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##$#########################################$###############################
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0########^####p##########p###p##########@##############

###################<######4###d###d###d###d#######l##<
0##########################<######4###B###d###B###d#######l##<
0########################$#################_#_#_#P#P#T#1#0############
####D###S#i#m#S#u#n###e#w# ###############0##########z[
0########D###A#r#i#a#l#####e#w# ###############0##########z[
0###### ##D###T#i#m#e#s# #N#e#w# #R#o#m#a#n#########0##########z[
0###################?##

###########%#####V#########V###########.#########################Longest
Common Subsequence### ###################`##############################
############################Definition: The longest common subsequence
or LCS of two strings S1 and S2 is the longest subsequence common between two
strings.
###########################

################################################################################
#####################7#############`##########################################
#######
##################W###########/#########################LCS
Theorem### ###

###############`##############################
############################T#h#e# #L#C#S# # #c#a#n# #b#e# #f#o#u#n#d#
#b#y# #d#y#n#a#m#i#c# #p#r#o#g#r#a#m#m#i#n#g# #f#o#r#m#u#l#a#t#i#o#n#.# #O#n#e#
#c#a#n# #e#a#s#i#l#y# #s#h#o#w#:##T#h#e#o#r#e#m#:# #W#i#t#h# #a# #s#c#o#r#e#
#o#f# #1# #f#o#r# #e#a#c#h# #m#a#t#c#h# #a#n#d# #a# #z#e#r#o# #f#o#r# #e#a#c#h#
#m#i#s#m#a#t#c#h# #o#r# #s#p#a#c#e# #,# #t#h#e# #m#a#t#c#h#e#d#
#c#h#a#r#a#c#t#e#r#s# #i#n# #a#n# #a#l#i#g#n#m#e#n#t# #o#f# #m#a#x#i#m#u#m#
#v#a#l#u#e# #f#o#r# #a# #L#C#S#.##S#i#n#c#e# #i#t# #i#s# #u#s#i#n#g# #t#h#e#
#g#e#n#e#r#a#l# #d#y#n#a#m#i#c# #p#r#o#g#r#a#m#m#i#n#g# #a#l#g#o#r#i#t#h#m#
#i#t#s# #c#o#m#p#l#e#x#i#t#y# #i#s# #O#(#n#m#)# #.##A# #l#o#n#g#e#s#t#
#s#u#b#s#t#r#i#n#g# #p#r#o#b#l#e#m#,# #o#n# #t#h#e# #o#t#h#e#r# #h#a#n#d#
#h#a#s# #a# #O#(#n#+#m#)# #s#o#l#u#t#i#o#n#.# #S#u#b#s#e#q#u#e#n#c#e#s# #a#r#e#
#m#u#c#h# #m#o#r#e# #c#o#m#p#l#e#x# #t#h#a#n# #s#u#b#s#t#r#i#n#g#s#.# ##C#a#n#
#w#e# #d#o# #b#e#t#t#e#r# #f#o#r# #t#h#e# #L#C#S# #p#r#o#b#l#e#m#?# #W#e#
#w#i#l#l# #s#e#e# #&
####"###O#########Z##########Z###########Z#######################F############
#########
######################################b#########M##############################
##############

b##

##################4#######################>#################b#########1#########
########b############## ### #####|##################
###N#################################
###7#################@###############
###1###############
##################X###########0###################################The
optimal alignment is shown above. Note the alignment shows three insert (dark),
one delete green) and three substitution or replacement operations (blue), which
gives an edit distance of 7. But, the 3 replacement operations can be realized
by 3 insert and 3 delete operations because a replacement is equivalent to first
delete the character and then insert a character in its place
like:###n############Z#_###############b#####################332############
####

b##

##############################################################################b
#########
#################f################## ### ####### ### ########### ###
#######$f##$###############$b##$###########(###(###########(###(#######,f##,####
###########,b##,###########0###0######}####0###0########_###############
###7###############
###+###############
###
###############
###+###############
###################
#################Z###########1####################################if
we give a cost of 2 for replace operation and cost of 1 for both insert and
delete operations, the minimum edit distance D can be computed in terms of the
length L of LCS as:
For the above example, n=10, m=12,
L=6. So, D=10 ( 6 insert and 4 delete).
############################L###############################"#################
######################'#################(###################################
################################################################################
##########################################\###########2#####################1
###Direct Computation of LCS by Dynamic
Programming######2###############b#####&###########&#######b#######&######

###

&######

###

&######

###

&#######b#######&###########&#######b#######&###########&####P###########
###################
###################
###################
############################More efficient although the asymptotic
complexity remains the same, O(nm). Let L denote The equations are given below
without proof (which is simple).Again, if we leave suitable back pointers in the
matrix, trace(s) can be derived for the
LCS.###############Z#######b#######C#########################################
####################################################b##############

###

##

####

###

##>####

###

########b###############b#########Y######################################`#####
######
###C#################################
###K###############
###9################################]###########3#####################`###E#x
#a#m#p#l#e# #3#:# #E#d#i#t# #D#i#s#t#a#n#c#e# ###
#
#
#=# #6# #+# #8#
## #2#*#5# # #=# #4# ####L###1#########
#######&#######b#######&###########&######

