DAAkDAAk lllGl \lllullk DA: Gl:lIllA Vlku

lc| . D:. D:|. :i \u:ti:i

DllAkIl\l: ll\u ll:YAllI llWA: DA: ll\AVlI
lAlulIA llDlIlkA: llWA:
l:IlIuI llkIA:lA: lGk
Mata Kuliah virologi
DASAR-DASAR BIOLOGI
MOLEKULER
Biologi molekuler
Definisi :
Merupakan cabang ilmu biologi yang
mempelajari tentang aktivitas biologis dalam
tingkat molekuler
Biologi molekuler virus :
Mempelajari aktivitas biologis virus ditingkat
molekuler
Biologi molekuler virus
Aktivitas biologis virus :
Menginfeksi inang untuk bisa
mengekspresikan aktivitas biologisnya
(parasit intra seluler obligat)
Mengamati akvitas/ proses infeksi dan
perkebangbiakan virus dalam tubuh inang
ditingkat molekuler
Molekuler : asam inti (gen: DNA/RNA)
asam amino penyusun protein
struktural maupun fungsional
Mengapa virus harus menginfeksi inang ?
untuk kelangsungan hidupnya :
Viruses must replicate in living
cells.
However, not all cells will support
replication of particular viruses.
Both viruses and cells have
receptors and an affinity
(complementarity) between them
that results in attachment.
This complementarity is
responsible for limitations of host
range.
VIRAL
LIFE
CYCLE
VIRAL
LIFE
CYCLE
ATTACHMENT
PENETRATION PENETRATION
HOST
FUNCTIONS
ASSEMBLY
(MATURATION)
Transcription
REPLICATION
RELEASE
UNCOATING UNCOATING
Translation
Replication
Infeksi virus
Menimbulkan gejala klinis ( virus
patogenits tinggi dan jumlah cukup
banyak)
Tidak menimbulkan gejala klinis ( virus
patogenitas rendah, sifat virus slow
infection/ chronis atau laten)
Deteksi virus : gejala klinis, isolasi
identifikasi virus
Moleculer Diagnostic Systems
DNA Diagnostic Systems include:
DNA Hybridization
PCR
Restriction endonuclease analysis
RAPD (random amplified polymorphic
DNA)
DNA fingerprinting
8
Identifikasi DNA atau RNA dengan
teknik polymerase chain reaction
(PCR) dan molecular sequencing
9
Kary Mullis
Inventor of the Polymerase Chain Reaction
10
Nobel Prize 1993
Polymerase Chain Reaction
(PCR)
Using molecular techniques such as PCR to
examine DNA sequences can help to identify
what strain of a pathogen is present in a
specimen
PCR is a technique that makes multiple
copies of a piece of DNA or RNA in a process
called amplification
Amplification makes it easier to detect the tiny
strands of an organisms DNA
PCR can start with very small amounts of
DNA and can be used with viruses or bacteria
PCR
Capable of amplifying tiny quantities of
nucleic acid.
Cells separated and lysed.
Double stranded DNA separated into single
strands.
Primers, small segments of DNA no more
than 20-30 nucleotides long added.
Primers are complementary to segments of
opposite strands of that flank the target
sequence.
Only the segments of target DNA between
the primers will be replicated.
Polymerase Chain Reaction
Each cycle of PCR consists of three cycles:
denaturation of target DNA to separate 2 strands.
annealing step in which the reaction mix is cooled
to allow primers to anneal to target sequence
Extension reaction in which primers initiate DNA
synthesis using a DNA polymerase.
These three steps constitute a thermal cycle
Each PCR cycle results in a doubling of target
sequences and typically allowed to run through 30
cycles, one cylce takes approximately 60-90 seconds.
