REKOMBINASI PADA FAG BAKTERI ( BAB 14 )

Resume Disusun Untuk Memenuhi Mata Kuliah Genetika II Yang Dibimbing Oleh Prof. Dr. A. Duran Corebima, S.P ., M.Si

Oleh! Alfiani "ahma#ati Ali,ia -itriani P.P $%%&'()())&'*+ $%%&'()())&).+

Yunita Di/ah Safitri $%%&'()())&)0+

UNIVERSITAS NEGERI MALANG FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM JURUSAN BIOLOGI 1o,ember )&%'

REKOMBINASI PADA FAG BAKTERI "ekombinasi genetik 2uga ter2a i 3a a lingkungan fag bakteri /ang telah ibuktikan oleh bebera3a tim 3enelitian sekitar tahun %0(*. Rekom !"#s! I"$e%&e"!k '#" Peme$##" F#& B#k$e%! "ekombinasi intergenik maksu n/a a alah rekombinasi /ang melibatkan ua lokus $ ua strain /ang berbe a+. Contohn/a 3a a 3er4obaan /ang ilakukan oleh 5arse/ an "otman 3a a %0(0 /akni engan menggunakan sistem E. coli 6) /ang bergenoti3 h+r $rentang inang wild type, lisis 4e3at+ an hr+$rentang inang lebar, lisis normal+. Pa a 3er4obaan tersebut menggunakan fag untuk menginfeksi bakteri. Setelah satu 2am, bakteri lisis an turunan ari fag ini ikembangkan 3a a me ium /ang su ah berisi 4am3uran E. coli strain 7 an 78). 9ika 3a a 3er4obaan tersebut ti ak ter2a i rekombinasi, maka ke ua genoti3 in uk inilah /ang itemui 3a a genti3 turunan. 1amun 2uga 3a a me ia 4a#an 3etri. Perhitungan frekuensi $3resentase+ rekombinan ihitung atas asar rumus sebagai berikut! (h+r+) ( ()%) * +,#k $o$#, - 1.. / 0%ekue"s! %ekom !"#" 1ilai frekuensi rekombinan itu merefleksikan 2arak antar gen. Dalam hal ini 5ershe/ menga2ukan hi3otesis /ang men/atakan bah#a A a ' kelom3ok 3autan 3a a fag 6) Proses 3enggabungan $kombinasi+ se4ara bebas $independent assortment+ antara kemom3ok:kelom3ok 3autan itu itan ai oleh frekuensi rekombinasi sebesar '&;, an bukan sebesar <&;. 6i ak han/a terbatas 3a a fag 6), melainkan 2uga ilakuakan 3er4obaan rekombinasi fag bakteri /ang memanfaatkan infeksi simultan tiga strain /ang melibatkan tiga gen. hasil 3er4oban inibahkan igunakan untuk 3emetaan gen fag. itemukan genoti3 rekombinan hr+ an hr isam3ing genoti3:genoti3 in uk. 5asil 3er4obaan tersebut beru3a 3lak /ang a a

