KEKAYAAN SPESIES (SPECIES RICHNESS)

OLEH KELOMPOK 1

PENDAHULUAN
Diukur/hitung Struktur fisik Jumlah jenisnya

memperkirakan kekayaan spesies hal mendasar untuk berbagai bidang dalam ekologi komunitas

MASALAHNYA...

Komunitas: struktur yang membentuk suatu ekosistem

Perlu pengetahuan dan teknik pendugaan kekayaan spesies

Pemanasan....

Faktor-faktor apa saja yang mempengaruhi kekayaan spesies??

Imigrasi Kompetisi Predasi, patogen, parasit, dan herbivora Kemudahan

Hal-hal apa saja yang dapat dipengaruhi oleh kekayaan spesies?

produktivitas
stabilitas invasif

Jenis data yang digunakan??

Data kelimpahan (Individual-based) Merupakan jumlah spesies yang ditentukan dari keseluruhan individu yang disampel Data insiden (sample-based) Merupakan jumlah spesies yang ditemukan dalam satu unit sampel atau jumlah dari keseluruhan sampel

Teknik analisis data??

Bagaimana kalau dihitung secara sederhana?? Under-estimate

Jumlah individu yang harus disampling untuk mencapai asymptot sering kali sangat banyak dan penyebarannya luas (Chao et al., 2009)
ahli ekologi hampir tidak pernah memperoleh individu acak dalam satu rangkaian pengamatan. Seringkali individu yang ditemukan bisa saja individu yang sudah pernah ditemukan.

Nicholas J. Gotelli & Anne Chao (2013)

Menyebutkan bahwa pendugaan kekayaan spesies biasanya dilakukan dengan 3 metode yaitu:

INTERPOLASI KEKAYAAN SPESIES MELALUI RAREFACTION NONPARAMETRIK ASYMPTOTIK SPECIES RICHNESS ESTIMATORS

EKSTRAPOLASI KEKAYAAN SPESIES

Apa itu rarefaction?

interpolasi dari sampel biodiversitas ke dalam jumlah individu yang lebih kecil untuk tujuan perbandingan setiap sampel Menggunakan sampel referensi yang berarti menyamakan ukuran seluruh sampel berdasarkan jumlah spesies terendah yang ditemukan pada satu unit sampel
Luas petak 10x 10 20x 20 30x 30 40x 40 50x 50 N (spc teramati) n (sampel referensi) 3 34 45 120 136 3 3 3 3 3

RAREFACTION
Dikembangkan oleh Howard Sanders tahun 1968
Untuk membandingkan kekayaan spesies dalam ukuran sampling yang berbeda

Stuart Hulbert 1971 menyempurnakan rumus tersebut yang sebenarnya tidak bisa diketahui

Coleman et al., 1982 membuat persamaan juga untuk kawasan yang sudah diukur

() =
>

() =
>0

=
<

( )

Shinosaki (1963)
() =
>0

m, R: ukuran individu/sampel referensi n, r: ukuran individu yang teramati Xi, Yi: jumlah individu jenis ke-i/ sampel ke-i

Asumsi rarefaction
Colwell & Gotelli 2011 menjelaskan beberapa asumsi yang digunakan dalam rarefaction

Sampling yang cukup/memadai Metode sampling yang digunakan dibandingkan (sama) Kesamaan taksonomik Komunitas yang tertutup dan individu diskret Penempatan acak

Kelemahan rarefaction

Rarefaction hanya dapat berkerja dengan baik ketika tidak terdapat taxa yang sangat mendominasi ataupun sebaliknya Hanya menjelaskan jumlah spesies pada tiap sampel tetapi tidak dapat menjelaskan spesies mana yang paling menonjol pada tiap sampel Metode ini tidak mengenali kelimpahan spesies hanya dapat menerjemahkan kekayaan spesies

Rarefaction tidak dapat digunakan untuk menduga asimptot kekayaan spesies

Nonparametrik Asymptotic Species Richness Estimators

Memperkirakan asimptotik kekayaan spesies dengan penduga nonparametrik Menurut Gotelli & Chao (2013) ada tiga cara yang sering digunakan untuk mencoba memperkirakan/menduga asimptot dari SAC yaitu:

Parametric Curve Fitting Mengunakan pengitungan frekuensi kelimpahan atau frekuensi insiden yang disesuaikan dengan distribusi kelimpahan Penduga Non parametrik

Parametric Curve Fitting Tidak menggunakan data spesies jarang ataupun dominan dalam menentutkan asimptot Hanya meramalkan bentuk puncak kurva SAC Tidak dapat dibandingkan secara empiris

Mengunakan pengitungan frekuensi kelimpahan atau frekuensi insiden yang disesuaikan dengan distribusi kelimpahan

Hasil baik jika distribusi kelimpahan spesies diketahui Sering menyimpang dari nilai harapan Tidak ada jaminan dua kelompok spesies memiliki model distribusi yang sama

Penduga nonparametrik ???