Steps in PCR
PCR starts with a sample of DNA from a
clinical specimen suspected to contain a
pathogen
A primer is added to the sample
A primer is a very short sequence of DNA which
will seek out and bind to a specific sequence of
the target DNA
Primers can be designed to be very specific or
more general
Example a primer could be made to match
echovirus 30 or to match any echovirus
Steps in PCR (continued)
After the primer other materials added to the mixture
include:
A polymerase enzyme that will read a sequence of DNA and
create copies
Building blocks of DNA bases to use as raw materials to make
copies
The polymerase enzyme will make copies only of the
DNA that matches the primer
Results:
Amplification occursDNA in specimen matched primer
No amplificationparticular DNA that primer was designed to
match was not present
PCR
PCR
PCR to Detect Feline Viral
Rhinotracheitis Infection and
Persistence
18
Welgler eL al. (1997) veL 8ec 140,333-338
! C8 consldered more senslLlve Lhan vlrus lsolaLlon
Viral Genomic
Sequencing
An example of sequencing used in
diagnosis. The nucleotide sequences of
the genes (DNA copies) of VP1 (virus
protein 1) of foot-and-mouth disease virus,
type O. The isolates are from around the
world.
Note the similarity of
the UK isolates of 2001
with the virus causing
disease in South
Africa in late 2000
19
SouLh
Afrlca
uk
uk
uk
uk lsolaLes
1
<1
koowles et ol. (2001)
vet kec 148, 258-259
GENETIKA VIRUS
Penurunan sifat organisme termasuk
mikroorganisme termasuk virus melalui :
DNA atau RNA pada Virus.
DNA (Deoxyribo Nucleic Acid)
Suatu urutan nukleotida yang tersusun dalam 2
utas secara helix melingkar dalam bentuk coil,
yang disebut sebagai supercoil 5 3 dengan
arah putaran positif sense.
Membawa informasi hereditas dari induk ke
anak.
Urutan basanya disebut dengan Gen.
Gen gen tsb. menyandikan protein.
Protein tersebut dapat berupa :
(a) Protein struktural seperti : amplop,
spike, kapsid (virus) atau septa, hifa
(cendawan) dan dinding sel, kapsel,
membran plasma (bakteri)
(b) Protein nonstruktural seperti enzim
dan toxin.
DNA sebagai molekul utama kehidupan
Eukariot (cendawan )
DNA berada dalam inti sel
dan RNA di sitoplasma
Prokariot (bakteri )
DNA dan RNA di
sitoplasma
DNA tersebut terpilin
supercoil dan kompak
dalam kromosom.
Pada virus DNA atau RNA :
Tidak tersusun kompak dalam kromosom, tetapi
bisa dalam bentuk teruntai, terlipat dan
segmental.
Berutas ganda maupun tunggal.
Arah putaran bisa positif sense maupun
negatif sense.
DNA dan RNA tersusun oleh basa :
Purin : Adenin (A)
Guanin (G)
Pirimidin: Citosin (C)
Thymin (T)
Uracil (U)
Sifat induk diturunkan ke anak melalui
DNA. Penurunan gen dari sel induk
(DNA) ke sel anak dilakukan melalui
proses replikasi.
Ekspresi gen tampak setelah DNA
ditranskripsi menjadi messenger RNA
(mRNA) yang kemudian ditranslasi oleh
transfer RNA (tRNA) menjadi protein
DNA DNA
replikasi
mRNA
transkripsi
Protein
translasi
REPLIKASI
Replikasi DNA
berlangsung secara
semi konservatis.
Proses replikasi
melibatkan banyak
sekali enzim.
Proses replikasi
(1) Penguraian pilinan DNA (unwinding DNA)
Dilakukan oleh enzim helicase 2 utas DNA terpisah.
Untuk mencegah reasosiasi ke 2 utas DNA pada ujung
garpu replikasi diikat oleh protein yang disebut single
strainded DNA binding protein.
(2) Masing-masing utas dari DNA yang telah terurai akan
menjadi cetakan (template) bagi utas baru Terbentuk
utas baru yg merupakan pasangan bagi utas lama
(complementary)
(3) Pada utas lama dengan arah 3 ke 5 terbentuk utas baru
yang disintesa dari arah 5 ke 3 secara kontinyu dinamai
leading strand.
(4) Pada utas lama yang mempunyai arah 5 ke 3 akan
terbentuk pasangan baru berukuran pendek disebut
fragmen Okazaki. Karena asam nukleat hanya bisa
disintesa arah 5 ke 3maka utas baru ini diberi nama
lagging strand.
- Proses sintesa utas baru ini mengguna-kan enzim
DNA polimerase III (DNA pol III). DNA pol.
III tidak mampu mengawali sintesa DNA baru.
