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L
a comprensión de la relevancia y de la compleja nomenclatura de los centenares de bacterias «importante»puede constituir un considerable desafío. Sin embargo,
la clave de esta tarea depende de la organización sistemática del
desconcertante conjunto de diferentes microorganismos enunas relaciones lógicas (es decir, de una clasificación taxonómica de los microorganismos).
Clasificación fenotípica
Las
morfologías microscópica
y
macroscópica
de lasbacterias fueron las primeras características utilizadas paraidentificarlas y aún constituyen unos elementos fundamentales en la mayoría de los algoritmos de identificación utilizados actualmente (cuadro 2-1). Por ejemplo, las bacterias sepueden clasificar según su capacidad de retención de la tinción de Gram (microorganismos grampositivos y gramnega-tivos) y por la forma de cada célula (cocos, bacilos, espirilos).Además, el aspecto macroscópico de las colonias bacterianas (p. ej., las propiedades hemolíticas en un medio de agarsangre, la pigmentación, el tamaño y la forma de las colonias y el olor de las colonias) también se emplea en la identifi
cación de las bacterias.
Streptococcus pyogenes
es una bacteria
grampositiva que forma largas cadenas de cocos y apareceen forma de pequeñas colonias hemolíticas de color blanco enlas placas de agar sangre. Las características morfológicas seutilizan para realizar una identificación provisional del microorganismo y poder seleccionar otros métodos de clasificación con un mayor poder de discriminación, ya que muchosmicroorganismos pueden presentar un aspecto muy similaren el examen macro y microscópico.Los métodos más frecuentes y que todavía se utilizan en laidentificación de las bacterias consisten en determinar la presencia o la ausencia de unos marcadores bioquímicos específicos (p. ej., capacidad de fermentación de hidratos de carbonoespecíficos o la utilización de diferentes compuestos comofuente de carbono para poder proliferar; presencia de protea-sas, lipasas o nucleasas específicas; o presencia de enzimashidrolíticas específicas como lipasas y nucleasas). El empleode ciertas pruebas bioquímicas permite identificar con unalto grado de precisión la mayoría de las cepas clínicamentesignificativas. Además, estos métodos se han empleado parasubdividir los grupos de microorganismos más allá del nivelde especie, principalmente con fines epidemiológicos (p. ej.,para determinar si un grupo de microorganismos pertenecientes al mismo género y especie comparten un origen común o bien proceden de fuentes distintas). Estas técnicas sonconocidas como determinación del biotipo o
biotipado.
Dado que numerosas bacterias poseen antígenos característicos, los anticuerpos utilizados para su detección constituyen una potente herramienta diagnóstica
(serotipado).
Estas pruebas serológicas se realizan con el fin de identificarmicroorganismos que son inertes frente a las pruebas bioquímicas (p. ej.,
Francisella,
el microorganismo causante dela tularemia), cuyo cultivo es difícil o imposible (p. ej.,
Trepo-nema pallidum,
el microorganismo responsable de la sífilis),asociados a síndromes específicos (p. ej., el serotipo 0157de
Escherichia coli,
responsable de la colitis hemorrágica) odeben identificarse de forma rápida (p. ej.,
S. pyogenes,
responsable de la faringitis estreptocócica). Por otra parte, ladeterminación de los serotipos se emplea también con finesepidemiológicos.Otros ejemplos de los métodos fenotípicos utilizados en laclasificación de las bacterias son el estudio de los patrones desensibilidad del microorganismo frente a distintos antibióticos
(antibiograma)
y el
lisotipado
(susceptibilidad a determinados virus que infectan a las bacterias). Las técnicasde susceptibilidad a los antibióticos tienen un menor poder dediscriminación. El lisotipado es una técnica engorrosa, por loque actualmente ha sido sustituida por técnicas genéticascon mayor sensibilidad.
