Tema 1

Procesamiento pos-transcripcional

El cap.

La protena activadora por catabolitos (cap) es un dmero que al unirse al AMPc se activa y
estimula la transcripcin de los genes del opern lactosa, de manera que la protena activadora
CAP-AMPc es necesaria para la unin de la ARN polimerasa al promotor de los genes del opern
lactosa. Es un activador transcripcional en forma de homodmero en solucin. Cada subunidad
comprende un dominio de unin a ligando en el n-terminal, que tambin es responsable de la
dimerizacin de la protena, y un dominio de unin al ADN en el c-terminal.

Poli A

Secuencia de 50-250 nucletidos de adenina que se agregan como una modifcacin post
transcripcional al extremo 3' de RNAm eucariontes mediante la enzima poli a polimerasa. La
reaccin se conoce como poliadenilacin.

Splicing alternativo

El Splicing alternativo es un proceso de edicin post-transcripcional que se produce tras la
obtencin del ARN mensajero primario. El ARN mensajero primario es la transcripcin `literal`
de ADN a ARN. En los genes de eucariotas no todo el ADN que se transcribe en el mensajero
primario va a ser traducido. En los eucariotas existen regiones de ADN que no codifcan
aminocidos conocidas como intrones que estn fanqueadas por seales de inicio y de parada de
la transcripcin. Los fragmentos que s van a codifcar la secuencia de aminocidos de la futura
protena son los exones. Distintas combinaciones de exones darn lugar a distintas isoformas de
la protena madura. La generacin de las isoformas se lleva a cabo mediante el splicing
alternativo. el splicing alternativo permite que en un mismo gen pueda estar codifcada la
informacin necesaria para sintetizar distintas protenas ya que mediante este proceso a partir de
un mismo mensajero primario pueden obtenerse varias secuencias de arn mensajero maduro
dependiendo de cules sean los exones que se combinen. El mecanismo de splicing alternativo es
una de las maneras de originar distintas isoformas funcionales de una misma protena en
diferentes tejidos o compartimentos celulares.

4 OPERONES

Operon de triptfano: es un sistema de tipo represible, ya que el aminocido triptfano
(Correpresor) impide la expresin de los genes necesarios para su propia sntesis cuando hay
niveles elevados de triptfano.





Cules son los componentes del operon triptofano:
Genes estructurales: existen cinco genes estructurales en el siguiente orden trpE-trpD-
trpC-trpB-trpA.
Elementos de control: promotor (P) y operador (O). El promotor y el operador estn al
lado de los genes estructurales y en el siguiente orden: P O trpE-trpD-trpC-trpB-trpA.
Curiosamente, las enzimas codifcadas por estos cinco genes estructurales actan en la ruta
metablica de sntesis del triptfano en el mismo orden en el que se encuentran los genes en el
cromosoma.
Gen regulador (trpR): codifca para la protena reguladora. Este gen se encuentra en otra
regin del cromosoma bacteriano aunque no muy lejos del opern.
Correpresor: triptfano.
Operon lac: El opern lac es un ejemplo de opern inducible, es decir aquel en el cual la presencia
de una sustancia especfca (en este caso la lactosa) induce la transcripcin de los genes
estructurales.
Explique la regulacin positiva y negativa de la expresin gentica?

Control negativo: el gen se apaga y se apaga o se transcribe menos.
Control positivo: el gen se enciende y se transcribe o se transcribe ms.



5.- Control transcripcional y pos-transcripcional.

Silenciamiento gnico:
El silenciamiento gnico es un proceso llevado a cabo en los organismos eucariotas, con diferentes
objetivos, dentro de los cuales se destacan la regulacin de la expresin y la eliminacin y el
control de material gentico ajeno o externo (virus y transposones) que podra causar un dao a
la clula. Existe una clasifcacin que establece dos grandes categoras, el Silenciamiento Gnico
Post-Transcripcional (PTGS) y el Silenciamiento Gnico Transcripcional (TGS), los cuales se
encuentran en todos los eucariotes, con ciertas variaciones. El PTGS es un mecanismo que acta
directamente sobre el transcrito de ARN mensajero, mientras que el TGS acta indirectamente y
va a establecer un control que impide la transcripcin del ADN.1

Silenciamiento Post-Transcripcional (PTGS)
El PTGS se caracteriza por estar mediado principalmente por siRNAs y miRNAs. En este tipo de
silenciamiento adems de encontrar esos dos elementos ya mencionados, se asocian los complejos
RISC, mRNP, protenas DICER, Argonautas y Drosha. El mecanismo general inicia con la sntesis
de los pre-siRNAs y pre-miRNAs en el ncleo y su maduracin. Este ltimo proceso se da
mediante protenas DICER, cuyo centro cataltico dimrico, acta de una forma similar a una
RNAsa tipo III, clivando en pequeos fragmentos de doble cadena. De acuerdo al organismo del
que estemos hablando actan otras protenas, pues en los vertebrados solo se produce un tipo de
DICER, mientras que en animales como Drosophila hay ms genes codifcantes que dan DICERs
ms especializadas.



Silenciamiento Transcripcional (TGS)

Los TGS son mecanismos de silenciamiento importantes, pues actan antes de la transcripcin.
La forma ms estudiada de TGS, ha sido la metilacin del ADN, estimulada por una serie de
enzimas como las protenas Dicer, DNA metiltransferasas (DMTasas) y por la presencia de ciertos
promotores que formarn conformaciones de ARN de doble cadena. A partir de esos promotores,
las Dicers formarn fragmentos cortos de ARN de aproximadamente 21 nucletidos, que sern
tiles para unirse y ser reconocidos por DMTasas que se encargarn de metilar.