Ke2a ian rekombinasi han/a a3at ter2a i karena a a 3ertukaran genetik antara ketiga strain, 3ertukaran genetik itu berlangsung melalui ua alternatif 4ara! %. 6er2a i ua rekombinasi berurutan alam sel /ang sama= kombinasi /ang 3ertama berlangsung antara kromosom ua strain, se angkan rekombinasi ke ua berlangsung antara strain rekombinan /ang telah terbentuk an strain ketiga. ). 6er2a i >3erka#inan serem3ak? antara ketiga kromosom ari ketiga strain 3a a suatu #aktu /ang sama. Ke2a ian unik /ang mengakibatkan ter2a in/a rekombinasi 3a a fag tern/ata 2uga ber am3ak 3a a nilai interferensi genetik, /ang bersangkut 3aut engan nilai frekuensi rekombinasi 3a a aerah kromosom fag /ang ber ekatan. Pa a keban/akan makhluk hi u3, nilai interferensi gnetik 3ositif /ang menan akan bah#a 3eristi#a 3in ah silang /ang ter2a i 3a a aerah kromosom akan menghambat 3in ah silang 3a a bagian kromosom /ang a a i ekatn/a. Pa a ban/ak 3ersilangan antar fag, interferensi genetik 2ustru negatif. 5al itu berarti bah#a 3in ah silang 3a a suatu aerah kromosom akan meningkatkan ke2a ian 3in ah silang 3a a aerah kromosom i ekatn/a. 6er a3at fenomena lainn/a /ang isebut engan high negati,e interferen4e. Pa a fenomena ini frekuensi rekombinasi gan a a3at meningkatkan men4a3ai nilai /ang '& kali lebih tinggi ari3a a frekuensi hara3an. Salah satu 4ontoh /aitu 3a a ata /ang terungka3 3a a 3ersilangan tiga gen /ang ilakukan oleh Chase an Doermann. Persilangan ini ilakukan antara berbagai mutan r 3a a fag 6(, an frekuensi hara3an. 9ika frekuensi rekombinan 3a a ua inter,al kromosom ber ekatan men2a i lebih ke4il maka ter2a i 3eningkatan interferensi negatif /ang men4olok. 9a i, 3er3asangan an 3ertukaran /ang ter2a i i lingku3 suatu aerah kromosom /ang ke4il akan meningkatkan 3eluang 3ertukaran genetik tambahan i alam kelas aerah sem3it tersebut. Rekom !"#s! I"$%#&e"!k

De#asa ini rekombinasi intragenik tern/ata 2uga buah kar/a kesohor ari Se/mor 7en@er. Pa a a#al

itemukan 3a a fag. eka e %0<& 7en@er

"ekombinasi intragenik 3a a fag ini ila3orkan 3a a fag 6(, /ang meru3akan melakukan 3engamatan an 3engka2ian rin4i terha a3 lokus r88 fag 6(. Dalam hal ini 7en@er berhasil melaksanakan 3er4obaan /ang mengungka3 kebera aan rekombinan:rekombinan genetik /ang sangat 2arang ter2a i akibat 3ertukaran /ang berlangsung alam gen, bukan antar gen sebagaimana /ang i3a3arkan sebelumn/a. 7en@er 2uga berhasil menun2ukkan bah#a 3eristi#a rekombinasi sema4am itu ter2a i antar D1A fag:fag bakteri selama infeksi simultan terha a3 E.coli. 5asil akhir ari ker2a 7en@er a alah terungka3n/a 3eta rin4i ari lokus r88. Karena informasi /ang terungka3 sangat rin4i, maka ker2a 7en@er isebut sebagai analisis struktur halus ari gen. U3a/a 3ertama /ang ilakukan ben@er a alah melakukan isolasi atas se2umlah besar mutan i alam lokus r88 fag 6(. tern/ata mutan alam lokus r88 ini menghasilkan 3lak:3lak /ang berlainan 2ika ibiakkan 3a a 4a#an /ang mengan ung E.coli strain 7. Kun4i analisis 7en@er terletak 3a a ken/ataan bah#a mutan:mutan r88 ti ak a3at melakukan lisis se4ara berhasil terha a3 suatu strain E.coli /ang lain, /aitu K%) $A+ /ang telah mengalami lisogenasi oleh fag, meski3un mutan:mutan itu mam3u menginfeksi an melalukan lisis terha a3 E.coli 7. -ag strain #il : t/3e mam3u melakukan lisis terha ao3 ke ua strain B.4oli tersebut, strain 7 an K%) $A+. 7erkenaan engan hal tersebut, iba/angkan bah#a 2ika ter2a i rekombinasi i alam lokus r88 /ang menghasilkan rekombinasi #il :t/3e itu a3at hi u3 i alam sel E.coli K%) $A+ an mam3u menga akan lisis terha a3n/a, se angkan mutan rekombinasi ti ak mam3u melakukann/a. Dalam hubungan ini iba/angkan bah#a 3o3ulasi fag /ang ter iri atas lebih ari 00,0 3ersen mutan r88 serta kurang ari &,% ; strain #il :t/3e ibiarkan menginfeksi strain K%), maka strain rekombinan #il :t/3e berhasil bere3ro uksi serta menghasilkan 3lak:3lak #il :t/3e= inilah taha3 kritis alam u3a/a menemukan an menghitung rekombinan:rekombinan /ang sangat 2arang.

