REPLIKASI DNA

Disusun untuk memenuhi tugas terstruktur matakuliah Biomolekuler

Oleh: Kelompok 1 Achmad Taufiq N.A. ( !1 "#$ Dhes' (aluh ). *ail' )i+k' A. -asfu.ah /an+uri 1aidatul -aghfiroh 1uci 2ra3i4ana 1. 5lida Neilul -. 6ah'udin 7oga )i+k' Nata Agung 1uprapto 2. ( %1 "# ( %1 "# ( %1 "# ( %1 "# ( %1 "# ( %1 "# ( %1 "# ( %1 "# ( %1 "# %& #& ,& 0& 1,& 10& 1%& 1"& # & ##&

JURUSAN KIMIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS BRAWIJAYA MALANG 2011

REPLIKASI DNA
1. Pengert !n Re"# $!% )eplikasi merupakan peristi3a sintesis DNA (autokatalisis& karena DNA mampu mensisntesis diri sendiri. )eplikasi DNA dapat ter4adi dengan adan'a sintesis rantai nukleotida 8aru dari rantai nukleotida lama melalui proses menggunakan komplementasi pasangan 8asa untuk menghasilkan suatu molekul DNA 8aru 'ang sama dengan molekul DNA lama9 proses 'ang ter4adi terse8ut dipengaruhi oleh en+im helikase9 en+im polimerase9 dan ligase (Necel9 # "&. )eplikasi DNA 8ersifat semikonservatif9 'aitu kedua untai tunggal DNA 8ertindak se8agai cetakan untuk pem8uatan untai:untai DNA 8aru; seluruh untai tunggal cetakan dipertahankan dan untai 'ang 8aru di8uat dari nukleotida:nukleotida (Necel9 #
2. K&'"&nen Pent ng (!#!' Re"# $!%

"&.

)eplikasi 8ahan genetik ditentukan oleh 8e8erapa komponen utama 'aitu (Amir9 dkk9 # 1 &:
1. DNA )et!$!n9 'aitu molekul DNA atau )NA 'ang akan direplikasi. 2. M&#e$*# (e&$% r +&n*$#e&t (!9 'aitu dAT29 dTT29 d<T29 dan d(T2. Deoksi

ri8onukleotida terdiri atas tiga komponen 'aitu 8asa purin atau pirimidin9 gula =:kar8on (deoksiri8osa& dan gugus fosfat.
3. En, ' DNA "&# 'er!%e9 'aitu en+im utama 'ang mengkatalisis proses polimerisasi

nukleotida men4adi untaian DNA. >n+im DNA polimerase memiliki fungsi lain9 'aitu mengoreksi DNA 'ang 8aru ter8entuk9 mem8etulkan setiap kesalahan replikasi9 dan memper8aiki DNA 'ang rusak. Adan'a fungsi terse8ut men4adikan rangkaian nukleotida DNA sangat sta8il dan mutasi 4arang ter4adi (Des'9 # 1 &.
4. En, ' "r '!%e9 'aitu en+im 'ang mengkatalisis sintesis primer untuk memulai replikasi

DNA.
5. >n+im pem8uka ikatan untaian induk9 'aitu en, ' -e# $!%e dan en, ' g r!%e. 6. -olekul protein 'ang mensta8ilkan untaian DNA 'ang sudah ter8uka9 'aitu protein SSB

(single strand 8inding protein&.

7. En, ' DNA # g!%e9 'aitu suatu en+im 'ang 8erfungsi untuk men'am8ung fragmen:

fragmen DNA

3. M&(e# Re"# $!%

G!'+!r 1. Tiga kemungkinan ter4adin'a replikasi DNA (2ra'9 #

%&

Ada $ cara ter4adin'a replikasi DNA dalam sel eukariot9 'aitu (Des'9 # 1 &: 1. M&(e# $&n%er.!t /9 'aitu dua rantai DNA lama tetap tidak 8eru8ah9 8erfungsi se8agai cetakan untuk dua rantai DNA 8aru. )eplikasi ini mempertahankan molekul dari DNA lama dan mem8uat molekul DNA 8aru (Des'9 # 1 &. 2ada replikasi konser.atif seluruh tangga 8erpilin DNA a3al tetap dipertahankan dan akan mengarahkan pem8entukan tangga 8erpilin 8aru. 2ada replikasi semikonser.atif tangga 8erpilin mengalami pem8ukaan terle8ih dahulu sehingga kedua untai polinukleotida akan saling terpisah. Namun9 masing:masing untai ini tetap dipertahankan dan akan 8ertindak se8agai cetakan (template) 8agi pem8entukan untai polinukleotida 8aru. 1ementara itu9 pada replikasi dispersif kedua untai polinukleotida mengalami fragmentasi di se4umlah tempat. Kemudian9 fragmen:fragmen polinukleotida 'ang ter8entuk akan men4adi cetakan 8agi fragmen nukleotida 8aru sehingga fragmen lama dan 8aru akan di4umpai 8erselang:seling di dalam tangga 8erpilin 'ang 8aru (1usanto9 # %&. 2. M&(e# %e' $&n%er.!t /9 'aitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai 8aru disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing:masing rantai DNA lama. Akhirn'a dihasilkan dua rantai DNA 8aru 'ang masing:masing mengandung satu rantai cetakan molekul DNA lama dan satu rantai 8aru hasil sintesis (Des'9 # 1 &.
3. M&(e# ( %"er% /9 'aitu 8e8erapa 8agian dari kedua rantai DNA lama digunakan se8agai

