Bioinformtica

La bioinformtica, segn una de sus definiciones ms sencillas, es la aplicacin de tecnologa de computadores a la gestin y anlisis de datos biolgicos.1 Los trminos bioinformtica,biologa computacional y, en ocasiones, biocomputacin, utilizados en muchas situaciones como sinnimos,2 3 hacen referencia a campos de estudios interdisciplinares muy vinculados que requieren el uso o el desarrollo de diferentes tcnicas estudiadas universitariamente en la Ingeniera Informtica como ciencia aplicada de la disciplina informtica.4 Entre estas pueden destarcarse las siguientes:matemtica aplicada,5 estadstica,6 ciencias de la computacin,7 inteligencia artificial,8 qumica9 y bioqumica10 con las que el Ingeniero Informtico soluciona problemas al analizar datos, o simular sistemas o mecanismos, todos ellos de ndole biolgica, y usualmente (pero no de forma exclusiva) en el nivel molecular.11 El ncleo principal de estas tcnicas se encuentra en la utilizacin de recursos computacionales para solucionar o investigar problemas sobre escalas de tal magnitud que sobrepasan el discernimiento humano. La investigacin en biologa computacional se solapa a menudo con la biologa de sistemas.12 Los principales esfuerzos de investigacin en estos campos incluyen el alineamiento de secuencias, la prediccin de genes, montaje del genoma, alineamiento estructural de protenas,prediccin de estructura de protenas, prediccin de la expresin gnica, interacciones protena-protena, y modelado de la evolucin.13 Una constante en proyectos de bioinformtica y biologa computacional es el uso de herramientas matemticas para extraer informacin til de datos producidos por tcnicas biolgicas de alta productividad, como la secuenciacin del genoma. En particular, el montaje o ensamblado de secuencias genmicas de alta calidad desde fragmentos obtenidos tras la secuenciacin del ADN a gran escala es un rea de alto inters.13 14 Otros objetivos incluyen el estudio de la regulacin gentica para interpretar perfiles de expresin gnica utilizando datos de chips de ADN oespectrometra de masas.15

Protemica

Preparacin robtica de muestras para espectrometra de masas MALDI-TOF

Protemica es el estudio a gran escala de las protenas, en particular de su estructura y funcin.1 2 Las protenas son partes vitales de los organismos vivos, ya que son los componentes principales de las rutas metablicas de las clulas. El trmino protemica fue acuado en 19973 como una analoga con genmica, el estudio de los genes. La palabra "proteoma" es la fusin de "protena" y "genoma", y fue acuada por Marc Wilkins en 1994, mientras trabajaba en ese concepto como estudiante de doctorado.4 5 El proteomaes la dotacin completa de protenas,4 incluyendo las modificaciones hechas a un conjunto particular de protenas, producidas por un organismo o sistema. Esto vara con el tiempo y con requisitos diferentes, o debido al estrs, que sufre una clula o un organismo. La descripcin del proteoma permite tener una imagen dinmica de todas las protenas expresadas, en un momento dado y bajo determinadas condiciones concretas de tiempo y ambiente. El estudio y comparacin sistemticos del proteoma en diferentes situaciones metablicas y/o patolgicas permite identificar aquellas protenas cuya presencia, ausencia o alteracin se correlaciona con determinados estadios fisiolgicos. En el caso concreto del anlisis protemico asociado a patologas concretas, es posible identificar protenas que permitiran diagnosticar la enfermedad o pronosticar la evolucin de la misma. Dichas protenas se conocen con el nombre genrico de biomarcadores.6 La protemica es una ciencia relativamente reciente. Para su despegue definitivo, ha sido necesaria la consolidacin definitiva de laespectrometra de masas como tcnica aplicada al anlisis de molculas biolgicas y el crecimiento exponencial en el nmero de entradas correspondientes a genes y/o protenas en las bases de datos. Esto, combinado con el empleo de potentes mtodos de fraccionamiento y separacin de pptidos y protenas como el 2D-PAGE7 (electroforesis de poliacrilamida de dos dimensiones) y la cromatografa lquida de alta resolucin (HPLC), ha permitido consolidar la protemica, desde mediados de los aos 90 del siglo pasado, como ciencia para el anlisis masivo de protenas.
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1 Complejidad del problema 2 reas de estudio

o o

2.1 Separacin de protenas 2.2 Identificacin de protenas

2.2.1 Degradacin de Edman 2.2.2 Espectrometra de masas

2.2.2.1 Identificacin por huella peptdica 2.2.2.2 Anlisis MS/MS

2.3 Interacciones protena-protena

3 Vase tambin 4 Referencias 5 Enlaces externos

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Fecha de incorporacin al glosario: 7-12-2007