Penduga nonparametrik

Metode yang selama ini paling berhasil menduga kekayaan spesies (Colwell & Coddington, 1994) menggunakan penghitungan frekuensi spesies yang jarang untuk menduga frekuensi spesies yang terlewatkan/tidak ditemukan (0 atau 0 ). Sample-based
= + = +
; ;

Individual-based
= + /( ), jika >0 = + /( )/, jika =0

/( ) , jika >0

= +

( )/ , jika =0

= +

...

1 = +

1 1 + 1 2 3 2 2 1 + 21; 2 1 2

= + = +

2 = +

Ekstrapolasi kekayaan spesies

jumlah spesies yang diharapkan + dalam sampel yang ditambahkan untuk + dari keseluruhan ( >0). Shen et al. (2003) menjabarkan penduga yang sering digunakan dengan asimptotik varians sebagai berikut:

Individual-based
+

= +

0 = ( 1 ) ataupun penduga ACE (0 = ).

Sample-based
:

= +

Chao 2 0 = 2 ) ataupun penduga ICE (0 = )

Intrapolasi vs ekstrapolasi??
Colwell et al. (2012) menghubungkan pendugaan interpolasi dan pendugaan ekstrapolasi ke dalam sabuah kurva. Kedua metode tersebut menghasilkan bentuk kurva yang sama

Kesimpulan

Kekayaan spesies merupakan salah satu peubah yang dibutuhkan untuk mendeskripsikan kondisi biodiversitas. Kekayaan spesies juga merupakan data dasar yang digunakan dalam pengelolaan kawasan ataupun spesies Terdapat tiga metode pendugaan kekayaan spesies yaitu rarefaction, penduga nonparametrik, dan ekstrapolasi

Contoh Soal
data hipotetik vegetasi Cagar Alam Keling Jawa Tengah

Data tersebut diperoleh dari petak berukuran 50x50 m, jika telah diketahui pada survey lapangan sebelumnya dilakukan juga survey dengan petak berukuran 30x30 m ditemukan 37 individu dengan spesies yang sama, tentukanlah berapa jumlah spesies yang diharapkan dalam pengambilan sampel acak untuk 136 individu?

No 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40

Nama Jenis Tectona grandis Swietenia macrophylla Pinus merkusii Altingia excelsa Callophylum inophyllum Delonix regia Paraceriantes falcataria Cananga odorata Vitex pubescens Arthocarpus heterophyllus Langerstromia speciosa Pometia pinnata Alstonia scholaris Hevea braciliensis Schima walichii Gmelina arborea Khaya antoteca Eusideroxylon swageri Persea americana Durio zibethinus Pithecelebrum jiringa Manilkara kauki Scheilera oleosa Acacia mangium Acacia auriculiformis Macaranga sp Tetrameles nudiflora Averrhoa carambola Dysoxylum gaudichaudianum Pterygota sp. Hibiscus tilliaceus Gluta renghas Dillenia indicum Peronema canescens Ricinus sp. Syzygium polyanthum Syzygium jambos Nephellium junglandifolium Mangifera indica Kaliandra sp.

Xi 30 1 5 14 2 6 1 1 2 1 1 1 9 9 3 5 1 4 2 4 1 2 1 1 1 2 1 1 2 3 2 1 3 1 1 1 2 1 1 2

No 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41

Nama Jenis Tectona grandis Swietenia macrophylla Pinus merkusii Altingia excelsa Callophylum inophyllum Delonix regia Paraceriantes falcataria Cananga odorata Vitex pubescens Arthocarpus heterophyllus Langerstromia speciosa Pometia pinnata Alstonia scholaris Hevea braciliensis Schima walichii Gmelina arborea Khaya antoteca Eusideroxylon swageri Persea americana Durio zibethinus Pithecelebrum jiringa Manilkara kauki Scheilera oleosa Acacia mangium Acacia auriculiformis Macaranga sp Tetrameles nudiflora Averrhoa carambola Dysoxylum gaudichaudianum Pterygota sp. Hibiscus tilliaceus Gluta renghas Dillenia indicum Peronema canescens Ricinus sp. Syzygium polyanthum Syzygium jambos Nephellium junglandifolium Mangifera indica Kaliandra sp. Casuarina equisetifolia Total

Xi 30 1 5 14 2 6 1 1 2 1 1 1 9 9 3 5 1 4 2 4 1 2 1 1 1 2 1 1 2 3 2 1 3 1 1 1 2 1 1 2 4 136