b##

####&###########&####0###
###############
###################
##################^###########4#########################A Faster
Algorithm for LCS###################################################P###A#n#
#a#l#g#o#r#i#t#h#m# #t#h#a#t# #i#s# #a#s#y#m#p#t#o#t#i#c#a#l#l#y# #b#e#t#t#e#r#
#t#h#a#n# #O#(#n#m#)# # #f#o#r# #d#e#t#e#r#m#i#n#i#n#g# #L#C#S#.# #
#I#m#p#l#i#e#s# #t#h#a#t# #f#o#r# #s#p#e#c#i#a#l# #c#a#s#e#s# #o#f# #e#d#i#t#
#d#i#s#t#a#n#c#e#,# #t#h#e#r#e# #e#x#i#s#t# #m#o#r#e# #e#f#f#i#c#i#e#n#t#
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#e#q#u#a#l#s# #t#h#e# #n#u#m#b#e#r# #o#f# #D#S# #i#n# #t#h#e# #c#o#v#e#r#.#
#E#x#a#m#p#l#e#:# ##=#(#5#,#3#,#4#,#9#,#6#,#2#,#1#,#8#,#7#)# #C#o#v#e#r#:#{#
#(#5#,#3#,#2#,#1#)#,#(#4#)#,#(#9#,#6#)#,#(#8#,#7#)#}#.# #C#=###o#f# #D#S#=#4#.#
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#c#o#v#e#r# #w#i#t#h# #a# #m#i#n#i#m#u#m# #v#a#l#u#e# #o#f# #c#.#####F###
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###################################C############################################
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###=##############b###########7#####################/###Determine LIS
and SC simultaneously in O(nlogn)######0###############b#####&#
#########&###########&###########&###########&###########&###########&#######b##
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#a#n# #I#S# #o#f# ## #w#i#t#h# #l#e#n#g#t#h# #e#q#u#a#l# #t#o# #t#h#e#
#s#i#z#e# #o#f# #a# #c#o#v#e#r# #C# #o#f# ##,# #t#h#e#n# #I# #i#s# #a# #L#I#S#
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#s#i#z#e# #c#.# #
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`##

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##############################################################0################
###
###M###############
###4##############c###########8#########################Proof##############
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#c#a#n#n#o#t# #c#o#n#t#a#i#n# #m#o#r#e# #t#h#a#n# #o#n#e# #e#l#e#m#e#n#t#
#f#r#o#m# #a# #d#e#c#r#e#a#s#i#n#g# #s#e#q#u#e#n#c#e#.# ##T#h#i#s# #m#e#a#n#s#
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#o#n#e# #e#l#e#m#e#n#t# #f#r#o#m# #o#n#e# #o#f# #t#h#e# #d#e#c#r#e#a#s#i#n#g#
#s#e#q#u#e#n#c#e# #o#f# #C## ,# #w#h#i#c#h# #i#s# #n#o#t# #p#o#s#s#i#b#l#e#.# #
#H#e#n#c#e# #C# #h#a#s# #t#o# #b#e# #o#f# #s#m#a#l#l#e#s#t# #s#i#z#e#.#
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##################
###/###############
#################d###########9#########################Construction of
a cover#################G#r#e#e#d#y# #a#l#g#o#r#i#t#h#m# #t#o# #d#e#r#i#v#e#
#a# #c#o#v#e#r#:##S#t#a#r#t#i#n#g# #f#r#o#m# #t#h#e# #l#e#f#t# #o#f# ##,#
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#A#p#p#e#n#d# #t#h#e# #c#u#r#r#e#n#t# #n#u#m#b#e#r# #a#t# #t#h#e# #l#e#f#t##m#o#s#t# #s#u#b#s#e#q#u#e#n#c#e# #d#e#r#i#v#e#d# #s#o# #f#a#r# #i#f# #i#t#
#i#s# #p#o#s#s#i#b#l#e# #d#o# #t#h#a#t# #m#a#i#n#t#a#i#n#i#n#g# #t#h#e#
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#s#t#a#r#t# #a# #n#e#w# #d#e#c#r#e#a#s#i#n#g# #s#u#b#s#e#q#u#e#n#c#e#
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#D#1#=#(#5#,#3#,#2#,#1#)#,# #D#2#=#(#4#)#,# #D#3#=#(#9#,#6#)#,#
#D#4#=#(#8#,#7#)#,# #D#4#=#(#1#0#)##T#h#e# #a#l#g#o#r#i#t#h#m# #h#a#s# #O#
#(#n#2#)# #c#o#m#p#l#e#x#i#t#y#.# #W#e# #w#i#l#l# #p#r#e#s#e#n#t# #a#n# #O#
#(#n# #l#o#g#n#)# #a#l#g#o#r#i#t#h#m#.##################################

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###############################################L#########################
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##############g###########;#####################1###An Efficient Algorithm
for Constructing the Cover#######2#########2#######&###############@###W#e#
#u#s#e# #a# #d#a#t#a# #s#t#r#u#c#t#u#r#e# #w#h#i#c#h# #i#s# #a# #l#i#s#t#
#c#o#n#t#a#i#n#i#n#g# #t#h#e# #l#a#s#t# #n#u#m#b#e#r# #o#f# #e#a#c#h# #o#f#
#t#h#e# #d#e#c#r#e#a#s#i#n#g# #s#e#q#u#e#n#c#e# #t#h#a#t# #i#s# #b#e#i#n#g#
#c#o#n#s#t#r#u#c#t#e#d#.# ##T#h#e# #l#i#s#t# #i#s# #a#l#w#a#y#s# #s#o#r#t#e#d#
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#i#n#d#i#c#a#t#i#n#g# #w#h#i#c#h# #l#i#s#t# #t#h#e# #n#u#m#b#e#r#
#b#e#l#o#n#g#s# #t#o# #a#l#s#o# #i#n#c#l#u#d#e#d#.##P#r#o#c#e#d#u#r#e#
#D#e#c#r#e#a#s#i#n#g# #S#e#q#u#e#n#c#e# #C#o#v#e#r##I#n#p#u#t#:# ##=# # # # # #
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#n#u#m#b#e#r#s#.##O#u#t#p#u#t#:# #t#h#e# #s#e#t# #o#f# #d#e#c#r#e#a#s#i#n#g#
#s#e#q#u#e#n#c#e#s# #D#i# # #c#o#n#s#t#i#t#u#t#i#n#g# #t#h#e#
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logn) Algorithm###F#################################################
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#D#i#=#(#x#1#)#;# # #L#=#(#x#1#,# #i#)# #;# #j#!1#;##F#o#r# #i#=#2# #t#o# #n#
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#f#i#r#s#t# #x#-#v#a#l#u#e# #s#u#c#h# #t#h#a#t# ## # # # #x#i# #<# #x#.# # #
#& .#t#a#k#e#s# #O#(# #l#o#g#n#)# #t#i#m#e#.##I#f# #s#u#c#h# #a# #v#a#l#u#e#
#e#x#i#s#t#s#,# #t#h#e#n# #i#n#s#e#r#t# #x# #a#t# #t#h#e# #e#n#d# #i#n# #t#h#e#
#l#i#s#t# #D#i# #a#n#d# #s#e#t# #x#i#!x# #i#n# #L#& #T#h#i#s# #s#t#e#p#
#t#a#k#e#s# #c#o#n#s#t#a#n#t# # # #t#i#m#e#.##I#f# #s#u#c#h# #a# #v#a#l#u#e#
#d#o#e#s# #n#o#t# #e#x#i#s#t# #i#n# #L#,# #t#h#e#n# #s#e#t# #j#!j#+#1#.#
#i#n#s#e#r#t# #i#n# #L# #a# #n#e#w# # #e#l#e#m#e#n#t# #(#x#,#j#)# #a#n#d# #
#s#t#a#r#t# #a# #n#e#w# #d#e#c#r#e#a#s#i#n#g# #s#e#q#u#e#n#c#e# #D#j#=#(#x#)#
#E#n#d####P###>#########P#>#########P#%###########P##########P#############P#
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#####################E#################
#################y#################'#################################
##################i###########=###################################Lemma: At
any point in the execution of the algorithm the list L is sorted in increasing
order with respect to x-values as well as with respect to identifier value.In
fact two separate lists will be better from practical implementation point of
view.Theorem: The greedy cover can be constructed taking O(nlogn) time. A
longest increasing sequence and a smallest cover thus can be constructed using
O(nlogn)
time.###>######################a##################################b#########8
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##=#(#5#,#3#,#4#,#9#,#6#,#2#,#1#,#8#,#7#,#1#0#)###############
####################k###########?#####################'###Reduction of LIS
problem to LCS problem###@###(#########
#######&###########&#########&###########&#########&###################Definit
ion: Given sequences S1 and S2, let ri be the number of occurrence of the ith
character of S1 in S2.
(position index in sequence S2: ) 1
2 3 4 5 6 Example:S1=a b a c x and S2= b a a b c a Then, r(1)=3, r(2)=2,
r(3)=3, r(4)=1, r(5)=0 .###############a####################

