Sel tumbuhan mengandung senyawa jauh lebih banyak daripada yang dihasilkan oleh metabolisme dasar.

Terpene, lilin, alkaloid dan pigmen hanya beberapa kata kunci yang menggambarkan apa yang dimaksud. Pada saran A.KSSEL (1891), itu dibedakan antara metabolisme dasar dan menengah. Metabolisme dasar jangka terdiri dari semua jalur yang diperlukan untuk kelangsungan hidup sel, sedangkan produk tanaman sekunder seperti yang biasanya terjadi hanya dalam khusus, sel dibedakan dan tidak diperlukan untuk sel sendiri, tetapi mungkin berguna bagi tanaman secara keseluruhan. Contohnya adalah pigmen bunga dan aroma atau unsur menstabilkan. Kedua metabolisme yang tumpang tindih karena sering tidak mengerti mengapa senyawa tertentu yang dihasilkan. Selain itu, tidak ada sel yang khas ada sehingga beberapa senyawa mungkin diperlukan untuk kelangsungan hidup beberapa sel tetapi tidak untuk orang lain. Sel tumbuhan menghasilkan gunung besar produk sekunder. Banyak dari mereka adalah sangat beracun dan sering disimpan dalam vesikel tertentu atau dalam vakuola. Beberapa studi menunjukkan bahwa jenis fungsi penyimpanan di satu sisi sebagai detoksifikasi tanaman itu sendiri dan menghasilkan di sisi lain reservoir, misalnya, molekul yang kaya nitrogen. Berbeda dengan hewan, ini tidak diekskresikan oleh tanaman. Beberapa produk tanaman sekunder dapat reversibel terdegradasi dan dimasukkan ke dalam metabolisme dasar sementara yang lain tidak bisa. Meskipun produk tanaman sekunder sangat umum, ini tidak berarti bahwa setiap tanaman dapat menghasilkan setiap produk. Beberapa senyawa dibatasi untuk spesies tunggal, orang lain untuk kelompok-kelompok terkait. Tapi mereka hampir selalu hanya ditemukan di organ tanaman spesifik tertentu, seringkali hanya dalam satu jenis sel (dan di sana lagi hanya dalam kompartemen tertentu). Juga, mereka sering dihasilkan hanya selama periode perkembangan spesifik tanaman Alasan yang baik ada untuk penggunaan beberapa senyawa sekunder (atau, bahkan lebih baik, kelompok senyawa kimia mirip) sebagai fitur klasifikasi. Tapi apa yang benar untuk fitur morfologi lainnya, ini juga berlaku untuk ini: kehadiran zat kimia dalam tanaman yang adaptif meskipun hal ini tidak selalu sejelas seperti dalam kasus pigmen bunga, lignin atau cutin. Banyak senyawa sekunder telah menandakan fungsi. Diantaranya adalah hormon tanaman yang akan ditangani di tempat lain karena kepentingan mereka. Mereka mempengaruhi aktivitas sel-sel lain, mengontrol aktivitas metabolisme mereka dan mengkoordinasikan pembangunan seluruh tanaman. Zat lain seperti warna bunga hanya disebutkan berfungsi untuk berkomunikasi dengan penyerbuk atau melindungi tanaman dari makan binatang atau infeksi. Beberapa tanaman, misalnya, menghasilkan phytoalexines tertentu setelah infeksi jamur yang menghambat penyebaran miselia jamur di dalam pabrik. Sejumlah zat yang disekresikan dan mempengaruhi keberadaan spesies lain. Terutama dengan ganggang tetapi dengan jamur, juga, komunikasi sel dirangsang atau disimpan tetap tegak oleh zat ekstraselular. Zat-zat ini mungkin konsistensi mulai dari gas ke seperti jelly. Molekul terekskresi kecil memiliki kerugian besar karena difusi meskipun mereka juga ditandai dengan berbagai tindakan. Banyak dari mereka adalah yaitu antibiotik mereka menghambat keberadaan spesies yang berkompetisi di sekitarnya produser mereka sehingga menjaga niche ekologi. Pengaruh timbal balik tanaman dengan sekresi disebut allelopathy. Hal ini terjadi tidak hanya di ganggang, tetapi juga pada tanaman tingkat tinggi.

