Omega-3 berperan sebgai anti-inflammatory agent dalam respon peradangan.

Hal ini dikarenankan Omega-3 memiliki peran untuk mengurangi sekresi berbagai mediator inflamasi tanpa mengganggu efektivitas dari proses penyembuhan pada inflamasi. Eicosapentaenoic acid (EPA) adalah bentuk umum dari Omega-3. EPA memiliki efek mengurangi produksi prostaglandin E2, mengurangi tromboksan A2 yang merupakan agregator platelet poten, mengurangi pembentukan leukotrin B4 yang merupakan induktor kuat kemotaksis leukosit, meningkatkan tromboksan A3 yang merupakan agregator platelet lemah, meningkatkan PGI3 yang merupakan vasodilator dan inhibitor agregasi platelet, meningkatkan induktor lemah dari kemoktaksis leukosit (Simopoulos, 2002). Diet kaya omega-3 juga akan menimbulkan efek penurunan produksi TNF- yang merupakan pro-trombotik dan aktivator neutrofil dan makrofag. Selain itu, diet kaya omega-3 akan menurunkan produksi IL-6 yang merupakan penyebab utama stimuasi seluruh sitokin pro-inflamasi fase akut. Kandungan Omega-3 salah satunya dapat ditemui dalam species alga coklat (Sargassum Wightii). Sargassum Wightii adalah jenis alga coklat yang bisa diolah menjadi agar-agar. Kadungan Omega -3 dalam Sargassum Wightii mencapai 4,25% dalam 100 gram (Muralidhar et al, 2010). Konsumsi 1 - 3 gram/hari omega-3 dapat memberi efek anti-imflamasi dengan baik pada pasien stomatitis aftosa(---). Kasus penyakit stomatitis aftosa lebih banyak anak-anak. Hal ini disebabkan oleh sistem pertahanan tubuh anak yang masih belum bagus sehingga sedikit stress fisik ataupun psikologis saja dapat menyebabkan timbulnya stomatitis aftosa. Berdasarkan minat konsumsi makanan anak-anak, konsumsi agar-agar dengan tinggi omega-3 bisa dijadikan solusi sebagai terapi penyakit stomatitis aftosa. Selain tinggi serat, kandungan omega-3 nya dapat bermanfaat sebagai anti-inflamasi dalam penyakit stomatitis aftosa.