Resumen Captulo 16

CICLO DE CIDO CITRICO

ste ciclo hay que entenderlo como la otra va usada para la obtencin de ATP en la cual el piruvato formado en la gluclisis (vase captulo 14) en vez de ser fermentado, es en presencia de Oxigeno (O2) reducido de una mayor forma a CO2 y H2O a esto se le denomina respiracin. Y respiracin celular la entenderemos como el proceso en que las clulas consumen O2 y producen CO2. Hay que tener en cuenta que la Respiracin se lleva a cabo en tres fases esenciales, la primera que es donde los combustibles orgnicos (glucosa, cidos grasos y algunos aminocidos) son oxidados convirtindolos en el grupo acetilo del Acetil Coenzima A, luego de este proceso los grupos acetilo son incorporados al Ciclo del cido ctrico donde se degradan hasta CO2, la energa de este proceso oxidativo es almacenada en la forma reducida de NADH y FADH2. Finalmente estos transportadores de electrones (FADH2 y NAH) son oxidados nuevamente liberando el protn con sus electrones que son transportados por la cadena respiratoria hasta el O2, durante la trasferencia electrnica la energa es almacenada en forma de ATP. En este captulo se toma desde la conversin del piruvato en grupos cetilo para su incorporacin al ciclo del cido ctrico, ciclo de los cidos tricarboxlicos (ciclo TCA) o ciclo de Krebs como tambin es conocido. Fig16-1

Principios en Bioqumica Lehninger cuarta Edicin Producido por Yacir Pinto & Dedicado a mi novia Catalina <3!

Resumen Captulo 16

16.1 Produccin de Acetil CoA (acetato activado)

En los organismos aerbicos, la glucosa y otros azcares, cidos grasos y algunos aminocidos son degradados finalmente a CO2 y H2O a travs del ciclo del cido ctrico y la cadena respiratoria, para esto el esqueleto carbonado debe ser oxidado al acetilo de la Acetil Coenzima A, teniendo en cuenta que hay otros aminocidos que dan otros intermediarios del ciclo. En este caso veremos como el piruvato producido por azcares y glucosa se oxida a Acetil CoA y CO2 gracias a un complejo de tres enzimas con mltiples copias (complejo multienzimtico) el complejo piruvato deshidrogenasa (PDH), se localiza en la mitocondria en las clulas eucariotas y en el citosol en las procariontes.

El piruvato se oxida a Acetil CoA y CO2

La reaccin catalizada por el complejo piruvato deshidrogenasa es una descarboxilacin oxidativa, un proceso donde el Piruvato (de 3 carbonos) pierde un grupo carboxilo (recordar que el grupo es COO-) en forma de CO2 quedando 2 carbonos que se transforman en el grupo acetilo del Acetil CoA, el NADH formado (por el desprendimiento que hace la Coenzima A de su hidrgeno al unirse a la forma de grupo Acetil que forma el piruvato) libera un in Hidruro (:H-) a la cadena respiratoria que transporta 2 electrones hasta el oxgeno, este proceso finalmente genera 2,5 ATP por par de electrones. ste proceso es irreversible puesto se ha demostrado que el CO2 generado no se vuelve a unirse para formar Piruvato.

Principios en Bioqumica Lehninger cuarta Edicin Producido por Yacir Pinto & Dedicado a mi novia Catalina <3!

Resumen Captulo 16

El Complejo Piruvato Deshidrogenasa necesita cinco enzimas

El proceso de deshidrogenacin y descarboxilacin del piruvato requiere de 3 enzimas y 5 coenzimas o grupos prostticos -Pirofosfato de Tiamina (PPT), el flavina adenina dinucletido (FAD), Coenzima A (CoA como CoA-SH a veces por importancia del grupo SH), nicotinamida adenina dinucletido (NAD) y el lipoato-. Cuatro vitaminas son fundamentales son parte de este sistema: Tiamina en el PPT, la riboflavina en el FAD, la nicotinamida en el NAD y el pantotenato en CoA. LA importancia del grupo Tiol (SH) de la CoA es que este grupo puede formar enlaces covalentes grupos acilo formando tioster y stos son dadores de grupos acilo a diferentes molculas receptoras.

Principios en Bioqumica Lehninger cuarta Edicin Producido por Yacir Pinto & Dedicado a mi novia Catalina <3!

Resumen Captulo 16
Otro componente, el Lipoato contiene 2 grupos Tiol que pueden ser oxidados reversiblemente formando enlaces disulfuro (S-S) lo que lo transforma en un transportador de grupos acilo y electrones.