DNA pol. III hanya bekerja dalam proses
pemanjangan DNA baru
- Sintesa DNA baru pada lagging strand diawali
oleh sepotong primer RNA pendek yang disintesa
dengan bantuan enzim RNA polimerase
(primase)
- Primer RNA selanjutnya diperpanjang oleh DNA
pol III . Pada fragmen Okazaki, primer
RNAnya dihapus (exonuklease), kemudian gap
antar nukleotidanya diisi dgn nukleotida baru.
Kerja ini dilakukan oleh DNA pol I.
Selanjutnya Fragmen Okazaki disambung oleh enzim
DNA ligase menjadi utas DNA komplementari yang
panjang.
Utas baru yang disintesa pada proses replikasi ini harus
tepat susunannya, sesuai pasangan DNA cetakannya.
Bila terjadi kesalahan dlm penyusunan nukleotida pada
proses replikasi:
Mekanisme koreksi dilakukan oleh enzim DNA
polimerase.
Koreksi dilakukan dari ujung 3 ke 5 dengan
aktivitas 3-5 eksonuklease DNA polimerase I,
mekanismenya disebut proof-reading atau error-
checking.
Kesalahan pada proses replikasi menyebabkan
terjadinya mutasi.
TRANSKRIPSI
Transkripsi merupakan konversi informasi dari DNA
menjadi mRNA.
Proses transkripsi ini difasilitasi oleh enzim RNA
polimerase
Proses transkripsi berjalan mirip seperti proses replikasi
DNA.
Perbedaan utama transkripsi dibandingkan
dengan replikasi :
Hanya memproduksi molekul dengan
ukuran relatif pendek
Hanya satu utas DNA yang ditranskripsi
Prosesnya lebih sederhana karena mRNA
dapat disintesa secara berkesinambungan
dgn menggunakan satu enzim saja (RNA
polimerase)
Tidak diperlukan primer seperti pada
proses replikasi
Proses transkripsi seperti pada proses
replikasi berjalan dari ujung 5 ke 3
Proses transkripsi dimulai dari daerah
promotor dan berakhir pada daerah
terminator.
TRANSLASI
Translasi adalah proses penerjemahan kode
basa nukleotida ke asam amino.
Setiap 3 basa (triplet / condon) menyandikan 1
asam amino.
mRNA membawa informasi sekuen asam amino
dari protein yang harus diproduksi dalam bentuk
kode genetika.
Contoh :
UUU Phenilalanine (Phe)
UUA Leucine (Leu)
UAA Stop
Kode genetik
DNA ------transfer informasi genetika ke
mRNA dalam bentuk kode (code) terdiri
dari sederetan basa nukleotid
ribosom bergerak sepanjang molekul mRNA
dan "membaca" urutan sekuensnya
sebanyak 3 nukleotid (codon) sekaligus
dari arah 5 ke 3
5-AAACGTCGTACCTGT-3
3-TTTGCAGCATGGACA-5
The Genetic Code
Amino acids specified by each codon sequence on mRNA.
Amino acids specified by each codon sequence on mRNA.
Key for the above table:
Ala: Alanine Cys: Cysteine
Asp: Aspartic
acid
Glu: Glutamic acid
Phe:
Phenylalanine
Gly: Glycine His: Histidine Ile: Isoleucine
Lys: Lysine Leu: Leucine Met: Methionine Asn: Asparagine
Pro: Proline Gln: Glutamine Arg: Arginine Ser: Serine
Thr: Threonine Val: Valine Trp: Tryptophane Tyr: Tyrosisne
A= adenine G = guanine C = cytosine T = thymine U = uracil
Pada prokariot (bakteri) proses transkripsi dan translasi
dapat berlangsung bersamaan di sitoplasma.
Pada eukariot (cendawan, hewan tingkat tinggi) proses
transkripsi terjadi di nukleus, sedangkan translasi di
sitoplasma.
Pada virus proses replikasi dan transkripsi bisa terjadi di
nukleus dan sitoplasma sel inang tergantung dari jenis
virusnya.
Pada prokariot (bakteri) proses transkripsi
dan translasi dapat berlangsung
bersamaan di sitoplasma.
Pada eukariot (cendawan, hewan tingkat
tinggi) proses transkripsi terjadi di nukleus,
sedangkan translasi di sitoplasma.