cetakan untuk sintesis rantai DNA 8aru. Oleh karena itu9 hasil akhirn'a diperoleh rantai DNA lama dan 8aru 'ang terse8ar pada rantai DNA lama dan 8aru. )eplikasi ini menghasilkan dua molekul DNA lama dan DNA 8aru 'ang saling 8erselang:seling pada setiap untai(Des'9 # 1 &.

?ipotesa 6atson @<rick mengusulkan 8ah3a tiap untaian sulur ganda DNA digunakan se8agai suatu cetakan 8agi replikasi DNA keturunan atau anak 'ang 8ersifat komplementer. Dengan cara ini9 dua dupleks keturunan molekul @ molekul DNA 'ang sama dengan DNA induk akan ter8entuk9 masing @ masing mengandung satu untaian utuh dari DNA induk. ?ipotesis ini telah di8uktikan dalam perco8aan 'ang cermat dilakukan oleh -atthe3 -eselson dan /ranklin 1tahl pada tahun 1"=!. -ereka mem8utuhkan sel @ sel E.coli selama 8e8erapa generasi pada medium dengan ammonium klorida (N?,<l& digunakan se8agai sum8er nitrogen satu @ satun'a 'ang mengandung 1=N9 isotop nitrogen A8eratB9 se8agai ganti atom N 'ang 8iasa 'aitu9 isotop 'ang 8an'ak di4umpai
1,

N. Dengan demikian9 sekuruh

komponen nitrogen sel 'ang tum8uh pada medium ini9 termasuk 8om pada DNA:n'a men4adi sangat diperka'a oleh 1=N. DNA 'ang diisolasi dari sel menun4ukkan densitas kira @ kira 1C le8ih 8erat daripada (1,N& DNA normaln'a. -eskipun ini han'a merupakan per8edaan kecil9 campura DNA (1=N& 8erat dan (1,N& ringan Di dalam larutan sesium klorida pekat dapat dipisahkan dengan sentrifugasi. 1esium klorida digunakan karena larutan molekul ini menun4ukkan 8erat 4enis 'ang mendekati DNA. Bila suatu larutan <s<l disentrifugasi untuk 3aktu 'ang lama pada kecepatan tinggi9 larutan terse8ut mencapai suatu keseim8angan dengan <s<l mem8entuk gradient densitas 'ang 8erkesinam8ungan. Oleh karena ga'a sedimentasi9 konsentrasi <s<l pada dasar ta8ung le8ih tinggi dan karena itu9 larutan men4adi le8ih pekat daripada di 8agian atas. 1pesimen DNA 'ang dilarutkan di dalam <s<l akan mencapai posisi keseim8angan pada ta8ung dimana densitasn'a akan setara dengan larutan <s<l. Karena (1=N& DNA sedikit le8ih pekat daripada (1,N& DNA9 (1=N& DNA akan mencapai posisi keseim8angan 'ang le8ih rendah pada gradient <s<l daripada (1,N& DNA (*ehninger9 et.al.9 # =&. -eselson dan 1tahl memindahkan sel @ sel E.coli 'ang tum8uh pada media 1=N9 dimana seluruh untaian DNA men4adi A8eratB9 ke dalam media segar dengan N?,<l 'ang mengandung isotop 1,N normal. -edia segar menun4ukkan sel @ sel ini tum8uh dalam media
1,

N sehingga mencapai se8an'ak dua kalin'a. DNA kemudian diisolasi dari sel @ sel dan

densitasn'a dianalisa dengan prosedur pengendapan 'ang telah dise8utkan di atas. DNA han'a mem8entuk suatu pita tunggal pada gradient <s<l pada pertengahan densitas antara DNA AringanB normal 'ang mengandung 1,N dan DNA A8eratB dari pertum8uhan sel @ sel9 khusus pada 1=N. ?al ini merupakan hasil 'ang tepat diharapkan 8ila ulur pada DNA dari sel @ sel keturunan mengandung satu untaian 1,N 8aru dan satu untaian 1=N lama dari DNA induk9 'ang secara skematis dapat dilihat pada gam8ar # (*ehninger9 et.al.9 # =&.