El Complejo Piruvato deshidrogenasa est compuesto por tres enzimas diferentes

Las tres enzimas diferentes son: piruvato deshidrogenasa (E1), dihidrolipoil transacetilasa (E2) y dihidrolipoil deshidrogenasa (E3). Cabe aclarar que esas tres enzimas se repiten mltiplemente y en cantidades dependientes del organismo. E2 forma el ncleo del complejo y es el punto de conexin con el Lipoato. Es as como E2 contiene 3 dominios funcionales diferentes, dominio lipoilo amino terminal (aminocido Lys), el dominio de unin E1 y E3 y el dominio Acetil transferasa que contiene el sitio activo. En los diferentes organismos hay diferente cantidad de dominios lipoilo siendo en la levadura 1, en los mamferos 2 y en la E. Coli 3. Los dominios de E2 estn separados por secuancias de 20 a 30 a ricos en Ala y Pro y cargas que los tienden a mantenerse estirados separando as los dominios.

El sitio activo de E1 contiene TPP unido y el de E3 contiene FAD

En la canalizacin de sustratos, los intermediarios nunca abandonan la superficie enzimtica

1 Aqu se muestra un esquema en que el paso se ve como se libera el C-1 en forma de CO2 y como se une el resto en forma de hidroxietilo al TPP, siendo este el paso ms lento y el que determina la velocidad de reaccin. En el paso se transforma 2

Principios en Bioqumica Lehninger cuarta Edicin Producido por Yacir Pinto & Dedicado a mi novia Catalina <3!

Resumen Captulo 16
en acetato reduciendo los enlaces disulfuro (-S-S) de un grupo lipoilo a grupos Tiol en E2, luego este acetato es esterificado por el Tiol y luego transesterificado con el 3 CoA formando Acetil CoA (Paso ). Los siguientes pasos producidos en E3 ( 4 y 5 ) son pasos de transferencias electrnicas para dejar generar nuevamente los enlaces disulfuro del grupo Lipoilo, dejando as libre la enzima E2 para otro ciclo, estos electrones pasan por FAD y NAD+. El proceso que se vio es un ejemplo de canalizacin de sustratos, pues al ser un complejo agrupado ocurre rpidamente sin difundir los sustratos fuera del complejo, y por tanto los intermediarios jams abandonan el complejo. Con esto se mantiene una concentracin de E2 muy alta y se impide el robo del acetilo por otras enzimas. Por ello el dficit de Tiamina produce problemas en el proceso y afecta sobre todo al cerebro, produciendo una enfermedad conocida como beriberi.

16.2 Reacciones del ciclo del cido ctrico

El ciclo consta con la incorporacin del Acetil CoA que cede su grupo acetilo (2 Carbonos) al oxalacetato (4 Carbonos) formando citrato (6 carbonos). ste es transformado en isocitrato (6 carbonos) que al deshidrogenizarse pierde CO2 generando - cetoglutarato (4 Carbonos), el cual pierde luego otro CO2 produciendo succinato (4 Carbonos) el cual mediante 3 reacciones ms vuelve a ser oxalacetato el cual puede empezar un nuevo ciclo. La energa de oxidacin se almacena en forma de NADH y FAH2. Hay que tener en cuenta que los intermediarios nombrados tambin juegan un rol en otras reacciones de la clula por lo que no es un ciclo totalmente cerrado. Todo esto en las clulas eucariotas ocurre estrictamente en la mitocondria.

Principios en Bioqumica Lehninger cuarta Edicin Producido por Yacir Pinto & Dedicado a mi novia Catalina <3!

Resumen Captulo 16

El ciclo del cido ctrico tiene ocho pasos

1) Formacin del citrato: Del Acetil CoA junto con oxalacetato a formando citrato catalizado por la citrato sintasa: El carbono del metilo del Acetil CoA se une al grupo carbonlico del oxalacetato produciendo un intermediario que es hidrolizado muy rpidamente en Coenzima A y Citrato. La gran variacin de energa libre es importante para que se lleve a cabo con las bajas concentraciones de oxalacetato. La CoA que se forma
Principios en Bioqumica Lehninger cuarta Edicin Producido por Yacir Pinto & Dedicado a mi novia Catalina <3!

Resumen Captulo 16
puede participar en la descarboxilacin oxidativa de otro Piruvato. La citrato sintasa presenta un sitio de unin para el oxalacetato que al unirse cambia la conformacin de la enzima y ahora puede unirse un Acetil CoA (formndose citril CoA en la enzima), luego otro cambio rompe el enlace tioster liberando CoA. 2) Formacin del Isocitrato va cis-aconitato Por medio de la enzima hidratasa (aconitasa) se trasformacin reversible del isocitrato, por medio intermediario el cis-aconitato. aconitato logra la citrato a de un

Pese a ser un proceso reversible la tendencia en la clula es hacia la formacin de Isocitrato debido a que cuando este es formado se utiliza inmediatamente llevando la reaccin hacia su formacin. La aconitasa contiene un centro ferrosulfurado que ayuda en la fijacin del sustrato y en la funcin cataltica del H2O del proceso.