Fecha de la ltima modificacin: 7-12-2007

INSERTAR EN WEB AMPLIAR DESCARGAR En la animacin se representa una electroforesis bidimensional y una grfica resultante de las tcnicas de espectrometra de masas.
Definicin: La protemica es el estudio y caracterizacin de todo el conjunto de protenas expresadas de un genoma (proteoma). Las tcnicas de protemica abordan el estudio de este conjunto de protenas. La Protemica permite identificar, categorizar y clasificar las protenas con respecto a su funcin y a las interacciones que establecen entre ellas. De este modo, se pueden caracterizar las redes funcionales que establecen las protenas y su dinmica durante procesos fisiolgicos y patolgicos. La protemica se est aplicando en la identificacin de nuevos marcadores para el diagnstico de enfermedades, la identificacin de nuevos frmacos, la determinacin protenas involucradas en al patogenia de enfermedades y el anlisis de procesos de transduccin de seales. La protemica es el estudio y caracterizacin del conjunto de protenas expresadas de un genoma (proteoma). El proteoma de una clula vara segn el estado en el que se encuentre la clula, si se encuentra en una situacin de estrs, bajo el efecto de frmacos o de una hormona. As, en cada momento y en cada tipo celular el perfil de protenas expresadas ser diferente. La protemica es til para estudiar estas diferencias. Existen tres ramas en la protemica que tratan de caracterizar el proteoma estudiando distintos aspectos del mismo:

La protemica de expresin se encarga del estudio de la abundancia relativa de las protenas y de sus modificaciones postranscripcionales La protemica estructural se encarga de la caracterizacin de la estructura tridimensional de las protenas

La protemica funcional se encarga de la localizacin y distribucin subcelular de protenas y de las interacciones que se producen entre las protenas y otras molculas con el fin de determinar su funcin La Protemica permite identificar, categorizar y clasificar las protenas con respecto a su funcin y a las interacciones que establecen entre ellas. De este modo, se pueden caracterizar las redes funcionales que establecen las protenas y su dinmica durante procesos fisiolgicos y patolgicos.

Las aplicaciones de la protemica son mltiples, pero actualmente se destacan las siguientes:

Identificacin de nuevos marcadores para el diagnstico de enfermedades Identificacin de nuevos frmacos Determinacin de mecanismos moleculares involucrados en la patogenia de enfermedades Anlisis de rutas de transduccin de seales

Las tcnicas ms usadas en protemica se basan en la electroforesis y en la espectrometra de masas. Dependiendo del objetivo del estudio podemos agrupar las tcnicas de protemica en los siguientes grupos:

Tcnicas empleadas para analizar globalmente el proteoma y separar sus protenas. Cabe destacar la electroforesis bidimensional, DIGE (Difference In Gel Electrophoresis: electroforesis diferencial en gel), ICAT (Isotope-Coded Affinity Tags: marcaje isotpico diferencial) y MudPIT(Multidimensional Protein Identification Technology: tecnologa de identificacin de protenas multidimensional) Tcnicas usadas para analizar individualmente las protenas. Con este objetivo se utilizan distintos tipos de espectrometra de masas, como el MALDI-TOF (Matrix-assisted laser desorption/ionization Time Of Flight: desorcin/ionizacin mediante lser asistida por matriz en tiempo de vuelo), SELDI-TOF-MS (Surface Enhanced Laser Desorpcion Ionization Time Of Flight Mass Spectrometry: espectrometra de masas en "Tiempo de Vuelo" mediante desorcin/ionizacin por lser de superficie), MS/MS (Mass Spectrometry/ Mass Spectrometry: espectrometra de masas en tndem). Con estas tcnicas se obtiene la huella peptdica (peptide mass fingerprint). La huella peptdica es el conjunto de fragmentos peptdicos que se obtienen tras tratar una protena concreta con una proteasa determinada. La huella peptdica es caracterstica de cada protena y depende de la enzima con la que se fragmente. Actualmente hay numerosas bases de datos que recogen las huellas peptdicas de multitud de protenas conocidas. Estas bases de datos se pueden rastrear usando programas bioinformticos para buscar la huella peptdica que corresponda con la huella peptdica de la protena que se est estudiando y por tanto poder identificarla. Tcnicas que se usan para estudiar interacciones entre proteinas, como los sistemas yeast two hybrids de alto rendimiento o y la tcnica Phage Display. La tcnica Phage Display permite averiguar con qu protenas interacciona una protena problema o sonda. Esta tcnica consiste en la expresin en la superficie de un fago de las protenas que se quieren analizar. La protena problema o sonda se inmoviliza sobre un soporte o membrana de tal modo que los fagos que expresan las protenas que se unen a la sonda quedan inmovilizados sobre el soporte. Estos fagos se pueden recuperar fcilmente de la membrana y pueden ser empleados para la expresin de la protena en Escherichia coli y su posterior identificacin.