106 135 131 122 134 130 135 135 134 135 135 135 127 127 133 131 135 132 134 132 135 134 135 135 135 134 135 135 134 133 134 135 133 135 135 135 134 135 135 134 132

m 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37

5E+28 2E+33 6E+32 3E+31 2E+33 4E+32 2E+33 2E+33 2E+33 2E+33 2E+33 2E+33 1E+32 1E+32 1E+33 6E+32 2E+33 8E+32 2E+33 8E+32 2E+33 2E+33 2E+33 2E+33 2E+33 2E+33 2E+33 2E+33 2E+33 1E+33 2E+33 2E+33 1E+33 2E+33 2E+33 2E+33 2E+33 2E+33 2E+33 2E+33 8E+32

2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33 2,85E+33

1,71E-05 0,727941 0,198712 0,008941 0,528431 0,142587 0,727941 0,727941 0,528431 0,727941 0,727941 0,727941 0,051719 0,051719 0,382521 0,198712 0,727941 0,276106 0,528431 0,276106 0,727941 0,528431 0,727941 0,727941 0,727941 0,528431 0,727941 0,727941 0,528431 0,382521 0,528431 0,727941 0,382521 0,727941 0,727941 0,727941 0,528431 0,727941 0,727941 0,528431 0,276106

ES 0,999983 0,272059 0,801288 0,991059 0,471569 0,857413 0,272059 0,272059 0,471569 0,272059 0,272059 0,272059 0,948281 0,948281 0,617479 0,801288 0,272059 0,723894 0,471569 0,723894 0,272059 0,471569 0,272059 0,272059 0,272059 0,471569 0,272059 0,272059 0,471569 0,617479 0,471569 0,272059 0,617479 0,272059 0,272059 0,272059 0,471569 0,272059 0,272059 0,471569 0,723894 19,78495

No 1 2 3 4 5

Nama Jenis Rana calconota

Polipedates leucomystax Bufo melanosticus

Xi 20
1 5 15 2 43

Sekelompok mahasiswa melakukan pengamatan amfibi di Danau LSI IPB menggunakan metode VES+Transek Jika pada pengamatan serupa sebelumnya ditemukan 20 individu dari spesies yang sama berapakah jumlah spesies yang diharapkan pada pengambilan data ini?

Fejervarya limnocharis
Bufo asper Total

() =
>

Ket. () : jumlah spesies yang diharapkan pada ukuran standar plot contoh : jumlah spesies yang teramati : jumlah seluruh individu yang diamati : ukuran standar plot contoh > 0 : untuk jenis dengan jumlah individu teramati lebih dari 0

Step1. Cari kombinasi/faktorial dari masing-masing jenis Rana calconota:

; ! ; ! ! = ! ; ; ! = ! ; ! = !! =1771 ! ! = ! ; ! = ! ; ! =9,60567E+11 ;

Polipedates leucomystax

; ! ! ; ; !

= !

; ! ; !

= !! = 5,14E+11

= !
;

! ; !

= !

! ; !

=9,60567E+11

,: ,:

=0,534884

,:

=1,84E-09

Fejervarya limnocharis

Bufo melanosticus

= =
; ! ! ; !

; ! ! ; ; !

= !

; ! ; !

= !! = 3108105

= = !
;

; ! ! ; ; !

! !!

= 3,36E+10

= !
;

! ; !

= !

! ; !

=9,60567E+11

! ; !

! ! ; !

=9,60567E+11

3108105 9,60567E:11

=3,24E-06

3,36E:10 9,60567E:11

=0,034956

Step 2. Jumlahkan nilai

dari masing-masing jenis

>0

= 1,84E 09 + 0,534884 + 0,034956 + 3,24E 06 + 0,280177 = ,

Step 3. Masukan ke dalam rumus dasar = 0,850021 = 5 0,850021 = , 4 spesies

Gampang kan????

Menggunakan data hasil pengamatan pada nomor 1, tentukanlah dugaan kekayaan spesies pada kawasan tersebut dengan metode pendugaan berikut: Penduga non parametrik Schao1 Species Abundance-base Coverage ( ) Penduga Jacknife orde 1 dan orde 2

a. Penduga nonparametrik Schao1

Rumus dasar:

= + /( ), jika >0
Keterangan: 1 : Dugaan kekayaan spesies : Jumlah spesies yang teramati 1 : Jumlah spesies singleton (hanya terdiri dari 1 individu) 2 : Jumlah spesies doubletons (spesies yang terdiri dari 2 individu)