Principios en Bioqumica Lehninger cuarta Edicin Producido por Yacir Pinto & Dedicado a mi novia Catalina <3!

Resumen Captulo 16
3) Oxidacin del Isocitrato a -cetoglutarato y CO2 En este paso la descarboxilacin oxidativa del Isocitrato se lleva a cabo por la Isocitrato deshidrogenasa formando +2 cetoglutarato. El Mn del sitio activo interacciona con un intermediario fugaz (el oxalosuccinato) y posteriormente estabilizando la molcula para as luego dar lugar al -cetoglutarato. Existen 2 tipos de esta enzima, una que usa NAD+ y otra que usa NADP, la primera presentndose en la matriz mitocondrial y en el ciclo de Krebs mientras que la otra en la matriz mitocondrial y citosol, pese a esa diferencia ambas reacciones son exactamente iguales como se muestra en la siguiente imagen:

4) Oxidacin del -cetoglutarato a succinil CoA y CO2 Este proceso se lleva a cabo por el complejo -cetoglutarato deshidrogenasa; presentando NAD+ como aceptor de electrones y el CoA como transportador del grupo succinilo. Este complejo y reacciones son de la misma forma que el complejo del piruvato deshidrogenasa ya descrito, con todas sus coenzimas y sus 3 enzimas (E1, E2, E3); pero presentando unas diferencias.
Principios en Bioqumica Lehninger cuarta Edicin Producido por Yacir Pinto & Dedicado a mi novia Catalina <3!

Resumen Captulo 16
En E1 la diferencia radica en que sus componentes la hacen afn al -cetoglutarato en vez del piruvato, el complejo E2 es muy similar ya que tambin posee grupos lipoilo unidos covalentemente y en caso del grupo E3 son idnticos a la del complejo piruvato deshidrogenasa. 5) Conversin de succinil CoA en succinato En este paso el enlace tioster presente en el succinil CoA es de una gran cantidad de energa (-36 KJ/mol), al romperse en este paso es usada esa energa para formar una molcula de ATP o GTP y con lo sobrante se lleva a cabo la reaccin de transformacin a succinato.

Esta reaccin es catalizada por la succinil CoA sintetasa o succino tioquinasa. El proceso ocurre fosforilando un residuo His del sitio activo, el fosfato luego es transportado al ADP o GDP para formar ATP o GTP respectivamente (en animales existen un tipo de la enzima para cada molcula). Hay que hacer notar que cual sea el producto (GTP o ATP) estos tienen una equivalencia energtica idntica y esto hace que al fin y al cabo todo sea almacenado como ATP, pues el grupo fosfato del GTP puede ser traspasado a un ADP formando ATP por la nuclesido difosfato quinasa como muestra la ecuacin:

Principios en Bioqumica Lehninger cuarta Edicin Producido por Yacir Pinto & Dedicado a mi novia Catalina <3!

Resumen Captulo 16
6) Oxidacin del succinato a fumarato La oxidacin del succinato es hecho por la succinato deshidrogenasa pasando a fumarato: La succinato deshidrogenasa presenta 3 centro ferrosulfurados y un FAD unido covalentemente, se ubica en la membrana interna de la mitocondria (eucariontes). Se crea un flujo de electrones que saca el FAD y lleva a los centros para luego la cadena respiratoria y finalmente el O2 proceso en que se produce 1,5 ATP por par de electrones. Existe una molcula malonato que es competidor competitivo del succinato e inhibe a la succinato deshidrogenasa.

10

7) Hidratacin del fumarato al malato Es una hidratacin reversible llevada a cabo por la fumarasa (fumarato hidratasa) a provocar un carbanin:

Esta es una enzima altamente estereoespecfica pues no toma como sustrato ni a los ismeros de fumarato ni del Malato (D- Malato no sirve ni maleato que es ismero cis del fumarato).

8) Oxidacin del malato al oxalacetato La ltima fase es catalizada por la Lmalato deshidrogenasa ligada a NAD:

Principios en Bioqumica Lehninger cuarta Edicin Producido por Yacir Pinto & Dedicado a mi novia Catalina <3!