U3a/a lain 2ug ilakukan 7en@er untuk menghitung 2umlah total turunan mutan mau3un 2umlah total rekombinan #il :t/3e. Dalam hubungan ini 7en@er memanfaatkan teknik 3engen4eran serial, menentukan mutan r88 /ang tersebut terbukti mutan. 7en@er 2uga melakukan suatu u3a/a lagi alam rangka lebih ata atau an engan teknik 7en@er mam3u ihasilkan 3a a E.coli 7 mau3un 2umlah total

rekombinan #il :t/3e /ang melakukan lisis terha a3 B.4oli K%) $A+. Per4obaan ari ken/ataan bah#a 7en@er mam3u menemukan satu fag iantara sekitar %&& 2uta fag turunan rekombinan #il :t/3e /ang ter4am3ur

mengamankan 3elaksanaan 3er4oobaan sekaligus men2aga ketelitian U2i kom3lementasi itu

hasil 3er4obaan. Satu u3a/a /ang 2uga ilakukan itu a alah u2i kom3lementasi. ilakukan karena selama melakukan kontrol terha a3 3er4obaann/a terutama isaat B.4oli strain K%) $A+ se4ara simultan iinfeksi oleh 3asangan strain mutan /ang berbe a. Pen2elasan atas fenomena /ang sangat membingungkan itu i3eroleh melalui u2i kom3lementasi, karena 7en@er ber3en a3at bah#a selama melakukan infeksi se4ara bersamaan, tia3 strain mutan itu memberikan sesuatu /ang ti ak imiliki oleh strain lainn/a an 2ika hal itu ter2a i maka fungsi atau kemam3uan strain #il :t/3e akan 3ulih. Pasangan:3asangan mutan u2i /ang melakukan kom3lementasi satu sama lain ikelom3okkan ke alam kom3lementasi /ang lain. 6ia3 kelom3ok kom3lementasi ini isebut sebagai 4istron oleh 7en@er. Cistron A an 7 3a a lokus r88 fag 6(, su ah iketahui sebagai ua buah gen /ang berlainan. Melalui u2i kom3lementasi, akhirn/a seluruh mutan 3a a lokus r88 a3at i3isahkan men2a i ua /aitu 4istron A an 7. 7ilamana ban/ak 3asangan mutan i3erlakukan 3a a u2i kom3lementasi, maka tia3 mutan 3asti terkelom3ok le kom3lementasi, /ang alam salah satu ari ua kelom3ok isebut sa2a sebagai A an 7. tiea3 kelom3ok

kom3lementasi ini isebut sebagai 4istron oleh 7en@er. Cistron A an 7 3a a lokus rll fag 6(, an telah iketahui sebagai ua buah gen /ang berlainan. Melalui u2i kom3lementasi ta i /ang akhirn/a seluruh mutan 3a a lokus rll, i3isahkan men2a i ua, /akni 4istron A a3at an 4istron 7. 3a a 3er4obaan

rekombinasi intragenetik

alam mengungka3 rekombinasi intragenetik alam 4istron 7,

alam an

4istron A serta mengungka3 rekombinasi intragenetik memanfaatkan mutan /ang berbe a.

Di4ontohkan suatu 3roto4ol 3er4oban 3a a gambar

iatas,se4ara 3resentase

rekombinan a3at itentukan 3ertama kali engan menghitung 2umlah 3lak 3a a 3engen4eran /ang te3at 3a a setia3 kasus, 2umlah rekombinan a alah seban/ak (C%&:'8ml se angkan total turunan a alah DC%&:08ml, maka frekuensi rekombinan antara ua mutan a alah )E(C%&:'F ! DC%&:0 G )$&,< C %&:.+ G %&:. G &,&&&&&% G &,&&&% ; Se3erti 3a a mahkluk lain eukariotik, nilai frekuensi rekombinan$ alam 3ersen+ uakali i3an ang setara engan 2arak antara ua mutan, 3erhitungan 3erlu ua 3ro uk t/3e, ikarenakan tia3 3eristi#a rekombinasi menghasilkan