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###f##############l###########@###################################D#e#f#i#n
#i#t#i#o#n#:# ##f#o#r# #e#a#c#h# #d#i#s#t#i#n#c#t# #c#h#a#r#a#c#t#e#r# #x# #i#n#
#S#1#,# #d#e#f#i#n#e# #l#i#s#t#(#x#)# #t#o# #b#e# #t#h#e# #p#o#s#i#t#i#o#n#s#
#o#f# #x# #i#n# #S#2# #i#n# #d#e#c#r#e#a#s#i#n#g# #o#r#d#e#r#.##
#E#x#a#m#p#l#e#:# # # #l#i#s#t#(#a#)#=# #(#6#,#3#,#2#)#;# # #
#l#i#s#t#(#b#)#=#(#4#,#1#)#,# # # #l#i#s#t#(#c#)#=#(#5#)#,# #l#i#s#t#(#x#)#=##
#(#e#m#p#t#y# #s#e#q#u#e#n#c#e#)#.####x############h#########Z#########

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#l#i#s#t#(#s#i#)# #f#o#r# #i#=#1#,#2#,#& ,#n# #w#h#e#r#e# #n# #i#s# #t#h#e#
#l#e#n#g#t#h# #o#f# #S#1# #a#n#d# #s#i# #i#s# #t#h#e# #i#t#h# #s#y#m#b#o#l#
#o#f# #S#1#.# ##E#x#a#m#p#l#e#:# ## #(#S#1#,#S#2#)#=#
#(#6#,#3#,#2#,#4#,#1#,#6#,#3#,#2#,#5#)#.##################################*##
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#s#e#q#u#e#n#c#e# #I# #o#f# ## #(#S#1#,#S#2#)# #s#p#e#c#i#f#i#e#s# #a#n#
#e#q#u#a#l# #l#e#n#g#t#h# #c#o#m#m#o#n# #s#u#b#s#e#q#u#e#n#c#e# #o#f# # #S#1#
#a#n#d# #S#2# #a#n#d# #v#i#c#e# #v#e#r#s#a#.# #T#h#u#s# #a# #l#o#n#g#e#s#t#
#c#o#m#m#o#n# #s#u#b#s#e#q#u#e#n#c#e# #L#C#S# # #o#f# #S#1# #a#n#d# #S#2#
#c#o#r#r#e#s#p#o#n#d#s# #t#o# #a# #l#o#n#g#e#s#t# #i#n#c#r#e#a#s#i#n#g#
#s#e#q#u#e#n#c#e# #o#f# ## #(#S#1#,#S#2#)#.##E#x#a#m#p#l#e#:# ##
#(#S#1#,#S#2#)#=# #(#6#,#3#,#2#,#4#,#1#,#6#,#3#,#2#,#5#)#.# #T#h#e#
#p#o#s#s#i#b#l#e# #l#o#n#g#e#s#t# #i#n#c#r#e#a#s#i#n#g# #s#e#q#u#e#n#c#e#s#
#u#s#e#d# #a#s# #i#n#d#i#c#e#s# #t#o# #a#c#c#e#s#s# #t#h#e#
#c#h#a#r#a#c#t#e#r#s# #i#n# #S#2# #y#i#e#l#d# #t#h#e# #L#C#S# #a#s#:#
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##N##########_#_#_#P#P#T#9####0######(######################################
###########################S1 :
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C
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A
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######################## ###########/#####
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####<###  #########################################################
###################8##########_#_#_#P#P#T#1#0##########################
########N##########_#_#_#P#P#T#9####0######(################################
##################################The LCS is AATCAT. The length of the LCS
is 6. The solution is not unique for all pair of strings. Consider the pair
(ATTA, ATAT). The solutions are ATT, ATA. In general, for arbitrary pair of
strings, there may exist many solutions.##################### #########
########### #########$############# ########### ######### ###########
#########$############# #########`#######2#####$############### #####
##### ########### ########### #####M##### ############/###############
####################### ###########H#####
#########

####0################ h############# ###?########

########___##f3##
##;/#f##9####################_#_#_#P#P#T#1#0####i##
###.#####2@###+##########D=#####'
################################=###@#B#####
######+#######}##################################

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###############r#####
######## ###S######  ######

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#`##########################

#################H#####
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####0################ h############# ###?########

########___##f3##
##;/#f##9####################_#_#_#P#P#T#1#0####i##
###.######P.####+##########D=#####'
################################=###@#B##### ######+########
#################################

