Overview Walaupun sel mempunyai beragam bentuk dan jenis, namun setiap sel memiliki genome yang sama

dengan sel lainnya, dan diferensiasi sel yang menyebabkan sel memiliki beragam bentuk dan jenis tersebut sangat bergantung pada ekpresi gen daripada perubahan apapun pada urutan basa nukleotida di dalam genome suatu sel. Beragam Jenis Sel Pada Organisme Multiseluler Mengandung DNA Yang Sama Ada beragam jenis sel di dalam organisme multiseluler yang berbeda dengan sel lainnya termasuk pada manusia karena sel-sel tersebut mensintesis dan mengakumulasi beberapa set yang berbeda dari DNA dan molekul protein. Sel yang Berbeda Mensintesis Rangkaian Protein yang Berbeda Pernyataan-pernyataan mendasar tentang hal ini : Banyak hal dan proses-proses yang umum terjadi dan sama pada semua sel, seperti protein struktural kromosom, protein ribosom, mekanisme repair DNA, pembentukan enzim-enzim metabolisme, dll. Beberapa protein hanya spesial terdapat pada sel-sel tertentu sesuai fungsinya, dan tidak dapat dideteksi dengan tes apapun, misalnya hemoglobin yang hanya terdapat pada sel darah merah. Studi pada mRNA yang berbeda menunjukkan bahwa pada suatu saat, sebuah sel biasa pada manusia dapat mengekspresikan sekitar 30%-60% dari total 25.000 gen. Sebuah sel dapat membentuk protein melalui tahap-tahap berikut ini : 1. Melakukan kontrol kapan dan seberapa sering sebuah gen ditranskripsikan (transcriptional control) 2. Melakukan kontrol terhadap penyambungan dan pengolahan transkrip RNA (RNA processing control) 3. Memilih mRNA mana yang telah selesai untuk diekspor dari nuklesus ke sitoplasma serta menentukan di bagian sitoplasma sebelah mana mRNA tersebut akan dilokalisasi (RNA transport and localization control) 4. Memilih mRNA mana di sitoplasma yang akan ditranslasikan oleh ribosom (translation control) 5. Secara selektif mendestabilisasi molekul mRNA tertentu di dalam sitoplasma (RNA degradation control) 6. Secara selektif mengaktivasi, menonaktivasi, mendegradasi atau menempatkan molekul protein spesifik setelah protein tersebut dibuat (protein activity control)

GENETIC IMPRINTING / CETAKAN GENETIK

Molecular Biology of The Cell Sel mamalia adalah diploid, mengandung satu set gen yang diwariskan dari ayah dan satu set gen lainnya dari ibu. Ekspresi dari sebuah minoritas kecil gen-gen tergantung dari apakah gen-gen tersebut diwariskan dari ayah atau dari ibu ketika penggandaan gen ayah yang diwariskan bersifat aktif dan penggandaan gen ibu yang diwariskan bersifat diam/pasif atau sebaliknya, makan fenomena ini disebut dengan genomic imprinting/pencetakan genomik. Banyak mekanisme yang berkontribusi pada penekanan gen stabil : Histon reader dan protein writer dengan diatur oleh gen regulator protein, membuat sebuah bentuk represif dari kromatin. Sebuah de novo DNA metilase ditarik oleh histon reader dan metilase ke dekat sitosin pada DNA, yang mana terikat oleh protein pengikat metil DNA. Selama replikasi DNA sebagian dari histon yang telah termodifikasi akan diwariskan oleh satu kromosom anak perempuan, dan sebagian oleh lainnya, dan pada setiap anak perempuan histon-histon tersebut dapat menginduksi rekonstruksi dari pola kromatin yang sama. Pada saat yang sama, mekanisme bagaimana pola DNA metilasee diwariskan secara penuh akan menyebabkan kromosom anak perempuan tersebut mewariskan pola metilasi yang sama. Kedua mekanisme pewarisan tersebut akan saling memperkuat jika metilasi DNA menstimulasi aktivitas dari histon writer. Skema ini dapat menjelaskan pewarisan histon dan modifikasi DNA oleh anak perempuan dan juga menjelaskan kecenderungan dari beberapa modifikasi kromosom untuk tersebar di seluruh kromosom. Contoh nyata yaitu gen Igf2 pada tikus. Gen Igf2 ini berperan dalam pertumbuhan prakelahiran, dan tikus yang tidak mengekpresikan gen ini secara keseluruhan akan lahir dengan ukuran setengah dari ukuran tikus normal. Namun hanya paternal copy Igf2 dari jantan yang ditranskripsikan, dan hanya copy gen ini untuk fenotipe. Sehingga tikus yang memperoleh mutasi paternal gen Igf2 menjadi kerdil, ketika tikus lain dengan mutasi gen maternal Igf2 adalah normal. Pada embrio awal, gen yang menunjukkan pencetakan ditandai dengan metilasi sesuai dengan apakah gen-gen tersebut diperoleh dari kromosom sperma atau kromosom sel telur. Dalam hal ini, metilasi DNA digunakan sebagai tanda untuk membedakan dua copy dari sebuah gen yang mungkin identik. Karena cetakan-cetakan gen entah bagaimana dilindungi dari gelombang demetilasi yang terjadi tidak lama setelah fertilisasi. Tanda ini memampukan sel somatik untuk mengingat asal parental masing-masing dari dua copy gen dan mengatur ekspresinya sedemikian rupa. Dalam kasus yang sering terjadi, cetakan metil diam di dekat ekspresi gen. Dalam beberapa kasus lain, cetakan metil dapat mengaktivasi ekspresi dari sebuah gen. Dalam kasus gen Igf2 tadi, metilasi sebuah elemen insulator pada kromosom yang diperoleh dari jantan dapat memblok fungsi gen Igf2 dan mengijinkan sebuah distant enhancer untuk mengaktivasi transkripsi gen Igf2. Tetapi pada kromosom yang diperoleh dari betina, elemen insulator tersebut tidak termetilasi dan gen Igf2 tidak ditranskripsikan. IMPRINTING MECHANISM (GENERAL) / MEKANISME CETAKAN GENOMIK (UMUM)