resi3rok, han/a satu iantara #il t/3e /ang i eteksi. Sangat ban/ak rekombinasi instragenetik /ang sama sekali ti ak memun4ulkan rekombinan #il tern/ata hal itu bersangkut 3aut engan mutan alam aerah 4istron A an 7 /ang isebabkan oleh elesi.rekombinasi instragenetik /ang memun4ulkan rekombinan #il t/3e han/a ter2a i antara mutan /ang mem3un/ai latar belakang mutasi titik.2ika suatu mutan berlatar mutasi titik /ang 2ustru terletak mun4ul. alam aerah 4istron itu /ang mengalami elesi, maka rekombinan #il t/3e ti ak 3ernah akan

-enomena ini 2uga 3erlu i2ernihkan lagi untuk mengamankan 3er4obaan rekombinasi instragenetik A an 7. alam hal ini ilakukann/a u2i elesi untuk memastikan sesuatu mutan itu berlatar mutasi titik atau elesi.

5asil kar/a 7en@er in berhasil iungka3 men ahului ka2ian molekuler gen rin4i /ang baru mam3u ilaksanakan 3a a tahun %0.&. 7en@er membuktikan bah#a suatu gen bukanlah suatu 3artikel /ang ti ak a3at ibagi, ibuktikan bah#a gen a alah unit:unit mutasi an rekombinasi /ang tersusun alam suatu susunan /ang s3esifik. PERTAN1AAN %. 7agaimana 3erbe aan nilai interferensi genetik /ang imiliki keban/akan makhluk hi u3 engan nilai interferensi genetik /ang imiliki oleh fagH J#2# #" 3 Pa a keban/akan makhluk hi u3 memiliki nilai interferensi genetik 3ositif $akibat nilai koefisien koinsi ensi kurang ari %+ an hal

tersebut menun2ukkan bah#a 3in ah silang /ang ter2a i 3a a suatu aerah kromosom akan menghambat 3in ah silang 3a a aerah kromosom fag aerah i ekatn/a. 1ilai interferensi genetik 3a a fag 6 /akni negatif imana hal tersebut menun2ukkan bah#a 3in ah silang /ang ter2a i 3a a kromosom i ekatn/a. ). Dari seluruh analisis /ang ilakukan 7en@er terha a3 suatu 3er4obaan, imanakah letak kun4i atau 3oint 3enting /ang /ang ihasilkanH J#2# #" 3 Kun4i analisis 7en@er terletak 3a a ken/ataan bah#a mutan: mutan r88 ti ak a3at melakukan lisis se4ara berhasil terha a3 suatu strain E.coli /ang lain, /aitu K%) $A+ /ang telah mengalami lisogenasi oleh fag, meski3un mutan:mutan itu mam3u menginfeksi an melalukan lisis terha a3 E.coli 7. -ag strain #il :t/3e mam3u melakukan lisis terha ao3 ke ua strain B.4oli tersebut, strain 7 an K%) $A+. 7erkenaan engan hal tersebut, iba/angkan bah#a 2ika ter2a i rekombinasi i alam lokus r88 /ang menghasilkan rekombinasi #il :t/3e itu a3at hi u3 i alam sel E.coli K%) $A+ an mam3u menga akan lisis terha a3n/a, se angkan mutan rekombinasi ti ak mam3u melakukann/a. '. 7agaimana fungsi ari en@im integrase 3a a 3eristi#a rekombinasi /ang ter2a i 3a a mkahluk hi u3H J#2# #" 3 Bn@im integrase 3a a ken/ataann/a a3at ber3eran sebagai suatu en@im to3oisomerase. Dalam hal ini en@im integrase membuat suatu 3emutusan alam 3osisi men/am3ing $ti ak berha a3:ha a3an+, 2arak antara ke ua tem3at /ang ter3otong a alah se2auh * nukleoti a. Pemutusan unting D1A itu ter2a i 3a a ta3ak attP mau3un ta3ak attB. kromosom akan meningkatkan ter2a in/a 3in ah silang 3a a suatu aerah