Patogen dapat menghasilkan gejala pada bibit/kecambah baik pada akar, kotiledon, atau hipokotil.

Benih yang terinfeksi pada kondisi yang menguntungkan dapat menghasilkan gejala pada bibit sama dengan gejala di lapangan, sehingga metode ini dapat digunakan untuk mendapatkan informasi yang mewakili penampakan di lapangan. Sejumlah cendawan, bakteri dan virus terbawa benih sering menghasilkan gejala infeksi atau serangan pada kecambah atau bibit tanaman. Gejala terjadi pada akar, batang, daun atau seluruh bagian kecambah atau bibit tanaman. Pada berbagai kejadian inokulum cendawan terbawa benih menyebabkan kematian pada tanaman atau kecambah. Beberapa kelompok cendawan terbawa benih yang sering menyebabkan penyakit pada kecambah atau bibit antara lain Alternaria, Ascochyta, Colletotrichum, Drechslera, Fusarium, Macrophomina. Sedangkan kelompok bakteri yang sering menunjukkan gejala pada kecambah antara lain Pseudomonas spp. Media tumbuh yang digunakan untuk pengujian gejala pada bibit / kecambah adalah media pasir, bata merah, campuran pasir dan tanah serta media buatan seperti agar air.