REVIEW

• DNA/RNA: sebuah polimer yang

mengandung rantai-rantai monomer
nukleotida.
• Nukleotida : terdiri atas gula
(deoksiribosa/ribosa), basa nitrogen purin
(AG) dan pirimidin (CT/U) dan gugus
phosphat.

Gieks 2001 1
 STRUKTUR ASAM NUKLEAT
Gula pentosa
5’

OH CH2 OH
O

4’
H H 1’
H
H

3’ 2’
OH H
Deoksiribosa
Gieks 2001 2
 5’

OH CH2 OH
O

4’
H H 1’
H
H

3’ 2’
OH OH

Ribosa

Gieks 2001 3
 Basa nitrogen

NH2
O
H
6 N 6 N
N N
1 5 7 1 5 7
8 8
2 4 2 4 9
9
3 N NH2 3 N
N N
H H

Adenin Purin Guanin

Gieks 2001 4
 NH2 O

H
4 4 CH3
N N
3 5 3 5

2 2 6
6
1 1
O O
N N

H
H

Sitosin Pirimidin Thymin

Gieks 2001 5
 O

H
4 H
N
3 5

2 6
1
O
N

Urasil

Gieks 2001 6
• Nukleosida adalah struktur yang terbentuk
oleh adanya ikatan antara gula pentosa dan
basa nitrogen dengan ikatan glikosidik
• Basa akan selalu terikat pada posisi 1’
dari pentosa
• Titik ikatan pada basa adalah
posisi-1 (N-1) pada Pirimidin
dan posisi-9 (N9) pada Purin

Gieks 2001 7
• Deoksiadenosin, deoksiguanosin,
deoksisitidin, deoksithymidin
• Adenosin, guanosin, sitidin, uridin

Gieks 2001 8
 NH2

4
5
N
3

6 2
5’ 1
O
OH CH2 N
O
4’
H H 1’
H
H

3’ 2’
OH H Deoksisitidin

Gieks 2001 9
 NH2

6
N N
7 5 1
8
5’ 4 2
9
OH CH2 N 3

O
N
4’
H H 1’
H
H

3’
OH H
2’
Deoksiadenosin

Gieks 2001 10
 NH2

4
5
N
3

6 2
1
5’ O
OH CH2 N
O
4’
H H 1’
H
H
Sitidin
3’ 2’
OH OH

Gieks 2001 11
 • Nukleotida adalah struktur yang
terbentuk apabila 1 atau lebih fosfat
berikatan dengan nukleosida

• dATP, dGTP, dSTP, dTTP (dNTPs)

• ATP, GTP, STP, UTP (NTPs)

Gieks 2001 12
 NH2

N 6
N
7 5 1
O
- O
-
O
-
8
5’ 9 4 2
N 3
O P O P O P O CH2
O N
O O O
4’
H H 1’
H
H

3’ 2’
OH H

dATP

Gieks 2001 13
 NH2

N 6
N
7 5 1
O
- O
-
O
-
8
5’ 2
9 4
N 3
O P O P O P O CH2
O N
O O O
4’
H H 1’
H
H

3’ 2’
OH OH

ATP

Gieks 2001 14
 • DNA: adalah sebuah polinukleotida
• Terbentuk ketika 5’ fosfat dari satu
nukleotida berikatan dengan 3’ OH dari
nukleotida yang lain, dengan cara
menghilangkan gugus -OH dari posisi 3’
• Ikatan 3’ - 5’ disebut ikatan posphodiester

Gieks 2001 15
 NH2

4
5 N
3

O
-
2
6
5’ 1
O
-
P
O
O CH2 N
O NH2
O 4’
H H
H
H N 6
N
3’ 7 5 1
2’
O H 8
5’ 2
9 4
O
-
P O CH2 N 3
O N
O
4’
H H
H
H

3’ 2’
OH H
Gieks 2001 16
 • Pada umumnya DNA adalah double
helix
• Kedua rantai yang terpisah saling
memilin, searah jarum jam (right-handed),
dan terdapat 10 bp/putaran

Gieks 2001 17
• Ikatan gula dan fosfat berada diluar dan
basa-basa bertumpuk satu dengan lainnya
di bagian tengah
• Dua pita dalam double helix membentuk
major dan minor grooves

Gieks 2001 18
• Kedua pita DNA dihubungkan secara
non-kovalen oleh ikatan hidrogen antara
dua basa dari dua pita yang berlawanan
• Kedua pita tersusun antiparallel
• Kedua pita bersifat komplimen
• Ikatan hidrogen bersifat khusus/unik