Resumen Captulo 16
Como se observa el equilibrio est muy tirado hacia la formacin de L- Malato, pero en la clula la contina desaparicin de oxalacetato en el Paso 1 del ciclo hace que se mantenga en muy bajas concentraciones tirando el equilibrio a su formacin.

La energa de las oxidaciones del ciclo se conserva eficientemente

En el ciclo hemos podido ver que a partir de 2 Carbonos (grupo acetilo) se combina con oxalacetato y va produciendo 2 CO2 se reducen tres NAD+ y 1 FAD y se produce 1 ATP (o GTP), pese a que se ve poco ATP la verdad es que el flujo de electrones es la verdadera mquina de energa pues estos son los que producen la mayor cantidad de ATP en la cadena respiratoria. Y se puede llegar a formar hasta 32 molculas de ATP por molcula de glucosa mientras que en la gliclisis era de slo 2 ATP y 2 NADH.

11

Por qu es tan complicada la oxidacin del acetato?

Este proceso del cido ctrico pese a no ser el ms corto ha sido evolutivamente el de mejor resultado no solamente por la produccin de energa, sino tambin por la produccin de otras molculas intermediarias del ciclo. Es as como algunos organismos poseen incluso ciclos del cido ctrico incompletos (ya que no poseen todas las enzimas, y por tanto el final es un intermediario del ciclo) con el fin de slo producir estos sustratos para luego utilizarlos en su va metablica.

Principios en Bioqumica Lehninger cuarta Edicin Producido por Yacir Pinto & Dedicado a mi novia Catalina <3!

Resumen Captulo 16 Los componentes del ciclo del cido ctrico son importantes mediadores biosintticos
El ciclo es una va anfiblica puesto que sirve para los procesos anablicos y catablicos. Es as como a partir de sus componentes se pueden producir aminocidos, glucosa, nucletidos y muchas otras vas biosintticas utilizadas en nuestro cuerpo.

Las reacciones anaplerticas reponen los intermediarios del ciclo del cido ctrico
Las reacciones anaplerticas son reacciones que permiten reponer los intermediarios del cido ctrico a medida que son removidos. Dentro de estas reacciones las ms importantes son las que transforman el piruvato o fosfoenolpiruvato en oxalacetato, una de estas reacciones (piruvato a oxalacetato) es catalizada por la piruvato carboxilasa, la cual es regulada por el Acetil CoA, activndola en un exceso de ste.

12

Principios en Bioqumica Lehninger cuarta Edicin Producido por Yacir Pinto & Dedicado a mi novia Catalina <3!

Resumen Captulo 16 La biotina del piruvato carboxilasa transporta grupos CO2

La biotina es una vitamina que funciona como grupo prosttico de la piruvato carboxilasa y que al utilizar una molcula de ATP es capaz de unir un CO2 a la biotina de la enzima, la cual luego puede pasar este CO2 activado a un piruvato, funcionando como transportadora de CO2 y carboxilando el piruvato. La piruvato Carboxilasa posee cuatro subunidades y cada una posee una biotina unida por enlace amida un residuo de Lis en el sitio activo. La reaccin de carboxilacin ocurre cuando un grupo carboxilo del bicarbonato se une a la biotina quien luego lo transfiere al piruvato formando oxalacetato (cada proceso ocurre en sitios activos diferentes).

13

Principios en Bioqumica Lehninger cuarta Edicin Producido por Yacir Pinto & Dedicado a mi novia Catalina <3!

Resumen Captulo 16

16.3 Regulacin del ciclo del cido ctrico

La regulacin permite que no haya una sobreproduccin de sustratos y as mantener una estabilidad, esta regulacin est principalmente en la produccin de Acetil CoA desde el piruvato (la piruvato deshidrogenasa) y en la incorporacin del Acetil CoA al ciclo (por la citrato sintasa) al transformarlo en citrato. Tambin hay una regulacin a nivel de la isocitrato deshidrogenasa y la cetoglutarato deshidrogenasa.

14

La produccin de Acetil CoA por el complejo de la piruvato deshidrogenasa est regulada por mecanismos alostricos y covalentes
El complejo es inhibido alostricamente cuando las concentraciones de ATP, Acetil CoA, NADH y cidos grasos son altas, es decir, cuando la energa est acumulada en exceso mientras que en el caso contrario (AMP, NAD+, CoA), sea, en necesidad energtica es estimulada. Pero en mamferos se utiliza como primer plano la fosforilacin de un residuo de Ser en E1 para inactivar el complejo pues una quinasa que es activada alostricamente por ATP (cuando hay grandes concentraciones por tanto), asimismo, una fosfoprotena fosfatasa hace lo contrario, hidrolizando el fosfato y activando el complejo.