#1######)### #######################(##### ######################

###############r#####
######## ###S######  ######

##############@########## #`#}#######################

#################r#####
######## ###S######  ###### 0#########@############### #`#
#######################

#######################
#########
####B###  #########################################################
#######################8##########_#_#_#P#P#T#1#0####################
##############N##########_#_#_#P#P#T#9####0######(##########################
#######################################S1 :
A
-A
T
-G
G
C
C
-A
T
A
n=10S2:
A
T
A
T
A
A
T
T
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A
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-m=12###########0############### ###########
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2
3
{(3,1)}
(5,3)
3
4
{(3,1),(4,2)}
(5,3)
D2=(4)
4
9
{(3,1),(4,2),(9,3)}
(5,3)
(4) D3=(9)
5
6
{(3,1),(4,2),(6,3)}
(5,3)
(4) (9,6)
6
2
{(2,1),(4,2),(6,3)
(5,3,2)
(4) (9,6)
7
1
{(1,1),(4,2),(6,3)}
(5,3,2,1)
(4)
(9,6)
8
8
{(1,1),(4,2),(6,3),(8,4)}
(5,3,2,1)
(4)
(9,6) D4=(8)
9
7
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##################
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#####X###
####0####$############################################
#########################The x-component of the list, if separated, will
look like the following during execution: (5),(3),(3,4), (3,4,9), (3,4,6),
(2,4,6),(1,4,6), (1,4,6,7),
(1,4,6,7,10)###6########0###############"###########"############"########H#
####
#####X###

####0################ h############# ###?########

########___##f3##
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###.####h##f7###$##################################

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#3#.#0#####################################h#######[##############E#q#u#a#t
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######E#q#u#a#t#i#o#n#.#3#0##,###M#i##########################Oh###+'
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#ge########126#########Microsoft PowerPoint#on#@### /)
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######-####################-###
###%###)#[#)##########-#######-##############'###################
#############-#######%###2########-#####################'##################@##Garamond###################################.############### ##f3#.###2
Y#<#####Longest Common Subsequence!###############%###-##################################.########################"System###########
###########################################@##Wingdings##################################.############### ##
##
###2
#<#####n#######.##################################@##Arial######################################.############### #########2
#b#

###Definition: ######

###

##

#############.##################################@##Arial######################################.############### ########2
#<#####The ######

#####.##################################@##Arial######################################.############### ##
######2
######longest common ##############

#####%#%###########.##################################@##Arial######################################.############### ##
######2
##b#####subsequencem##########################.##################################@##Arial######################################.############### #####

###2
#######or ###########.##################################@##Arial######################################.############### ##
##

###2
#######LCS###########.##################################@##Arial######################################.############### #########2
########of two strings ##

#####

###

###
#######

#####.##################################@##Arial######################################.############### #####

###2
########S1 #####

#####.##################################@##Arial######################################.############### ########2
##X#####and ############.##################################@##Arial######################################.############### #####

###2
@#b#####S2 #####

#####.##################################@##Arial######################################.############### #####:###2
@##"###is the longest subsequence common
###

#######
###########

#######################

#######$###########.##################################@##Arial######################################.############### #####%###2
r#b#####between two strings.####

#########

#####

###

###
#######

#####.##################################@##Arial######################################.############### #####

###2
#M#####S1 ###########.##################################@##Arial######################################.############### ########2
#s#####:
############.##################################@##Arial######################################.############### #### ###2
######A#######.##################################@##Arial######################################.############### #####
###2
######--########.##################################@##Arial######################################.############### #### ###2
######A#######.##################################@##Arial######################################.############### #### ###2
#+#####T#######.##################################@##Arial######################################.############### #####
###2
#V#####--########.##################################@##Arial######################################.############### ########2
#####G
G
C###############################.##################################@##Arial######################################.############### #### ###2
#######C#######.##################################@##Arial######################################.############### #####
###2
#_#####--########.##################################@##Arial######################################.############### ########2
######A
####################.##################################@##Arial######################################.############### #### ###2
######T#######.##################################@##Arial######################################.############### #33# ###2
#######A#######.##################################@##Arial######################################.############### ########2
#V#####n=10############.##################################@##Arial######################################.############### #########2
#M#####S2:
##################.##################################@##Arial######################################.############### #### ###2
######A#######.##################################@##Arial######################################.############### #########2
######T
################.##################################@##Arial######################################.############### ########2
######A
T####################.##################################@##Arial######################################.############### #########2
#a#####A
##############.##################################@##Arial######################################.############### ########2
#####A
T
T###############################.##################################@##Arial######################################.############### #### ###2

#%#####C#######.##################################@##Arial######################################.############### ########2
#h#####T
############.##################################@##Arial######################################.############### ########2
## ###A
T#######################.##################################@##Arial######################################.############### #####
###2
#######--########.##################################@##Arial######################################.############### ########2
#U#####m=12###########.##################################@##Arial######################################.############### ########2

#U#####The ############.##################################@##Arial######################################.############### #####

###2

######LCS###########.##################################@##Arial######################################.############### #####

###2

######is ##########.##################################@##Arial######################################.############### ########2

######AATCAT################.##################################@##Arial######################################.############### ##### ###2

#;#####.#######.##################################@##Arial######################################.############### #####"###2

#I#####The length of the ########################################.##################################@##Arial######################################.############### #####

###2

#######LCS###########.##################################@##Arial######################################.############### #####

###2

#C#####is ##########.##################################@##Arial######################################.############### ##
##
###2

#\#####6#######.##################################@##Arial######################################.############### #####
###2

#j#####. ########.##################################@##Arial######################################.############### ##
##R###2
*#U#2###The solution is not unique for all pair of strings########
#########################################################################
################.##################################@##Arial######################################.############### #####'###2
*#T#####. Consider the pair (##########
###################################.##################################@##Arial######################################.############### #########2
*#/#####ATTA, ################.##################################@##Arial######################################.############### ########2
H#U#####ATAT############.##################################@##Arial######################################.############### #####(###2
H######). The solutions are ###############################
###############.##################################@##Arial######################################.############### #########2
H#y#####ATT, ATA####################.##################################@##Arial######################################.############### #####=###2
H##$###. In general, for arbitrary pair of
####################################################

