44.

Amplificacin de DNA mediante PCR (Reaccin en Cadena de la Polimerasa)

Gabriel Dorado Prez
Departamento de Bioqumica y Biologa Molecular, Campus Universitario de Rabanales, Edificio Severo Ochoa, 14071-Crdoba

RESUMEN

Las tcnicas de biologa molecular estn basadas en la manipulacin y deteccin de gran nmero de molculas. Dicho con otras palabras, la tecnologa actual no permite, en general, el estudio de molculas aisladas o nicas. Es por ello que uno de los pasos de los proyectos de biologa molecular consiste en la amplificacin de secuencias de DNA. La PCR puede sustituir a la clonacin in vivo clsica en muchos casos, siendo en otros un aliado esencial para simplificar el proceso e incrementar la probabilidad de xito. La historia del desarrollo de la PCR es ciertamente curiosa. La tcnica tuvo tanto impacto en el mundo cientfico, que en 1993 le fue concedido el Premio Nobel de Qumica a su inventor oficial, Kary B. Mullis, quien describi el proceso en 1985 y 1988. Sin embargo, catorce aos antes (1971 y 1974), el Dr. Molineux, del grupo de Khorana, describi la misma tcnica con exquisito detalle, aunque, lamentablemente, consideraron que dicha metodologa no era funcional. Desde su redescubrimiento oficial en 1985, la PCR se ha consolidado como la tcnica clave de la biologa molecular actual. Palabras clave: amplicn, amplificacin exponencial, amplificacin logartmica, cebador, enzima termoestable, iniciador. Abreviaturas empleadas. DNA: cido desoxirribonucleico; BrEt: bromuro de etidio; LB: medio rico Luria-Bertani; Na2EDTA: sal disdica del cido etiln diamino tetra-actico; PCR: reaccin en cadena de la polimerasa; TAE: solucin amortiguadora Tris-Actico-EDTA; TBE: solucin amortiguadora TrisBrico-EDTA.

1. INTRODUCCIN Y OBJETIVOS Las tcnicas de biologa molecular estn basadas en la manipulacin y deteccin de gran nmero de molculas. Dicho con otras palabras, la tecnologa actual no permite, en general, el estudio de molculas aisladas o nicas. Es por ello que uno de los pasos de los proyectos de biologa molecular consiste en la amplificacin de secuencias de DNA. Tradicionalmente, la amplificacin del DNA se ha realizado in vivo, mediante un proceso conocido de forma genrica como clonacin. sta abarca la manipulacin del DNA, la transformacin de clulas con dicho DNA recombinante y la replicacin del DNA husped en las clulas hospedadoras hasta alcanzar un nmero suficiente que permita su estudio por las tcnicas
1

clsicas de biologa molecular. La clonacin clsica in vivo ser abordada en otras prcticas. El inconveniente fundamental de la tecnologa clsica de clonacin in vivo estriba en que suele ser un proceso muy laborioso. Hasta hace poco, un proyecto de clonacin clsica in vivo sola requerir el trabajo correspondiente a una Tesis Doctoral (unos cuatro aos y un investigador dedicado). Por suerte, esta tecnologa se ha visto simplificada muy significativamente con el advenimiento de la amplificacin de DNA mediante la llamada Reaccin en Cadena de la Polimerasa (PCR; del ingls, Polymerase Chain Reaction). Podemos considerar la PCR como una clonacin in vitro, en el sentido de que podemos amplificar en un tubo de ensayo una secuencia de DNA determinada millones de veces y adems en un tiempo mnimo de horas o incluso minutos. La PCR puede sustituir a la clonacin in vivo clsica en muchos casos, siendo en otros un aliado esencial para simplificar el proceso e incrementar la probabilidad de xito. En este captulos se describir y analizar la PCR.

3. INVENCIN DE LA TCNICA DE AMPLIFICACIN IN VITRO MEDIANTE LA REACCIN EN CADENA DE LA POLIMERASA (PCR) La historia del desarrollo de la PCR es ciertamente curiosa. La tcnica tuvo tanto impacto en el mundo cientfico (ver aplicaciones ms abajo), que en 1993 le fue concedido el Premio Nobel de Qumica a su inventor oficial, Kary B. Mullis, quien describi el proceso en 1985 y 1988. Sin embargo, catorce aos antes (1971 y 1974), el Dr. Molineux, del grupo de Khorana, describi la misma tcnica con exquisito detalle, aunque, lamentablemente, consideraron que dicha metodologa no era funcional (!). Desde su redescubrimiento oficial en 1985, la PCR se ha consolidado como la tcnica clave de la biologa molecular actual, como lo demuestra el nmero creciente de trabajos cientficos que la utilizan.

4. DESCRIPCIN DE LA PCR La amplificacin in vitro del DNA se logra en tres pasos bsicos: a).-Desnaturalizacin del DNA a copiar (molde o diana). Ello se consigue incrementando la temperatura para separar las dos cadenas que componen la doble hlice del DNA. b).-Hibridacin o apareamiento de los cebadores u oligos al DNA molde. Para ello se baja la temperatura de reaccin, de forma que pequeas secuencias de DNA de cadena sencilla (tpicamente, entre 10 y 30 bases o meros) se unan a sus secuencias complementarias del DNA diana. Cada uno de ellos se une a una de las cadenas del DNA diana, de forma que sus extremos 3OH apuntan el uno hacia el otro, delimitando la secuencia a amplificar. c).-Copia de las cadenas delimitadas por los cebadores. Se consigue elevando la temperatura de la reaccin a la ptima de la polimerasa de DNA
2