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CUADRO 2-2. Clasificación analítica de las bacteriasAnálisis de los ácidos grasos de la pared celularAnálisis de los lípidos celulares totalesAnálisis de las proteínas celulares totalesElectroforesis enzimática tipo
multifocus locus 
Clasificación analítica
Las características analíticas de las bacterias se han utilizado también para clasificarlas en géneros, especies y subes-pecies (cuadro 2-2). El patrón cromatográfico de los ácidosmicólicos de la pared celular es característico de un grannúmero de especies de micobacterias, por lo que durantemuchos años se ha utilizado en la identificación de las especies aisladas con mayor frecuencia. El análisis de los lípidospresentes en la totalidad de la célula también es un métodoútil para la descripción de numerosas especies bacterianas yde levaduras. Otras técnicas empleadas para la caracterización, fundamentalmente a nivel de subespecie y con fines epidemiológicos, son el análisis de las proteínas celulares (análisis proteómico mediante
espectroscopia de masas)
y lasenzimas celulares
(electroforesis enzimática tipo
multi-loci).
Sin embargo, y pese a que estos métodos analíticos sonprecisos y reproducibles, requieren un gran trabajo y unainstrumentación muy cara. Por tal motivo, estos análisis seemplean principalmente en los laboratorios de referencia.
Clasificación genotípica
El método más preciso de clasificación de las bacterias es elanálisis de su material genético (cuadro 2-3). Aunque inicial-mente los microorganismos se clasificaron según la
relaciónguanina/citosina,
este procedimiento se ha abandonadoen gran medida a favor de otros métodos con mayor poderde discriminación. Aunque la
hibridación del ADN
(ácidodesoxirribonucleico) se utilizó en un principio para establecer la relación existente entre las cepas bacterianas (es decir, para determinar si dos cepas pertenecían al mismo géneroo especie), más recientemente esta técnica se ha empleadopara conseguir una rápida identificación de los microorganismos mediante el uso de sondas moleculares. Se extraeel ADN del microorganismo a identificar y se expone a unassondas moleculares específicas de unas especies concretas. Lafijación de la sonda al ADN permite confirmar la identidad delmicroorganismo. Esta técnica también se ha utilizado para la
CUADRO 2-1. Clasificación fenotípica de las bacteriasMorfología microscópica SerotipoMorfología macroscópica Patrones de antibiogramaBiotipo Fagotipo
identificación directa de microorganismos en muestras clínicas,lo cual evita la necesidad de cultivarlos. La hibridización delADN también constituye una valiosa herramienta diagnóstica para la rápida detección e identificación de microorganismosde crecimiento lento, como micobacterias y hongos.Una ampliación del método de hibridación es el llamado
análisis de secuencias de ácidos nucleicos.
Se utilizansondas para localizar unas secuencias específicas en los ácidosnucleicos que son características de un género, especie osubespecie determinado. Estas secuencias se amplifican hastaproducir millones de copias, tras lo cual se secuencia el material genético amplificado con el propósito de definir la identidad exacta de la cepa. La aplicación más frecuente de estemétodo es el análisis de secuencias de ADN ribosómico, puesto que existen tanto secuencias de ADN muy conservadas (es
pecíficas de familia o de género) como secuencias muy variables
(específicas de especie o de subespecie). Esta técnica tambiénse ha empleado para definir la relación evolutiva existente entre distintos microorganismos, así como para identificar microorganismos de crecimiento difícil o imposible. La mayorparte de los cambios recientes introducidos en la nomenclatura taxonómica se han relacionado con la aplicación delanálisis de secuencias de ácidos nucleicos. Una ampliación deeste método es la secuenciación del genoma completo de unabacteria, la cual es ya posible desde el punto de vista técnico,aunque aún no se haya utilizado con fines diagnósticos.Otros métodos utilizados fundamentalmente para clasificar los microorganismos a nivel de subespecie y con fines epidemiológicos son el
análisis de plásmidos,
el
ribotipado
yel
análisis de fragmentos del ADN cromosómico.