G!'+!r 2. ?asil eksperimen -eselson dan 1tahl untuk menentukan replikasi DNA 'ang ter4adi di alam (2ra'9 # 1 & Bila sel @ sel di8iarkan meningkat lagi dua kali 4umlah pada media
1,

N9 DNA 'ang

diisolasi memperlihatkan dua pita9 satu menun4ukkan densitas 'ang setara dengan DNA ringan 'ang normal dan lainn'a menun4ukkan densitas DNA 8aru 'ang terlihat setelah sel pertama 4umlahn'a me4adi dua kali9 -eselson dan 1tahl dengan demikian ti8a pada kesimpulan 8ah3a tiap dupleks DNA keturunan pada dua generasi sel @ sel mengandung satu untaian induk dan satu untaian 'ang 8aru di8uat9 tepat dengan pern'ataan hipotesis 6atson: <rick. Denis replikasi ini dise8ut %e' $&n%er.!t /9 karena han'a satu untaian induk dipertahankan pada tiap DNA keturunan. 2engamatan mereka dengan 4elas meniadakan replikasi konser.atif9 dimana satu dupleks DNA keturunan mempun'ai dua untaian 8aru. ?al ini 4uga meniadakan suatu mekanisme dispersif dimana tiap untaian keturunan DNA mengandung potongan pendek dari kedua induk da DNA 8aru 'ang 8erga8ung 8ersama secara acak (*ehninger9 et.al.9 # 0. T!-!"!n Re"# $!% 2roses replikasi dalam molekul DNA dimulai pada suatu titik 'ang dise8ut dengan Origin of Replication (Ori&. 2ada titik ini9 DNA akan mem8entuk seperti gelem8ung kecil9 dimana ikatan hidrogen antara 8asa:8asa terputus dan pasangan 8asan'a terpisah. ?eliks mulai mem8uka uliran (-a9 et.al.9 1""%&. =&.

Tahapan replikasi DNA pada sel eukariot adalah se8agai 8erikut (Anon'mous19 # 11&:
1. Tahapan pertama (inisiasi& dalam proses replikasi DNA ter4adi adalah pemutusan ikatan

hidrogen antara 8asa:8asa nitrogen dari dua untai 'ang antiparalel. 2emutusan ikatan terse8ut ter4adi pada rantai 'ang ka'a akan ikatan A:T. ?al terse8ut dikarenakan ikatan antara adenin dan timin 'ang han'a merupakan ikatan rangkap dua9 sedangkan pada ikatan antara sitosin dan guanin adalah ikatan rangkap tiga. ?elikase adalah en+im 'ang 8erfungsi untuk mem8uka untai ganda DNA. Titik a3al dimana ter4adin'a splitting dise8ut se8agai origin of replication. 1truktur 'ang dihasilkan dise8ut dengan Replication Fork.

G!'+!r 1. Tahap pemutusan ikatan h'drogen pada 8asa @ 8asa nitrogen

2. 1alah satu hal penting dalam tahapan replikasi DNA adalah pengikatan primase )NA pada

titik a3al rantai induk $E:=E. 2rimase )NA dapat menarik nukleotida )NA 'ang 8erikatan dengan nukleotida DNA dari untai $E:=E dikarenakan ikatan hidrogen antar 8asan'a. Nukleotida )NA adalah primer (starter& untuk ikatan nukleotida DNA.

G!'+!r 0. Tahap pem8entukan )NA primer $. Tahapan elongasi 8er8eda untuk cetakan =E:$E dan $E:=E9 'aitu: a. <etakan =E:$E

<etakan =E:$E dise8ut se8agai leading strand karena DNA polimerase F dapat mem8aca cetakan dan secara kontinu menam8ah nukleotida(komplemen dari cetakan nukleotida9 se8agai contoh adenin 8erla3anan dengan timin&. 8. <etakan $E:=E <etakan $E:=E tidak dapat di8aca dengan DNA polimerase F. )eplikasi dari cetakan ini rumit dan DNA 8arun'a dise8ut lagging strand. 2ada lagging strand )NA primase menam8ah le8ih 8an'ak )NA primer. DNA polimerase F mem8aca cetakan. Darak antara dua )NA primer dise8ut se8agai fragmen Okazaki.