utilizada. Cada uno de los extremos 3OH de los oligos apareados a las cadenas directa y reversa sern extendidos, generndose las cadenas hijas correspondientes. El resultado son dos hlices completas Watson & Crick en la regin delimitada por los oligos. Dicho de otra forma, se duplica el nmero inicial de molculas de DNA. Estos tres pasos de desnaturalizacin, hibridacin y polimerizacin se repiten n veces, duplicndose en cada ciclo el nmero de cadenas delimitadas por los oligos. Se trata, pues, de una amplificacin exponencial o logartmica, en que las cadenas previamente sinterizadas pueden servir de molde a futuras amplificaciones. Por tanto, y mientras los reactivos no se agoten, el numero de molculas amplificadas responde a la siguiente frmula: Nmero de molculas finales por cada molcula inicial = 2n siendo n el nmero de ciclos. Ello significa que 20 ciclos generaran 106 molculas; 30 ciclos produciran 109 molculas. Una PCR tpica amplifica de 106 a 106 veces. Inicialmente (1971, 1974 y a partir de 1985), la PCR se realizaba con el fragmento Klenow de Escherichia coli, que es una DNA polimerasa termolbil. Ello significa que haba que aadir enzima despus de cada paso de desnaturalizacin (94C), ya que dicha temperatura inactiva a Klenow. Posteriormente (1988), la tcnica se optimiz con la introduccin de una DNA polimerasa termoestable aislada de Thermus aquaticus, y conocida comercialmente como Taq (nativa) y AmpliTaq (modificada por ingeniera gentica) de Perkin-Elmer (Norwalk, CT, USA). Otras muchas DNA polimerasas termoestables han sido posteriormente aisladas y modificadas por ingeniera gentica para determinadas aplicaciones. Entre ellas cabe destacar (algunas de ellas se explican con ms detenimiento a lo largo de esta sesin): La AmpliTaq Gold, que usaremos en esta sesin. Representa un arranque en caliente (del ingls, hot start) automtico, incrementando la especificidad y rendimiento de la reaccin. El fragmento Stoffel (Perkin-Elmer) para tipaje por RAPDs, porque genera fragmentos polimrficos de forma generosa y consistente. La Pfu de Stratagene (La Jolla, CA, USA), por ser la ms fiel. La AmpliTaqFS (PerkinElmer), por sus mejores resultados en secuenciacin. La ExTaq de Panvera (Madison, WI, USA), por generar los productos ms largos. Se espera que en los prximos aos salgan al mercado un abanico mucho mayor de polimerasas de DNA termoestables, para su uso en las diferentes aplicaciones de la PCR. Por otra parte, en un principio, los procesos de desnaturalizacin, hibridacin y polimerizacin se realizaban moviendo manualmente los tubos de reaccin de un bao a otro. Por suerte, actualmente existen mquinas termocicladoras programables que simplifican el proceso.

5. APLICACIONES DE LA PCR La PCR es una tcnica tan poderosa y verstil, que prcticamente est resultando imprescindible en todas aquellas disciplinas que tienen que ver con las ciencias de la vida. As, se emplea: a).-En biologa molecular para amplificar secuencias de DNA que luego son fcilmente clonadas y/o secuenciadas. Asimismo, tiene otras mltiples y muy interesantes aplicaciones. Por ejemplo, para generar mutaciones aleatorias o dirigidas (del ingls, site-directed mutagenesis); identificar genes expresados de forma diferencial (del ingls, differential display PCR); rastrear rpida y eficientemente bibliotecas gnicas o de cDNA; construccin de bibliotecas sustractivas de cDNA (del ingls, subtractive cDNA libraries); secuenciar mediante secuenciacin cclica (del ingls, cycle sequencing); etc. b).-En biotecnologa, para la identificacin rpida y temprana de animales y plantas transgnicos. c).-En gentica general, de poblaciones y evolutiva, se emplea para cartografiar genes mediante estudios de ligamiento. Asimismo, para amplificar y detectar diferentes genotipos y estudiar su evolucin dentro de las poblaciones. d).-En mejora de plantas y animales. Cabe destacar las tcnicas de RFLPs (del ingls, Restriction Fragment Length Polymorphisms), RAPDs (del ingls, Randomly Amplified Polymorphic DNAs), SSRs (del ingls, Simple Sequence Repeats), y la ms poderosa AFLPs (del ingls, Amplified Fragment Polymorphism). Todas ellas generan, por diversos mtodos, bandas de DNA que son resueltas mediante electroforesis en gel, dando origen a patrones denominados huellas digitales (del ingls, fingerprints). De este modo pueden distinguirse especies, variedades e incluso individuos (ver ms adelante). Estos patrones pueden asociarse con caractersticas interesantes para el mejorador. e).-En espectrometra mutacional, toxicologa y tratamiento del cncer, para amplificar y detectar mutaciones y translocaciones cromosmicas. f).-En salud pblica humana y veterinaria, para la deteccin de grmenes en aguas, suelo, alimentos, plantas, animales, etc. g).-En medicina resulta muy valiosa para el diagnstico precoz de enfermedades infecciosas como el SIDA, el sexo antes del nacimiento, o la posible existencia de enfermedades hereditarias en el embrin o adultos. h).-En microbiologa, botnica y zoologa, para la identificacin de microorganismos, plantas y animales, ya que usando los cebadores apropiados pueden amplificarse secuencias especficas que generan patrones de bandas tpicos de cada especie e incluso de cada individuo (fingerprinting). A tal fin se usan rRNAs, microsatlites (VNTR; del ingls, Variable Number of Tandem Repeats) y secuencias HLA y Alu en humanos.

i).-Por el motivo anterior, en medicina forense y lucha contra el crimen y determinacin precisa de la paternidad, ya que a partir de un pelo, un espermatozoide o restos de huesos es posible inculpar o exonerar a un presunto asesino o violador. Asimismo, pueden identificarse restos humanos y asignar o descartar presuntas paternidades, prcticamente con total certeza. Por este motivo,. es una prueba aceptada por los juzgados. La PCR se ha usado en Japn para condenar a una empresa que, ilegalmente, estaba aadiendo carne de ballena a sus preparados de alimentos para animales domsticos. La amplificacin de secuencias especficas de rRNA de esta ballena a partir del contenido de las latas de alimentos revel su presencia e incluso su porcentaje. j).-En antropologa y geologa, pues por sorprendente que parezca, se ha amplificado DNA de restos humanos momificados del faran Tutankamon (hace 3.000 aos), as como DNA de hojas fsiles de magnolia procedente del Mioceno (hace 18 millones de aos) e incluso DNA de huesos fsiles del dinosaurio carnvoro Tyrannosaurus rex, que vivi en el Jursico (hace 70 millones de aos). La edad del DNA de magnolia fsil, determinada mediante tcnicas que miden la evolucin molecular (comparando las diferencias entre dicha secuencia y la de las magnolias actuales), ha sido confirmada por la datacin geolgica de los estratos donde se encontraron las hojas fsiles.

