Langkah selanjutnya adalah pewarnaan.

Spesimen dari hotplate diambil dan dideparafinasidengan larutan Xylol I dan Xylol II masing-masing selama 15 menit tujuannya yaitu untukmenghilangkan parafin yang ada pada spesimen. Kemudian di rehidrasi dengan alcohol bertingkat mulaidari 100%, 95%, 80% dan 70% yang masing-masing dilakukan 5 kali pencelupan, namun sebelumnyakaca preparat di seka dengan tissue agar konsentrasi alcohol tidak berubah. Setelah itu dicelupkan padapewarna hematoksilin yang berguna untuk mewarnai inti sel, setelah itu celupkan pada air kranmenggunakan wadah agar specimen tidak hilang. Lakukan pewarnaan dengan pewarna eosin yang berguna untuk mewarnai sitoplasma selama 10 menit, cuci kembali dengan air kran dan keringkandengan tissue. Lakukan kembali dehidrasi dengan alcohol bertingkat mulai dari 30%, 50%, 70%, 80%, 95% dan 100%, seka dengan tissue lalu masukkan ke dalam larutan Xylol II dan Xylol I masingmasingselama 5 menit, larutan Xylol berguna untuk menjernihkan. Setelah itu beri entelan di tengah-tengah spesimen sebanyak 1-2 tetes yang berguna untuk merekatkan lalu tutup dengan kaca objek dan amati di bawah mikroskop.

Pembahasan: Bahas masing2 preparat. Apa saja kesulitan yang ditemui dalam masing-masing tahapan Apa kelebihan dan kekurangan metode paraffin Sebutkan jenis-jenis mikrtom beserta fungsinya Sebutkan pula jenis2 pewarna jaringan dan fungsinya serta cara kerjanya.

Lakukan deparafinasi (penghilangan parafin yang terdapat dalam jaringan) sebelum pewarnaan, dengan cara preparat yang telah dilekatkan pada gelas benda dicelupkan dalam xylol murni 2 x 5 menit. Lalu lakukan rehidrasi dalam larutan alkohol bertingkat yang terdiri atas alkohol absolut (100%) 2x, alkohol 90%, alkohol 80%, alkohol 70% masing-masing 30 celupan dan akuades 30 celupan hingga tampak jernih. Sampel yang sudah dideparafinasi dan direhidrasi, direndam dalam larutan Mayers

Hematoxylin selama 10 menit kemudian dicuci dengan air mengalir selama 1 menit.
Selanjutnya jaringan dicelupkan dalam air Scott selama 8-10 celupan, diikuti pencucian dalam air mengaalir selama 1 menit. Sampel kemudian dicelupkan ke dalam larutan Eosin selama 2 menit dan dicuci beberapa saat dalam air mengalir dan selanjutnya didehidrasi dalam larutan alkohol bertingkat mulai dari 70%, 80%, 90%, 100% 2x masing-masing 30 celupan. Sampel dijernihkan dalam larutan xylol murni 2 x 2 menit dan ditutup dengan gelas penutup menggunakan perekat entelan new.