Informasi yang didapat dari data: 1 = 19 spesies; 2 = 9 spesies, tidak terdapat spesies dengan individu =0

Penyelesaian

1 = 41 + 1 =

192 29

= 41 +

361 18

= 41 + 20,0556 = 61,0556 61 +
1 1 4 4 2

1 1 2 2 2 2 1 19 2 2 9 1 2

+ +
2

1 3 2 19 3 9

1 = 9 1 = 9

1 19 4 +4 9 3

2,11

+ 2,11

+ 4 2,11

1 = 9 2,228 + 9,3939 + 4,955 = 9 16,5769 = 149,1921

a. Species Abundance-base Coverage ( )

Rumus dasar: = + +
< ( ) < <

Keterangan:
: dugaan kekayaan spesies

: Jumlah spesies dengan individu melimpah (i>k; k=10) : jumlah spesies jarang (i 10) 1 : Jumlah spesies singleton (hanya terdiri dari 1 individu) : 1
1

; =

<1

: jumlah individu spesies jarang

2 : Koefisien variasi untuk 1

 = 39 spesies ; = 2 spesies ; : 92 spesies : 1

<1 ( <1 ( 1

=1

19 92

= 1 0,2065 = 0,793

1) = (1 1 1 1 + 2 2 1 2 + 3 3 1 3 + + 10 10 1 10 ) 1) = 0 + 18 + 18 + 36 + 40 + 30 + 0 + 0 + 144 + 0 = 286
39 286 0,793 92(92;1)

2 rare = max = 2 +

1,0 = max 49,18 0,034 1,0 = 0,68

39 19 + 0,68 0,793 0,793

= 2 + 49,18 + 16,29 = 67,47 68

Penduga Jackknife

Rumus dasar:

= + +

= + + ;

Keterangan: ; : dugaan kekayaan jenis : Jumlah spesies yang teramati 1 : Jumlah spesies singleton (hanya terdiri dari 1 individu) 2 : Jumlah spesies doubletons (spesies yang terdiri dari 2 individu

= + = + = = + ; = + = + =

DAFTAR PUSTAKA

Chao , A., Colwell , R., Lin , C.-W., & Gotelli , N. (2009). Sufficient sampling for asymptotic minimum species richness estimators. Ecology, 90, 11251133. Chao, A. (1984). Non-parametric estimation of the number of classes in a population. Scandinavian Journal of Statistics, 11, 265270. Chao, A. (1987). Estimating the population size for capturerecapture data with unequal catchability. Biometrics, 43, 783 791. Chao, A. (2005). Species estimation and applications. Dalam S. Kotz, N. Balakrishnan , C. Read , & B. Vidakovic , Encyclopedia of Statistical Sciences (2nd ed., hal. 79077916). New York: Wiley. Coleman, B., Mares , M., Willig , M., & Hsieh, Y.-H. (1982). Randomness, area, and species richness. Ecology, 63, 11211133. Colwell , R., Chao , A., & Gotelli , N. (2012). Models and estimators linking individual-based and sample-based rarefaction, extrapolation, and comparison of assemblages. Journal of Plant Ecology, 5, 321. Colwell, R., & Coddington, J. (1994). Estimating terrestrial biodiversity through extrapolation. Philosophical Transactions of the Royal Society, B345, 101118. Gotelli , N., & Chao , A. (2013). Measuring and Estimating Species Richness, Species Diversity, and Biotic Similarity from Sampling Data. Dalam S. Levin, Encyclopedia of Biodiversity (2nd ed., Vol. 5, hal. 195-211). Waltham: Academic Press. Gotelli , N., & Colwell , R. (2001). Quantifying biodiversity: Procedures and pitfalls in the measurement and comparison of species richness. Ecology Letters, 4, 379391. Gotelli , N., & Colwell , R. (2011). Estimating species richness. Dalam A. Magurran, & B. McGill , Biological Diversity: Frontiers in Measurement and Assessment (hal. 3954). Oxford: Oxford University Press. Magurran, A. (2004). Measuring Biological Diversity. United Kingdom: Blackwell Science Ltd,a Blackwell Publishing company.

Terimakasih-Matur Nuwun-Hatur Nuhun-Terimo

Kasih-Amanai-Muliate-Suksma- Tampiaseh-TarimokasiKurusumanga-Sauweghele-Tarima Kasih-Sakalangkong-

Makaseh-Makase-Teurimong Gaseh Beh-Thank

Gracias-Mahalo-Kiitos-Merci beaucop-Gamsa hamnida-Xie Xie-Danke-Arigato-Dank Je-GrazieObrigado-Syukron-Toda-Dua Netjer-Shukrya-TakkSalamot-Khwap khun-Anugurihiitusomi

You-