Enzim dan pengendaliannya

Enzim dan pengendaliannya : Ciri enzim Sifat fisik kimia Penamaan dan klasifikasi Sifat dan mekanisme kerja Kondisi yang mempengaruhi aktivitas Enzim dan pengendaliannya : Penghambatan aktivitas enzim Kondisi yang mempengaruhi pembentukan enzim Sifat dan mekanisme pengendalian enzim

Enzim ??
katalisator organik (biokatalisator) yang dihasilkan oleh sel. FUNGSI : untuk mempercepat reaksi kimia.
dalam hal ini untuk keperluan metabolisma mikroba mempunyai selektivitas dan spesifitas yang tinggi terhadap reaktan yang direaksikan dan jenis reaksi yang dikatalisasi.

Setelah reaksi berlangsung, enzim tidak mengalami perubahan jumlah, sehingga jumlah enzim sebelum dan setelah reaksi adalah tetap. ENZIM ADA DI MANA ? BAGAIMANA ENZIM BEKERJA ??

 Enzim adalah satu atau beberapa gugus polipeptida (protein) yang berfungsi sebagai katalis (senyawa yang mempercepat proses reaksi tanpa habis bereaksi) dalam suatu reaksi kimia. Enzim bekerja dengan cara menempel pada permukaan molekul zat-zat yang bereaksi dan dengan demikian mempercepat proses reaksi. Percepatan terjadi karena enzim menurunkan energi pengaktifan yang dengan sendirinya akan mempermudah terjadinya reaksi.

ENZIM ADA DI MANA ?

Enzim dimiliki tidak saja oleh sel bakteri, juga sel mikroba lain bahkan mahluk tingkat tinggi (manusia, hewan, tumbuhan tingkat tinggi) Penggolongan enzim berdasarkan tempat bekerjanya
a. Endoenzim / enzim intraseluler Bekerjanya di dalam sel. Umumnya digunakan untuk
proses sintesis di dalam sel untuk pembentukan energi (ATP) yang berguna untuk proses kehidupan sel, misal dalam proses respirasi.

b. Eksoenzim / enzim ekstraseluler Bekerjanya di luar sel. Umumnya berfungsi untuk mencernakan substrat secara hidrolisis ( untuk dijadikan molekul yang lebih sederhana (BM lebih rendah) sehingga dapat masuk melewati membran sel). Energi yang dibebaskan pada reaksi pemecahan substrat di luar sel tidak digunakan dalam proses kehidupan sel.

MEKANISME BEKERJANYA ENZIM

Saat berlangsungnya reaksi enzimatik

E+S

ES

E+P

Keterangan: E : Enzim, S: Substrat (reaktan), ES: ikatan sementara, P: Hasil reaksi

1. Terjadi ikatan sementara antara enzim dengan substratnya (reaktan) 2. Ikatan sementara ini bersifat labil dan hanya untuk waktu yang singkat saja. 3. Selanjutnya ikatan enzim-substrat akan pecah menjadi enzim dan hasil akhir. 4. Enzim yang terlepas kembali setelah reaksi dapat berfungsi lagi sebagai biokatalisator untuk reaksi yang sama. Sistem enzim-substrat untuk tiap-tiap reaksi enzimatik bersifat khusus. Kestabilan ikatan enzim-substrat ditentukan oleh konstanta Michaelis (Km).

STRUKTUR ENZIM
Pada umumnya enzim tersusun dari protein.

apoenzim
bagian protein berat molekul tinggi Tdk terdialisis TIDAK AKTIF

koenzim

bagian nonprotein Berat molekul rendah Terdialisis TIDAK AKTIF

holoenzim
AKTIF SEBAGAI BIOKATALISATOR.

organik,
Koenzim berfungsi menentukan jenis reaksi kimia yang dikatalisis enzim.

anorganik (disebut kofaktor) :

misal ion logam memantapkan struktur protein dengan adanya interaksi antar muatan.