El anlisis y la interpretacin de los datos obtenidos con las tcnicas de protemica descritas anteriormente, especialmente cuanto se utilizan a gran escala, necesita herramientas bioinformticas. Durante los ltimos aos la genmica, la protemica y la bioinformtica se han desarrollado de forma sinrgica experimentando un desarrollo sorprendente que est aportando grandes avances a la medicina.

Protemica-qu es la protemica?

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Protemica es el estudio a gran escala de protenas, especialmente sus estructuras y funciones. Las protenas son partes vitales de los organismos vivos, como son los componentes principales de las rutas metablicas fisiolgicas de las clulas. El trmino "protemica" fue acuado en 1997 para hacer una analoga con la genmica, el estudio de los genes. El palabra "proteoma" es una mezcla de "protena" y "genoma" y fue acuado por Marc Wilkins en 1994 cuando trabajaba en el concepto como un estudiante de doctorado.

El proteoma es el complemento completo de las protenas, se sabe ahora que el MARN no siempre se traduce en protenas, y depende de la cantidad de protena producida por una cantidad dada de MARN el gen que se transcribe desde y sobre el actual estado fisiolgico de la clula. Protemica confirma la presencia de la protena y proporciona una medida directa de la cantidad presente. Los cientficos estn muy interesados en protemica porque da una comprensin mucho mejor de un organismo de genmica. En primer lugar, el nivel de la transcripcin de un gen da slo una estimacin aproximada de su nivel de expresin en una protena. Un mARN producidas en abundancia puede ser degradado rpidamente o traducido de manera ineficiente, resultando en una pequea cantidad de protenas. Segundo, como se ha mencionado muchas protenas modificaciones experiencia que afectan profundamente a sus actividades; por ejemplo, algunas protenas no estn activas hasta que se convierten en fosforilada. Mtodos como phosphoproteomics y glycoproteomics se utilizan para estudiar modificaciones. En tercer lugar, muchas transcripciones dan lugar a ms de una protena, a travs de splicing alternativo o alternativas modificaciones. En cuarto lugar, muchos complejos de forma protenas con otras protenas o molculas de ARN y slo funcin en presencia de estas otras molculas. Finalmente, la velocidad de degradacin de la protena desempea un papel importante en contenido de protenas.

Modificaciones
No slo hace la traduccin de mRNA que diferencias, muchas protenas tambin estn sometidas a una gran variedad de modificaciones qumicas despus de traduccin. Muchos de estas modificaciones son fundamentales para el funcionamiento de la protena.

Fosforilacin
Una modificacin es la fosforilacin, que sucede a muchas enzimas y protenas estructurales en el proceso de sealizacin celular. La adicin de un fosfato a aminocidos particulares comnmente serina y treonina mediada por cinasas serina/treonina o ms raramente tirosina mediado por quinasas de tirosina, produce una protena para convertirse en un destino de enlace o interactuar con un conjunto diferente de otras protenas que reconocen el dominio fosforilado. Porque la fosforilacin de la protena es una de las modificaciones de protenas ms estudiado que muchos esfuerzos "protemica" estn orientados a determinar el conjunto de protenas fosforilados en una celda particular o tipo de tejido bajo circunstancias particulares. Esto advierte al cientfico en las vas de sealizacin que pueden estar activos en esa instancia.

