LEMBAR KERJA PAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER 2013/2014

1

Judul Kegiatan/Acara Hari/Tanggal
PEMBUATAN PROSEDUR KERJA DI LABORATORIUM

Nama Mahasiswa NIM Paraf Mahasiswa




Nama Asisten Nilai Paraf Asisten















































LEMBAR KERJA PAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER 2013/2014

2

Judul Kegiatan/Acara Hari/Tanggal
PERSIAPAN BAHAN

Nama Mahasiswa NIM Paraf Mahasiswa




Nama Asisten Nilai Paraf Asisten






1. Buatlah diagram alir cara pembuatan larutan-larutan stok berikut ini dan lengkapi dengan perhitungannya
(gram, volume) untuk memperoleh konsentrasi larutan stok yang diperlukan. Konsentrasi larutan stok
ditentukan dengan memperhitungkan konsentrasi akhir larutan siap pakai yang akan digunakan serta
volumenya.
1) Tris-HCL, pH 8.0 (satuan konsentrasi: M)















2) EDTA, pH 8.0 (satuan konsentrasi: M)















LEMBAR KERJA PAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER 2013/2014

3

3) NaOH (satuan konsentrasi: N)









4) SDS (satuan konsentrasi: %)












5) BSA (satuan konsentrasi: mg/ml)









6) TE (satuan konsentrasi: X)











LEMBAR KERJA PAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER 2013/2014

4


2. Larutan siap pakai. Berdasarkan larutan stok yang telah dibuat sebelumnya, buatlah perhitungan volume larutan
stok yang ditambahkan untuk membuat larutan-larutan berikut ini (gunakan rumus pengenceran):
a. Lengkapi tabel berikut ini untuk membuat 500 ml buffer ekstraksi TENSdari larutan stok yang tersedia
Reagen Konsentrasi stok Konsentrasi akhir Volume yang ditambahkan
Tris-HCL, pH 8.0 10mM
EDTA, pH 8.0 1 mM

NaOH 0.1 N

Sodium Dodecyl Sulfate (SDS) 0.5%

H
2
O -


b. Lengkapi tabel berikut ini untuk membuat 500 ml buffer ekstraksi dari larutan stok yang tersedia
Reagen Konsentrasi stok Konsentrasi akhir Volume yang ditambahkan
Tris-HCl, pH 8.0 100 mM
EDTA, pH 8.0 20 mM
NaCl 0.5 M
Sodium Dodecyl Sulfate (SDS) 2 %
H
2
O -

c. Lengkapi tabel berikut untuk membuat 10 ml larutan STE dari larutan stok yang tersedia
Reagen Konsentrasi stok Konsentrasi akhir Volume yang ditambahkan
Tris-HCl, pH 8.0 10 mM
EDTA, pH 8.0 1 mM
NaCl 0.1 mM
H
2
O -

d. Lengkapi tabel berikut ini untuk membuat 100 ml larutan TE 1X dari larutan stok yang tersedia
Reagen Konsentrasi stok Konsentrasi akhir Volume yang ditambahkan
TE 1X
H
2
O -





LEMBAR KERJA PAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER 2013/2014

5

Judul Kegiatan/Acara Hari/Tanggal
FRAKSINASI SEL

Nama Mahasiswa NIM Paraf Mahasiswa




Nama Asisten Nilai Paraf Asisten





1. Dalam praktikum ini, Anda melakukan serangkaian percobaan dengan menggunakan teknik sentrifugasi secara
bertingkat. Kecepatan sentrifugasi dapat diatur dalam RCF (Ratio of centrifugal force, dengan satuan g) atau
dalam rpm. Tuliskan rumus konversi dari RCF ke rpm.









Salah satu tahap dalam metode digunakan kecepatan sentrifugasi 500g. Jika digunakan rotor dengan radius
2,5 cm, maka kecepatan dalam rpm adalah .................................... rpm.

2. Metode sentrifugasi bertingkat (differential centrifugation) umumnya dilakukan dengan sentrifugasi bahan
dalam tabung, kemudian memindahkan supernatan ke dalam tabung kedua, lalu dilakukan lagi sentrifugasi pada
tabung yang kedua. Apa yang membedakan antara sentrifugasi pertama dan sentrifugasi kedua, ditinjau dari
kecepatan/setting alat sentrifuga?







3. Lingkaran di bawah ini menggambarkan 4 organel yang berbeda, yaitu A, B, C, dan D. Jika Anda ingin
mengisolasi organel C dengan cara sentrifugasi secara bertingkat, maka Anda akan elakukan sentrifugasi pertama
dengan kecepatan tertentu yang akan mengendapkan organel (-organel) ................................................ hingga
membentuk pelet. Kemudian, Anda akan mengambil supernatan, lalu melakukan sentrifugasi dengan kecepatan
lebih tinggi sehingga organel (-organel) ...................................... mengendap dan membentuk pelet, dan organel (-
organel) ......................... dalam supernatan. Bagian manakah yang akan Anda ambil?
...................................................................................................




