Beberapa bakteri seperti Mycobacterium tubercolose untuk menetukan sifat bakteri termasuk

bakteri tahan asam dan bakteri tidak tahan asam harus diwarnai dengan pewarnaan khusus, yaitu
pewarnaan Ziehl Nelsen.
Pada umumnya, bakteri tahan asam merupakan bakteri yang lapisan paling luar selnya (dinding
sel) terdiri dari lapisan lilin, sehingga menyebabkan zat warna sukar masuk ke dalam sel bakteri.
Oleh karena itu, untuk mewarnainya maka lapisan lilin pada sel itu harus dihilangkan, yaitu
dilakukan pemanasan tapi tidak sampai mendidih yang dimaksudkan supaya lilinnya meleleh,
sehingga bakteri akan mengambil zat warna yang diberikan. Selain sukar menerima zat warna,
bakteri tahan asam juga sukar menyerap bahan penghilang zat warna (pencuci), sehingga
walaupun dicuci dengan larutan asam encer, sel bakteri ini akan tetap mengikat zat warna yang
telah masuk. Apabila bakteri tahan asam sudah mengikat warna, tidak mudah untuk
melepaskannya.
Sedangkan bakteri tidak tahan asam mudah diwarnai dan mudah melepaskan zat warna dalam
asam.
Oleh karena itu pada pewarnaan Ziehl Nelsen didapatkan hasil bakteri tahan asam berwarna
merah karena menyerap zat warna merah dari carbol fuchsine. Pada saat pelunturan dengan HCl
3% dalam alkohol, carbol fuchsine tidak larut sehingga tidak menyerap zat warna biru pada saat
diberi methylen biru. Sedangkan bakteri tidak tahan asam tidak tahan terhadap pelunturan
sehingga warna merah carbol fuchsine akan hilang dan mengambil warna biru methylen biru,
oleh karena itu bakteri tidak tahan asam berwarna biru.