Mikrobiologi Molekuler

ANALISIS FILOGENETIK VIRUS AVIAN INFLUENZA SUB TIPE H5N1 ASAL PROVINSI ACEH
OLEH MARINI (4401411073) NUR MAULIDATUL IFADAH (4401411094)

PENDAHULUAN
Avian influenza atau flu burung disebabkan virus influenza tipe A sub tipe H5N1 menyebabkan penyakit influenza pada babi, unggas, dan mamalia. Menyebabkan kerugian perekonimian bidang perunggasan Virus AI sub tipe H5N1 menular dan bersifat zoonosis. Menyebabkan kematian pada manusia

Berdasrkan tingkat infeksi, dikelompokkan:

Highly pathogenic avian influenza (HPAI) Infeksi yg sangat patogen yg dapat menyebabkan kematian 1oo% Gejala: depresi, lemah, dan koma. Umumnya disebabkan oleh virus AI sub tipe H5 dan H7 Low pathogenic avian influenza (LPAI) Infeksi ringan

Materi dan Metode

Preparasi sampel Isolat virus diinokulasikan kembali dalam telur ayam berembrio (TAB) yg berumur 10-11 hari Diinkubasi pada suhu 37 derajad celcius Dipanen stelah 24-72 jam Ekstraksi RNA virus Cairan koroolantois diekstraksi Amplifikasi gen H Squensing Analisis filogenetik

Metode Penelitian
Inokulasi virus pada TAB Inkubasi suhu 37oC selama 2472 jam Ekstraksi

Analisis filogenetik

Hasil

Amplifikasi gen H

Di uji dan dibandingkan

Skuensing

Elektoforensis

Hasil dan pembahasan

Virus diinokulasi dan isolat virus pada telur ayam brembrio (berumur pathogen free) berumur 10-11 hari. Ayam mati pada inkubasi hari ke dua. Cairan koroalantois diambil dan diuji menggunakan rapid test menunjukkan semua isolat poitif terhadap virus AI Amplifikasi gen H secara simplex RT-PCR dihasilkan daerah teramplifikasi sebesar 191 bp.

Skema letak tempat penempelan primer

 Produk amplifikasi PCR dianalisis dengan elektroforesis pada tegangan 135 volt selama 45 menit. Skuensing, diuji dan dianalisis dengan isolat asal indonesia dan asal lain yang diakses dari gene bank. Dari 5 isolat uji dengan 15 isolat pembanding, ditemukan urutan nukleotida yang menyandi 5 asam amino yang berbeda pada posisi asam amino ke- 493, 498, 499, 504, dan 515.

Konstruksi hasil filogenetik

Analisis filogenetik menggunakan metode Bootstrapped NeighborJoining. Membentuk 2 klaster terpisah (asal Indonesia dan asal Asia). Isolat uji dan isolat Indonesia yang lain masih berada dalam Clade.

Kesimpulan
Hasil sekuensing diketahui daerah yang teramplifikasi sebesar 191 bp. Konstruksi pohon filogenetik menunjukkan semua isolat virus AI subtipe H5N1 asal Provinsi Aceh tahun 2007-2008 mengelompok secara terpisah dari isolat Indonesia yang lain, tetapi masih dalam klaster virus AI subtip H5N1 Indonesia.

Thanks For Your Atention