6. VARIANTES DE LA PCR En una PCR clsica, se amplifica exponencialmente el DNA diana a partir de dos cebadores que delimitan la secuencia a copiar (siguiendo el proceso descrito anteriormente). Es lo que se denomina una amplificacin simtrica exponencial o logartmica. Existen, sin embargo, otras variantes que pueden no ser mutuamente excluyentes: a).-Amplificacin con inicio o arranque en caliente. Esta tcnica (del ingls, hot start) consiste en comenzar la reaccin cuando y slo cuando la temperatura de la mezcla es suficientemente alta, de forma que no se produzcan hibridaciones y por consiguiente amplificaciones inespecficas. Ello se puede lograr de diferentes formas. Por ejemplo, precalentando el bloque antes de insertar en ellos los tubos (es poco eficiente por razones obvias); aadiendo la enzima tras la primera rampa de desnaturalizacin/hibridacin: justo durante la primera etapa de polimerizacin (es incmodo y se presta a contaminaciones cruzadas); separando la reaccin en dos fases mediante una capa de cera que se funde al alcanzarse la temperatura crtica (es incmodo); mediante el uso de anticuerpos termolbiles que inactivan inicialmente a la polimerasa (cmodo pero caro); y, de forma cmoda y mucho ms eficiente, mediante una enzima inactiva que se activa con el calor, como es la AmpliTaq Gold. Otra de sus ventajas se explica a continuacin. b).-Amplificacin mediante activacin progresiva de la polimerasa. Esta tecnologa (del ingls, time-release PCR) ha visto la luz con el desarrollo de la AmpliTaq Gold (Perkin-Elmer). Como se ha indicado, la enzima se va activando progresivamente con el calor; con cada ciclo de PCR. De esta forma, se optimiza la amplificacin: al principio hay pocas copias diana para copiar y
5

tambin poca enzima activa; al final hay muchas copias diana y tambin mucha enzima activa. No slo se consigue una mayor especificidad al inicio, sino tambin un mayor rendimiento al final. c).-Amplificacin con rampa decreciente de temperaturas. Esta tcnica (del ingls, touch down) se base en comenzar la reaccin de PCR a temperaturas altas, evitando as amplificaciones inespecficas, para ir bajndola progresivamente una vez copiadas las primeras secuencias diana. d).-Amplificacin a partir de RNA (RT-PCR). En realidad, no se realiza la amplificacin del RNA tal cual. Sera problemtica por el uso de RNA (que es ms lbil y sensible a las nucleasas que el DNA) y requerira el empleo de RNA polimerasas. La estrategia seguida consiste en copiar el RNA en DNA primero (mediante una transcriptasa inversa como la MuLV), y luego realizar una amplificacin del DNA (generalmente conocido como cDNA o DNA copia). Una tcnica muy eficiente que explota la PCR para amplificar cDNAs prcticamente completos de eucariotas e incluso procariotas es el kit Marathon de Clontech (Palo alto, CA, USA). Puede incluso usarse una sola enzima para realizar ambas reacciones. As, la polimerasa de DNA termoestable Tth (obtenida de Thermus thermophilus) es capaz de funcionar tambin como transcriptasa inversa en presencia de iones Mn2+ (p.ej., MnCl ). Ello simplifica y optimiza el proceso de amplificacin de DNA a partir de RNA.
2

e).-Amplificacin asimtrica. Utiliza un solo cebador y por tanto slo consigue una amplificacin aritmtica lineal (no logartmica exponencial) de una sola de las hebras de la doble hlice. Se utiliza fundamentalmente para amplificar las reacciones de secuenciacin y suele llamarse secuenciacin cclica. Tambin se emplea para enriquecer una muestra de dsDNA (DNA de cadena doble; del ingls, double-stranded DNA) en ssDNA (DNA de cadena sencilla; del ingls, single-stranded DNA). f).-Amplificaciones mltiples. Consiste en la coamplificacin en el mismo tubo de diversas secuencias. De esta forma se consigue reducir muy significativamente el gasto de reactivos y tiempo invertido. Se han descrito amplificaciones mltiples de decenas de secuencias. El problema fundamental de esta variante es su puesta a punto, ya que es desesperadamente emprica, respondiendo a leyes no del todo conocidas. As, al aadir o eliminar una pareja de cebadores de una PCR mltiple, se pueden alterar extraordinariamente los rendimientos previos del resto de secuencias amplificadas. Por ello, se recomienda hacer la optimizacin incluyendo desde el inicio todas las secuencias que se deseen coamplificar y utilizar kits especialmente diseados que incorporan varios tampones, como el Multiplex PCR kit de MaximBiotech (San Francisco, CA, USA). Las amplificaciones sucesivas se realizan en aquella solucin amortiguadora (buffer) que diera los mejores resultados de coamplificacin. g).-Amplificacin cuantitativa y cuantificacin de la expresin gnica. Es muy til para determinar la cantidad inicial de RNA, cDNA o DNA de una muestra. Esta tcnica puede llegar a sustituir completamente e incluso mejorar la cuantificacin de la expresin gnica realizada clsicamente mediante tcnicas de Northern. El problema es que una vez se llega a la fase de meseta, la PCR deja de ser lineal, por lo que habra que parar la reaccin en su fase
6