Ubiquitinacin
La ubiquitina es una pequea protena que puede colocarse en ciertos sustratos de protena por enzimas llamadas ligasas de ubiquitina E3. Determinar qu protenas son poli-ubiquitinizada puede ser til para comprender cmo estn regulados los caminos de protena. Por lo tanto, es un estudio adicional legtimo "protemica". Del mismo modo, una vez que se determina qu sustratos son ubiquitinizada por cada ligasa, determinar el conjunto de ligasas expresada en un tipo particular de clula ser til.

Modificaciones adicionales
Listado de todas las modificaciones de protenas que podran ser estudiadas en un proyecto de "Protemica" requerira un debate de la mayor parte de la bioqumica; por lo tanto, una breve lista servir aqu para ilustrar la complejidad del problema. Adems de fosforilacin y ubiquitinacin, las protenas pueden ser sometidos a (entre otros), metilacin, acetilacin, glicosilacin, oxidacin y nitrosylation. Algunas protenas se someten a

todas estas modificaciones, a menudo en combinaciones depende del tiempo, ilustrando acertadamente la complejidad potencial que uno tiene que tratar al estudiar la funcin y estructura de las protenas.

Distintas protenas se hacen bajo distintas configuraciones

Incluso si uno es estudiar un tipo particular de clula, la clula puede hacer diferentes conjuntos de protenas en diferentes momentos, o en diferentes condiciones. Adems, como se ha mencionado, cualquier una protena puede sufrir una amplia gama de modificaciones. Por lo tanto, un estudio "protemica" puede llegar a ser bastante complejo muy rpidamente, incluso si el objeto del estudio es muy restringido. En configuracin ms ambiciosos, como cuando se solicita un biomarcador para un tumor - cuando el cientfico de la protemica est obligado a estudiar muestras de sueros de varios pacientes con cncer - la cantidad de complejidad que debe tratarse es tan grande como en cualquier proyecto biolgico moderno.

Metabolmica
La metabolmica es el conjunto de ciencias y tcnicas dedicadas al estudio completo del sistema constituido por el conjunto de molculas que constituyen los intermediarios metablicos,metabolitos, hormonas y otras molculas seal, y los metabolitos secundarios, que se pueden encontrar en un sistema biolgico. Se trata de un trmino de origen anglosajn propuesto por Oliver et al. en 1998,1 por analoga con los trminos genmica, protemica y Transcriptmica. Como en estos otros sistemas, la metabolmica es el anlisis de un sistema dinmico, que cambia con el tiempo. Se han propuesto y utilizado tambin otros trminos parecidos como por ejemplo glicmica (glicoma), y tambin citmica (clula), y otros.

Qu es la metabolmica? Qu ventajas aporta la metabolmica a las TRAs?

La metabolmica es la ms novedosa de las ciencias llamadas omicas. Es la disciplina cientfica encargada de estudiar los metabolitos, que son pequeas molculas orgnicas que intervienen en los diferentes procesos celulares y nos revelan cmo est funcionando el metabolismo de una clula o ser vivo. La metabolmica estudia los perfiles metablicos en muestras biolgicas (fluidos, tejidos, cultivos celulares, clulas etc.) con la finalidad de descubrir enfermedades, factores de riesgo y determinar biomarcadores. La metabolmica en el campo de la reproduccin asistida permite identificar los biomarcadores que nos revelan cual es el embrin con mayor capacidad de implantacin y por tanto mayor posibilidades de dar lugar a un embarazo.

Biofarmacologa
La biofarmacologa o biotecnologa farmacutica es el campo interdisciplinario entre la farmacologa y la biotecnologa, considerada una ciencia emergente. Consistente en la obtencin de frmacos de origen biolgico (biofarmacutica) en biorreactores. Una gran ventaja de utilizar esta va de obtencin en lugar de la sntesis qumica es que se evita la racemizacin del producto, de manera que se obtiene una elevada cantidad de producto ms fcilmente purificable de los productos similares y por tanto el proceso consigue aumentar el rendimiento y bajar los costes.

