MAKROMOLEKUL BIOLOGI Sinopsis: Molekul yang menarik bagi ahli biokimia dapat diklasifikasikan sebagai molekul kecil dan

makromolekul. Molekul kecil mirip dengan yang ditemukan pada konvensional organik kimia, dan penting dalam metabolisme, yang kita berurusan dengan di kedua setengah dari kursus. Makromolekul adalah dengan perbandingan besar - massa molar dari 104 sampai lebih dari 109 g mol-1. Apa yang memungkinkan untuk memahami struktur besar ini adalah mereka modular konstruksi dari lebih sederhana unit molekul yang lebih kecil. Dasar makromolekul perakitan adalah pembentukan reversibel dari beberapa jenis obligasi, misalnya ester atau amida obligasi untuk menghubungkan subunit kecil ke rantai panjang. membaca: Lehninger ini Prinsip Biokimia, 4th Ed. 12-16, 75-88 (3rd Ed 54-57, 69-73). Horton Prinsip Biokimia 3rd Ed,, 7-12 55-64. Kelas dari molekul ditemukan dalam biokimia: kecil molekul Gula, asam amino, nukleotida, asam lemak, asam karboksilat sederhana derivatif interconversions molekul kecil dapat digunakan untuk menyimpan atau melepaskan energi, yang adalah dasar metabolisme jenis khusus dari molekul kecil dapat berfungsi sebagai blok bangunan untuk makromolekul makromolekul Protein, dibuat sebagai rantai asam amino Nucleic asam, dibuat sebagai rantai nukleotida Polisakarida, dibuat sebagai rantai gula sederhana Protein membentuk struktur kompleks yang mampu banyak fungsi, termasuk struktur komponen sel, katalisis reaksi dan proses komunikasi. Untuk alasan ini, semester semester pertama akan fokus pada protein dan peran mereka. Blok bangunan Prinsip struktur makromolekul Protein adalah rantai asam amino terkait: urutan amino yang berbeda asam, dan ukuran yang didefinisikan dengan baik dan struktur. Penataan asam amino dalam rantai menentukan sifat dan fungsi protein. Sebuah protein dari 100 asam amino memiliki massa sekitar 11000 g mol-1, sekitar 110 g mol-1 per amino acid. Karena protein dan makromolekul lainnya begitu besar, ahli biokimia menggunakan Unit yang disebut kiloDalton (kDa). Satu Dalton hanya 1 g mol-1, sehingga 11000 g mol-1 menjadi 11 kDa. Protein yang khas adalah antara 10 dan 10.000 kDa (104-107 g mol-1).

Dua jenis lain makromolekul akan dibahas kemudian di semester: Polisakarida adalah rantai gula Kebanyakan polisakarida, misalnya pati, sederhana berulang struktur dari satu atau dua gula, dengan tidak ada ukuran yang pasti. Beberapa polisakarida yang digunakan untuk penyimpanan gula, yang lain bertindak dalam peran struktur yang sederhana. Nukleat Asam DNA dan RNA yang sedikit lebih kompleks: GAMBAR Backbone yang sederhana dan berulang-ulang, tetapi basis yang berbeda yang melekat memberikan nukleat asam yang unik dan karakteristik urutan. Unit berulang, dasar + gula + fosfat disebut nukleotida. Ikatan antara subunit Jenis-jenis obligasi yang memiliki pranala subunit dalam makromolekul yang terbentuk oleh proses yang disebut kondensasi, karena proses penghapusan melibatkan unsur H2O. misalnya pembentukan ikatan amida dari asam karboksilat + gugus amino: GAMBAR Kebalikan dari kondensasi adalah serangan H2O pada ikatan amida, yang mengembalikan asam karboksilat asli dan gugus amino dan dengan demikian menghapus link dua unit. Ini adalah disebut hidrolisis. Dibentuk oleh kondensasi dan rusak oleh hidrolisis Obligasi: amida = karboksilat kelompok + amino glikosida = aldehida alkohol + primer atau sekunder ester asam karboksilat = + alkohol primer atau sekunder GAMBAR disamping Asam anorganik seperti asam fosfat juga dapat bentuk ester. Karena asam fosfat adalah tribasic Asam, H3PO4, ia dapat membentuk lebih dari satu ester linkage. Dalam DNA dan RNA, dua ester obligasi terbentuk per fosfat. Protein adalah rantai asam amino Dua puluh asam amino yang berbeda yang ditemukan dalam protein. Mereka memiliki kesamaan dalam berikut struktur, dibedakan oleh kelompok rantai sisi yang berbeda, ditampilkan sebagai R. Setiap asam amino memiliki gugus amino dan kelompok karboksilat, dan dengan demikian dapat membentuk kedua ujung ikatan amida. (Apa yang berbeda tentang asam amino prolin ? Mencarinya dan mencari tahu!) Sejumlah besar asam amino dapat dirangkai dalam rantai: Setiap asam amino dalam rantai dapat memiliki R sisi rantai yang berbeda; ini memberikan molekul protein sebagai yang seluruh sifat unik. Beberapa terminologi untuk belajar: Salah