exponencial; antes de llegar a la meseta. Por otra parte, la eficiencia de amplificacin depende mucho de la pareja de oligos que se estn empleando y se rige por unas leyes no del todo conocidas. Se han desarrollado diferentes estrategias con el fin de soslayar estos problemas. Entre ellas cabe destacar la amplificacin simultnea de secuencias competidoras que pueden ser similares a las secuencias problema (incluyendo una mutacin que genera/destruye un sitio de restriccin) o completamente diferentes (para evitar la formacin de heterodplices competidor+problema). La precisin en la cuantificacin incrementa muy significativamente si se emplean competidores con secuencias diferentes pero que estn flanqueados por los mismos oligos utilizados en la amplificacin de las secuencias problema. La mquina ideal para llevar a cabo PCR cuantitativas es el ABI PRISM 7700 Sequence Detection System de Perkin-Elmer/AppliedBiosystems (Foster City, CA, USA). Esta mquina permite usar muestras que contengan slo unas pocas o varios millones de secuencias diana, cuantifica la amplificacin real de cDNA o DNA en tiempo real, permite llegar a la fase de meseta, y presenta un rango dinmico lineal de al menos cinco rdenes de magnitud, lo cual evita la necesidad de realizar diluciones sucesivas de las muestras. h).-Amplificacin de clulas y tejidos. Siempre y cuando no existan inhibidores, o stos se anulen convenientemente, es posible realizar PCR a partir de clulas o tejidos, sin pasos previos de purificacin de cidos nucleicos. Ello acelera significativamente el proceso de PCR. As se ha descrito la amplificacin de DNA a partir de sangre o de bacterias. i).-Amplificacin in situ. Consiste en amplificar DNA o cDNA en la cmara formada por el portaobjetos y el cubreobjetos de una preparacin, para su posterior visualizacin al microscopio ptico. Es una tcnica muy poderosa ya que permite localizar el material amplificado en determinadas clulas, orgnulos celulares, e incluso cromosomas. Su gran inconveniente es que actualmente requiere un esfuerzo muy considerable de puesta a punto y optimizacin de los procesos de fijacin del material, posterior amplificacin y deteccin. Podemos asegurar que se cuentan con los dedos de la mano los laboratorios que consiguen reproducirla en todo el mundo. Se emplea fundamentalmente con tejidos animales. En el caso de las plantas, la situacin es todava ms desfavorable, dada la barrera que supone la pared celular vegetal. j).-Amplificacin fiel. Es sabido que las DNA polimerasas empleadas rutinariamente en PCR carecen de actividad correctora 3>5. Por ello, su frecuencia de error suele ser elevada (tpicamente de 1,25105 bases antes de error para la Taq o AmpliTaq). Cuando los productos amplificados van a ser visualizados en gel o secuenciados, esto no representa ningn problema. Las mutaciones no sern detectados, ya que estarn distribuidas por toda la secuencia y pasarn desapercibidas al poder de resolucin del gel o la secuenciacin. Sin embargo, cuando los productos de amplificacin son clonados, existe la posibilidad de que una molcula mutada transforme al clon de bacterias que posteriormente se elija. Por ello, generalmente se recomienda secuenciar en ambos sentidos tres clones independientes y, si es posible, amplificar el DNA utilizando una DNA polimerasa con actividad correctora 3 >5. La mejor del mercado actual es sin duda la Pfu de Stratagene, con una

fidelidad de 767105 bases antes de error; esto es, unas seis veces ms fiel que la Taq o AmpliTaq. k).-Amplificacin de varias kilobases. Aunque una PCR tpica optima amplifica secuencias de unas 500 bases, actualmente es posible copiar secuencias de hasta 50 kilobases. Para ello se emplean diferentes estrategias, siendo la ms comn el uso de mezclas de diferentes aditivos y DNA polimerasas (generalmente una con actividad correctora 3>5 y otra sin dicha actividad) como la ExTaq de Panvera, TaqPlus de Stratagene, LA Taq de TaKaRa (Otsu, Japn), TaqExtender de BoehringerMannheim (Mannheim, Alemania), Advantage de Clontech, etc. l).-Amplificacin de regiones difciles. Por ejemplo, las secuencias ricas en GC y/o con estructuras secundarias pueden ser difciles de amplificar mediante PCR. Para solucionarlo, se suelen incrementar las temperaturas y/o tiempos de desnaturalizacin. Asimismo, se suelen emplear aditivos, como por ejemplo el DMSO (dimetil sulfxido). m).-Amplificacin capilar. Se realiza en tubos capilares de unos 2 a 10 microlitros, con lo cual se logra una relacin superficie/volumen elevada. Ello permite tiempos mnimos de transferencia de calor, pudindose reducir una amplificacin tpica de cuatro horas a diez minutos. Puede realizarse con la mquina RapidCycler de IdahoTechnology (Idaho Falls, ID, USA). n).-Amplificacin en "chips". Est en fase experimental y consiste en amplificar en volmenes microscpicos cantidades mnimas (nanolitros) de DNA, automatizando y abaratando todo el proceso en aplicaciones analticas.

7. ESTRATEGIAS DE AMPLIFICACIN CUANDO LAS SECUENCIAS FLANQUEANTES NO SON TOTALMENTE CONOCIDAS La PCR clsica amplifica una secuencia de DNA cuyos extremos (donde se unen los cebadores) son conocidos. No obstante, actualmente ya es posible amplificar en otras circunstancias menos favorables. Por ejemplo: a).-La secuencia es conocida en otras especies. Pueden disearse cebadores degenerados en las regiones ms conservadas que sirvan para realizar la amplificacin. b).-Se conoce la secuencia de aminocidos del pptido codificado por la secuencia de DNA deseada. Pueden disearse cebadores degenerados que sirvan para realizar la amplificacin. Del mismo modo, cuando se conoce la secuencia del pptido en otras especies, disendose los cebadores degenerados en las regiones ms conservadas (ver apartado anterior). c).-Slo se conoce un flanco de secuencia del DNA o protena de la especie problema o de otras especies. Es posible amplificar DNA cuando slo se conoce uno de sus extremos, mediante diversas tcnicas entre las que caben resaltar la unin de adaptadores (del ingls, linkers) o la PCR anclada (del ingls, anchored PCR), incluyendo la llamada PCR angosta (del ingls, panhandle PCR. Por otra parte, siempre es posible tratar de localizar el gen o
8

secuencia de inters hibridando una genoteca o biblioteca (del ingls, library) gnica o de cDNA con la sonda apropiada. El(los) clon(es) positivos pueden secuenciarse para obtener datos ms precisos de la secuencia, que pueden servir para disear nuevos oligos especficos para amplificar mediante PCR dicha secuencia.