Epigenetica:

La epigentica (del griego epi, en o sobre, y -gentica) hace referencia, en un sentido amplio, al
estudio de todos aquellos factores no genticos que intervienen en la determinacin de
laontogenia o desarrollo de un organismo, desde el vulo fertilizado hasta su senescencia,
pasando por la forma adulta; y que igualmente interviene en la regulacin heredable de la
expresin gnica sin cambio en la secuencia de nucletidos. Se puede decir que la epigentica es
el conjunto de procesos qumicos que modifcan la actividad del ADN pero sin alterar su
secuencia. La epigentica reinterpreta conceptos conocidos y desvela nuevos mecanismos
(Metilacin del ADN, Metilacin del ADN en el cncer, Modifcacin de histonas, ARN no
codifcante) por los cuales la informacin contenida en el ADN de cada individuo es traducida.

RNA PEQUEOS:
Los ARN interferentes son molculas pequeas (de 20 a 25 nuclotidos) que se generan por
fragmentacin de precursores ms largos. Se pueden clasifcar en tres grandes grupos de
molculas.
siRNA. El acrnimo siRNA ARN interferente pequeo. Son molculas de ARN bicatenario
perfectamente complementarias de aproximadamente 20 o 21 nucletidos (nt) con 2 nucletidos
desemparejados en cada extremo 3'. Cada hebra de ARN tiene un grupo fosfato 5' y un grupo
hidroxilo (-OH) 3'. Esta estructura proviene del procesamiento llevado a cabo por Dicer, una
enzima que corta molculas largas de ARN bicatenario (dsRNA, double stranded RNA) en varios
siRNA.
miRNA. Los microARN son pequeos ARN interferentes que se generan a partir de precursores
especfcos codifcados en el genoma, que al transcribirse se pliegan en horquillas (hairpins)
intramoleculares que contienen segmentos de complementariedad imperfecta.
piRNA se generan a partir de precursores largos monocatenarios, en un proceso que es
independiente de Drosha y Dicer. Estos ARN pequeos se asocian con una subfamilia de las
protenas 'Argonauta' denominada protenas Piwi. Se han identifcado decenas de miles de
piRNA, pero su funcin es desconocida (2008). Sin embargo, se sabe que conjuntamente con las
protenas Piwi, son necesarios para el desarrollo de las clulas de la lnea germinal.





Tema 6
Enzimas de restriccin

las enzimas de restriccin, tambin conocidas como endonucleasas, son enzimas que
cortan los enlaces fosfodiester del material gentico a partir de una secuencia que
reconocen.

las mismas permiten cortar dna de hebra doble, donde reconocen secuencias
palindrmicas (secuencias que se leen igual en ambas direcciones).

son extradas de organismos procariticos (bacterias), donde actan como un mecanismo
de defensa, para degradar material gentico extrao que entre en la clula. las bacterias
tienen la capacidad de metilar su dna, lo cual sirve para distinguir entre el dna extrao y
el dna propio. las enzimas de restriccin no pueden cortar dna metilado, de este modo
solo afectan el dna extranjero y no el dna bacterial.

Existen tres tipos de enzimas:

tipo I y tipo III:

a. tienen actividad de restriccin (cortan) y modificacin (metilan).
b. cortan a cierta distancia de la secuencia de reconocimiento, las tipo I cortan lejos de
la secuencia de reconocimiento, ya sea ro arriba o ro abajo. las tipos III cortan de 5-8
bases antes o despus de la secuencia que reconocen.
c. necesitan ATP para moverse a travs de la molcula de DNA, desde el lugar de
reconocimiento hasta el sitio del corte.
tipo II:
a. slo tienen actividad de restriccin.
b. cortan de manera consistente y predecible dentro de la secuencia que reconocen.
c. slo requieren mg
++
como cofactor.
d. no necesitan ATP.

aplicaciones de las enzimas de restriccin:

1. hacer mapa de restriccin de un plsmido o bacterifago.
2. fragmentar DNA genmico para separacin de electroforesis y southern blot.
3. generacin de fragmentos para ser usados como sondas marcadas en southerny
northern blotting.
4. generacin de fragmentos para ser subclonados en los vectores apropiados, creacin de
DNA recombinante.




Southern blot: hibridacin southern o, simplemente, southern es un mtodo de biologa
molecular que permite detectar la presencia de una secuencia de ADN en una mezcla compleja
de este cido nucleico. Para ello, emplea la tcnica de electroforesis en gel de agarosa con el fn de
separar los fragmentos de ADN de acuerdo a su longitud y, despus, una transferencia a una
membrana en la cual se efecta la hibridacin de la sonda.1 su nombre procede del apellido de
su inventor, un bilogo ingls llamado edwin southern.


Tema 7


Plegamiento de protenas (procesamiento y translocacin.)

El plegamiento de protenas comienza durante la traduccin. El plegamiento de protenas es el
proceso por el que una protena alcanza su estructura tridimensional. La funcin biolgica de una
protena depende de su correcto plegamiento. Si una protena no se pliega correctamente ser no
funcional y, por lo tanto, no ser capaz de cumplir su funcin biolgica. el desplegamiento o
desorganizacin de una protena se conoce como desnaturalizacin y puede generarla un gran
variedad de compuestos, entre ellos detergentes, solventes orgnicos, radiacin, calor y
compuestos como la urea y el cloruro de guanidina, los cuales interferen con diferentes
interacciones que estabilizan la estructura terciaria de la protena.
Las consecuencias que generan el plegamiento de protenas son:
esta protena se encuentra en el sistema nervioso y le da al cerebro una forma esponjosa.
Afecta al sistema locomotor.
produce insomnio
hay tres formas de que se manifesten las enfermedades prinicas, esporadica (sin razn
aparente), hereditaria e infecciosa (cuando se produce la transformacin del gen).