G!'+!r 2. Tahap pem8entukan leading strand dan lagging strand

G!'+!r 3. /ragmen Oka+aki )NA primer penting untuk DNA polimerase F 8erikatan dengan nukleotida pada 8agian u4ung $E. 5ntai 8aru dielongasi dengan mengikat le8ih 8an'ak DNA nukleotida.
4. 2ada lagging strand DNA 2olimerase G : eksonuklease mem8aca fragmen dan

memindahkan )NA 2rimer. Darak didekatkan dengan adan'a pengaruh DNA pol'merase (menam8ahkan nukleotida komplementer pada 4arak terse8ut& dan DNA ligase (menam8ahkan fosfat pada gap antara fosfat dan gula&.

G!'+!r 4. Tahap pem8acaan fragmen oleh DNA polimerase G:eksonuklease

5. *angkah terakhir dari tahapan replikasi DNA adalah terminasi. Tahapan ini ter4adi ketika

DNA pol'merase mencapai titik akhir untai. Kita dapat dengan mudah memahami 8ah3a pada akhir tahapan lagging strand9 ketika )NA primer dipindahkan tidak mungkin 8agi DNA pol'merase untuk mengisi kekosongan terse8ut (karena tidak ada primer&. 1ehingga9 u4ung dari untai induk dimana primer terakhir tidak direplikasi. 54ung dari DNA linear terdiri dari DNA noncoding 'ang 8erulang @ ulang dan dise8ut telomere. 1e8agai hasiln'a9 8agian dari telomere dipindahkan pada tiap siklus replikasi DNA.
6. )eplikasi DNA tidak sempurna se8elum ter4adi mekanisme per8aikan terhadap kesalahan:

kesalahan 'ang mungkin ter4adi selama replikasi. >n+im seperti nuklease akan memindahkan nukleotida 'ang salah dan DNA polimerase akan mengisi kekosongan (gap& terse8ut.

G!'+!r 5. DNA hasil replikasi Pe'+ent*$!n leading strand 2ada replikasi DNA9 untaian pengawal (leading strand& ialah untaian DNA 'ang disintesis dengan arah =HI$H secara 8erkesinam8ungan. 2ada untaian ini9 DNA polimerase mampu mem8entuk DNA menggunakan u4ung $H:O? 8e8as dari se8uah primer )NA dan sintesis DNA 8erlangsung secara 8erkesinam8ungan9 searah dengan arah pergerakan garpu replikasi (Necel9 # "&.

Pe'+ent*$!n lagging strand Lagging strand ialah untaian DNA 'ang terletak pada sisi 'ang 8erse8erangan dengan leading strand pada garpu replikasi. 5ntaian ini disintesis dalam segmen:segmen 'ang dise8ut fragmen Okazaki. 2ada untaian ini9 primase mem8entuk primer )NA. DNA polimerase dengan demikian dapat menggunakan gugus O? $H 8e8as pada primer )NA terse8ut untuk mensintesis DNA dengan arah =HI$H. /ragmen primer )NA terse8ut lalu disingkirkan (misaln'a dengan )Nase ? dan DNA 2olimerase G& dan deoksiri8onukleotida 8aru ditam8ahkan untuk mengisi celah 'ang tadin'a ditempati oleh )NA. DNA ligase lalu men'am8ungkan fragmen:fragmen Oka+aki terse8ut sehingga sintesis lagging strand men4adi lengkap (Necel9 # G!r"* re"# $!% (arpu replikasi atau ca8ang replikasi (replication fork& ialah struktur 'ang ter8entuk ketika DNA 8ereplikasi. (arpu replikasi ini di8entuk aki8at en+im helikase 'ang memutus ikatan:ikatan hidrogen 'ang men'atukan kedua untaian DNA9 mem8uat ter8ukan'a untaian ganda terse8ut men4adi dua ca8ang 'ang masing:masing terdiri dari se8uah untaian tunggal DNA. -asingmasing ca8ang terse8ut men4adi JcetakanJ untuk pem8entukan dua untaian DNA 8aru 8erdasarkan urutan nukleotida komplementern'a. DNA polimerase mem8entuk untaian DNA 8aru dengan memperpan4ang oligonukleotida ()NA& 'ang di8entuk oleh en+im primase dan dise8ut primer (Necel9 # "&. DNA polimerase mem8entuk untaian DNA 8aru dengan menam8ahkan nukleotida dalam hal ini9 deoksiri8onukleotida ke u4ung $H:hidroksil 8e8as nukleotida rantai DNA 'ang sedang tum8uh. Dengan kata lain9 rantai DNA 8aru (DNA JanakJ& disintesis dari arah =HI$H9 sedangkan DNA polimerase 8ergerak pada DNA JindukJ dengan arah $HI=H. Namun demikian9 salah satu untaian DNA induk pada garpu replikasi 8erorientasi $HI=H9 sementara untaian lainn'a 8erorientasi =HI$H9 dan helikase 8ergerak mem8uka untaian rangkap DNA dengan arah =HI$H. Oleh karena itu9 replikasi harus 8erlangsung pada kedua arah 8erla3anan terse8ut (Necel9 # "&. "&.