By Florian M. Pauler and Denise P. Barlow Genes Dev. 2006 Published by Cold Spring Harbor Laboratory Press (CSH Press) Gugusan jejak gen menampung banyak jejak gen mRNA dan setidaknya satu jejak non-pengkodean RNA (noncoding RNA / ncRNA). Dua jejak ncRNA diketahui bertindak sebagai cis-acting pembungkam domain, menunjukkan bahwa pembungkaman RNA dapat menjadi hal utama dalam jejak genomik. Pada mamalia, jejak genomik menyebabkan rangkaian gen identik untuk diperlakukan berbeda oleh mesin transkripsi sel, karena pewarisan mereka hanya berasal dari ayah maupun ibu saja. Jejak genomik adalah mekanisme epigenetik cis-acting yang menghasilkan ekspresi spesifik parental dari ratusan gen dalam tubuh kita. Gen yang paling sering terjejak/membekas (traced) ditemukan di dalam gugusan yang menampung antara 3 sampai 11 jejak gen dan masing-masing gugusan jejak diregulasi oleh satu Imprint Control Element (ICE). Kita juga tahu bahwa metilasi DNA bertindak sebagai jejak untuk menekan aktivitas dari Imprint Control Element (ICE) pada satu kromosom parental. Namun alam tidak memilih model paling sederhana dimana imprint gen memodifikasi sebuah promotor untuk membungkam sebuah jejak gen. Sebaliknya jejak metilasi bertindak pada penekan cisacting jarak jauh yang mengontrol banyak gen, yang sering terletak pada jarak yang jauh pada kromosom yang sama. Mayoritas gen dalam sebuah gugusan jejak adalah jejak pengkodean protein gen mRNA, namun setidaknya ada salah satu yang selalu merupakan jejak ncRNA. Yang menarik dari jejak ncRNA adalah mereka selalu resiprokal terhadap ekspresi gen spesifik parental dengan tanggung jawab pada jejak gen mRNA di dalam sebuah gugus. Kromosom parental yang kekurangan metilasi ICE memberikan jejak dan mengekspresikan ncRNA dan menekan ekspresi banyak gen mRNA ketika kromosom parental yang lain yang membawa metilasi ICE memberikan jejak dari ncRNA dan mengekspresikan gen mRNA. Resiprokal dari ekspresi spesifik parental dari jejak mRNA dan ncRNA mengindikasikan bahawa ncRNA memainkan sebuah peran penting dalam membungkam gen mRNA dalam sebuah gugusan jejak.