PENGGOLONGAN ENZIM
Digolongkan berdasarkan :
tempat bekerjanya, (Endoenzim & Eksoenzim). substrat yang dikatalisis, daya katalisisnya, cara terbentuknya.

Umumnya pemberian nama enzim didasarkan atas nama substrat yang dikatalisis atau daya katalisisnya dengan penambahan kata ase. Misal : proteinase adalah enzim yang dapat mengkatalisis pemecahan protein.

Penggolongan enzim berdasarkan daya katalisis

a. Oksidoreduktase
Enzim ini mengkatalisis reaksi oksidasi-reduksi, yang merupakan pemindahan elektron, hidrogen atau oksigen.

b. Transferase
Transferase mengkatalisis pemindahan gugusan molekul dari suatu molekul ke molekul yang lain.

c. Hidrolase
Enzim ini mengkatalisis reaksi-reaksi hidrolisis

d. Liase
Enzim ini berfungsi untuk mengkatalisis pengambilan atau penambahan gugusan dari suatu molekul tanpa melalui proses hidrolisis

e. Isomerase
Isomerase meliputi enzim-enzim yang mengkatalisis reaksi isomerisasi

f. Ligase
Enzim ini mengkatalisis reaksi penggabungan 2 molekul dengan dibebaskannya molekul pirofosfat dari nukleosida trifosfat

g. Enzim lain dengan tatanama berbeda

Ada beberapa enzim yang penamaannya tidak menurut cara di atas, misalnya enzim pepsin, triosin, dan sebagainya serta enzim yang termasuk enzim permease. Permease adalah enzim yang berperan dalam menentukan sifat selektif permiabel dari membran sel.

Penggolongan enzim berdasarkan cara terbentuknya a. Enzim konstitutif

Enzim yang merupakan bagian dari susunan sel normal selalu ada umumnya dalam jumlah tetap pada sel hidup. Contoh : enzim-enzim yang berperan dalam proses respirasi

b. Enzim adaptif
Pembentukannya dipengaruhi perubahan lingkungan Induksi dari lingkungan pembentukannya dirangsang oleh adanya substrat. Contoh : Enzim beta galaktosidase yang dihasilkan oleh bakteri E.coli yang ditumbuhkan di dalam medium yang mengandung laktosa.
Mula-mula E. coli tidak dapat menggunakan laktosa sehingga awalnya tidak nampak adanya pertumbuhan (fase lag/fase adaptasi panjang). Selama fase lag membentuk Enzim beta galaktosidase. Enzim terbentuk susbtrat laktosa bisa dimakan (laktosa dirombak) fase eksponensial

FAKTOR-FAKTOR YANG MEMPENGARUHI REAKSI ENZIMATIK

Protein adalah bagian utama enzim yang dihasilkan sel, maka semua hal yang dapat mempengaruhi protein dan sel akan berpengaruh terhadap reaksi enzimatik. Yang dapat mempengaruhi kerja enzim adalah : 1. Substrat (Reaktan) 2. Suhu 3. Kemasaman (pH) 4. Penghambat Enzim (inhibitor) 5. Aktivator (penggiat) atau kofaktor 6. Penginduksi (induktor)

1. Substrat (Reaktan)
Penambahan kadar substrat sampai jumlah tertentu dengan jumlah enzim yang tetap, akan mempercepat reaksi enzimatik sampai mencapai maksimum. Penambahan substrat selanjutnya tidak akan menambah kecepatan reaksi. Konstanta Michaelis (Km). menggambarkan kesetimbangan disosiasi kompleks ES menjadi enzim dan substrat.
Nilai Km kecil : Enzim mempunyai afinitas tinggi terhadap substrat maka kompleks ES sangat mantap, sehingga kesetimbangan reaksi kearah kompleks ES. Nilai Km besar berarti enzim mempunyai afinitas rendah terhadap substrat, sehingga kesetimbangan reaksi kearah E + S.
Nilai Km kecil Nilai Km besar

E+S
kesetimbangan reaksi kearah kompleks ES.

ES

E+P
kesetimbangan reaksi kearah kompleks ES.