Pada virus proses replikasi dan transkripsi
bisa terjadi di nukleus dan sitoplasma sel
inang tergantung dari jenis virusnya.
Virus
DNA
RNA
mekanisme perbanyakan virus pada sel
inang ( saat infeksi) :
adsorbsi dan penetrasi
pelepasan selubung virus
sintesa dan perakitan bahan
komponen virus oleh sel inang
pelepasan virion dari sel inang
Fast generation time.
Produce large numbers of progeny.
High rates of mutation.
Basic point: Virus evolution is fast
Virus-infected cells produce large numbers
of progeny
Infection of a single cell by poliovirus can yield up to 10
4
viral
particles.
In a person, up to 10
9
10
11
particles can be produced per day.
Enough to infect every person on the planet.
Evolution requires mutation:
High mutation rates (genome replication is
inaccurate)
Mutations occur when nucleic acids are copied (i.e. genome replication).
Error rate of human DNA polymerase is approximately 10
-9
(3 mutations per
replication of the human genome).
Error correction machinery lowers this to 10
-11
Virus RNA and DNA polymerases
are much more error prone.
RNA dependent RNA pol: 10
-3
10
-6
DNA polymerases: 10
-6
10
-7
Mutasi
gen mutasi ---- DNA ----Kode genetik tidak
sesuai ---- sintesa asam amino terganggu-
---pembentukan protein terganggu.
Mutasi dapat terjadi
Substitusi
Addisi
Delesi
Virus----mutasi virulent
avirulent
The point at which accumulated mutations reduce
fitness
Too much mutation can be lead to loss of vital
information
Too little mutation can lead to host defenses
overcoming the virus.
MUTASI
Mutasi adalah suatu perubahan pada
sekuen basa DNA suatu organisme yang
diturunkan.
Organisme yang mengalami mutasi
disebut mutan.
Agen penyebab mutasi disebut mutagen.
Mutasi dapat terjadi secara spontan atau
akibat induksi dari mutagen.
Mutasi spontan dapat disebabkan oleh :
Radiasi alam (sinar kosmik)
Kesalahan replikasi
Mutasi dapat berupa :
Delesi (penghapusan)
Insersi (penyisipan)
Subsitusi (penggantian)
Jenis mutasi :
Point mutation (Mutasi titik)
Pada mutasi titik terjadi perubahan pada
sepasang basa yang dapat menyebabkan :
Perubahan satu asam amino menjadi asam
amino yang lain dalam protein (missense
mutation)
Tidak menyebabkan perubahan sama sekali
tergantung pada codon yang terlibat (silent
mutation).
Terbentuknya stop codon mengakibatkan
tersintesanya protein yang tidak sempurna
(nonsense mutation)
Frameshift mutation (mutasi
geser)
Mikroinsersi dan mikrodelesi dapat
menyebabkan mutasi geser bila terjadi
pada gen penyandi protein yang menjadi
bagian dari reading frame.
5.T A C.3
.A T G.5
mutasi normal replikasi
AAC TAG TAG TAC
TTG ATC ATG ATG
trankripsi
AAC UAG UAU UAC
Asp stop Tyr Tyr
Contoh mutasi subsitusi :
Contoh mutasi insersi dan delesi yg mengakibatkan frameshift
mutation :
Mutasi insersi
TACGGACCAATACT
Normal DNA
TACGGACAATACT
Mutasi delesi
TACGGCAATACT
Dampak mutasi:
Perubahan virulensi/patogenitas
perubahan serotype
contoh antigenic shift dan drift pada virus AI
1. Recombination of genome segments.
2. Reassortment.
3. Acquisition of cellular genes
Genetic information exchange
Genetic information is exchanged by recombination of genome
segments. Infection of a cell by two different viruses can result
in exchange of genetic information, resulting in production of
mixed progeny.
Recombination
HIV 2 mechanisms:
1. Copy choice: during (-) strand synthesis
2. Strand assimilation: during (+) strand synthesis
Template switching: polio virus
Reassortment
Genetic drift: slow accumulation of mutations in a population. Due to copying errors and
immune selection.
Genetic shift: a major genetic change caused by recombination or reassortment of genomes.
Shift vs Drift
Drift Shift
Evolution is both driven and constrained by
the fundamental properties of viruses
Despite lots of sequence diversity, viral populations maintain stable
master or consensus sequences.