#######################.##################################@##Arial######################################.############### #####C###2
f#U#(###strings, there may exist many solutions.################################

####################

#########################.######################################################################################
################################################################################
#############R#o#o#t#
#E#n#t#r#y######################################################dO#
##)#############E#############P#i#c#t#u#r#e#s#####################################################
####################################################C#u#r#r#e#n#t#
#U#s#e#r############################################################
#########################2#########S#u#m#m#a#r#y#I#n#f#o#r#m#a#t#i#o#n##########
#################(##################################################d
%############################################################
############################################################
############################################################
############################################################
######################################################
#########
#########################################################
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#######

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#######################

#################
###############
###
#######

##############################################################################
###!###"#######$###
%###&###'###(###)###*###+###.######

ed#################Design
Template#################Embedded OLE Servers################Slide
Titles############D###########
#######4#######<###############Version######################################_
##########KRUNAL####K#R#U#N#A#L##############################################
################################################################################
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####################################################C#u#r#r#e#n#t#
#U#s#e#r############################################################
###################################S#u#m#m#a#r#y#I#n#f#o#r#m#a#t#i#o#n##########
#################(##################################################d
%######P#o#w#e#r#P#o#i#n#t#
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###########################D#o#c#u#m#e#n#t#S#u#m#m#a#r#y#I#n#f#o#r#m#a#t#i#o#n
###########8###########################################################
####################################################################
################################################################################
####################################################################
############c#r#o#s#o#f#t# #E#q#u#a#t#i#o#n#
#3#.#0#####################################i#######_##############E#q#u#a#t
#i#o#n# ######E#q#u#a#t#i#o#n#.#3#0##,###M#i#c#r#o#s#o#f#t# #E#q#u#a#t#i#o#n#
#3#.#0#####################################j#######f##############E#q#u#a#t
#i#o#n# ######E#q#u#a#t#i#o#n#.#3#0##,###M#i#c#r#o#s#o#f#t# #E#q#u#a#t#i#o#n#
#3#.#0####L###/##

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0DA#########D###G#a#r#a#m#o#n#d#####B##B##6I#LA##4A####0########LA##z[
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#R#o#m#a#n###LA##4A####0########LA##z[
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####`##############0#.################
#########
###@##n#####?###"
##d######d#########@########################## #
#########@#@#########`#`#################################################
################################################################################
########################################

###

######
#######################################################
###############################################################
#######
##############################################################################
###############################################################

#######################################

###############################y###############w###############e###############
#######
###@#######A#######B#######C#######D#######E######################H#######I####
###J#######K#######L#######M#######N#######O#######P#######Q#######R#######S####
###T#######U#######V############################################################
#######################
#####################################################m###############
###############################
################################################################################
#######
#######

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###############################################
#######
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#########################$#########################################$########
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###################<######4###d###d###d###d#######A##<
0B##########################<######4###B###d###B###d#######A##<
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####D###S#i#m#S#u#n###e#w# #B##B######@##@####0########@##z[
0@########D###A#r#i#a#l#####e#w#
#B##B######@##@####0########@##z[ 0@###### ##D###T#i#m#e#s# #N#e#w#
#R#o#m#a#n###@##@####0########@##z[ 0@###################?##

###########%#####V#########V###########.#########################Longest
Common Subsequence### ###################`##############################
############################Definition: The longest common subsequence
or LCS of two strings S1 and S2 is the longest subsequence common between two
strings.
###########################

################################################################################
#####################7#############`########### two strings S1 and S2 is the
longest subsequence common between two strings.
###########################

################################################################################
#####################7#############`##########################################
#######
##################W###########/#########################LCS
Theorem### ###

###############`##############################
############################T#h#e# #L#C#S# # #c#a#n# #b#e# #f#o#u#n#d#
#b#y# #d#y#n#a#m#i#c# #p#r#o#g#r#a#m#m#i#n#g# #f#o#r#m#u#l#a#t#i#o#n#.# #O#n#e#
#c#a#n# #e#a#s#i#l#y# #s#h#o#w#:##T#h#e#o#r#e#m#:# #W#i#t#h# #a# #s#c#o#r#e#
#o#f# #1# #f#o#r# #e#a#c#h# #m#a#t#c#h# #a#n#d# #a# #z#e#r#o# #f#o#r# #e#a#c#h#
#m#i#s#m#a#t#c#h# #o#r# #s#p#a#c#e# #,# #t#h#e# #m#a#t#c#h#e#d#
#c#h#a#r#a#c#t#e#r#s# #i#n# #a#n# #a#l#i#g#n#m#e#n#t# #o#f# #m#a#x#i#m#u#m#
#v#a#l#u#e# #f#o#r# #a# #L#C#S#.##S#i#n#c#e# #i#t# #i#s# #u#s#i#n#g# #t#h#e#
#g#e#n#e#r#a#l# #d#y#n#a#m#i#c# #p#r#o#g#r#a#m#m#i#n#g# #a#l#g#o#r#i#t#h#m#
#i#t#s# #c#o#m#p#l#e#x#i#t#y# #i#s# #O#(#n#m#)# #.##A# #l#o#n#g#e#s#t#
#s#u#b#s#t#r#i#n#g# #p#r#o#b#l#e#m#,# #o#n# #t#h#e# #o#t#h#e#r# #h#a#n#d#
#h#a#s# #a# #O#(#n#+#m#)# #s#o#l#u#t#i#o#n#.# #S#u#b#s#e#q#u#e#n#c#e#s# #a#r#e#
#m#u#c#h# #m#o#r#e# #c#o#m#p#l#e#x# #t#h#a#n# #s#u#b#s#t#r#i#n#g#s#.# ##C#a#n#
#w#e# #d#o# #b#e#t#t#e#r# #f#o#r# #t#h#e# #L#C#S# #p#r#o#b#l#e#m#?# #W#e#
#w#i#l#l# #s#e#e# #&
####"###O#########Z##########Z###########Z#######################F############
#########
######################################b#########M##############################
##############