Keterangan: E : Enzim, S: Substrat (reaktan), ES: ikatan sementara, P: Hasil reaksi

 4. Konsentrasi enzim dan substrat - Semakin tinggi konsentrasi enzim akan semakin mempercepat terjadinya reaksi. Dan konsentrasi enzim berbanding lurus dengan kecepatan reaksi. - Jika sudah mencapai titik jenuhnya, maka konsentrasi substrat berbanding terbalik dengan kecepatan reaksi.

2. Suhu
Suhu sampai optimum kenaikan kecepatan reaksi enzimatik. Suhu melebihi optimum terjadi perubahan fisikokimia protein penyusun enzim enzim rusak
Umumnya enzim mengalami kerusakan (denaturasi) pada suhu diatas 50oC. Walaupun demikian ada beberapa enzim yang tahan terhadap suhu tinggi, misalnya taka-diastase dan tripsin.

 1. Suhu Enzim tidak dapat bekerja secara optimal apabila suhu lingkungan terlalu rendah atau terlalu tinggi. Jika suhu lingkungan mencapai 0 C atau lebih rendah lagi, enzim tidak aktif. Jika suhu lingkungan mencapai 40 C atau lebih, enzim akan mengalami denaturasi (rusak). Suhu optimal enzim bagi masing-masing organisme berbeda-beda. Untuk hewan berdarah dingin, suhu optimal enzim adalah 25 C, sementara suhu optimal hewan berdarah panas, termasuk manusia, adalah 37 C.

3. Keasaman (pH)
Enzim mempunyai gugus aktif yang bermuatan positif (+) dan negatif (-). Aktivitas enzim akan optimum kalau terdapat keseimbangan antara kedua muatannya. pH optimum kerja enzim maksimal Daya katalisis enzim menjadi menurun diluar pH optimum : karena terjadinya denaturasi protein enzim. pH optimum untuk masing-masing enzim tidak selalu sama. Sebagai contoh amilase jamur mempunyai pH optimum 5,0,
arginase mempunyai pH optimum 10.

 2. pH (Tingkat Keasaman) Setiap enzim mempunyai pH optimal masing-masing, sesuai dengan "tempat kerja"-nya. Misalnya enzim pepsin, karena bekerja di lambung yang bersuasana asam, memiliki pH optimal 2. Contoh lain, enzim ptialin, karena bekerja di mulut yang bersuasana basa, memiliki pH optimal 7,58.

4. Penghambat Enzim (inhibitor)

Inhibitor enzim adalah zat atau senyawa yang dapat menghambat enzim Beberapa cara penghambatan :
a. Penghambat bersaing (kompetitif) b. Penghambat tidak bersaing (non-kompetitif) c. Penghambat umpan balik (feed back inhibitor) d. Penghambat represor e. Penghambat alosterik

 3. Aktivator dan Inhibitor Aktivator adalah zat yang dapat mengaktifkan dan menggiatkan kerja enzim. Contohnya ion klorida, yang dapat mengaktifkan enzim amilase. Inhibitor adalah zat yang dapat menghambat kerja enzim. Berdasarkan cara kerjanya, inhibitor terbagi dua, inhibitor kompetitif dan inhibitor nonkompetitif. Inhibitor kompetitif adalah inhibitor yang bersaing aktif dengan substrat untuk mendapatkan situs aktif enzim, contohnya sianida bersaing dengan oksigen dalam pengikatan Hb. Sementara itu, inhibitor nonkompetitif adalah inhibitor yang melekat pada sisi lain selain situs aktif pada enzim, yang lama kelamaan dapat mengubah sisi aktif enzim.

4. Penghambat enzim (inhibitor)

a. Penghambat bersaing (kompetitif)

Disebabkan oleh senyawa tertentu yang mempunyai struktur mirip dengan substrat saat Misalnya asam malonat vs reaksi enzimatik akan terjadi.
asam suksinat dalam penggunaan enzim dehidrogenase suksinat pada pembentukan asam fumarat.