satu ujung rantai memiliki asam amino dengan gugus amino uncombined, biasanya diprotonasi; ini disebut asam amino N-terminal. Ujung lain memiliki asam amino dengan kelompok karboksilat uncombined, dan disebut asam amino C-terminal. Rantai asam amino yang dihubungkan dengan cara ini disebut rantai peptida, obligasi amida menghubungkan mereka yang disebut ikatan peptida. Sebuah polipeptida adalah rantai peptida yang besar, biasanya rantai asam amino lengkap dari protein. Protein khas beberapa ratus asam amino yang panjang. Poli = Yunani untuk "banyak" Oligopeptide Sebuah rantai peptida yang lebih kecil, sering diterapkan pada sebuah fragmen dari protein yang lebih besar Oligo = Yunani untuk "beberapa" Asam amino dalam rantai peptida memiliki tulang yang identik tapi unik sisi rantai R. Sifat spesifik dari protein ditentukan oleh kelompok fungsional tertentu hadir dalam rantai samping. GAMBAR Samping Dalam nomenklatur biokimia, yang atom karbon dari inti struktural dari asam amino yang diidentifikasi oleh Yunani huruf seperti berikut Contoh: Kelompok fungsional diberi label sesuai dengan atom inti yang mereka terikat,, misalnya Amino, - karboksilat,-karboksilat. Mengapa beberapa obligasi lebih mudah dihidrolisis? Atom yang berbeda dan obligasi dalam molekul mungkin lebih reaktif atau kurang reaktif. Bangunan blok atau subunit bentuk makromolekul sekitar struktur stabil membuat sebagian besar terdiri dari C-C obligasi atau rangka karbon. C-C dan C-H obligasi dikatakan nonpolar, karena C dan H atom memiliki elektronegativitas yang sama. Sebagai hasilnya, mereka ikatan pasangan elektron yang ditanggung bersama, dan bagian dari sebuah struktur yang terdiri hanya ikatan CC atau CH cenderung reaktif dan inert.

GAMBAR Samping Kehadiran N elektronegatif atau O atom dalam hasil struktur polar obligasi seperti C-O, O-H atau N-H, karena elektron ikatan mendapatkan ditarik menuju elektronegatif atom. Reaksi berlangsung lebih mudah di electronrich atau daerah kekurangan elektron dari molekul. The elektronegatif Istilah ini sering disalahpahami. Ini tidak berarti bermuatan negatif, tapi menunjukkan betapa ketatnya atom berpegang pada elektron valensi.

Sebaliknya, rantai ikatan CC tidak mudah pecah. Blok bangunan makromolekul bertindak sebagai subunit diskrit karena struktur internal mereka terdiri dari CC obligasi; hubungan antara subunit adalah CO terhidrolisa atau obligasi CN. Obligasi terhidrolisa umumnya melibatkan O atau N atom terikat pada karbonil terpolarisasi C = O kelompok (atau di samping P = O dalam kasus ester fosfat). Reaksi kimia hasil dari rearrangment ikatan elektron menyebabkan obligasi lama untuk istirahat dan obligasi baru untuk membentuk. Nukleofil adalah atom yang memulai reaksi dengan menyumbangkan sepasang elektron mandiri untuk membentuk ikatan baru. (Nukleofil = nukleus mencintai, atom yang berusaha keluar lain inti untuk menerima pasangan bebas). Atom dengan satu-satunya yang tersedia pasang seperti O, N atau S merupakan nukleofil yang umum. Sebuah atom kekurangan elektron, seperti karbonil kelompok C atom dapat bertindak sebagai akseptor elektron ini, dan dikatakan menjadi elektrofil, atau elektron mencintai. Atom dapat menerima elektron hanya jika ada orbital kosong. Karena sebagian besar struktur mengandung atom dengan oktet lengkap, atom paling dalam struktur tidak dapat bertindak sebagai elektrofil. Gugus karbonil yang sering menargetkan serangan nukleofilik.