b##

##################4#######################>#################b#########1#########
########b############## ### #####|##################
###N#################################
###7#################@###############
###1###############
##################X###########0###################################The
optimal alignment is shown above. Note the alignment shows three insert (dark),
one delete green) and three substitution or replacement operations (blue), which
gives an edit distance of 7. But, the 3 replacement operations can be realized
by 3 insert and 3 delete operations because a replacement is equivalent to first
delete the character and then insert a character in its place
like:###n############Z#_###############b#####################332############
####

b##

##############################################################################b
#########
#################f################## ### ####### ### ########### ###
#######$f##$###############$b##$###########(###(###########(###(#######,f##,####
###########,b##,###########0###0######}####0###0########_###############
###7###############
###+###############
###
###############
###+###############
###################
#################Z###########1####################################if
we give a cost of 2 for replace operation and cost of 1 for both insert and
delete operations, the minimum edit distance D can be computed in terms of the
length L of LCS as:
For the above example, n=10, m=12,
L=6. So, D=10 ( 6 insert and 4 delete).
############################L###############################"#################
######################'#################(###################################
################################################################################
##########################################\###########2#####################1
###Direct Computation of LCS by Dynamic
Programming######2###############b#####&###########&#######b#######&######

###

&######

###

&######

###

&#######b#######&###########&#######b#######&###########&####P###########
###################
###################
###################
############################More efficient although the asymptotic
complexity remains the same, O(nm). Let L denote The equations are given below
without proof (which is simple).Again, if we leave suitable back pointers in the
matrix, trace(s) can be derived for the
LCS.###############Z#######b#######C#########################################
####################################################b##############

###

##

####

###

##>####

###

########b###############b#########Y######################################`#####
######
###C#################################
###K###############
###9################################]###########3#####################`###E#x
#a#m#p#l#e# #3#:# #E#d#i#t# #D#i#s#t#a#n#c#e# ###
#
#
#=# #6# #+# #8#
## #2#*#5# # #=# #4# ####L###1#########
#######&#######b#######&###########&######

b##

####&###########&####0###
###############
###################
##################^###########4#########################A Faster
Algorithm for LCS###################################################P###A#n#
#a#l#g#o#r#i#t#h#m# #t#h#a#t# #i#s# #a#s#y#m#p#t#o#t#i#c#a#l#l#y# #b#e#t#t#e#r#
#t#h#a#n# #O#(#n#m#)# # #f#o#r# #d#e#t#e#r#m#i#n#i#n#g# #L#C#S#.# #
#I#m#p#l#i#e#s# #t#h#a#t# #f#o#r# #s#p#e#c#i#a#l# #c#a#s#e#s# #o#f# #e#d#i#t#
#d#i#s#t#a#n#c#e#,# #t#h#e#r#e# #e#x#i#s#t# #m#o#r#e# #e#f#f#i#c#i#e#n#t#
#a#l#g#o#r#i#t#h#m#.##D#e#f#i#n#i#t#i#o#n#:# ##L#e#t# ## #b#e# #a# #s#e#t#
#o#f# #n# #i#n#t#e#g#e#r#s#,# #n#o#t# #n#e#c#e#s#s#a#r#i#l#y#
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#s#u#b#s#e#q#u#e#n#c#e#(#I#S#)# #o#f# ## #i#s# #a# #s#u#b#s#e#q#u#e#n#c#e#
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#I#S#=#(#3#,#4#,#6#,#8#,#1#0#)#,#
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#e#q#u#a#l#s# #t#h#e# #n#u#m#b#e#r# #o#f# #D#S# #i#n# #t#h#e# #c#o#v#e#r#.#
#E#x#a#m#p#l#e#:# ##=#(#5#,#3#,#4#,#9#,#6#,#2#,#1#,#8#,#7#)# #C#o#v#e#r#:#{#
#(#5#,#3#,#2#,#1#)#,#(#4#)#,#(#9#,#6#)#,#(#8#,#7#)#}#.# #C#=###o#f# #D#S#=#4#.#
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#c#o#v#e#r# #w#i#t#h# #a# #m#i#n#i#m#u#m# #v#a#l#u#e# #o#f# #c#.#####F###
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###=##############b###########7#####################/###Determine LIS
and SC simultaneously in O(nlogn)######0###############b#####&#
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#s#i#z#e# #o#f# #a# #c#o#v#e#r# #C# #o#f# ##,# #t#h#e#n# #I# #i#s# #a# #L#I#S#
#o#f# ## #a#n#d# #C# #i#s# #t#h#e# #s#m#a#l#l#e#s#t# #c#o#v#e#r# #o#f#
#s#i#z#e# #c#.# #
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###4##############c###########8#########################Proof##############
T###I#f# #I# #i#s# #a#n# #i#n#c#r#e#a#s#i#n#g# #s#e#q#u#e#n#c#e#,# #i#t#
#c#a#n#n#o#t# #c#o#n#t#a#i#n# #m#o#r#e# #t#h#a#n# #o#n#e# #e#l#e#m#e#n#t#
#f#r#o#m# #a# #d#e#c#r#e#a#s#i#n#g# #s#e#q#u#e#n#c#e#.# ##T#h#i#s# #m#e#a#n#s#
#t#h#a#t# #n#o# #i#n#c#r#e#a#s#i#n#g# #s#u#b#s#e#q#u#e#n#c#e# #c#a#n# #h#a#v#e#
#s#i#z#e# #m#o#r#e# #t#h#a#n# #t#h#e# #s#i#z#e# #o#f# #a#n#y# #c#o#v#e#r# #C#,#
#t#h#a#t# #i#s#,# #i#f# ## # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #
# # # # # # # # # # # # ## # # # # #a# #m#a#x#i#m#u#m# #o#f# #o#n#e#
#e#l#e#m#e#n#t# #f#r#o#m# #e#a#c#h# #c#a#n# #p#a#r#t#i#c#i#p#a#t#e# #i#n#
#a#n#y# #i#n#c#r#e#a#s#i#n#g# #s#e#q#u#e#n#c#e#.# ##T#h#u#s#,# #a#n# #I#S#
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#h#a#v#e# #a# #m#a#x#i#m#u#m# #l#e#n#g#t#h# #o#f# #|#C# #|#=#c#.#
#C#o#n#v#e#r#s#e#l#y#,# #C# #m#u#s#t# #b#e# #t#h#e# #s#m#a#l#l#e#s#t#.# #I#f#
#n#o#t#,# #l#e#t# #c## #b#e# #t#h#e# #l#e#n#g#t#h# #o#f# #a# #c#o#v#e#r# #C##
#s#u#c#h# #t#h#a#t# #|#C## |#=#<# #c# # #i#.#e#.#,# #i#f# #w#e# #d#e#r#i#v#e#
#I#S# #f#r#o#m# #C#,# #i#t# #m#u#s#t# #c#o#n#t#a#i#n# #m#o#r#e# #t#h#a#n#
#o#n#e# #e#l#e#m#e#n#t# #f#r#o#m# #o#n#e# #o#f# #t#h#e# #d#e#c#r#e#a#s#i#n#g#
#s#e#q#u#e#n#c#e# #o#f# #C## ,# #w#h#i#c#h# #i#s# #n#o#t# #p#o#s#s#i#b#l#e#.# #
#H#e#n#c#e# #C# #h#a#s# #t#o# #b#e# #o#f# #s#m#a#l#l#e#s#t# #s#i#z#e#.#
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#################d###########9#########################Construction of
a cover#################G#r#e#e#d#y# #a#l#g#o#r#i#t#h#m# #t#o# #d#e#r#i#v#e#
#a# #c#o#v#e#r#:##S#t#a#r#t#i#n#g# #f#r#o#m# #t#h#e# #l#e#f#t# #o#f# ##,#
#e#x#a#m#i#n#e# #e#a#c#h# #s#u#c#c#e#s#s#i#v#e# #n#u#m#b#e#r# #i#n# ##.# #
#A#p#p#e#n#d# #t#h#e# #c#u#r#r#e#n#t# #n#u#m#b#e#r# #a#t# #t#h#e# #l#e#f#t##m#o#s#t# #s#u#b#s#e#q#u#e#n#c#e# #d#e#r#i#v#e#d# #s#o# #f#a#r# #i#f# #i#t#
#i#s# #p#o#s#s#i#b#l#e# #d#o# #t#h#a#t# #m#a#i#n#t#a#i#n#i#n#g# #t#h#e#
#d#e#c#r#e#a#s#i#n#g# #s#e#q#u#e#n#c#e# #p#r#o#p#e#r#t#y#.# ##I#f# #n#o#t#
#s#t#a#r#t# #a# #n#e#w# #d#e#c#r#e#a#s#i#n#g# #s#u#b#s#e#q#u#e#n#c#e#
#b#e#g#i#n#n#i#n#g# #w#i#t#h# #t#h#e# #c#u#r#r#e#n#t# #e#l#e#m#e#n#t#.# #
#P#r#o#c#e#e#d# #u#n#t#i#l# ## #i#s# #e#x#h#a#u#s#t#e#d#.#######$#########?
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##################e###########:#########################Example#############
#0####=#(#5#,#3#,#4#,#9#,#6#,#2#,#1#,#8#,#7#,#1#0#)#
#D#1#=#(#5#,#3#,#2#,#1#)#,# #D#2#=#(#4#)#,# #D#3#=#(#9#,#6#)#,#
#D#4#=#(#8#,#7#)#,# #D#4#=#(#1#0#)##T#h#e# #a#l#g#o#r#i#t#h#m# #h#a#s# #O#
#(#n#2#)# #c#o#m#p#l#e#x#i#t#y#.# #W#e# #w#i#l#l# #p#r#e#s#e#n#t# #a#n# #O#
#(#n# #l#o#g#n#)# #a#l#g#o#r#i#t#h#m#.##################################