8. FACTORES QUE AFECTAN LA EFICIENCIA DE LA PCR Existen diversos factores que afectan la eficiencia de la PCR. Bsicamente, cualquiera de los elementos que intervienen en una amplificacin mediante PCR puede modular el resultado final. Veamos los ms significativos: a).-Termociclador. No todas las mquinas del mercado son igualmente eficientes a la hora de amplificar DNA. En principio, cada modelo requiere unas condiciones propias y una optimizacin emprica, dependiendo incluso de la secuencia que se desee amplificar y de la pureza del material empleado. Por ello, resulta ventajoso en general adquirir un equipo que est soportado por protocolos y tcnicas desarrolladas por la empresa fabricante. Entre los mejores se encuentran los de Perkin-Elmer. Dado que la optimizacin de la PCR es eminentemente emprica, disponer de unas buenas condiciones de partida puede acelerar das o incluso meses la optimizacin de la amplificacin de una secuencia dada. Por supuesto, el uso de un termociclador capilar como el RapidCycler de IdahoTechnology requiere unos protocolos especficos que debern seguirse consultando el manual del instrumento. b).-Pureza del DNA. Las DNA polimerasas empleadas en PCR pueden ser inhibidas por diversas sustancias presentes en el material a amplificar. stas pueden derivar del organismo del que procede el DNA, o bien de los reactivos utilizados para su aislamiento. Por ello, puede ser aconsejable en determinados casos amplificar DNA a partir de clulas o tejidos, mientras que en otros casos es necesaria una purificacin previa de los cidos nucleicos. Curiosamente, incluso un exceso de DNA puede inhibir la reaccin de PCR. Tpicamente se emplean entre miles y cientos de miles de molculas de DNA diana (idealmente, >104), lo cual suele representar unos cuantos ng de DNA (idealmente, <1 g). O sea, el tamao del DNA diana y su peso en la reaccin deben estar en proporcin directa; a menor tamao, menos peso es necesario para tener el mismo nmero de molculas. Por ello, conviene trabajar con relaciones molares en vez de relaciones de peso. c).-Diseo de los oligos. El diseo de los cebadores de PCR es un paso crtico para facilitar el xito de la misma. Los oligos deben tener una baja estabilidad en el pentmero 3-OH (G 9,5 kcal/mol); no formar dmeros consigo mismos o con la pareja (sobre todo los que proporcionen un extremo 3-OH libre apareado), no formar estructuras secundarias en horquilla consigo mismo (sobre todo las que generen un extremo 3OH libre apareado); tener temperaturas de fusin altas y parecidas (Tm, calculada con el algoritmo del vecino ms prximo) para realizar, si es posible, PCRs de dos ciclos slo (p.ej., 96C y 72C); tener un porcentaje GC/AT cercano al 50%; carecer de regiones homopolimricas; ser especficos (no tener homologa con secuencias no deseadas); y una longitud dependiente de su aplicacin: en general, desde 10 meros (RAPDs) a 30 meros (aunque hay descritos oligos mayores, para
9

aplicaciones especiales, de 40 y 50 meros). Por otra parte, cuando se empleen oligos degenerados, el grado de degeneracin debe ser (en la medida de lo posible) similar para ambos miembros de la pareja, y no muy elevado, aunque hay descritas amplificaciones con grados de degeneracin de 75.000 y ms. Obviamente, todas estas consideraciones han de seguirse en el caso de PCRs mltiples, complicando significativamente el diseo de los oligos. Por suerte, existen muy buenas aplicaciones informticas para el diseo de oligos, destacando PrimerSelect (paquete LaserGene) de DNAStar (Madison, WI, USA) y Oligo de NationalBiosciences (Plymouth, MN, USA). No obstante, por ahora, el diseo de oligos requiere un importante optimizacin manual: sigue siendo un arte. Es decir, los programas existentes no son perfectos. Adems programas diferentes, suelen dar resultados no siempre similares (!). El problema de base es que realmente no se conocen todas las leyes que rigen un proceso tericamente tan simple como la hibridacin de secuencias de cidos nucleicos y su posterior extensin por una DNA polimerasa. d).-Almacenamiento de los oligos. Se recomienda guardar los oligos disueltos en agua destilada estril tipo milli-Q y congelados (solucin de trabajo) o bien secos a 20C (solucin stock). Los oligos marcados con fluorforos de Perkin-Elmer deben almacenarse siempre disueltos en TE pH 8 y congelados (solucin de trabajo) o bien secos a 20C (solucin stock). En cualquier caso, se ha demostrado que la estabilidad sigue el siguiente orden: Rojo (Rox o Tamra) Azul (6-Fam ) >> Amarillo (Hex) >>> Verde (Tet). e).-DNA polimerasa termoestable. Dependiendo de la aplicacin, deber usarse una u otra. Por ejemplo, en general es recomendable la AmpliTaq Gold de Perkin-Elmer, para RAPDs el fragmento Stoffel de la misma empresa, en amplificaciones fieles la Pfu de Stratagene, y en amplificaciones de secuencias grandes (hasta 40 kb) la ExTaq de Panvera. f) Cloruro de magnesio. El MgCl es un cofactor necesario para la actividad enzimtica de las DNA polimerasas. La concentracin ptima de MgCl debe determinarse empricamente para cada polimerasa, secuencia y par de cebadores. Demasiado poco o mucho puede reducir la eficiencia de amplificacin o generar productos inespecficos, respectivamente. Adems, hay que tener en cuenta que la concentracin libre de magnesio en el tubo de reaccin disminuye proporcionalmente con la de agentes quelantes como el EDTA. Los nucletidos o el propio DNA tambin reducen el magnesio libre y ste debe ajustarse en paralelo con cambios significativos en dichas concentraciones. En general, se emplean concentraciones de 1 a 5 mM de MgCl . De nuevo, la solucin es emprica, probando diferentes concentraciones preparadas manualmente o utilizando kits comerciales producidos para este fin, como el PCR Optimizer kit de Invitrogen (San Diego, CA, USA) o el OptiPrime PCR Optimization kit de Stratagene.
2 2 2

g).-Otros reactivos. Los dems reactivos (incluyendo el agua) deben ser de suficiente pureza y sobre todo carentes de inhibidores de la DNA polimerasa que se est empleando en la amplificacin. No es raro que una reaccin de PCR deje de funcionar de repente, descubrindose al cabo de meses que todo se arregla al cambiar el agua. O bien que los nucletidos (dNTPs) utilizados se han degradado. Conviene guardar la solucin madre de stos a la menor temperatura posible (80C o inferior) y la solucin de trabajo
10