Otra ventaja consiste en la obtencin de compuestos que son prcticamente imposibles de obtener por cualquier otra va como muchas de las protenas recombinantes. Esta ciencia contribuye en el desarrollo y diseo de nuevas terapias, investiga la Terapia gnica, y la produccin de frmacos a travs de procesos biotecnologicos como antibiticos; integrando el conocimiento en el mecanismo de enfermedades. Se puede tomar como una especialidad para farmacuticos, biotecnlogos, (bio)qumicos y bilogos.

Bioqumica

Representacin esquemtica de la molcula de ADN, la molcula portadora de la informacin gentica.

La bioqumica es una ciencia que estudia la composicin qumica de los seres vivos, especialmente las protenas, carbohidratos, lpidos y cidos nucleicos, adems de otras pequeas molculas presentes en las clulas y las reacciones qumicas que sufren estos compuestos (metabolismo) que les permiten obtener energa (catabolismo) y generar biomolculas propias (anabolismo). La bioqumica se basa en el concepto de que todo ser vivo contiene carbono y en general las molculas biolgicas estn compuestas principalmente de carbono, hidrgeno, oxgeno, nitrgeno, fsforo y azufre. Es la ciencia que estudia la base qumica de las molculas que componen las clulas y los tejidos, que catalizan las reacciones qumicas del metabolismo celular como la digestin, la fotosntesis y la inmunidad, entre otras muchas cosas. Podemos entender la bioqumica como una disciplina cientfica integradora que aborda el estudio de las biomolculas y biosistemas. Integra de esta forma las leyes qumico-fsicas y la evolucin biolgica que afectan a los biosistemas y a sus componentes. Lo hace desde un punto de vista molecular y trata de entender y aplicar su conocimiento a amplios sectores de la Medicina (terapia gnica y Biomedicina), la agroalimentacin, la farmacologa.

La Bioqumica constituye un pilar fundamental de la biotecnologa, y se ha consolidado como una disciplina esencial para abordar los grandes problemas y enfermedades actuales y del futuro, tales como el cambio climtico, la escasez de recursos agroalimentarios ante el aumento de poblacin mundial, el agotamiento de las reservas de combustibles fsiles, la aparicin de nuevas formas de alergias, el aumento del cncer, lasenfermedades genticas, la obesidad La bioqumica es una ciencia experimental y por ello recurrir al uso de numerosas tcnicas instrumentales propias y de otros campos, pero la base de su desarrollo parte del hecho de que lo que ocurre en vivo a nivel subcelular se mantiene o conserva tras el fraccionamiento subcelular, y a partir de ah, podemos estudiarlo y extraer conclusiones.
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1 Historia 2 Ramas de la bioqumica 3 Tcnicas bioqumicas bsicas 4 Expectativas y retos de la bioqumica 5 Importantes bioqumicos espaoles 6 Vase tambin 7 Referencias 8 Enlaces externos

El Servicio de Bioqumica y Gentica Molecular (BGM) tiene como propsito principal facilitar los recursos necesarios para el desarrollo, realizacin e interpretacin de pruebas analticas en el mbito de la qumica clnica as como el impulso de programas de investigacin y formacin en medicina de laboratorio. Est constituido por un equipo multidisciplinar de facultativos con amplia experiencia en la puesta a punto y ejecucin de mtodos analticos de radioinmunoensayo, enzimoinmunoensayo, anlisis gentico, cromatografa de alta resolucin, espectrometra de masas, secuenciacin de ADN, genmica y protemica. Ofrecemos un catalogo de ms de 450 parmetros analticos en las siguientes reas:

Bioqumica general Oncobiologa Enfermedades metablicas hereditarias Hormonologa Citogentica Gentica molecular Toxicologa y farmacologa

Los facultativos del Servicio tienen amplia experiencia en asesoramiento y orientacin diagnstica, as como en el diseo y realizacin de proyectos de investigacin clnica con reconocida competencia a nivel nacional e internacional. El BGM tambin incluye los siguientes institutos, laboratorios y unidades:

Instituto de Bioqumica Clnica (IBC) Laboratorios de Cribaje Pre y Neonatal y de Cncer de Colon. Trabajan en estrecha colaboracin con la Direccin General de Salud Pblica del Departament de Salut de la Generalitat de Catalunya en diversos programas preventivos. Laboratorio de Farmacologa Laboratorio de Cultivos Celulares Unidad de DNA