Zat alelopati dapat merusak perkecambahan, pertumbuhan dan perkembangan tanaman lain. Pengaruh mereka hanya jarang merangsang. Serangga (dan hewan lainnya) telah mengembangkan strategi pertahanan terhadap efek insektisida dari beberapa produk tanaman sekunder. Selama evolusi, pada mekanisme detoksifikasi pertama, kemudian bahkan ketergantungan pada produk tanaman tertentu dikembangkan. Beberapa spesies, misalnya, perlu mulai senyawa untuk sintesis steroid mereka yang awalnya dimaksudkan untuk menjadi pertahanan tanaman. Mereka sedikit dimodifikasi dalam hewan dan mendapatkan demikian struktur yang lebih sederhana. Sejak berabad-abad, banyak senyawa tanaman memiliki peran yang luar biasa dalam pengobatan. Farmakologis mereka - dan akibatnya juga ekonomis mereka - nilai telah kehilangan apa-apa penting hingga saat ini. Mereka digunakan baik secara langsung atau setelah modifikasi kimia. Perlu disebutkan bahwa beberapa produk tanaman memiliki efek psychopharmacological dan morfin atau mescaline bahkan dihitung di antara 'keras' obat. Beberapa senyawa sekunder tidak hanya ditemukan pada spesies filogenetis terkait (atau keluarga), tetapi juga pada spesies yang tidak terkait langsung. Bahkan J. v Sachs disebutkan dalam bukunya 'Lectures on Plant Physiology' ("Vorlesungen ber Pflanzenphysiologie", 1882) bahwa sejumlah spesies yang tidak dapat filogenetis terkait mengembangkan saluran lateks. Meskipun ia melihat juga, bahwa saluran lateks berbeda baik dalam morfologi mereka dan dalam ontologi mereka. Kita tahu hari ini dari berbagai senyawa metabolik yang telah dikembangkan secara paralel pada spesies non-terkait dan diproduksi oleh jalur biosintesis yang berbeda. Produk serupa (dalam hal ini turunan naphthoquinone) dapat diperoleh dari bahan awal yang sangat berbeda dan dapat disintesis melalui intermediet yang berbeda (menurut JB Harborne, 1977): Sejumlah mutan tidak dapat mensintesis produk tertentu karena metabolisme diblokir. Sebuah contoh klasik adalah varietas putih berbunga spesies dengan sebaliknya berwarna, bunga sering merah. Mungkin, itu memang ciri dari beberapa jalur sintetis dari metabolisme sekunder yang cacat genetik yang diperbolehkan dan bahwa mereka memiliki operator sering probabilitas besar untuk bertahan hidup dalam kondisi alamiah. Struktur kimia dari produk tanaman sekunder adalah tanpa kecuali lebih kompleks dari itu produk primer. Hal ini menjadi dipahami ketika mengingat bahwa banyak meskipun jauh tidak semua dari mereka berasal dari asam amino atau nukleotida. Sebagian besar senyawa yang ditemukan dalam tanaman milik agak sedikit keluarga zat. Hanya modifikasi kimia kecil seperti methylations, hydroxylations, sisipan dengan ion logam, dll menyebabkan spektrum yang luas dari zat fungsional yang berbeda. Keluarga zat yang paling penting adalah: Zat-zat ini sering glikosilasi (residu gula tertentu telah ditambahkan) sehingga kelarutan air mereka meningkat. The bebas gula bagian dari substansi seperti disebut aglucon. Selama 20 sampai 30 tahun, analisis produk tanaman sekunder telah berkembang banyak. Penggunaan teknik-teknik modern analitis seperti kromatografi (dalam semua variasinya), elektroforesis, teknik isotop dan enzim berhasil dalam penjelasan formula struktur yang tepat dan jalur biosintesis yang paling penting.

Di antara pertanyaan yang belum terjawab sebagian besar adalah mereka setelah kompartemen zat tertentu diproduksi dalam, adalah bahwa apakah semua langkah dari jalur biosintesis berlangsung di kompartemen ini atau hanya yang pertama dan yang terakhir, apakah sintesis dan penyimpanan terjadi dalam kompartemen yang berbeda, bagaimana organ -spesifik terjadinya dapat dijelaskan dan bagaimana biosintesis dikendalikan. Apakah jalur biosintesis bercabang, apakah mereka menyebabkan beberapa, produk-produk terkait, ada penghambatan umpan balik? Mengapa jalur spesies terkait berbeda? Bagaimana sintesis dan aktivitas enzim yang diperlukan dikendalikan? Apakah mereka monomerous protein atau multienzim kompleks, hal tersebut terjadi dalam keadaan bebas atau mereka terikat untuk membran? Bagaimana mereka diangkut dalam sel dan mereka mungkin dikeluarkan?