en congelador estndar (20C). Puede conseguirse prolongar la vida til de los nucletidos empleando sal de litio (en vez de sal de sodio), como la suministrada por Boehringer-Mannheim. h).-Perfil de los ciclos de amplificacin. Aunque la PCR es un proceso eminentemente emprico, pueden seguirse algunas recomendaciones generales. El nmero de ciclos de PCR suele oscilar entre 25 y 40, dependiendo de la aplicacin. En general 30 ciclos son suficientes, usndose 25 para reamplificar y 40 para amplificaciones complejas tipo RTPCR y/o con oligos degenerados. Idealmente, y si la Tm de los oligos lo permite, la PCR debe realizarse en slo dos etapas (p.ej., desnaturalizacin a 94C e hibridacin+polimerizacin a 72C). Dependiendo de los perfiles (velocidad) del termociclador e inercia trmica del bloque y tubos empleados, la desnaturalizacin suele realizarse durante 15-60 segundos y la hibridacin+polimerizacin durante 30-120 segundos (dependiendo tambin en este caso de la longitud del DNA diana a copiar y la actividad de la DNA polimerasa usada). i).-Contaminaciones cruzadas. La gran ventaja de la PCR (amplificacin exponencial rpida) puede ser tambin su principal inconveniente. Si no se toman medidas apropiadas, el DNA amplificado contaminar el laboratorio, de forma que tras uno o dos aos de amplificaciones de la misma diana, acabar amplificndose el agua; esto es, muestras sin DNA aadido por el investigador. Para evitar estos problemas de contaminacin cruzada (del ingls, carry over), existen diversos mtodos. El ms cmodo es el kit AmpErase Uracil N-glycosilase de Perkin-Elmer. Usa dUTP en vez de dTTP para amplificar. Antes de realizar una amplificacin, la mezcla de reaccin se trata con una uracil N-glicosilasa termolbil, de forma que la glicosilasa eliminar las bases U de cualquier DNA contaminante, dejando un sitio apirimidnico, y por tanto inutilizando dicho DNA antes de que pueda ser amplificado. Otras opciones estn basadas en seguir escrupulosamente una normativa estricta, consistente en usar sitios diferentes para preparar las muestras, para amplificar y para analizar el material amplificado. En estos lugares debe disponerse de lmparas de luz U.V., as como de juegos completos e independientes de pipetas. Tambin es aconsejable usar puntas con filtro y una campana de flujo laminar (al menos para alicuotar o repartir los reactivos antes de preparar las reacciones de amplificacin propiamente dichas).

9. REACCIN DE AMPLIFICACIN MEDIANTE PCR A continuacin describiremos las mezclas de reaccin y ciclos de PCR para los kits AmpliTaq Gold y AmpliTaq de Perkin-Elmer. 9.1. Mezcla de reaccin (AmpliTaq Gold y AmpliTaq) Nota: Una concentracin tpica de la solucin de reaccin para la DNA polimerasa AmpliTaq (Perkin-Elmer) es como sigue:

11

Tabla 1. Mezcla de reaccin para amplificacin por PCR (kit AmpliTaq Gold o AmpliTaq)

Componentes Agua destilada milli-Q 10X PCR Buffer II [100 mM (=100 nmoles/l) Tris-HCl, pH 8,3; 500 mM KCl (=500 nmoles/l)] MgCl [25 mM] = 25 nmoles/l
2

10X dNTP (dATP, dCTP, dGTP, dTTP) [10 mM de cada] = 10 nmoles/l de cada 100X Cebador 1 [100 M] = 100 nmoles/l 100X Cebador 2 [100 M] = 100 nmoles/l AmpliTaq Gold o AmpliTaq DNA Polymerase [5 U/l] DNA molde (cromosoma de Salmonella typhimurium) [~25 ng/l] = 25106 molculas/l Total

Volumen Final [Concentracin Final] 66,5 l (Hasta 100 l) 10 l [10 mM (=10 nmoles/l= 1mol) Tris-HCl, pH 8,3; 50 mM (=50 nmoles/l = 5 moles) KCl] 10 l [2,5 mM (=2,5 nmoles)] 10 l [1 mM (=1 nmoles) de cada] 1 l [1 M (=1 nmol)] 1 l [1 M (=1 nmol)] 0,5 l [2,5 U] 1 l [2,5 ng (~2,5105 molculas)] 100 l

Nota: Aadir los reactivos en el orden de la tabla, comenzando por el agua. Nota: Se recomienda una [MgCl ] libre de 1,04,0 mM. Como se ha indicado, si las muestras contienen EDTA u otros agentes quelantes, debe incrementarse la [MgCl ] proporcionalmente. Asimismo, dicha concentracin debe alterarse si se incrementan o disminuyen las [DNA] o las [dNTPs].
2 2

Nota: Mantener la [dNTPs] equilibrada. En caso contrario podran introducirse mutaciones en el DNA copiado. Nota: Mantener la [cebadores] equilibrada. En caso contrario podran generarse ms copias de una cadena que de la otra. Nota: Se recomienda una concentracin de cada cebador de 0,21,0 M. Nota: Se recomienda una concentracin de DNA diana >104 molculas; pero < 1 g de DNA. Nota: Es aconsejable preparar una mezcla madre con los reactivos comunes, segn se indica a continuacin. a).-Preparar la solucin madre, segn la tabla siguiente Nota: Segn el caso, la mezcla madre (puede o no contener los cebadores o el MgCl )
2

12

Tabla 2. Mezcla madre de reaccin para amplificacin por PCR (kit AmpliTaq Gold o AmpliTaq)

Componentes Agua 10X PCR Buffer II MgCl 10X dNTP 100X Cebador 1 100X Cebador 2 AmpliTaq DNA molde Total (con DNA molde)
2

Para 4 (x4,2) 279,3 42 42 42 4,2 4,2 2,1 420

Para 5 (x5,2) 345,8 52 52 52 5,2 5,2 2,6 520

Para 6 (x6,2) 412,3 62 62 62 6,2 6,2 3,1 620

Para 7 (x7,2) 478,8 72 72 72 7,2 7,2 3,6 720

Para 8 (x8,2) 545,3 82 82 82 8,2 8,2 4,1 820

Para 9 (x9,2) 611,8 92 92 92 9,2 9,2 4,6 920

Para10 (x10,2) 678,3 102 102 102 10,2 10,2 5,1 1020

Nota: Mezclar bien antes de usar. b).-Aadir a razn de 100 1 = 99 l por tubo de reaccin de 05 ml. c).-Aadir a cada tubo de reaccin 1 l de la solucin de DNA diana. d).-Aadir una gota (25 l) de aceite o mejor cera fundida.

9.2. Ciclos de amplificacin (AmpliTaq Gold o AmpliTaq) Programar el ciclador trmico DNA Thermal Cycler 480, segn se indica a continuacin:

Tabla 3. Ciclos de PCR para el DNA Thermal Cycler 480

Ciclador Ciclos AmpliTaq Gold (programa 69) AmpliTaq (programa 70)

Activacin

Desnaturalizacin

1 ciclo 94C 10 min 94C 1 min

Hibridacin y Polimerizacin 30 ciclos 72C 2 min + 9 seg/ciclo

Terminacin 1 ciclo 72C 5 min

Espera

C ambiente

Nota: la extensin de 9 segundos/ciclo no es esencial, pero puede mejorar el rendimiento. a).-Aadir una gota de aceite por pocillo (en caso de que stos estuvieran secos). b).-Precalentar el bloque a 94C. Nota: el precalentamiento del bloque no es necesario en caso de usar la AmpliTaq Gold.