The sequence that reflects the most common choice of nucleotide or
amino acid at each position.
Diversity limited be the to ability to function within certain constraints. These include:
Particle geometry: eg. Icosahedral capsids limit genome size by limiting volume.
All genomes are composed of nucleic acids: limits solutions to replication or
decoding of viral information.
Requirement for interactions with host cell machinery.
Requirements for interactions within the host.
GENETIKA VIRUS
Penurunan sifat organisme termasuk
mikroorganisme termasuk virus melalui :
DNA atau RNA pada Virus.
DNA (Deoxyribo Nucleic Acid)
Suatu urutan nukleotida yang tersusun dalam 2
utas secara helix melingkar dalam bentuk coil,
yang disebut sebagai supercoil 5 3 dengan
arah putaran positif sense.
Membawa informasi hereditas dari induk ke
anak.
Urutan basanya disebut dengan Gen.
Gen gen tsb. menyandikan protein.
Protein tersebut dapat berupa :
(a) Protein struktural seperti : amplop,
spike, kapsid (virus) atau septa, hifa
(cendawan) dan dinding sel, kapsel,
membran plasma (bakteri)
(b) Protein nonstruktural seperti enzim
dan toxin.
DNA sebagai molekul utama kehidupan
Eukariot (cendawan )
DNA berada dalam inti sel
dan RNA di sitoplasma
Prokariot (bakteri )
DNA dan RNA di
sitoplasma
DNA tersebut terpilin
supercoil dan kompak
dalam kromosom.
Pada virus DNA atau RNA :
Tidak tersusun kompak dalam kromosom, tetapi
bisa dalam bentuk teruntai, terlipat dan
segmental.
Berutas ganda maupun tunggal.
Arah putaran bisa positif sense maupun
negatif sense.
DNA dan RNA tersusun oleh basa :
Purin : Adenin (A)
Guanin (G)
Pirimidin: Citosin (C)
Thymin (T)
Uracil (U)
Sifat induk diturunkan ke anak melalui
DNA. Penurunan gen dari sel induk
(DNA) ke sel anak dilakukan melalui
proses replikasi.
Ekspresi gen tampak setelah DNA
ditranskripsi menjadi messenger RNA
(mRNA) yang kemudian ditranslasi oleh
transfer RNA (tRNA) menjadi protein
DNA DNA
replikasi
mRNA
transkripsi
Protein
translasi
REPLIKASI
Replikasi DNA
berlangsung secara
semi konservatis.
Proses replikasi
melibatkan banyak
sekali enzim.
Proses replikasi
(1) Penguraian pilinan DNA (unwinding DNA)
Dilakukan oleh enzim helicase 2 utas DNA terpisah.
Untuk mencegah reasosiasi ke 2 utas DNA pada ujung
garpu replikasi diikat oleh protein yang disebut single
strainded DNA binding protein.
(2) Masing-masing utas dari DNA yang telah terurai akan
menjadi cetakan (template) bagi utas baru Terbentuk
utas baru yg merupakan pasangan bagi utas lama
(complementary)
(3) Pada utas lama dengan arah 3 ke 5 terbentuk utas baru
yang disintesa dari arah 5 ke 3 secara kontinyu dinamai
leading strand.
(4) Pada utas lama yang mempunyai arah 5 ke 3 akan
terbentuk pasangan baru berukuran pendek disebut
fragmen Okazaki. Karena asam nukleat hanya bisa
disintesa arah 5 ke 3maka utas baru ini diberi nama
lagging strand.
Proses sintesa utas baru ini mengguna-kan enzim
DNA polimerase III (DNA pol III). DNA pol.
III tidak mampu mengawali sintesa DNA baru.
DNA pol. III hanya bekerja dalam proses
pemanjangan DNA baru
Sintesa DNA baru pada lagging strand diawali
oleh sepotong primer RNA pendek yang disintesa
dengan bantuan enzim RNA polimerase
(primase)
Primer RNA selanjutnya diperpanjang oleh DNA
pol III . Pada fragmen Okazaki, primer
RNAnya dihapus (exonuklease), kemudian gap
antar nukleotidanya diisi dgn nukleotida baru.
Kerja ini dilakukan oleh DNA pol I.