A B C D





LEMBAR KERJA PAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER 2013/2014

6


4. Mengapa semua tahap dalam metode fraksinasi sel selalu dijaga dalam suhu dingin?








5. Metode differential centrifugation menghasilkan organel-organel yang tidak sepenuhnya murni. Mengapa
demikian?






Saran apa yang dapat Anda berikan agar dapat dihasilkan organel-organel yang lebih murni?
































LEMBAR KERJA PAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER 2013/2014

7

Judul Kegiatan/Acara Hari/Tanggal
ISOLASI DNA

Nama Mahasiswa NIM Paraf Mahasiswa




Nama Asisten Nilai Paraf Asisten





1. Memecahkan sel bisa dilakukan dengan 3 cara, yaitu secara kimiawi, mekanik, dan enzimatis. Jelaskan (definisi)
masing-masing cara tersebut, bahan yang digunakan serta contoh aplikasinya (bakteri, fungi,hewan, tumbuhan,
dll).15 poin
Cara memecah sel(@ 4 poin) Aplikasi(@ 1 poin)
1. Kimiawi









2. Mekanik









3. Enzimatis










2. Purifikasi DNA dilakukan dengan memisahkan DNA dari protein dan RNA.
a. Prinsip apa saja yang digunakan untuk memisahan DNA dengan protein? Jelaskan!(10 poin)








LEMBAR KERJA PAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER 2013/2014

8



b. Sebutkan alat dan bahan yang digunakan untuk memisahkan DNA dan protein dalam masing-masing prosedur
isolasi DNA yang dilakukan pada praktikum ini!(10 poin)








c. Jelaskan bagaimana cara memisahkan DNA dengan RNA!(5 poin)





3. Presipitasi DNA.
a. Apa yang dimaksud dengan presipitasi DNA? Jelaskan!(5 poin)






b. Sebutkan dan jelaskan alat dan bahan apa saja yang digunakan dalam tahap ini pada masing-masing prosedur!(5
poin)








4. Kriteria apa saja yang digunakan untuk melakukan isolasi DNA dalam skala kecil (miniprep) atau skala besar
(maxiprep)? Jelaskan!(10 poin)














LEMBAR KERJA PAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER 2013/2014

9

Judul Kegiatan/Acara Hari/Tanggal
ESTIMASI KONSENTRASI DAN KEMURNIAN DNA DENGAN
SPEKTROFOTOMETER

Nama Mahasiswa NIM Paraf Mahasiswa




Nama Asisten Nilai Paraf Asisten





1. Tuliskan hasil pengukuran larutan DNA hasil isolasi dengan spektrofotometer pada tabel berikut ini!(@ nomor, 5
poin total 30 poin )
Kelompok Jenis DNA A
260
A
280

A
260
/
A
280
(@ 2
poin)
Konsentrasi DNA
(g/ml)(@ 3 poin)
1
2
3
4
5
6
2. Apa artinya jika rasio A
260
/ A
280
lebih kecil atau lebih besar dari 1.8? Jelaskan! (10 poin)
<1.8


> 1.8


3. Langkah apa yang harus dilakukan jika rasio A
260
/ A
280
1.49 atau 1.98? Jelaskan! (10 poin)
A
260
/ A
280
1.49


A
260
/ A
280
1.98


4. Lengkapi tabel berikut ini untuk membuat 500 l larutan DNA dengan konsentrasi 1000 g/ml dari larutan stok
DNA hasil isolasi yang diperoleh pada praktikum ini.
Kelompok Konsentrasi larutan stok DNA Volume stok
DNA(@ 2.5 poin)
Volume
ddH
2
O(@ 2.5
poin)
1
2
3
4
5
6


LEMBAR KERJA PAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER 2013/2014

10

Judul Kegiatan/Acara Hari/Tanggal
ELEKTROFORESIS

Nama Mahasiswa NIM Paraf Mahasiswa




Nama Asisten Nilai Paraf Asisten





1. Apa fungsi dari:
a. agarose (nilai 5)




b. TAE(nilai 5)



c. loading dye



d. EtBr



2. DNA hasil isolasi
a. Tempelkan gambar hasil elektroforesis disini, tulis keterangan gambar pada kotak yang tersedia.(nilai 5)

Keterangan:




















LEMBAR KERJA PAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER 2013/2014

11


b. Lengkapi tabel berikut ini.(nilai @ 10 total 60)
Klmpk Jenis DNA Deskripsikan hasil dan jelaskan mengapa hasilnya demikian
1







2







3







4







5







6








LEMBAR KERJA PAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER 2013/2014

12

b. Lengkapi tabel berikut ini.(nilai @ 10 total 60)
Klmpk Deskripsikan hasil dan jelaskan mengapa hasilnya demikian
1







2







3







4







5







6









LEMBAR KERJA PAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER 2013/2014

13