13

c).-Una vez acabada la PCR, retirar los tubos y almacenarlos a 20C hasta su uso.

10. ANLISIS DE LOS PRODUCTOS ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA

DE

PCR

MEDIANTE

a).-Analizar un 5% (5 l) de los productos de reaccin en gel de agarosa. Para ello aadir 5 l de los productos amplificados a 5 l de 2X Ficoll tipo II (segn se detalla en la sesin 1). Nota: en caso de que se hubiera usado aceite, eliminarlo por aspiracin (trompa de agua) cuando la muestra est todava congelada y pasar la muestra a un tubo nuevo. En el caso de haber usado cera, basta perforar la capa de sta con una punta, expulsar el tapn de cera de la punta y coger la muestra por el agujero perforado. b).-Fotografiar el resultado. Nota: Para la preparacin de un gel de agarosa, consultar la sesin 1. Para la visualizacin del DNA en dicho gel, consultar la sesin 2. Como se describir en otros captulos, el DNA amplificado puede utilizado para deteccin Southern, puede ser purificado y clonado en Escherichia coli, aislado de las clulas hospedadoras transformada y, finalmente, secuenciado para determinar su identidad molecular..

5. BIBLIOGRAFA COMENTADA + Ausubel FM, Brent R, Kingston RE, Moore DD, Seidman JG, Smith JA, Struhl K (eds) (2005): Current Protocols in Molecular Biology. Vols 1 a 4. New York: Greene & John Wiley (New York). Manual de protocolos. La nueva Biblia del Bilogo Molecular actualizada trimestralmente. Clasificacin: PROTOCOLOS. Dieffenbach, CW, Dveksler GS (eds) (2003): PCR Primer. A Laboratory Manual. 2nd Ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press (New York). Pretende ser la biblia de la PCR como el Sambrook lo es de la biologa molecular. PROTOCOLOS AVANZADO. + DNAStar, Inc. (2005): LaserGene. Biocomputing Software for lthe Macintosh. Versiones para los diferentes mdulos actualizadas bimestralmente. Manual del paquete LaserGene para la bsqueda, edicin y anlisis de secuencias de cidos nucleicos y protenas. El mejor paquete de biologa molecular. Clasificacin: SOFTWARE MANUAL. Erlich, HA (ed) (1989): PCR technology. Principles and Applications for DNA Amplification. Probablemente, el primer tratado sobre mtodos relacionados con la PCR. Stockton Press: New York. PROTOCOLOS AVANZADO. Griffin, HG, Griffin, AM (eds) (1994): PCR Technology. Current Innovations. Boca Ratn: CRC Press. Diversos protocols sobre tcnicas que explotan la PCR. PROTOCOLOS AVANZADO.

14

Gu, J (ed) (1995): In Situ Polymerase Chain Reaction And Related Technology. Eaton Publishing: Natick. Libro pionero sobre la PCR in situ. PROTOCOLOS AVANZADO. Innis, MA, Gelfand, DH, Sninsky, JJ, White, TJ (eds) (1990): PCR Protocols. A Guide to Methods and Applications. San Diego: Academic Press. Libro pionero sobre metodologa de PCR. PROTOCOLOS AVANZADO. Kleppe, K, Ohstuka, E, Kleppe, R, Molineux, L, Khorana, HG (1971): Studies in polynucleotides XCVI. Repair replication of short synthetic DNA's as catalyzed by DNA polymerases. J Mol Biol 56:341361. Primera descripcin de la que casi quince aos despus sera llamada Reaccin en Cadena de la Polimerasa (PCR). Desgraciadamente, sus autores consideraron que esta tcnica no era funcional. TEORA AVANZADO. McPherson, MJ, Quirke, P, Taylor R (eds) (1991): PCR. A Practical Approach. Otro de los primeros libros de mtodos para PCR. Oxford: Oxford University Press. PROTOCOLOS AVANZADO. Old RW, Primrose SB, Twyman RM, Old RW (2002): Principles of Gene Manipulation. 6th edition. Blackwell (Oxford). Uno de los mejores libros sobre Ingeniera Gentica. Nivel elevado. Didctico y con excelente material grfico. Recomendado para estudiantes y profesionales que quieran refrescar conceptos y ponerse al da en este campo. Clasificacin: TEORA AVANZADO. Panet, A, Khorana, HG (1974): Studies on Polynucleotides. The linkage of deoxyribopolynucleotide templates to cellulose and its use in their replication. J Biol Chem 249:52135221. Segunda descripcin de la que once aos despus sera llamada Reaccin en Cadena de la Polimerasa (PCR). Desgraciadamente, sus autores consideraron que esta tcnica no era funcional. TEORA AVANZADO. + Rychlik W (1996): Oligo. Primer Analysis Software for the Apple Macintosh Computers. Versin 5.0. Manual de la aplicacin Oligo para diseo de cebadores para PCR, secuenciacin e hibridacin. Muy til por sus algoritmos termodinmicos. Clasificacin: SOFTWARE MANUAL. Rychlik W, Rhoads RE (1989): A computer program for choosing optimal oligonucleotides for filter hybridization, sequencing and in vitro amplification of DNA. Nucleic Acids Res 17:85438551. Discusin sobre los diferentes parmetros que afectan al diseo de oligos para hibridacin, secuenciacin y PCR. Clasificacin: SOFTWARE ESPECFICO. Saiki, R K, Gelfand, DH, Stoffel, S, Scharf, SJ, Higuchi, R, Horn, GT, Mullis, KB, Erlich, HA (1988): Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase. Science 239:487491. Optimizacin y automatizacin de la tcnica de PCR mediante el uso de una DNA polimerasa termoestable. TEORA ESPECFICO. Saiki, RK, Scharf, SJ, Faloona, F, Mullis, KB, Horn, GT, Erlich, HA, Arnheim, N (1985): Enzymatic amplification of -globin genomic sequences and restriction site analysis for diagnostic of sickle cell anemia. Science 230:13501354. Descripcin oficial de la amplificacin de DNA mediante PCR. Supuso el Premio Novel para su inventor, Karl Mullis. TEORA ESPECFICO. + Sambrook J, Russell D (2001): Molecular Cloning. A Laboratory Manual, 3rd edition, Vols 13. New York: CSH Laboratory Press. Manual de protocolos. La Biblia clsica del Bilogo Molecular. Clasificacin: PROTOCOLOS. Watson JD, Gilman M, Witkowski J, Zoller M (1992): Recombinant DNA New York: Freeman and Company. Divulgativo y a la vez con nivel y rigor
15

cientfico. Clsico sobre Ingeniera Gentica y sus aplicaciones. Claro, didctico y con numerosos esquemas e ilustraciones explicativas. Muy recomendable. Clasificacin: TEORA DIVULGATIVO. White, BA (ed) (1993): PCR Protocols. Current Methods and Applications. Volume 15 of Methods in Molecular Biology. Totowa: Humana Press. Diversos protocolos para PCR. PROTOCOLOS AVANZADO. Nota: las referencias fundamentales para la preparacin de la sesin se indican con el smbolo +.