Selanjutnya Fragmen Okazaki disambung oleh enzim
DNA ligase menjadi utas DNA komplementari yang
panjang.
Utas baru yang disintesa pada proses replikasi ini harus
tepat susunannya, sesuai pasangan DNA cetakannya.
Bila terjadi kesalahan dlm penyusunan nukleotida pada
proses replikasi:
Mekanisme koreksi dilakukan oleh enzim DNA
polimerase.
Koreksi dilakukan dari ujung 3 ke 5 dengan
aktivitas 3-5 eksonuklease DNA polimerase I,
mekanismenya disebut proof-reading atau error-
checking.
Kesalahan pada proses replikasi menyebabkan
terjadinya mutasi.
TRANSKRIPSI
Transkripsi merupakan konversi informasi dari DNA
menjadi mRNA.
Proses transkripsi ini difasilitasi oleh enzim RNA
polimerase
Proses transkripsi berjalan mirip seperti proses replikasi
DNA.
Perbedaan utama transkripsi dibandingkan
dengan replikasi :
Hanya memproduksi molekul dengan
ukuran relatif pendek
Hanya satu utas DNA yang ditranskripsi
Prosesnya lebih sederhana karena mRNA
dapat disintesa secara berkesinambungan
dgn menggunakan satu enzim saja (RNA
polimerase)
Tidak diperlukan primer seperti pada
proses replikasi
Proses transkripsi seperti pada proses
replikasi berjalan dari ujung 5 ke 3
Proses transkripsi dimulai dari daerah
promotor dan berakhir pada daerah
terminator.
TRANSLASI
Translasi adalah proses penerjemahan kode
basa nukleotida ke asam amino.
Setiap 3 basa (triplet / condon) menyandikan 1
asam amino.
mRNA membawa informasi sekuen asam amino
dari protein yang harus diproduksi dalam bentuk
kode genetika.
Contoh :
UUU Phenilalanine (Phe)
UUA Leucine (Leu)
UAA Stop
Kode genetik
DNA ------transfer informasi genetika ke
mRNA dalam bentuk kode (code) terdiri
dari sederetan basa nukleotid
ribosom bergerak sepanjang molekul mRNA
dan "membaca" urutan sekuensnya
sebanyak 3 nukleotid (codon) sekaligus
dari arah 5 ke 3
5-AAACGTCGTACCTGT-3
3-TTTGCAGCATGGACA-5
The Genetic Code
Amino acids specified by each codon sequence on mRNA.
Amino acids specified by each codon sequence on mRNA.
Key for the above table:
Ala: Alanine Cys: Cysteine
Asp: Aspartic
acid
Glu: Glutamic
acid
Phe:
Phenylalanine Gly: Glycine His: Histidine Ile: Isoleucine
Lys: Lysine Leu: Leucine
Met:
Methionine
Asn: Asparagine
Pro: Proline Gln: Glutamine Arg: Arginine Ser: Serine
Thr:
Threonine
Val: Valine
Trp:
Tryptophane
Tyr: Tyrosisne
A= adenine G = guanine C = cytosine T = thymine U = uracil
Pada prokariot (bakteri) proses transkripsi dan translasi
dapat berlangsung bersamaan di sitoplasma.
Pada eukariot (cendawan, hewan tingkat tinggi) proses
transkripsi terjadi di nukleus, sedangkan translasi di
sitoplasma.
Pada virus proses replikasi dan transkripsi bisa terjadi di
nukleus dan sitoplasma sel inang tergantung dari jenis
virusnya.
Pada prokariot (bakteri) proses transkripsi
dan translasi dapat berlangsung
bersamaan di sitoplasma.
Pada eukariot (cendawan, hewan tingkat
tinggi) proses transkripsi terjadi di nukleus,
sedangkan translasi di sitoplasma.
Pada virus proses replikasi dan transkripsi
bisa terjadi di nukleus dan sitoplasma sel
inang tergantung dari jenis virusnya.
Virus
DNA
RNA
mekanisme perbanyakan virus pada sel
inang ( saat infeksi) :
adsorbsi dan penetrasi
pelepasan selubung virus
sintesa dan perakitan bahan
komponen virus oleh sel inang
pelepasan virion dari sel inang
Fast generation time.
Produce large numbers of progeny.