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###############################################L#########################
###############################################################

###############################
##############g###########;#####################1###An Efficient Algorithm
for Constructing the Cover#######2#########2#######&###############@###W#e#
#u#s#e# #a# #d#a#t#a# #s#t#r#u#c#t#u#r#e# #w#h#i#c#h# #i#s# #a# #l#i#s#t#
#c#o#n#t#a#i#n#i#n#g# #t#h#e# #l#a#s#t# #n#u#m#b#e#r# #o#f# #e#a#c#h# #o#f#
#t#h#e# #d#e#c#r#e#a#s#i#n#g# #s#e#q#u#e#n#c#e# #t#h#a#t# #i#s# #b#e#i#n#g#
#c#o#n#s#t#r#u#c#t#e#d#.# ##T#h#e# #l#i#s#t# #i#s# #a#l#w#a#y#s# #s#o#r#t#e#d#
#i#n# #i#n#c#r#e#a#s#i#n#g# #o#r#d#e#r#.# #A#n# #i#d#e#n#t#i#f#i#e#r#
#i#n#d#i#c#a#t#i#n#g# #w#h#i#c#h# #l#i#s#t# #t#h#e# #n#u#m#b#e#r#
#b#e#l#o#n#g#s# #t#o# #a#l#s#o# #i#n#c#l#u#d#e#d#.##P#r#o#c#e#d#u#r#e#
#D#e#c#r#e#a#s#i#n#g# #S#e#q#u#e#n#c#e# #C#o#v#e#r##I#n#p#u#t#:# ##=# # # # # #
# # # # # # # # # # # # # # # # # # # #,# #t#h#e# #l#i#s#t# #o#f# #i#n#p#u#t#
#n#u#m#b#e#r#s#.##O#u#t#p#u#t#:# #t#h#e# #s#e#t# #o#f# #d#e#c#r#e#a#s#i#n#g#
#s#e#q#u#e#n#c#e#s# #D#i# # #c#o#n#s#t#i#t#u#t#i#n#g# #t#h#e#
#c#o#v#e#r#.###############################b#########D################