AGRADECIMIENTOS Proyecto PAFPU FORMAPROFE ('UCO-N-031') de Formacin del Profesorado Universitario, Junta de Andaluca.

ANEXO 1: MEDIOS, SOLUCIONES Y MATERIAL BIOLGICO EMPLEADO Pesar o aadir las cantidades o volmenes que se indican en las tablas correspondientes del anexo, disolver en agua (en el caso de que se desee repartir en botes) y esterilizar en autoclave (autoclavar) a 120C y 1 bar (= 1 kg/cm2) de presin durante 20 minutos. Una vez esterilizados, los medios con agar pueden conservarse lquidos en una estufa a 63C hasta su uso. Normas para el manejo del autoclave: Comprobar que el autoclave tiene suficiente agua. En caso contrario, aadir agua destilada hasta la rejilla del fondo de la mquina. Asimismo, comprobar que las salidas de agua y de aire se encuentran cerradas. Si no se toman estas precauciones podra quemarse el autoclave. Una vez haya terminado el autoclave hay que esperar que baje la presin y la temperatura para abrirlo sin peligro. ATENCIN: Como norma general, no se deben autoclavar soluciones concentradas de cidos (clorhdrico, sulfrico) o lcalis (NaOH). Como es obvio, estas soluciones son estriles per se. Adems, pueden daar la estructura de acero del autoclave. Tampoco se autoclavan soluciones concentradas de disolventes orgnicos (acetona, tolueno, ter, metanol, etanol, etc). Generalmente las soluciones se preparan en botes de vidrio tipo Pyrex. ATENCIN: Los lcalis como la sosa (NaOH) o la potasa (KOH) atacan al vidrio. En estos casos debern usarse botes de plstico para su almacenamiento. Medio rico LuriaBertani A continuacin se indica la composicin del medio rico de cultivo de Escherichia coli.
Tabla 4. Preparacin de medio rico LuriaBertani

Medio lquido
16

Medio slido

Bacto triptona Extracto de levadura ClNa Agar Agua destilada

(g) 10 5 10 Hasta 1 litro

(g) 10 5 10 15 Hasta 1 litro

El medio rico lquido puede prepararse en botes Pyrex o en matraces erlenmeyer para cultivos (10 ml de medio rico en matraz de 100 ml). El medio slido tambin se prepara en matraz de 100 ml, se deja enfriar un poco despus de la esterilizacin (~63 C) y se reparte a razn de 25 ml por caja de petri de 9 cm . Por lo tanto, cada alumno preparar 10 ml de medio lquido y 25 ml de medio slido. Las cajas de medio rico, una vez haya solidificado el medio, se dejan boca abajo en la estufa a 37C hasta el da siguiente (para secar el vapor condensado). El secado puede realizarse rpidamente colocando las cajas abiertas en una cabina estril de flujo laminar durante una hora. El medio rico lquido se almacena a temperatura ambiente. Las cajas de medio rico se guardan en bolsas cerradas a 4C hasta su uso. El medio rico permanece estable durante meses. Nota: No conviene aadir los agentes selectivos (en su caso) a las cajas con medio slido que vayan a ser conservadas en frigorfico. Es mejor prepararlas sin dichos agentes (p.ej., antibiticos), y aadirlos en la superficie con un asa de siembra triangular justo antes de usarse. As se asegura que el antibitico no ha sido degradado. Solucin amortiguadora TBE A continuacin se indica la composicin de la solucin amortiguadora TBE para electroforesis.
Tabla 5. Solucin amortiguadora 5X TBE

Tris base cido brico Na EDTA Agua destilada

2

3,8 litros (g) 212 160 186 Hasta 3,8 litros

1 litro (g) 55,8 42,1 4,9 Hasta 1 litro

ATENCIN: La solucin amortiguadora 10X TBE puede prepararse tambin, pero con el tiempo y las bajas temperaturas acaba por precipitar, siendo luego imposible volver a disolverlo. Por ello se recomienda preparar la mxima concentracin como 5X TBE. Solucin amortiguadora TAE A continuacin se indica la composicin de la solucin amortiguadora TAE para electroforesis.
17

Tabla 6. Solucin amortiguadora TAE

Tris base cido actico glacial Na EDTA (0,5 M, pH 8,0) Agua destilada
2

50X 242 g 57,1 ml 100 ml Hasta 1 litro

1X 4,84 g 1,14 ml 2 ml Hasta 1 litro

Solucin 20X Bromuro de etidio A continuacin se indica la composicin de la solucin de bromuro de etidio.
Tabla 7. Solucin 20X Bromuro de etidio (10 mg/ml)

Bromuro de etidio Agua destilada

10 ml 100 mg Hasta 10 ml

1 ml 10 mg Hasta 1 ml

ATENCIN: El BrEt es un mutgeno potente. NO es necesario esterilizarlo. NO se debe autoclavar por precaucin. Deben seguirse escrupulosamente medidas estrictas de seguridad (guantes, mascarilla, campana extractora) en su preparacin a fin de evitar la inhalacin del polvo o su contacto con la piel. Una vez en solucin es ms fcil de manipular. ATENCIN: El BrEt es sensible a la luz. Proteger la solucin en bote envuelto por papel aluminio o mejor en bote con cristal mbar. Gel de agarosa (0,7%) A continuacin se indica la preparacin de un gel de agarosa.
Tabla 8. Gel de agarosa (07%)

Gel grande (15 x 25 cm) Gel mediano (15 x 10 cm) Gel pequeo (7 x 10 cm)

Agarosa (g) [Final] = 0,7% 1,75 0,70 0,28

1xTBE (o TAE) (ml) 250 100 40

EtBr (10 mg/ml) (l) [Final] = 0,5 g/ml 12,50 5,00 2,00

18