Dipengaruhi :

1.kadar penghambat keduanya dapat bersaing untuk memanfaatkan enzim dehidrogenase. 2.kadar substrat 3.aktivitas relatif antara penghambat dan substrat. Penanggulangan : menambah jumlah substrat sampai berlebihan.

Struktur asam yg mirip dari

10

4. Penghambat enzim (inhibitor)

b. Penghambat tidak bersaing (non-kompetitif)

Zat-zat kimia tertentu mempunyai afinitas yang tinggi terhadap ion logam penyusun enzim dibandingkan dengan enzimnya.
Contoh : Senyawa-senyawa seperti sianida, sulfida, natrium azida, dan karbon monooksida adalah senyawa penghambat untuk enzim yang mengandung Fe, yaitu dengan terjadinya reaksi antara senyawasenyawa tersebut dengan ion Fe yang menyebabkan enzim menjadi tidak aktif.

Tidak terjadi persaingan antara zat penghambat dengan substrat masalah tidak dapat ditanggulangi dengan penambahan jumlah substrat

4. Penghambat enzim (inhibitor)

c. Penghambat umpan balik (feed back inhibitor)

Disebabkan oleh hasil akhir suatu rangkaian reaksi enzimatik yang menghambat aktifitas enzim pada reaksi pertama.
Enzim a A B Enzim b C Enzim c D Enzim d

X X

Keterangan: A,B,C,D : substrat enzim a,b,c,d. X : hasil akhir reaksi enzimatik yang menghambat sintesis enzim a.

11

4. Penghambat enzim (inhibitor)

d. Penghambat represor
Disebabkan oleh hasil akhir suatu rangkaian reaksi enzimatik yang menghambat mempengaruhi atau mengatur pembentukan enzim-enzim pada reaksi sebelumnya.
Enzim a A B Enzim b C Enzim c D Enzim d X

Keterangan: A,B,C,D: substrat enzim a,b,c,d. X: hasil akhir reaksi enzimatik yang menghambat sintesis enzim a.

5. Aktivator (penggiat) atau kofaktor

suatu zat yang dapat mengaktifkan enzim yang semula belum aktif. Enzim yang belum aktif disebut pre-enzim atau zymogen (simogen). dapat berbentuk ion-ion dari unsur H, Fe, Cu, Mg, Mo, Zn, Co, atau berupa koenzim, vitamin, dan enzim lain.

12

STRUKTUR ENZIM
Pada umumnya enzim tersusun dari protein.

apoenzim
bagian protein berat molekul tinggi Tdk terdialisis TIDAK AKTIF

koenzim

bagian nonprotein Berat molekul rendah Terdialisis TIDAK AKTIF

holoenzim
AKTIF SEBAGAI BIOKATALISATOR.

organik,
Koenzim berfungsi menentukan jenis reaksi kimia yang dikatalisis enzim.

vitamin, seperti vitamin B1, B2, NAD+ (Nicotinamide Adenine Dinucleotide

anorganik (disebut kofaktor) :

misal ion logam memantapkan struktur protein dengan adanya interaksi antar muatan.

Bagaimana enzim bekerja :

teori kuncigembok, teori kecocokan induksi

13

Teori Kunci-Gembok (Lock and Key Theory)

Terjadinya reaksi antara substrat dengan enzim karena : adanya kesesuaian bentuk ruang antara substrat dengan situs aktif (active site) dari enzim, enzim, sehingga sisi aktif enzim cenderung kaku. kaku. Substrat berperan sebagai kunci masuk ke dalam situs aktif, aktif, yang berperan sebagai gembok, gembok, sehingga terjadi kompleks enzimenzimsubstrat. substrat. Pada saat ikatan kompleks enzimenzim-substrat terputus, terputus, produk hasil reaksi akan dilepas dan enzim akan kembali pada konfigurasi semula. semula.

Teori Kecocokan Induksi (Induced Fit Theory)

reaksi antara enzim dengan substrat berlangsung karena : adanya induksi substrat terhadap situs aktif enzim sedemikian rupa sehingga keduanya merupakan struktur yang komplemen atau saling melengkapi. Menurut teori ini situs aktif tidak bersifat kaku, tetapi lebih fleksibel.

