Azot Metabolizmas

Yalnzca belli prokaryotlar atmosferik azotu fiksleyebilir. Azot fikasayonunun ilk rn amonyaktr. Amonyak dier organizmalar tarafndan dorudan veya nitritler, nitratlar ya da a.aler gibi dier znr bileiklere dntrldkten sonra kullanlabilir. Biyolojik azotun fiksasyonu ok iyi korunmu bir protein kompleksi olan Nitrogenaz Kompleksi ile gerekletirilir

Nitrogenaz kompleksi; dinitrogenaz reduktaz + dinitrogenaz Dinitrogenaz redktaz (Mr 60 000)= iki ayn altbirimden oluan bir dimerdir. Tek bir 4Fe-4S redoks merkezi ierir ve tek elektronla oksitlenebilir ve indirgenebilir. Ayrca ATP/ADP iin iki balanma blgesi vardr. Dinitrogenaz (Mr 240 000) iki farkl altbirimden oluur, bu iki altbirimden ikier tane bulunur, tetramer Hem demir hem moliblen ierir.

ndirgeyici merkezleri her tetramerde toplam olarak 2 Mo, 32 Fe ve 30 S ierir. Fe ve Sn yars kadar P demetleri denen iki tane 4Fe-4S kprl-ift eklindedir. Kalan yeni bir demir-molibden kofaktrnn bir ksm olarak bulunur. Molibden yerine vanadyum ieren yeni bir nitrogenaz formu bulunmutur ve baz bakteri trleri her iki tip nitrogenaz sistemini de retir.

Azot fiksasyonu ok indirgenmi bir dinitrogenaz formuyla gerekletirilir Sekiz elektrona gereksinir Alts N2 indirgenmesi iin, 2 si tepkime mekanizmasnn vazgeilmez ksm olan bir molekl H2 retmek iin Dinitrogenaz, elektronlarn dinitrogenaz redktazdan transferiyle indirgenir.

ATPnin rol, termodinamik deil katalitik olmas asndan ilgintir. ATP yalnzca bir veya daha ok fosfoanhidrit bann hidroliziyle kimyasal enerjiye deil, ayrca aktivasyon enerjisini dren kovalent olmayan etkileimlerle balayc enerjiye de katkda bulunur. Dinitrogenaz redktazn yerald tepkimede hem ATP balanmas hem de ATP hidrolizi, azot fikslenmesi iin gerekli yksek aktivasyon enerjisini salamak iin gerekli protein konformasyonel deiikliklerini gerekletirir.

Redktaza ATP balanmas, dinitrogenaza elektron transfer etmek iin gerekli olan indirgeyici gc artrr. Her elektronun dinitrogenaz reduktazdan dinitrogenaza transferinden hemen nce iki ATP molekl hidrolizlenir. Nitrogenaz kompleksinin bir baka nemli zellii oksijen varlnda ok kararsz olmasdr. Redktaz havada inaktifleir, yar mr 30 saniyedir; dinitrogenazn havadaki yar mr 10 dakikadr.

Azotu fikse eden serbest fromdaki bakteriler bu sorunla birka yoldan mcadele eder. Bazlar yalnzca anaerobik yaar veya oksijen varlnda nitrogenaz sentezini basklar. Azotobacter vinelandii gibi baz aerobik trler elektron transportu ve ATP sentezi elemesini bozar, bylece oksijen hcreye girdii anda hzla yaklr. Azotu fiksleyen bu bakteri kltrleri oksijenden kurtulmak iin abalarken snrlar.

Baz filamentz azot-fiksleyen siyanobakteriler baka bir yaklam kullanr. Her dokuz hcreden biri, azot fiksasyonu iin zellemi, hcre duvarlar oksijenin girmesini nleyecek kadar kaln olan bir heteroksite dnr. Marul tr bitkiler ve bunlarn kk nodllerindeki azot-fiksleyen bakteriler arasndaki simbiyotik iliki, hem tepkimenin enerji gereksinimini hem de enzimlerin oksijen kararlln salar.

Azot fiksasyonu iin gerekli olan enerji olaslkla bitkiler ve bakteriler arasndaki bu ilikinin evrimsel itici gcdr. Kk nodllerindeki bakteriler, bitkiler tarafndan uygun hale getirilen ok miktarda karbohidrat ve sitrik-asit dngs ara bileikleriyle byk bir enerji deposuna ulaabilirler. Bu, bakterilerin toprak koullarnda serbest yaayanlara gre daha fazla azot fikse etmelerini salar. Oksijen-zehirlenmesi problemini zmek iin, kk nodllerindeki bakteriler bitkilerce oluturulan, leghemoglobin denen oksijenbalayc bir hem proteini havuzunda yzerler.