Principios en Bioqumica Lehninger cuarta Edicin Producido por Yacir Pinto & Dedicado a mi novia Catalina <3!

Resumen Captulo 16 El ciclo del cido ctrico est regulado en sus tres etapas exergnicas
Las tres etapas exergnicas son la formacin del citrato la cual se ve afectada por las cantidades de Acetil CoA y oxalacetato que en bajas concentraciones pueden detener la reaccin, y las otras reacciones de formacin de isocitrato y -cetoglutarato que generan NADH y al acumularse la concentracin de ste tambin detienen estas reacciones. Hay que tener en cuenta que la acumulacin de cada producto inhibe a su enzima (citrato a la citrato sintasa), adems la isocitrato deshidrogenasa y el -cetoglutarato deshidrogenasa son inhibidas por altas concentraciones de ATP y estimuladas por las altas de ADP y en el msculo por altas de Ca+2 pues indica la necesidad de ATP (tambin estimula el complejo piruvato deshidrogenasa). La glucolisis est adaptada al ciclo de cido ctrico pues se regula no slo por concentraciones de ATP y NADH sino tambin el citrato puede regular la glucolisis (inhibe la fosfofructoquiranasa- 1)

15

En el ciclo de cido ctrico puede darse la canalizacin de sustratos a travs de complejos multienzimticos
Las enzimas que se crean casi todas solubles en vez de eso se estipula que casi todas se podran encontrar en complejos multienzimticos, ya que eso ptimiza las reacciones al mantener el sustrato en la superficie de las diferentes enzimas.

16.4 El ciclo del glioxilato

Pese a que los vertebrados no podemos convertir el acetato derivado de cidos grasos en glcidos, organismos no vertebrados utilizan el ciclo del glioxilato con este fin.

El ciclo del glioxilato produce compuestos de cuatro carbonos a partir de acetato

Como ya se dijeron algunos organismos pueden convertir los acetatos en fosfoenolpiruvato y con ello a glcidos a travs de la gluconeognesis, esto lo logran convirtiendo el acetato en un succinato u otro compuesto de 4 carbonos del ciclo del cido ctrico:

En este ciclo el Acetil CoA interacciona con oxalacetato para formar citrato y luego el citrato forma isocitrato (igual que en ciclo de Krebs), pero luego el isocitrato no es catabolizado por la isocitrato deshidrogenasa, sino por la isocitrato liasa quien rompe la
Principios en Bioqumica Lehninger cuarta Edicin Producido por Yacir Pinto & Dedicado a mi novia Catalina <3!

Resumen Captulo 16
molcula en succinato y glioxilato. El glioxilato se combina con otra Acetil CoA y dan malato por medio de la malato sintasa y as forman luego oxalacetato a partir del malato y empieza nuevamente el ciclo. As el succinato que nos queda puede convertirse en oxacelato (pasando por fumarato y malato) y luego en fosfoenolpiruvato (por PEP carboxiquinasa) y as hasta en glucosa. Los vertebrados no poseen la isocitrato liasa ni maltasa sintasa y por tanto no pueden producir glcidos a partir de lpidos. En las plantas se encuentran orgnulos (glioxisomas) donde se encuentran todas las enzimas necesarias, sobre todo se da en semillas con gran cantidad de lpidos ya que an no pueden hacer fotosntesis para la obtencin de glucosa. Es as como el succinato producido es exportado a la mitocondria para ser convertido en malato y luego el malato es exportado al citosol donde por la malato deshidrogenasa citoslica es convertido en oxacelato que se puede convertir va gluconeognesis en azcares. En resumen los procesos ocurren en los glioxisomas (degradacin a Acetil CoA y ciclo del glioxilato), en la mitocondria (ciclo del cido ctrico) y en el citosol (gluconeognesis) La regulacin ms importante ocurre a nivel del isocitrato pues una protena quinasa fosforila la isocitrato deshidrogenasa inactivndola y por tanto orientando el isocitrato al ciclo del glioxilato, una fofoprotena fosfatasa hace lo contrario y orienta el isocitrato a la obtencin de energa por medio del ciclo de Krebs. Por lo dems las cosas que van a inactivar la isocitrato deshidrogenasa (orienta hacia el ciclo del cido ctrico) van a activar la isocitrato liasa orientando hacia el ciclo del glioxilato.
Principios en Bioqumica Lehninger cuarta Edicin Producido por Yacir Pinto & Dedicado a mi novia Catalina <3!

16

Resumen Captulo 16

17

FIN!!!!!!!!!!!
Principios en Bioqumica Lehninger cuarta Edicin Producido por Yacir Pinto & Dedicado a mi novia Catalina <3!