14

Cara kerja Enzim

Molekul selalu bergerak dan bertumbukan satu sama lain.Jika suatu molekul substrat menumbuk molekul enzim yang tepat, maka akan menempel pada enzim.Tempat menempelnya molekul substrat pada enzim disebut sisi aktif.Kemudian terjadi reaksi dan molekul produk ini dapat menjadi substrat bagi molekul lain.

Ada 2 teori mengenai kerja enzim, yaitu teori gembok-anak kecil dan induced fit.
1. sisi aktif enzim tertentu mempunyai brntuk tertentu yang hanya sesuai dengan substrat tertentu, seperti gembok cocok dengan anak kuncinya. Hal itu menyebabkan enzim bekerja secara spesifik.Jika enzim mengalami denaturasi karena panas, bentuk sisi aktif berubah sehingga sybstrat tidak sesuai lagi.Perubahan pH juga mempunyai pengaruh yang sama. 2. Teori induced fit Menurut teori ini, sisi aktif enzim lebih fleksibel menyesuaikan struktur substrat.Ikatan antara enzim dengan substrat dapat berubah menyesuaikan dengan substrat.

Sebagai katalis dalam reaksi-reaksi di dalam tubuh organisme, enzim memiliki beberapa sifat, yaitu:
Enzim adalah protein, karenanya enzim bersifat thermolabil, membutuhkan pH dan suhu yang tepat. Enzim bekerja secara spesifik, dimana satu enzim hanya bekerja pada satu substrat. Enzim berfungsi sebagai katalis, yaitu mempercepat terjadinya reaksi kimia tanpa mengubah kesetimbangan reaksi. Enzim hanya diperlukan dalam jumlah sedikit. Enzim dapat bekerja secara bolak-balik. Kerja enzim dipengaruhi oleh lingkungan, seperti oleh suhu, pH, konsentrasi, dan lain-lain.

15

 Dewasa ini, enzim adalah senyawa yang umum digunakan dalam proses produksi. Enzim yang digunakan pada umumnya berasal dari enzim yang diisolasi dari bakteri. Penggunaan enzim dalam proses produksi dapat meningkatkan efisiensi yang kemudian akan meningkatkan jumlah produksi.

Uji reaksi enzimatiik

Hidrolisa Pati Hidrolisa Protein (Casein) Amonifikasi Reaksi Katalase Reaksi Indol Produksi H2S

16

Hidrolisa Pati
Mendeteksi keberadaan enzim amilase
Pati Salah satu substrat dari mikroba yang terdiri dari rangkaian molekul2 glukose Dapat dipecah melalui glukose tunggal melalui reaksi hidrolisis Memerlukan enzim amilase dihasilkan dari mikroba tertentu yang menghasilkan enzim tersebut Banyak m.o. yang dapat menghidrolisis pati Tidak banyak yang dapat menghasilkan enzim amilase

17

Prinsip uji hidrolisa pati

Ditumbuhkan bakteri tunggal (murni) yang diuji ke dalam media yang mengandung pati Indikator Iodine :
Bila diteteskan ke media yang mengandung pati maka akan menghasilkan warna biru Bila tidak berwarna biru berarti :
tidak ada pati pati telah terhidrolisis

Prosedur laboratorium :
Inokulasi Nutrient Agar yang mengandung pati (2 g/l) dengan E.coli dan Bacillus sp. secara streak. Inkubasi selama 48 jam pada suhu 37oC Setelah selesai inkubasi, tetesi cawan dengan lugols iodine secukupnya sehingga seluruh permukaan media terkena. Hidrolisis zat pati terlihat sebagai zona jernih di sekeliling koloni, sedangkan hasil negatif ditunjukkan warna sekitar koloni tetap biru hitam.