Amonyak Biyomolekllere Glutamat ve Glutamin Aracl ile Katlr

NH4 formundaki indirgenmi azot, amino asitler ve daha sonra da dier azot-ieren biyomolekllerin iine dahil olurlar. ki amino asit, glutamat ve glutamin kritik giri noktasn oluturur. Bu ayn iki amino asit amonyak metabolizmasnda nemli roller oynarlar. Glutamat transaminasyon tepkimeleriyle dier amino asitlerin ou iin amino grubu kaynadr.

ou hcre tipinde ve yksek organizmlarn hcred svsnda bu aminoasitlerden biri veya her ikisi dier amino asitlere gre daha yksek deriimde bulunur. Glutamat ve glutaminin biyosentetik yollar basittir. NH4n glutamata katlmasndaki en nemli yol iki tepkimeye gereksinir. nce glutamat sentaz glutamat ve NH4ten glutamin elde edilmesini katalizler.

Enzime-bal gama-glutamil fosfatn bir arabileiktir. Glutamin sentaz tm organizmlarda bulunur. Bakterilerde NH4 asimilasyonundaki neminin yansra memelilerde toksik serbest NH4 kanda tanmas iin glutamine dntrerek amino asit metabolizmasnda ok nemli bir rol oynar. Bakteri ve bitkilerde glutamat glutamat sentazn katalizledii bir tepkimeyle glutaminden oluur.

Sitrik asit dngsnde bir arabileik olan alfa-ketoglutarat, glutaminin azot vericisi olduu bir tepkimeyle indirgeyici aminasyona urar. Hayvanlarda glutamat sentaz yoktur. Bunun yerine, amino asit katabolizmas srasnda alfa-ketoglutaratn transaminasyonu gibi ilemlerle glutamat yksek deriimlerde tutulur.

Glutamin Sentaz Nitrojen Metabolizmasnda nemli Bir dzenleyici Noktadr

Glutamin sentazn aktivitesi tm organizmlarda kontrol edilir E. coli gibi bakterilerde bu dzenleme ok komplekstir. Enzimin Mr 50 000 olan 12 ayn altbirimi vardr. Hem allosterik, hem de kovalent modifikasyonla dzenlenir. Alanin, glisin ve glutamin metabolizmasnn en azndan alt son rn enzimin allosterik inhibitrleridir.

Amino asitlerin Biyosentezi

Tm amino asitler glikoliz, sitrik asit dngs veya pentoz fosfat yolu arabileiklerinden trer. Azot bu yollara glutamat veya glutamin araclyla girer. Baz yollar basittir, bazlar deildir. Organizmalarn 20 standart amino asidi sentezleme yetenei ok deiir. ou bakteri ve bitki tm 20sini sentezleyebilirken memeliler yalnzca yarsn sentezleyebilirler.

Metabolik nclerine Gre Gruplandrlm Biyosentetik Amino Asit Aileleri

Alfa-ketaglutarat; Glutamat, Glutamin, Prolin, Arjinin (gen hayvanlarda esansiyel) Pirvat; Alanin, Valin, Lsin 3-fosfogliserat; Serin, Glisin, Sistein Fosfoenolpirvat ve eritroz 4-fosfat; Triptofan, Fenilalanin, Tirozin Riboz-5-fosfat; Histidin Oksaloasetat; Aspartat, Asparajin, Metiyonin, Treonin, Lizin, zolsin

D-amino asitler Birincil Olarak Bakterilerde Bulunur

Her ne kadar D-amino asitler genellikle protein yapsna katlmasalar da, bakteri hcre duvarnda ve peptit antibiyotiklerin yaplarnda zel ilevler yapar. Bakterilerin peptidoglikanlar D-alanin ve Dglutamatn her ikisini de ierir. D- amino asitler dorudan L-izomerlerinden, kofaktr olarak pridoksal fosfat kullanan amino asit rasemazlarn etkisiyle oluturulur.

Amino asitlerin optik aktivitelerinin deimesi (raseminazyon) bakteriyel metabolizma iin ok nemlidir ve alalnin rasemaz gibi enzimler farmakolojik ajanlarn ilk hedefidir. Bu ajanlardan biri, L-floroalanin antibakteriyel bir ila olarak test edilmektedir. Bir dieri, sikloserin, tberkloz tedavisinde kullanlmaktadr.

