Akuades), kemudian disekeliling penutup bejana diberi vaseline dan bejana didiamkan selama beberapa jam. Fungsi larutan NBA adalah sebagai eluen yang terdiri dari N-Butanol, Asetat Glacial, Akuades yang memiliki perbandingan 20 : 3 : 7. Larutan NBA merupakan campuran dari larutan yang memiliki tingkat kepolaran: polar yaitu akuades, semipolar yaitu asam asetat glasial , dan non-polar yaitu N-Butanol. Karena larutan NBA merupakan campuran dari larutan yang memiliki tingkat kepolaran berbeda-beda, larutan NBA dapat memisahkan pigmen-pigmen pada mata lalat buah yang memiliki tingkat kepolaran hampir sama.(Falk, 2009) Kertas saring whatman no.1 digunakan sebagai alat filtrasi yang memanfaatkan

daya kapilaritas kertas sehingga terlihat penguraian warna-warna berdasarkan pigmen yang terkandung pada senyawa protein pada mata Drosophila melanogaster. Kertas saring tersebut memperlihatkan pergerakan larutan eluen yang cepat dibandingkan dengan pergerakan bahan yang akan dipisahkan yaitu pergerakan warna pigmen mata. Penggunaan kertas saring juga karena sebagai fase stationer yang sangat polar karena terdiri dari selulosa.(Falk, 2009) Fungsi vaselin adalah agar udara yang berada di dalam bejana tidak dapat keluar dan udara yang diluar tidak dapat masuk melalui celah-celah antara bejana dengan penutup. Pemberian vaseline pada tutup bejana berfungsi agar bejana tempat eluen kromatografi kedap udara sehingga kondisi dalam gelas kimia terjenuhkan oleh uap dari pelarut. Kondisi jenuh dalam gelas kimia dengan uap mencegah penguapan pelarut. (Falk, 2009) Fluoresensi merupakan pemancaran sinar oleh atom atau molekul setelah terlebih dahulu disinari sinar UV. Peristiwa fluororesensi merupakan peristiwa pemantulan warna/ berpendarnya warna yang tersembunyi karena absorbsi cahaya tertentu yang diberikan secara disengaja. Peristiwa ini biasanya terjadi terhadap senyawa-senyawa tertentu (dalam praktikum ini dimaksudkan pigmen warna mata) yang mempunyai sifat memendarkan cahaya. Dalam hal ini digunakan sinar UV karena pigmen mata pada lalat buah (Drosophila melanogaster) tidak bisa terlihat menggunakan cahaya putih (lampu neon). Oleh sebab itu digunakan sinar UV, dimana sinar UV bersifat memendarkan cahaya pada pigmen mata. Setelah kromatogram pada kertas disinari dengan sinar ultraviolet (UV) masing-masing komponen pigmen mata yang merupakan senyawa pteridin akan mengabsorbsi cahaya ultraviolet dengan panjang gelombang tertentu dan memendarkan warna yang lebih kontras sesuai dengan warna asli senyawa tersebut. Setelah di fluoresensi dibawah sinar UV, jarak pigmen mata wildtype adalah 2,5 cm, jarak pigmen pada mata mutan white adalah 0 cm, jarak pigmen pada mata mutan claret adalah 2,3 cm dan pada mata mutan sepia adalah 2,9 cm. Jadi, Rf (Rate of Fluoresensi) pada masing-masing mata lalat Drosophila melanogaster mata wiltype, mutan white, mutan

claret, mutan sepia berturut-turut adalah 0,357; 0; 0,329; dan 0,414. (Dahmann, 2008). Pada praktikum kali ini, Nilai Rf yang semakin besar dapat diartikan semakin non-polar, karena semakin tinggi berarti zat tersebut semakin terbawa dengan eluen yang bersifat non-polar (karena kandungan terbesar eluen adalah butanol yang bersifat non-polar). Sedangkan jika nilai Rf semakin kecil, itu dapat diartikan semakin polar karena zat tersebut tertahan oleh kertas yang juga bersifat polar. Pada hasil pengamatan ditemukan bahwa jarak tempuh pigmen sephia lebih jauh dari pigmen lain dan juga ukuran Rf nya paling besar. Hal ini menunjukkan bahwa pigmen Sephia paling nonpolar sedangkan pigmen white paling polar (Thiemann, 2001). Hal ini sesuai dengan literatur sebagai berikut :

Gambar 4.1 Hasil kromatografi pigmen mata (Thiemann, 2001).

BAB V KESIMPULAN DAN SARAN

5.1. Kesimpulan Setelah melakukan percobaan, didapat kesimpulan : Nilai Rf pigmen mata Drosophila melanogaster wiltype adalah 0,357. Nilai Rf pigmen mata Drosophila melanogaster mutan white adalah 0. Nilai Rf pigmen mata Drosophila melanogaster mutan claret adalah 0,329. Nilai Rf pigmen mata Drosophila melanogaster mutan sepia adalah 0,414. Drosophila melanogaster mutan white tidak memiliki kelompok pigmen mata drosopterin dan ommokrom. Drosophila melanogaster mutan claret memiliki kelompok pigmen mata drosopterin dan ommokrom. Drosophila melanogaster mutan sepia memiliki krlompok pigmen mata ommokrom.

5.2. Saran Agar percobaan yang dilakukan dapat mencapai tujuan secara maksimal maka perlu diperhatikan hal-hal sebagai berikut: Lampu sinar ulra violet minimal ada dua buah (Minimal ada di setiap instruk) agar praktikan tidak perlu membuat antrian panjang (mengantri). Praktikan harus lebih sigap dalam memotong kepala Drosophila melanogaster mutan yang telah mati, karena jika terlalu lama, fenotip mutan tersebut bisa hilang sehingga hasil kromatografi tidak akurat.

Daftar Pustaka Bruner, F. 1985. The Science of Chromatography. United States : Elsevier Publishing Company. Cherokee High School. 2013. Diakses melalui http://chsweb.lr.k12.nj.us/psidelsky/chromatography%20reference.htm pada tanggal 27 Oktober 2013 Pukul 19.50. Dahmann, Christian. 2008. Drosophila: Methods and Protocols. United States : Humana Press Inc. Falk, Raphael. 2009. Genetic Analysis: A History of Genetic Thinking. England : Cambridge University Press. Fruton, J.S. 1999. Proteins, Enzymes, Genes: The Interplay of Chemistry and Biology. New Haven: Yale University Press. Hartwell, Leland H. et al. 2008. Genetics From Genes to Genomes 4th edition. USA : McGraw-Hill Companies, Inc. Judd, Sandra. 2010. Genetic disorders sourcebook. United States : Omnigraphics, Inc. Morange, M. 1998. A History of Molecular Biology. Cambridge: Harvard University Press. Snustad, D. Peter dan Michael J. Simmons. 2012. Principles of genetics 6th ed. United States of America : John Wiley & Sons, Inc. Thiemann. 2001. Genotype to Phenotype: Investigating Eye Color Mutations Using Chromatography. Truman State University.