Naging laganap ang sosyal at pulitikal na organisasyon ngpopulasyonsa mga pulo. Ang mgamagsasakalamang ngHilagang Luzonang nagkaroon ng konsepto ng teritoryalismo.
.Maraming kategorya ang mga alipin: ang mga magsasakang walang lupa;ang mga timawang nawalan ng kalayaan dahil sa pagkakautang o parusa sakrimenat ang mgabihag ngdigmaan.
Kahit kumalat ang Islam saLuzon, ang pagsamba pa rin sa mgaanitoangrelihiyonngkaramihan sa mga pulo ng Pilipinas. Dinala ng mga Muslim ang pulitikal na konsepto ng mgaestadong pinamunuan ng mgarahaatsultan.Ngunit ang mga konsepto ng mga Muslim at ng mgamagsasaka ng Hilagang Luzon ng teritoryalismo ay hindi lumaganap sa ibang lugar.
Fernando de Magallanesna nakarating sa Pilipinas noong1521.Estatwa niLapu-Lapuna nakatayo sa lugar kung saan napatay daw si Magallanes noong 1521.Unang nakarating ang mga Europeo sa Pilipinas sa pagdating ng expedisyon ng mga Español napinamunuan ngPortugesna siFernando de MagallanesnoongMarso 16,1521. Pumalaot siMagallanes sa pulo ngCebu, inangkin ito para sa Espanya, at binigyan ito ng pangalan na
Magiliw siyang nakipag-ugnayan sa ilang mga lokal nadatu.Nagdaos pa sila ng tradisyonal nasandugokung saan pinalalabas ang dugo sa braso, inihahalo sa tubig o alak at iniinom nilangmagkasama. Sa ganitong paraan, ang dugo ng kasama niya ay nasa kanyang mga ugat na ginagawasilang "magkapatid sa dugo", isang sagrado at hindi pwedeng ipawalang-bisa na kasunduan.Nakumbinsi pa ni Magellan na magingKristiyano.
Nagawa niya itong gawin kay Humabon ng Cebudahil sa Kristiyanismo, ginagalang ng mga bata ang mga matatanda. Ito ang nag-enganyo sakonbersyon dahil noong panahong iyon ay hindi iginagalang ng mga bata ang matatanda dahil walana silang magagawang mabuti sa tribu. Ang mga kabataan ang nag-uutos sa mga matanda.Nagpakita ito ng isang mahalagang pangyayari sa kasaysayan ng Pilipinas. Nagwagi si Magallaneslaban kay Humabon sa pamamagitan ng pagdadala ng bagong kultura na nagpapahalaga sadignidad ng tao.Ngunit, napatay si Magallanes ng pangkat niLapu-Lapu,na tumutol sa pamamahala ng Espanya.Hinamon ni Magallanes si Lapu-Lapu sa isang labanan, upang ipakita kung paano lumaban ang mgaEuropeo. May tatlong dahilan kung bakit natalo si Magallanes laban kay Lapu-Lapu. 1) Hindi siyanagpadala ng tauhan upang suriin ang lugar, 2) binalaan niya ang kalaban na siya aatake at 3)pumayag siyang mas maraming tribo ang lumaban sa kanyang mga tauhan.
Sa mga sumunod na dekada, iba pang mga ekspedisyon ang ipinadala ng Espanya sa Pilipinas.Noong1543,pinamunuan niRuy López de Villalobosang isang ekspedisyon patungo sa mga pulo atpinagalang
Las Islas Felipinas
(mula sa pangalan niFelipe IIng Espanya) ang mga pulo ngSamar atLeyte.Hindi nagtagal, ibinigay ang pangalang ito sa buong arkipelago.
Kolonya ng Espanya
Ang permanenteng paninirahan ay naitatag lamang noong1565nang makarating ang ekspedisyonna pinmunuan niMiguel Lopez de LegazpisaCebumula saMexico. Ang pamumuno ng mgaEspanyol ay naitatag sa mga maliliit na malayang pamayanan na walang alam sa pamahalaangsentralisado.
Matapos ang anim na taon, nang matalo ang isangMuslimna datu, itinatag ni Legazpiang isang kabisera sa Maynila, na nagbigay ng pangunahing daungan saLook ng Maynila, isangmalakingpopulasyonat malapit sa mga kapatagan ngGitnang Luzon.
Naging sentro ngpamahalaang kolonyal ang Maynila, pati na rin ang aktibidad na pang-militar, pang-relihiyon at pang-komersyal.Naglayag ang mga bantog nagalyonsa pagitan ng Maynila atAcapulco,Mexico. Dinala nila angpilakat ilang mahahalagangmetalmula saBagong Mundosa Maynila upang bumili ng mga pampalasamula saMoluccasat angporselana,
atsedamula saTsinaat Timog-silangangAsya. Bagama't ginamit ang mga ito sa Mexico, karamihan sa mga kalakal ang dinala sa Espanya,upang ipagbili saEuropa.Ang Pilipinas ay naginglalawiganngNueva Espanyahanggang1821, nang makamit ng Mexico angkalayaan.
Naging problema ng mga Kastila ang pakikipaglaban ng mga Muslim saMindanaoatSulu.Bilang sagot sa pag-atake ng mga Espanyol sa mga Muslim at kanilang mga kakampi, sinalakay nilaang mga lugar saLuzonatBisayasna nasa ilalim ng pamamahala ng Espanyol. Naglunsad ang mgaKastila ng mga kampanya laban sa mga Muslim, ngunit wala itong naging tiyak na resulta hanggangsa gitna ng ika-19 siglo.Magkaugnay angSimbahanatEstadonoong panahon ng Kastila. Naging responsibilidad ng estadoang mga establishimentong pang-relihiyon.
Isa sa mga naging layunin ng Espanya sakolonyalisasyon ng Pilipinas ay ang pagbibinyag ng mgatribusa Kristiyanismo. Ang pagpapalit ngrelihiyon ay naganap dahil sa kawalan ng ibang maayos na relihiyon, maliban sa Islam, na laganap saTimog. Ang mga seremonya ng simbahan ay naging bantog, na naging dahilan upang mapasamaang iba't ibangpistasatradisyongPilipino.
Watawat ngNueva EspanyaNaging sanhi nito ang pagdami ng mga Katoliko sa bansa, na tinutulan ng mga Muslim saMindanaoat mga tribu sa Hilagang Luzon (tulad ng mgaIfugaongKordilyeraat ang mgaMangyanngMindoro.
Ang mga Kastila ay nagtayo ng tradisyonal naorganisasyonngbarangaysa pamamagitan ng mgapinunong lokal sa mababang antas ng pamamahala. Ang istilong ito na di-direktang pamamahala ang