Gieks 2001 19
 3
CH
5

6
O

4
H

1
NH

H
3

2
N
N 6
N

H
7 5

O
1
8
4 2
9
N 3
N

Gieks 2001 20
 H
N
H

4
5
O N 3
6
H 2
N 6 1
N N
7 5 1
O
8 H
9 2 H
4
N 3 N
N
H H

Gieks 2001 21
Gieks 2001 22
• Pada pH netral, gugus fosfat bermuatan
negatif, sehingga DNA bermuatan negatif
• Asam dan suhu tinggi menghidrolisis
DNA

Gieks 2001 23
Sekuen basa pada DNA mengkode
informasi genetik

Gieks 2001 24
 DNA

5’ Nontemplate/sense/coding strand 3’

3’ Template/antisense/noncoding strand 5’

Gieks 2001 25
• Sekuen DNA selalu ditulis 5’ - 3’
• Sekuen DNA biasanya adalah dari
Nontemplate/coding/sense strand

Gieks 2001 26
• Informasi biologi terkandung pada salah
satu pita dalam struktur double helik yang
disebut template/antisense/noncoding
strand.

Gieks 2001 27
Gen adalah segmen DNA yang mengkode
sebuah protein/segmen DNA yang dapat
ditranskripsi

Gieks 2001 28
• Kode genetika: 43 = 64 kodons
• Hanya 20 asam amino, sehingga 1 asam
dikodekan oleh lebih dari satu kodon;
dikenal dengan Degenerasi/redundansi

Gieks 2001 29
• Kodon berbeda yang mengkode Asam
amino yang sama disebut sinonim
• Variasi kodon tersebut terjadi pada basa
ketiga. Gejala ini disebut Wobble position
• Valin: GUU, GUC, GUA, GUG

Gieks 2001 30
 • Dari ke 64 kodon tsb, hanya 61 yang
mengkode AA.
• 1 start kodon = Metionin (AUG)
• 3 termination kodon UAG, UGA, UAA

Gieks 2001 31
• Open reading frame: satu set kodon yang
berjalan secara kontinyu yang dimulai
dengan kodon inisiasi (met/AUG) dan
diakhiri dengan kodon terminasi (UAA,
UAG, UGA).

Gieks 2001 32
• Exons: Segment sequence DNA yang
mengandung informasi genetik.

• Introns: Segment sequence DNA yang

tidak mengandung informasi genetik

Gieks 2001 33
 mRNA protein Sifat

translasi ekspresi

transkripsi

Gieks 2001 34
 TRANSKRIPSI

• Adalah proses sintesis RNA dari sekuen DNA

sebuah gen oleh ensim RNA polymerase
• RNA diproduksi dengan menggunakan
template/anti-sense/non-coding strand
• RNA merupakan copy dari non-
template/sense/coding strand

Gieks 2001 35
• Selama proses transkripsi, RNA disintesis
melalui polimerasi NTPs
• 3’-OH dari satu nukleotida bereaksi dengan
5’-fosfat dari nukleotida yang lain sehingga
membentuk ikatan fosfodiesther

Gieks 2001 36
 TRANSKRIPSI EUKARIOTIK
• Fase : inisiasi, elongasi, terminasi
• RNA polymerase II
• Transkripsi dimulai dari sekuen Promoter
• Promoter mengandung sekuen DNA khusus
(TATA…) yang dikenal dengan TATA box, dan
terletak pada 25 bp upstream
• TATA box berperan untuk meletakkan RNA
polymerase II pada tempat yang tepat sebelum
transkripsi
Gieks 2001 37
• Pengikatan RNA Polymerase II dengan promoter
memerlukan beberapa protein yang disebut
Transcription Factor II

Gieks 2001 38
• Promoter: adalah sequence DNA yang terletak
upstream dari coding sequence, yang berfungsi
untuk mengatur proses ekspresi gen. Sequence
DNA dalam promoter dikenali dan akan diikat oleh
RNA polymerase dan protein lain yang berkaitan
(transcription factor)

• Terminator: adalah sequence DNA yang

terletak downtream dari coding sequence, yang
berfungsi untuk mengatur berakhirnya sebuah
proses transkripsi.