A lolargo de los últimos años se han simplificado los aspectos técnicos de todos estos métodos hasta lograr que la mayor partede los laboratorios clínicos utilicen diferentes variaciones ensu práctica habitual.En los cuadros 2-4 a 2-8 se ofrece un esquema de clasificación de gran utilidad para organizar las numerosas bacteriasque se describirán en los capítulos posteriores del texto. Sinembargo, es preciso destacar que la lista de microorganismosno es exhaustiva. De este modo, se han omitido muchos géneros que suelen aislarse en las muestras clínicas con el fin desimplificar la presentación. Los microorganismos incluidosen estos cuadros de resumen son aquellos que se estudiarán enlos capítulos posteriores. Asimismo, debe tenerse en cuentaque la organización exacta de las bacterias en familias, géneros y especies continúa cambiando.
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CUADRO 2-3.
Clasificación genotípica de las bacteriasRelación guanina citosinaAnálisis de la secuencia del ácido nucleicoAnálisis de plásmidosRibotipifícaciónFragmento de ADN cromosómico
 
CLASIFICACIÓN DE LAS BACTERIAS
CAPÍTULO 2CUADRO 2-4.
Cocos grampositivos aerobios
Cocos catalasa-positivos
Micrococcus Staphylococcus 
Cocos catalasa-negativos
Aerococcus Alloiococcus Enterococcus Lactococcus Leuconostoc Pediococcus Streptococcus 
CUADRO 2-5.
Bacilos grampositivos aerobios
Actinomicetos con ácidos micólicos en la pared celular
Corynebacterium Gordonia Nocardia Rhodococcus Tsukamurella Mycobacteríum 
Actinomicetos sin ácidos micólicos en la pared celular
Actinomadura Dermatophüus Nocardiopsis Oerskovia Rothia Streptomyces 
Actinomicetos termofílicos
Saccharomonospora Saccharopolyspora Thermoactinomyces Tropheryma 
Otros bacilos grampositivos
Arcanobacteríum Bacillus Brevibacterium Erysipetothrix Gardnerella Listeria 
Turícelía 
CUADRO 2-6.
Cocos,
Cocos y cocobacilos
Branhamella Moraxella Neisseria 
Bacilos
Enterobacteriaceae
Citrobacter Enterobacter Escheríchia Ktebsiella Morganella Plesiomonas Proteus Salmonella Serratia Shigella Yersinia 
Vibrionaceae
Vibrio 
Aeromonadaceae
Aeromonas 
Campylobacteriaceae
Arcobacter Campylobacter 
cocobacilos y bacilos gramnegativos aerobiosHelicobacteriaceae
Helicobacter 
Pseudomonadaceae
Pseudomonas 
Pasteurellaceae
Actinobacillus Haemophilus Pasteurella 
Otros géneros
Acinetobacter Bartonella Bordetella Brucella Burkholdería Capnocytophaga Cardiobacteríum Eikenella Francisella Kingella Legionella Stenotrophomonas Streptobacillus 
CUADRO 2-7.
Bacterias
Cocos grampositivos
Anaerococcus Finegoldia Micromonas Peptostreptococcus Schleiferella 
Cocos gramnegativos
Veillonella 
grampositivas y gramnegativas anaerobias
Bacilos grampositivos
Actinomyces Bifidobacteríum Clostrídium Eubacterium Lactobacillus Mobiluncus Propionibacterium 
Bacilos gramnegativos
Bacte mides Fusobacterium Porphyromonas Prevotella 
CUADRO 2-8.
Bacterias diversas con importancia médicaMycoplasmataceae
Mycoplasma Urea plasma 
Spirochaetaceae
Borrelia Treponema 
Leptospiraceae
Leptospira 
Chlamydiaceae
Chlamydia Chlamydophila 
Otras bacterias
Coxiella Ehrlichia Oríentia Rickettsia 9 
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