5. Re"# $!% DNA "!(! Se# E*$!r &t

2ada eukariot9 proses replikasi DNA adalah sama dengan replikasi dari 8akteri atau DNA prokariotik dengan 8e8erapa modifikasi kecil. 2ada eukariot9 molekul DNA le8ih 8esar daripada di prokariot dan tidak melingkar9 4uga 8an'ak tempat untuk memulai replikasi (Anon'mous#9 # 11&. 2ada eukariot replikasi DNA han'a ter4adi pada fase 1 di dalam interfase. 5ntuk memasuki fase 1 diperlukan regulasi oleh sistem protein kompleks 'ang dise8ut siklin dan

kinase tergantung siklin atau c'clin:dependent protein kinases (<DKs&9 'ang akan diakti.asi oleh sin'al pertum8uhan 'ang mencapai permukaan sel. Be8erapa <DKs akan melakukan fosforilasi dan mengaktifkan protein:protein 'ang diperlukan untuk inisiasi pada masing: masing O)G. Berhu8ung dengan kompleksitas struktur kromatin9 fork replikasi pada eukariot 8ergerak han'a dengan kecepatan = p8 tiap detik. 1e8elum melakukan pen'alinan9 DNA harus dilepaskan dari nukleosom pada fork replikasi sehingga gerakan fork replikasi akan diperlam8at men4adi sekitar = p8 tiap detik. Dengan kecepatan seperti ini diperlukan 3aktu sekitar $ hari untuk men'alin molekul DNA kromosom pada ke8an'akan mamalia. 1ederetan sekuens tandem 'ang terdiri dari # hingga = replikon mengalami inisiasi secara 8ersamaan pada 3aktu tertentu selama fase 1. Deretan 'ang mengalami inisiasi paling a3al adalah eukromatin9 sedangkan deretan 'ang agak lam8at adalah heterokromatin (1usanto9 # %&. DNA sentromir dan telomir 8ereplikasi paling lam8at. 2ola semacam ini mencerminkan aksesi8ilitas struktur kromatin 'ang 8er8eda:8eda terhadap faktor inisiasi. 1eperti haln'a pada prokariot9 satu atau 8e8erapa DNA helikase dan 11B 'ang dise8ut dengan protein replikasi A atau replication protein A ()2:A& diperlukan untuk memisahkan kedua untai DNA (1usanto9 # %&. 2roses replikasi DNA eukariot sama dengan replikasi DNA prokariotik kecuali untuk aspek:aspek di8a3ah ini (Anon'mous$9 # 11&:
1. DNA eukariot mempun'ai 8e8erapa tempat AOrigin Of ReplicationB9 maka 8e8erapa

replikasi fork menghasilkan 8an'ak gelem8ung sepan4ang DNA. )eplikasi fork di8entuk pada urutan mereplikasi secara otonom (A)1& 'ang mengandung 11 8p dikenal dengan origin replication element (O)>&.
2. 2olimerase DNA F dan K adalah en+im:en+im replikasi DNA dalam sel eukariotik.

2olimerase DNA F mempun'ai akti.itas polimerase =H $ H dan sintesis primer pada lagging strand kemudian diperpan4ang dengan multisu8unit DNA pol'merase. 2olimerase DNA L mengoreksi akti.itas eksonuklease $E=E dan melaksanakan keduan'a dan sintesis lagging strand dalam suatu kompleks 8akteri dimer DNA polimerase GGG. M polimerase DNA menghilangkan fragmen utama dari Oka+aki pada *agging strand. 2olimerase DNA N 8ertanggung 4a3a8 untuk replikasi DNA mt.
3. Telomere9 struktur di u4ung kromosom eukariotik linear9 terdiri dari 8an'ak salinan tandem

urutan oligonukleotida pendek dengan TO(' dalam satu untai dan <'AO di untai komplementer9 di mana O dan ' 8iasan'a dalam rentang 1 sampai ,. Telomerase mengandung )NA 'ang 8erfungsi se8agai template untuk sintesis untai TO(' dari telomer. Komponen protein dari telomerase 8ertindak se8agai re.erse transkripsi selular untuk

sintesis )NA dan DNA. 1etelah perpan4angan untai TO(' oleh telomerase9 pelengkap untai <'AO disintesis oleh DNA polimerase selular9 dimulai dengan se8uah primer )NA.
6. Re"# $!% DNA "!(! Se# Pr&$!r &t

