RUTH CHRISNASARI, STP.

MP
Laboratorium Purifikasi & Biologi
Molekuler
Universitas Surabaya
(PART 3)
Struktur Sekunder DNA
D. Watson dan
Francis H. C.
Crick menyatakan
bahwa DNA
memiliki struktur
double-heliks.
Bentuk umum polinukleotida DNA pada
struktur sekunder:

1. DNA Bentuk B
Umumnya DNA ada pada bentuk B. DNA bentuk B unumnya
ada pada kondisi dengan kelembaban tinggi dengan 10,5
nukleotida per putaran. Pada bagian luar DNA bentuk B, jarak
lipatan pada untai dobel heliks berada pada jarak yang
berbeda, disebut the major groove dan the minor groove.

2. DNA Bentuk A
Pada kelembaban yang rendah atau kadar garam tinggi,
struktur kristalografik B DNA berubah menjadi bentuk A dengan
11 nukleotida per putaran. Struktur ini juga terjadi pada RNA-
DNA dan RNA-RNA heliks. Major groove lebih sempit dan
dalam sedangkan minor groove lebih lebar dan dangkal.
Bentuk umum polinukleotida
pada struktur sekunder:
3. Z DNA
Molekul DNA pendek yang terdiri dari nukleotida purin dan
pirimidin (terutama G dan C) memiliki konformasi left-handed.
Alexander Rich, et al (1979) menyatakan DNA tidak selalu right
handed. Mereka menunjukkan DNA yang mengandung purine
dan pirimidin (poly[dG-dC] poly[dG-dC]):
GCGCGCGC
CGCGCGCG
Dapat membentuk konformasi left-handed. Disebut struktur Z
karena berbentuk zig-zag dilihat dari samping. Memiliki 12
pasangan basa per putaran. Mulanya bentuk Z diduga hanya
ada pada kondisi in vitro karena ditemukan hanya stabil pada
kondisi garam tinggi. Tetapi riset menunjukkan Z DNA dapat
menjadi stabil dalam kondisi fisiologis normal jika basa C
mengalami metilasi menjadi 5-metilcytosin
Left & Right Handed
DNA dapat berbentuk right
handed & left handed,
konformasi ini dipengaruhi
oleh ikatan glikosidik pada
ikatan basa nitrogen pada C1
gula 2-deoksiribosa. Terdapat
2 konformasi ikatan glikosidik
yaitu syn dan anti. Pada right
handed DNA ikatan glikosidik
selalu dalam konformasi anti.
Pada left handed, konformasi
anti pada residu pirimidin dan
konformasi syn pada residu
purin.
Syn & Anti Position
Struktur Sekunder RNA
Di dalam sel E. coli terdapat beberapa
jenis molekul RNA yaitu mRNA, tRNA,
dan rRNA.
Messenger RNA
mRNA adalah RNA yang tersusun atas
struktur primer (linier)
Ribosomal RNA
rRNA tersusun
atas struktur
sekunder RNA
yang kompleks
Ribosome
Unusual Base of RNA
tRNA (RNA-RNA heliks)
See DNA Structure Movie
Struktur Tersier
Seperti polipeptida, polinukleotida dapat
terpelintir (twist) dan terlipat (fold)
menjadi konformasi 3 dimensi yang
distabilkan oleh ikatan nonkovelen.
Walaupun struktur primer DNA dan RNA
mirip, bentuk konformasi 3 dimensinya
sangat berbeda.
Perbedaan struktural ini sangat
berhubungan erat dengan fungsi DNA dan
RNA.
Ada dua bentuk umum nukleotida pada
struktur tersier:
1. Sirkular
Banyak genomik DNA prokariotik dan DNA virus adalah
sirkular. Molekul sirkular DNA juga terdapat di mitokondria,
yang umumnya terdapat pada sel eukariotik dan di
khloroplas yang terdapat di tanaman dan sel eukariotik
uniselular.
2. Supercoiled
Tiap 2 untai molekul sirkular DNA molecule membentuk
struktur yang berdekatan tanpa ujung.

Struktur Tersier
Struktur Tersier DNA
A simple model for the action of bacterial DNA gyrase (topoisomerase II)
Supercoiled dan Sirkular DNA
Gambar Struktur sekunder dan tersier RNA
Duplicated
Chromosomes
Interchelating Agent
Molecule that can insert between the
stacked base pairs of DNA and make
the bases forced apart causing
an unwinding of the helix to a more
ladderlike structure called intercalating
agents.
Ex: ethidium bromide, acridine orange,
and actinomycin D
REAKSI PADA ASAM NUKLEAT
28
Problem:
Phage P1 has a double-stranded DNA with
91,500 bp (91.5 kb).
(a) How many full double-helical turns does this
DNA contain?
(b) How long is the DNA in microns (1 micron =
10
4
)?
(c) What is the molecular mass of this DNA?
(One base pair has a molecular mass of about
660 daltons)
(d) How many phosphorus atoms does the
DNA contain?
Solution
a. One double-helical turn encompasses 10.5 bp. Thus, all we have to do
is divide the total number of base pairs by 10.5:
91,500 bp 1 helical turn/10.5 bp 8710 helical turns.

b. The spacing between base pairs is about 3.4 , or 3.4 10
4
m along
the helical axis, so we just need to multiply the total number of base
pairs by 3.4 104:
91,500 bp 3.4 104 m/bp 31 m.

c. One base pair has a molecular mass of about 660 daltons (D), so we
need to multiply the total number of base pairs by 660 D:
91,500 bp 660 D/bp 6.0 10
7
D (6.0 10
4
kD).

d. Each base pair has two phosphorus atoms, one on each strand.
Therefore, we simply multiply the total number of base pairs by 2:
91,500 bp 2 phosphorus atoms/bp = 183,000
phosphorus atoms.