18

Hidrolisa Casein / Uji proteolitik

Mendeteksi keberadaan enzim protease
Uji proteolitik ditujukan untuk mengetahui kemampuan mikroorganisme menghasilkan enzim protease. Protein yang digunakan dalam bentuk kasein susu. Hidrolisis kasein secara bertahap akan menghasilkan monomernya berupa asam amino Proses ini dinamakan peptonisasi atau proteolisis

Prosedur Laboratorium
Inokulasikan Bacillus sp. Dan E. coli pada Skim Milk Agar (SMA) Inkubasi pada suhu 37oC selama 48 jam. Aktivitas proteolitik ditunjukkan oleh terbentuknya zone jernih di sekeliling koloni. koloni.

19

Reaksi katalase

mikroorganisme menghasilkan hidrogen peroksida, bahkan ada yang menghasilkan superoksida yang sangat BERACUN. Senyawa ini dalam jumlah besar akan menyebabkan kematian pada mikroorganisme. mikroorganisme.

Untung ada

Enzim Katalase dihasilkan oleh mikroorganisme aerobik, aerobik, fakultatif aerob maupun mikroaerofilik yang menggunakan jalur respirasi aerobik. aerobik.

20

 Produksi katalase bisa diidentifikasi dengan menanmbahkan reagen H2O2 pada suspensi bakteri. bakteri. Jika dihasilkan gelembung gas, berarti bakteri tersebut mampu memproduksi enzim katalase. katalase. Jika tidak dihasilkan gelembung gas berarti uji katalase dinyatakan negatif. negatif.

Prosedur laboratorium
Koloni bakteri segar ditetesi 3% H2O2 Amati adanya gelembung untuk hasil positif dan tidak ada gelembung untuk hasil negatif (hati-hati membedakan antara gelembung yang muncul dari sel dengan kumpulan sel yang mengambang akibat ditambahi reagen).

21

Amonifikasi
: gugus amin (H2N) dalam struktur protein oleh ENZIM PROTEOLITIK
Pelepasan Amonifikasi

enzim proteolitik dihasilkan oleh bakteri tertentu, biasanya m.o. tanah bertindak sebagai penghidrolisis protein dari tanah dan sisa binatang Gugus amin yang sudah pecah (H2N) :
Dalam kondisi aerobik : membentuk Amonium (NH4) Dalam kondisi anaerobik : membentuk amoniak (NH3)

Peptone broth : media yg mengandung substrat nitrogen organik Ke dalam media ditumbuhkan kultur bakteri murni yang akan diuji apakah dia bisa menguraikan protein sehingga menghasilkan amonia (kondisi aerobik) Reagen Nessler dapat mendeteksi adanya amonia : media yang mengandung ammonia akan menunjukkan kuning bila ditetesi reagen Nessler

22

Prosedur laboratorium
Inokulasikan tabung yang berisi larutan pepton 4% dengan :
Sedikit tanah B.Subtilis S. Aureus /Streptomyces sp. P.Vulgaris Satu tabung kontrol
Inkubasi 37oC 48 jam

Teteskan reagen nessler pada tiap suspensi biakan apakah terbentuk warna kuning ?

Reaksi Indol

TRIPTOFAN : Suatu pepton yang berasal dari kasein yang mengalami perombakan prankreatik

Enzim ; Bekerja pada Rentang pH netral : kalau ada karbohidrat, bisa pecah lebih dulu dan produk akhirnya bersifat asam sehingga menurunkan pH enzim tryptophanase tidak dapat bekerja

Indol : Senyawa Nitrogen yang dihasilkan dari degradasi triptofan oleh enzim triptofanase yang dibentuk bakteri

Larutan Kovac dapat mendeteksi keberadaan indol : indol + kovac memberikan warna merah

23

Prosedur Laboratorium
1. Inokulasikan medium kaldu tryptofan 1% dengan E.coli dan B.cereus 2. Inolulasikan medium kaldu tryptofan 1% + glukosa 1% dengan E.coli dan B.cereus
Inkubasikan 37oC selama 1-2 hari

3. Teteskan larutan kovac segar ke Karbohidrat dinding tabung pelan-pelan. Perhatikan apakah ada cincin merah ?

Produksi H2S

24