1uatu kromosom mengandung satu molekul DNA 'ang 8iasan'a sangat 8esar9 misaln'a 8e8erapa kromosom 8akteri tersusun oleh se8an'ak , O 1
0

pasang 8asa. 1elain itu

dalam 8an'ak hal9 DNA 8er8entuk tertutup atau struktur lingkar. Be8erapa kromosom 8akteri 8er8entuk linier. ?an'a sedikit diketahui mengenai kromosom 8akteri linier (Ngili9 # 1 &. Dari penelitian genetika telah diketahui 8ah3a inisiasi replikasi ter4adi pada sisi tertentu 'ang dise8ut sisi inisiasi atau origin of the chromosome (ori <&. 5rutan nukleotida dalam daerah ini mengikat pada 8er8agai protein untuk menginisiasi kedua garpu (Ngili9 # 1 &. )eplikasi kromosom 8akteri 8isa di8agi ke dalam tiga tahap: inisiasi9 elongasi9 dan terminasi. Gnisiasi 'akni pem8entukan garpu:garpu replikasi pada molekul a3al. >longasi menggam8arkan perkem8angan garpu:garpu ini mengelilingi kromosom9 serentak dengan sintesis DNA atau pertum8uhan rantai. Terminasi 'akni pengga8ungan garpu:garpu 'ang saling mendekati9 menghasilkan dua kromosom sempurna 'ang dapat 8erpisah satu sama lain (Ngili9 # 1 &. )eplikasi kromosom 8akteri sepan4ang =. k8 memakan 3aktu sekitar , menit dan ter4adi dalam seluruh siklus pem8elahan 8akteri. -aka9 setiap garpu mereplikasikan sekitar = k8 DNA per menit. (Dalam sel eukariot9 replikasi DNA ter8atas pada 8agian siklus pem8elahan sel mitosis 'ang dise8ut fase 19 'ang 8isa 8erlangsung selama 8e8erapa 4am&. *a4u replikasi DNA dikoordinasikan dengan la4u pem8elahan sel. -aka9 kultur 8akteri 'ang tum8uh dalam medium ka'a akan memiliki 3aktu pem8entukan 'ang pendek dan harus men4alankan replikasi kromosom le8ih cepat daripada 'ang ditum8uhkan dalam medium miskin dimana pem8entukann'a mungkin tiga sampai empat kali le8ih lama (Ngili9 # 1 &. 1eperti diketahui9 replikasi suatu replikon 8isa di8agi ke dalam tiga tahap 'akni inisiasi9 elongasi9 dan terminasi. 1elama fase elongasi9 pertum8uhan rantai DNA 8erlangsung pada garp' replikasi. Gni adalah tahap 'ang 8agus untuk meneliti 8e8erapa en+im penting dan protein lain 'ang terli8at dalam replikasi. 2roses seperti ini 'ang ter4adi dalam 8akteri >.coli adalah 'ang paling dipahami9 dan 8ermanfaat se8agai prototipe untuk sistem lain. Be8erapa en+im dan protein terli8at didalamn'a (Ngili9 # 1 &. >n+im 'ang 8ertanggung 4a3a8 untuk sintesis rantai DNA 8aru pada garpu replikasi 'akni en+im DNA polimerase. >n+im ini memakai untai DNA tunggal 'ang ter8uka gulungann'a se8agai templat. Terdapat tiga macam DNA polimerase dalam >.coli9 'akni