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###^###############
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###C################################h###########<#########################O(n
logn) Algorithm###F#################################################
#####`####################8#######################################
#######
#########################4###I#n#i#t#i#a#l#i#z#e#:# # #i#!1#;# #
#D#i#=#(#x#1#)#;# # #L#=#(#x#1#,# #i#)# #;# #j#!1#;##F#o#r# #i#=#2# #t#o# #n#
#d#o##S#e#a#r#c#h# #t#h#e# #x#-#f#i#e#l#d#s# #o#f# #L# #t#o# #f#i#n#d# #t#h#e#
#f#i#r#s#t# #x#-#v#a#l#u#e# #s#u#c#h# #t#h#a#t# ## # # # #x#i# #<# #x#.# # #
#& .#t#a#k#e#s# #O#(# #l#o#g#n#)# #t#i#m#e#.##I#f# #s#u#c#h# #a# #v#a#l#u#e#
#e#x#i#s#t#s#,# #t#h#e#n# #i#n#s#e#r#t# #x# #a#t# #t#h#e# #e#n#d# #i#n# #t#h#e#
#l#i#s#t# #D#i# #a#n#d# #s#e#t# #x#i#!x# #i#n# #L#& #T#h#i#s# #s#t#e#p#
#t#a#k#e#s# #c#o#n#s#t#a#n#t# # # #t#i#m#e#.##I#f# #s#u#c#h# #a# #v#a#l#u#e#
#d#o#e#s# #n#o#t# #e#x#i#s#t# #i#n# #L#,# #t#h#e#n# #s#e#t# #j#!j#+#1#.#
#i#n#s#e#r#t# #i#n# #L# #a# #n#e#w# # #e#l#e#m#e#n#t# #(#x#,#j#)# #a#n#d# #
#s#t#a#r#t# #a# #n#e#w# #d#e#c#r#e#a#s#i#n#g# #s#e#q#u#e#n#c#e# #D#j#=#(#x#)#
#E#n#d####P###>#########P#>#########P#%###########P##########P#############P#
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#######

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########b#############################################f###############
#####################E#################
#################y#################'#################################
##################i###########=###################################Lemma: At
any point in the execution of the algorithm the list L is sorted in increasing
order with respect to x-values as well as with respect to identifier value.In
fact two separate lists will be better from practical implementation point of
view.Theorem: The greedy cover can be constructed taking O(nlogn) time. A
longest increasing sequence and a smallest cover thus can be constructed using
O(nlogn)
time.###>######################a##################################b#########8
#######################/#######################5###########`################

b##

######+#########################################################################
##X#############################################################################
#############T################### ##################
###+#################Y################################j###########>###########
##########D###E#x#a#m#p#l#e#:# #
##=#(#5#,#3#,#4#,#9#,#6#,#2#,#1#,#8#,#7#,#1#0#)###############
####################k###########?#####################'###Reduction of LIS
problem to LCS problem###@###(#########
#######&###########&#########&###########&#########&###################Definit
ion: Given sequences S1 and S2, let ri be the number of occurrence of the ith
character of S1 in S2.
(position index in sequence S2: ) 1
2 3 4 5 6 Example:S1=a b a c x and S2= b a a b c a Then, r(1)=3, r(2)=2,
r(3)=3, r(4)=1, r(5)=0 .###############a####################

#############`##################################################################
#$#####################################################################
####

`##

##############
#####`#####################################b############## ###
####### ### #####$`##$#########(###(#####(###(#####(###(
####(###(#####(###(#####(###(#####(###(
####(###(#####(###(#####(###(#####(###(#####(###(#####(###(#####(###(#####(###(#
####(###(#####(###(#####(###(#####(###(######

###############
#####################%######################### #######
########### #######
###################
###################
###f##############l###########@###################################D#e#f#i#n
#i#t#i#o#n#:# ##f#o#r# #e#a#c#h# #d#i#s#t#i#n#c#t# #c#h#a#r#a#c#t#e#r# #x# #i#n#
#S#1#,# #d#e#f#i#n#e# #l#i#s#t#(#x#)# #t#o# #b#e# #t#h#e# #p#o#s#i#t#i#o#n#s#
#o#f# #x# #i#n# #S#2# #i#n# #d#e#c#r#e#a#s#i#n#g# #o#r#d#e#r#.##
#E#x#a#m#p#l#e#:# # # #l#i#s#t#(#a#)#=# #(#6#,#3#,#2#)#;# # #
#l#i#s#t#(#b#)#=#(#4#,#1#)#,# # # #l#i#s#t#(#c#)#=#(#5#)#,# #l#i#s#t#(#x#)#=##
#(#e#m#p#t#y# #s#e#q#u#e#n#c#e#)#.####x############h#########Z#########

#############`##################################################################
######################################################################

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############################m###########A################################|
###D#e#f#i#n#i#t#i#o#n#:# #L#e#t# ## #(#S#1#,#S#2#)# #b#e# #a#
#s#e#q#u#e#n#c#e# #o#b#t#a#i#n#e#d# #b#y# #c#o#n#c#a#t#e#n#a#t#i#n#g#
#l#i#s#t#(#s#i#)# #f#o#r# #i#=#1#,#2#,#& ,#n# #w#h#e#r#e# #n# #i#s# #t#h#e#
#l#e#n#g#t#h# #o#f# #S#1# #a#n#d# #s#i# #i#s# #t#h#e# #i#t#h# #s#y#m#b#o#l#
#o#f# #S#1#.# ##E#x#a#m#p#l#e#:# ## #(#S#1#,#S#2#)#=#
#(#6#,#3#,#2#,#4#,#1#,#6#,#3#,#2#,#5#)#.##################################*##
################################################################################
#######################################################################

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#########################9##############n###########B########################
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#c#o#r#r#e#s#p#o#n#d#s# #t#o# #a# #l#o#n#g#e#s#t# #i#n#c#r#e#a#s#i#n#g#
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#(#S#1#,#S#2#)#=# #(#6#,#3#,#2#,#4#,#1#,#6#,#3#,#2#,#5#)#.# #T#h#e#
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#############################################Arial# ###Garamond#####Times New
Roman#
###Wingdings#####SimSun#####Edge#####Microsoft Equation 3.0#####Longest Common
Subsequence#

###LCS Theorem#####Slide 3#####Slide 4#2###Direct Computation of LCS by Dynamic

Programming#3###Example 3: Edit Distance
= 6 + 8 2*5 = 4 #####A Faster
Algorithm for LCS#####Slide 8#####Slide 9#0###Determine LIS and SC
simultaneously in O(nlogn)#####Proof#####Construction of a
cover#####Example#2###An Efficient Algorithm for Constructing the Cover#####O(n
logn) Algorithm# ###Slide 16#$###Example:
=(5,3,4,9,6,2,1,8,7,10)#(###Reduction of LIS problem to LCS problem# ###Slide
19#
###Slide 20#
###Slide 21#

###############Fonts Us