High rates of mutation.
Basic point: Virus evolution is fast
Virus-infected cells produce large numbers
of progeny
Infection of a single cell by poliovirus can yield up to 10
4
viral
particles.
In a person, up to 10
9
10
11
particles can be produced per day.
Enough to infect every person on the planet.
Evolution requires mutation:
High mutation rates (genome replication is
inaccurate)
Mutations occur when nucleic acids are copied (i.e. genome replication).
Error rate of human DNA polymerase is approximately 10
-9
(3 mutations per
replication of the human genome).
Error correction machinery lowers this to 10
-11
Virus RNA and DNA polymerases
are much more error prone.
RNA dependent RNA pol: 10
-3
10
-6
DNA polymerases: 10
-6
10
-7
Mutasi
gen mutasi ---- DNA ----Kode genetik tidak
sesuai ---- sintesa asam amino terganggu-
---pembentukan protein terganggu.
Mutasi dapat terjadi
Substitusi
Addisi
Delesi
Virus----mutasi virulent
avirulent
The point at which accumulated mutations reduce
fitness
Too much mutation can be lead to loss of vital
information
Too little mutation can lead to host defenses
overcoming the virus.
MUTASI
Mutasi adalah suatu perubahan pada
sekuen basa DNA suatu organisme yang
diturunkan.
Organisme yang mengalami mutasi
disebut mutan.
Agen penyebab mutasi disebut mutagen.
Mutasi dapat terjadi secara spontan atau
akibat induksi dari mutagen.
Mutasi spontan dapat disebabkan oleh :
Radiasi alam (sinar kosmik)
Kesalahan replikasi
Mutasi dapat berupa :
Delesi (penghapusan)
Insersi (penyisipan)
Subsitusi (penggantian)
Jenis mutasi :
Point mutation (Mutasi titik)
Pada mutasi titik terjadi perubahan pada
sepasang basa yang dapat menyebabkan :
Perubahan satu asam amino menjadi asam
amino yang lain dalam protein (missense
mutation)
Tidak menyebabkan perubahan sama sekali
tergantung pada codon yang terlibat (silent
mutation).
Terbentuknya stop codon mengakibatkan
tersintesanya protein yang tidak sempurna
(nonsense mutation)
Frameshift mutation (mutasi
geser)
Mikroinsersi dan mikrodelesi dapat
menyebabkan mutasi geser bila terjadi
pada gen penyandi protein yang menjadi
bagian dari reading frame.
5.T A C.3
.A T G.5
mutasi normal replikasi
AAC TAG TAG TAC
TTG ATC ATG ATG
trankripsi
AAC UAG UAU UAC
Asp stop Tyr Tyr
Contoh mutasi subsitusi :
Contoh mutasi insersi dan delesi yg mengakibatkan frameshift
mutation :
Mutasi insersi
TACGGACCAATACT
Normal DNA
TACGGACAATACT
Mutasi delesi
TACGGCAATACT
Dampak mutasi:
Perubahan virulensi/patogenitas
perubahan serotype
contoh antigenic shift dan drift pada virus AI
1. Recombination of genome segments.
2. Reassortment.
3. Acquisition of cellular genes
Genetic information exchange
Genetic information is exchanged by recombination of genome
segments. Infection of a cell by two different viruses can result
in exchange of genetic information, resulting in production of
mixed progeny.
Recombination
HIV 2 mechanisms:
1. Copy choice: during (-) strand synthesis
2. Strand assimilation: during (+) strand synthesis
Template switching: polio virus
Reassortment
Genetic drift: slow accumulation of mutations in a population. Due to copying errors and
immune selection.
Genetic shift: a major genetic change caused by recombination or reassortment of genomes.
Shift vs Drift
Drift Shift
Evolution is both driven and constrained by
the fundamental properties of viruses
Despite lots of sequence diversity, viral populations maintain stable
master or consensus sequences.
The sequence that reflects the most common choice of nucleotide or
amino acid at each position.
Diversity limited be the to ability to function within certain constraints. These include:
Particle geometry: eg. Icosahedral capsids limit genome size by limiting volume.
All genomes are composed of nucleic acids: limits solutions to replication or
decoding of viral information.
Requirement for interactions with host cell machinery.
Requirements for interactions within the host.