DNA polimerase G9GG9 dan GGG. DNA polimerase G adalah 'ang paling melimpah9 dan DNA polimerase GGG adalah 'ang paling sedikit. Kedua en+im ini mempun'ai peran penting dalam keseluruhan proses replikasi DNA. 2eranan polimerase GG 8elum diketahui dengan 4elas (Ngili9 # 1 &. /ase elongasi dari replikasi DNA dalam 8akteri tampak meli8atkan 8an'ak en+im dan protein9 'ang se8agian 8erga8ung dengan kompleks fungsional terpisah seperti holoen+im DNA polimerase GGG. Gnisiasi replikasi 4uga menggunakan 8e8erapa protein9 dan mutasi pada genn'a sangat mem8antu dalam mengidentifikasi protein:protein ini (Ngili9 # 1 &. -utasi 'ang mempengaruhi replikasi dise8ut mutasi DNA. Ban'ak mutasi 'ang telah diidentifikasi pada >.coli mengkode untuk 8er8agai protein 'ang 8erkaitan dengan pertum8uhan rantai DNA pada garpu replikasi. 1e8agai contoh9 gen dna( mengode untuk primase (protein Dna (&. Namun se8agian mengkode protein dengan meli8atkan inisiasi siklus replikasi pada ori <. <ontoh untuk gen seperti ini misaln'a dnaA9 B dan < (Ngili9 # 1 &. )eplikasi DNA kromosom prokariot9 khususn'a 8akteri9 sangat 8erkaitan dengan siklus pertum8uhann'a. Daerah ori pada E. coli9 misaln'a9 8erisi empat 8uah tempat pengikatan protein inisiator DnaA9 'ang masing:masing pan4angn'a " p8. 1intesis protein DnaA ini se4alan dengan la4u pertum8uhan 8akteri sehingga inisiasi replikasi 4uga se4alan dengan la4u pertum8uhan 8akteri. 2ada la4u pertum8uhan sel 'ang sangat tinggi9 DNA kromosom prokariot dapat mengalami reinisiasi replikasi pada dua ori 'ang 8aru ter8entuk9 se8elum putaran replikasi 'ang pertama 8erakhir. Aki8atn'a9 sel:sel hasil pem8elahan akan menerima kromosom 'ang se8agian telah 8ereplikasi (Ngili9 # 1 &. 2rotein DnaA mem8entuk struktur kompleks 'ang terdiri atas $ hingga , 8uah molekul9 'ang masing:masing akan terikat pada molekul AT2. Daerah ori akan mengelilingi kompleks DnaA:AT2 terse8ut. 2roses ini memerlukan kondisi superkoiling negatif DNA (pilinan kedua untai DNA 8er8alik arah sehingga ter8uka&. 1uperkoiling negatif akan men'e8a8kan pem8ukaan tiga sekuens repetitif sepan4ang 1$ p8 'ang ka'a dengan AT sehingga memungkinkan ter4adin'a pengikatan protein DnaB9 'ang merupakan en+im helikase9 'aitu en+im 'ang akan menggunakan energi AT2 hasil hidrolisis untuk 8ergerak di sepan4ang kedua untai DNA dan memisahkann'a (Ngili9 # 1 &. 5ntai DNA tunggal hasil pemisahan oleh helikase selan4utn'a diselu8ungi oleh protein pengikat untai tunggal atau single:stranded 8inding protein (11B& untuk melindungi DNA untai tunggal dari kerusakan fisik dan mencegah renaturasi. >n+im DNA primase kemudian akan menempel pada DNA dan men'intesis )NA primer 'ang pendek untuk memulai atau menginisiasi sintesis pada untai pengarah. Agar replikasi dapat terus 8er4alan

men4auhi ori9 diperlukan en+im helikase selain DnaB. ?al ini karena pem8ukaan heliks akan diikuti oleh pem8entukan putaran 8aru 8erupa superkoiling positif. 1uperkoiling negatif 'ang ter4adi secara alami tern'ata tidak cukup untuk mengim8angin'a sehingga diperlukan en+im lain9 'aitu topoisomerase tipe GG 'ang dise8ut dengan DNA girase. >n+im DNA girase ini merupakan target serangan anti8iotik sehingga pem8erian anti8iotik dapat mencegah 8erlan4utn'a replikasi DNA 8akteri (Ngili9 # 1 &. 1eperti telah di4elaskan di atas9 replikasi DNA ter4adi 8aik pada untai pengarah maupun pada untai tertinggal. 2ada untai tertinggal suatu kompleks 'ang dise8ut primosom akan men'intesis se4umlah )NA primer dengan inter.al 1. terdiri atas helikase DNA B dan DNA primase (Ngili9 # 1 &. 2rimer 8aik pada untai pengarah maupun pada untai tertinggal akan mengalami elongasi dengan 8antuan holoen+im DNA polimerase GGG. Kompleks multisu8unit ini merupakan dimer9 separuh akan 8eker4a pada untai pengarah dan separuh lainn'a 8eker4a pada untai tertinggal. Dengan demikian9 sintesis pada kedua untai akan 8er4alan dengan kecepatan 'ang sama.-asing:masing 8agian dimer pada kedua untai terse8ut terdiri atas su8unit a9 'ang mempun'ai fungsi polimerase sesungguhn'a9 dan su8unit e9 'ang mempun'ai fungsi pen'untingan 8erupa eksonuklease $E@=E. 1elain itu9 terdapat su8unit 8 'ang menempelkan polimerase pada DNA (Ngili9 # 1 &. Begitu primer pada untai tertinggal dielongasi oleh DNA polimerase GGG9 mereka akan segera di8uang dan celah 'ang ditim8ulkan oleh hilangn'a primer terse8ut diisi oleh DNA polimerase G9 'ang mempun'ai akti.itas polimerase =E@ $E9 eksonuklease =E @ $E9 dan eksonuklease pen'untingan $E @ =E. >ksonuklease =E:$E mem8uang primer9 sedangkan polimerase akan mengisi celah 'ang ditim8ulkan. Akhirn'a9 fragmen:fragmen Oka+aki akan dipersatukan oleh en+im DNA ligase. 1ecara in .i.o9 dimer holoen+im DNA polimerase GGG dan primosom di'akini mem8entuk kompleks 8erukuran 8esar 'ang dise8ut dengan replisom. Dengan adan'a replisom sintesis DNA akan 8erlangsung dengan kecepatan " (Ngili9 # 1 &. Kedua garpu replikasi akan 8ertemu kira:kira pada posisi 1% P< dari ori. Di sekitar daerah ini terdapat se4umlah terminator 'ang akan menghentikan gerakan garpu replikasi. Terminator terse8ut antara lain 8erupa produk gen tus9 suatu inhi8itor 8agi helikase DnaB. Ketika replikasi selesai9 kedua lingkaran hasil replikasi masih men'atu. 2emisahan dilakukan oleh en+im topoisomerase GQ. -asing:masing lingkaran hasil replikasi kemudian disegregasikan ke dalam kedua sel hasil pem8elahan (Ngili9 # 1 &. p8 tiap detik hingga #. 8asa. 2rimosom