Aromatik Amino Asitler Birok Bitki Maddesinin ncldr

Fenilalanin, tirozin ve triptofan bitkiler iin nemli olan eitli bileiklere dntrlr. Kat polimer lignin fenilalanin ve tirozinden tremitir. Lignin polimerlerin yaps komplekstir ve tam olarak aklanamamtr. Fenilalanin ve tirozin ticari nemi olan doal rnlerde bulunurlar; bunlar arasnda potansiyel fizyolojik etkileri olan maddeler vardr.

Ayrca kimyon ya, hindistan cevizi, karanfil, vanilya ve biber gibi kokulu rnlerin bileenleridir Tirptofan bitki byme hormonu indol-3 asetat veya oksinin ncldr. Oksin bitkilerde ok eitli biyolojik srelerde dzenleyici olarak ilev yapar.

Amino Asitler Dekarboksilasyonla Biyolojik Aminlere Dntrlr

Birok nemli nrotransmitr basit yollarla amino asitlerden trevlenen birincil veya ikincil aminlerdir. Ek olarak DNA ile kompleks oluturan baz poliaminler re dngsnn bir bileeni olan ornithin amino asidinden trer. Bu yollarn pek ounda yaygn olarak amino asit dekarboksilasyonu, yani bir dier pridoksal fosfat (PLP)-gerektiren tepkime yeralr.

Tirozin, dopamin, nropinerfin ve epinerfrin ieren bir katekolaminler ailesini oluturur. Katekolamin dzeyleri kan basncndaki deiimlere uyumludur. Bir nrolojik bozukluk olan Parkinson hastalnda dopaminin dk dzeylerde retimi grlr L-dopa verilerek tedavi edilir. Beyinde dopaminin fazla retimi izofreni gibi psikolojik bozuklarla balantldr.

Bir inhibitr nrotransmitr olan gamaaminobtirat (GABA) glutamatn dekarboksilenmesiyle oluturulur. GABAnn dk dzeyde retimi epileptik nbetlerden sorumludur. Epilepsi ve hipertansiyon tedavisinde GABA analoglar kullanlmaktadr. GABA dzeyleri ayrca GABA paralayc enzim GABA amino transferazn inhibitrleri uygulanarak da artrlabilmektedir. Bir dier nemli nrotransmitr, serotonin, iki aamal yolla triptofandan retilir.

Histidin Histamin oluturmak zere dekarboksillenir. Histamin hayvan dokularnda kuvvetli bir vasodilatrdr (=damar geniletici). Histamin alerjiye cevap olarak byk miktarda salglanr ve ayn zamanda mide asit salglanmasn uyarr. Histamin sentezini veya etkilerini dzenlemek iin giderek artan miktarlarda farmakolojik rnler tasarlanmaktadr. Histedin analou Simetidin=gastrik asit salgsn inhibe edici etkisiyle duodenal lser tedavisinde kullanlr.

POLAMNLER

Yaplarnda iki ya da daha fazla amin grubu tayan bileiklerdir Fizyolojik pH da polikatyondurlar. DNA paketlenmesinde kullanlan spermin ve spermidin gibi poliaminler, metiyonin ve ornitinden (hayvanlarda) trevlenir. lk basamak arjinin ncs olan ornitinin dekarboksilenmesidir. PLP gerektiren bir enzim olan ornitin dekarboksilaz, farmastik ajan olarak baz gl inhibitrlerin hedefi konumundadr DFMO=diflorametilornitin

Arjinin Nitrik Oksidin Biyolojik Sentezinin ncsdr

1980lerin ortasna doru nitrik oksidin (NO) nemli bir biyolojik mesaj ileticisi olduu anlalmtr. nsanlarda NO nrotransmisyon, kan phtlamas ve kan basncnn kontrol gibi eitli fizyolojik ilemlerde rol oynar. Nitrik oksit yapsal olarak NADPH sitokrom P450 ile ilikili dimerik bir enzim olan nitrik oksit sentaz (NOS; bitkilerde AtNOS, alglerde Nitrit reduktaz) tarafndan, NADPH-baml bir tepkimeyle arjininden sentezlenir. Bu tepkime be elektronlu bir oksidasyondur.

Enzimin her bir altbirimi drt deiik kofaktrn birini bal olarak ierir; FMN, FAD, tetrahidrobiyoterin ve Fe+3 hem, NO dayankl bir molekldr ve depolanamaz Sentezi nitrik oksit sentazn Ca+2kalmodulinle etkilemesiyle stimle edilir.