Gieks 2001 39
 Promoter
Transcribed gene sekuen
5’ 3’
DNA TATA

-25 +1 5’
3’

Gieks 2001 40
 TFIID

5’ 3’
DNA

+1 5’
3’

Gieks 2001 41
 TFIIA,
TFIIB

5’ 3’
DNA

+1 5’
3’

Gieks 2001 42
 RNAPol II

5’ 3’
DNA

+1 5’
3’

Gieks 2001 43
 TFII
F,E,H,J

5’ 3’
DNA

+1 5’
3’

Gieks 2001 44
5’ 3’

3’ 5’

5’
RNA

Gieks 2001 45
 mRNA PROCESSING
• Hasil proses transkripsi sebuah gen yang
mengkode protein adalah sebuah pre-
mRNA
• Pre-mRNA (pada eukariotik) terdiri dari
intron dan exon

Gieks 2001 46
 mRNA PROCESSING
• Langkah pertama: Splicing, yaitu
menghilangkan sekuen non-coding
(intron), sehingga menghasilkan mRNA
tanpa intron
• Langkah kedua: 5’Capping, yaitu
menambahkan 7-methylguanosin (GTP +
CH3), pada ujung 5’ untuk menghindari
degradasi exonuklease pada ujung 5’

Gieks 2001 47
 mRNA PROCESSING
• Langkah ketiga: 3’ Polyadenilation,
yaitu menambahkan ± 250 Adenin pada
ujung 3’, sehingga membentuk ekor poli-
A, untuk menghindari degradasi
exonuklease pada ujung 3’
Setiap mRNA pasti mengandung ekor poli-
A.

Gieks 2001 48
 tRNA PROCESSING
• Sebanyak 74 – 95 nukleotida RNA
membentuk struktur berbentuk daun
cengkih (cloverleaf structure)

Gieks 2001 49
 tRNA
3’
A
C
Acceptor arm
C
5’

TϕC arm
dHU arm
Optional arm

Anticodon arm

Gieks 2001 50
• Acceptor arm: memiliki ujung CCA3’,
yang tidak berpasangan, dan merupakan
titik pengikatan tRNA dengan Asam
Amino
• Anticodon arm: berperan untuk
mengenali dan melekatkan diri pada
codon dalam mRNA

Gieks 2001 51
 rRNA PROCESSING
• rRNA terbentuk dari asosiasi antara
ribosom dengan RNA
• Ribosom Prokariotik 70S
• Ribosom Eukariotik 80S

Gieks 2001 52
 TRANSLASI

• Adalah proses sintesis protein dalam sel

• mRNA akan menentukan sekuen AA dalam
sebuah protein
• Peran tRNA sangat penting karena akan
mengantarkan AA ke dalam ribosom

Gieks 2001 53
 • terdapat 31 – 40 tRNA
• Sehingga 1 AA kemungkinan akan dibawa
oleh > 1 tRNA
• tRNA berbeda yang membawa AA yang
sama disebut Isoacceptors

Gieks 2001 54
 PROSES TRANSLASI

• AA akan berikatan dengan tRNA pada

proses yang disebut
Aminoacylation/charging, yang kemudian
akan mengenali kodon pada mRNA
• Pengenalan antikodon (tRNA) dengan
kodon (mRNA) dengan prinsip
komplementaritas pasangan basa

Gieks 2001 55
3. Tahapan translasi:
• Inisiasi (Initiation): adalah pengikatan
ssRibosom dengan mRNA membentuk
sebuah “inisiation complex”
• Proses ini dimulai dari AUG (met)
sehingga kodon ini disebut ‘translation
initiation codon”

Gieks 2001 56
b. Pemanjangan/elongation:
• Dimulai dengan penggabungan lsRibosom
pada inisiation complex
• Sehingga terbentuk 2 buah ruangan pada
kompleks, dimana satu ruangan telah diisi
oleh tRNA Met, dan ruangan yang kedua
diisi oleh tRNA yang ditentukan oleh
kodon kedua dari mRNA.

Gieks 2001 57
• Kompleks ini kemudian akan bergeser
kearah 3’ (downstream) sehingga ruangan
pertama akan disi oleh tRNA kedua, dan
ruangan kedua akan diisi oleh tRNA ketiga
yang ditentukan oleh kodon ketiga dst.

Gieks 2001 58
a. Terminasi (termination):
• tRNA tidak akan mampu berikatan
dengan termination codon
• Terdapat beberapa protein yang disebut
“Release Factors” yang akan mengenali
kodon stop (UAA, UAG, UGA), dan
akan menambahkan air pada polipeptida,
sehingga terjadi pelepasan polipeptida.

Gieks 2001 59
• Dilanjutkan dengan pelepasan ribosom dari
mRNA yang menandai berakhirnya proses
sintesis protein

Gieks 2001 60
• See: Enzim.ppt.

Gieks 2001 61