7. Per+e(!!n Re"# $!% DNA "!(! Se# E*$!r &t (!n Pr&$!r &t

T!+e# 1. 2er8edaan )eplikasi DNA pada 1el >ukariot dan 2rokariot (Amir9 dkk.9 # 1 & EUKARI6T )eplikasi DNA ter4adi di nukleus )eplikasi DNA ter4adi pada fase 1 (fase sintesis& dalam fase interfase pada siklus sel Terdapat = macam DNA polimerisasi 'ang terli8at dalam proses replikasi Terdapat 8an'ak titik a3al replikasi (ori& 2ergerakan garpu replikasi pada replikasi eukariot 8ergerak le8ih lam8at 1elan4utn'a gelem8ung replikasi akan 8ertemu9 dan sintesis DNA anak selesai PR6KARI6T )eplikasi DNA ter4adi di protoplasma )eplikasi ter4adi pada semua fase dalam siklus sel Terdapat $ macam DNA polimerisasi 'ang terli8at dalam proses replikasi Titik a3al replikasi (ori& le8ih sedikit di8anding eukariot 2ergerakan garpu replikasi pada replikasi prokariot 8ergerak le8ih cepat di8anding pada eukariot )eplikasi ter4adi kedua arah. 1elan4utn'a gelem8ung replikasi akan 8ertemu9 dan sintesis DNA anak selesai

DAFTAR PUSTAKA Amir9 /. -.; -alik9 A.; Darma3ati; /ikri ). -.9 # 1 9 )>2*GKA1G DNA9 http:RR333.scri8d.comRdocR$#$ 1#=$R)eplikasi:Dna9 diakses pada tanggal # -aret # 11 Anon'mous19 # 119 1T>21 O/ DNA )>2*G<ATGON9 http:RR333.dnareplication.infoR stepsofdnareplication.php9 diakses pada tanggal # -aret # 11 Anon'mous#9 # 119 )>2*G<ATGON DNA >5KA)7OT9 http:RR333.molecular:plant: 8iotechnolog'.infoRDNA:r9eplication:and:repairReukar'otic:DNA:replication9 diakses tanggal # -aret # 11 Anon'mous$9 # 119 DNA )>2*G<ATGON GN 2)OKA)7OT>1 AND >5KA)7OT>19 http:RR333.tutor.ista.comR8iolog'Rdna:replication:in:prokar'otes:and:eukar'otes9 tanggal # -aret # 11 Dunaidi9 6.9 # "9 )>2*GKA1G DNA9 http:RRmeck+o+p.8logspot.comR# "R 1Rreplikasi:dna: diakses

html9 diakses pada tanggal # -aret # 11 *ehninger9 A.*.; Nelson9 D.*. and <oO9 -.-.9 # BGO<?>-G1T)79 6? /reeman9 *td.9 Ne3 7ork Necel9 # "9 DNA dan )NA9 333.scri8d.comRdocR#$,#!= "RDNA dan )NA 9 diakses pada =9 *>?NGN(>)E1 2)GN<G2*>1 O/

tanggal # -aret # 11 Ngili9 7.9 # 1 9 BGOKG-GA DA1A)9 2ener8it )eka'asa 1ains9 Bandung 2ra'9 *.A.9 # %9 1>-G:<ON1>)QATGQ> DNA )>2*G<ATGON: -eselson and 1tahl9

http:RR333.nature.comRscita8leR8logRgreen:science9 diakses pada tanggal , -aret # 11 1aras3ati9 D.9 # 1 9 15B1TAN1G (>N>TGKA9 http:RRsu8stansigenetika.netR3pRtagR#: replikasi:dna9 diakses pada tanggal # -aret # 11

1usanto9 A.?.9 #

%9 BAB GQ )>2*GKA1G DNA9 http:RR8iomol.3ordpress.comR8ahan:a4arRreplikasiR9

diakses tanggal # -aret # 11