Vernica Gonzlez Nez

Universidad de Salamanca
11. PLEGAMIENTO DE PROTEINAS
1. Introduccin & consideraciones previas
2. Fuerzas que estabilizan la conformacin proteica
3. Importancia del plegamiento de protenas
4. Enfermedades relacionadas con mal plegamiento de las protenas
5. Hiptesis sobre el plegamiento espontneo de las protenas
6. Los chaperones moleculares en el plegamiento de las protenas
- Protenas de choque trmico (HSP) y chaperoninas
- Otras protenas implicadas en el plegamiento
ESQUEMA. Plegamiento de protenas
Consideraciones sobre la estructura de las protenas
- Las protenas no son estructuras lineales, aunque estn formadas
por una cadena lineal de aminocidos
- La estructura proteica es clave para su funcionalidad
- Las diferentes propiedades qumicas de los son las responsables
de las interacciones entre ellos
INTRODUCCION. CONSIDERACIONES PREVIAS (I)
Estructuradelasprotenas
1.Estructuraprimaria: secuenciaaminoacdica
2.Estructurasecundaria: hlice, lmina, codos, coiled-coil
3.Estructuraterciaria: formacindedominiosproteicos
4.Estructuracuaternaria: asociacinconotrosmonmeros,cofactoresy
gruposprostticos
- El plegamiento comienza durante la traduccin
- Las protenas tienden a adoptar espontneamente la conformacin de
mnima energa (<10 Kcal/mol) en base a su secuencia de aminocidos
para ello, los residuos hidrfobicos se entierran en un ncleo interior
- Las estructuras secundarias ms frecuentes son la -hlice y la -lmina
Causa: son las estructuras que ms aumentan el nivel de compactacin
- Las protenas suelen interaccionar con iones y otras cadenas polipeptdicas
para formar multmeros
Introduccin. Consideraciones previas (II)
A veces las protenas no pueden plegarse per se, y necesitan de otras protenas
Proteinas tutoras o los chaperones moleculares (HSP60 & HSP70)
Los chaperones moleculares colaboran junto con otras protenas en el
plegamiento de las protenas recin sintetizadas, evitando que se plieguen
de forma incorrecta
La mayora de las modificaciones y el plegamiento de las protenas suelen
tener lugar en ER y en la mitocondria
Introduccin. Consideraciones previas (III)
Interacciones no covalentes
Puentes de hidrgeno
Interacciones electrostticas
Fuerzas de Van der Waals (dipolo dipolo)
Interacciones hidrofbicas
Puentes disulfuro interaccin covalente
La interaccion hidrofbica es la fuerza ms importante que dirige el
plegamiento de las protenas
Las interacciones moleculares que estabilizan una protena pueden ser
alteradas por la temperatura, pH y fuerza inica
Desnaturalizacin de protenas
El plegamiento y la desnaturalizacin de protenas son procesos cooperativos
FUERZAS QUE ESTABILIZAN LA CONFORMACION PROTEICA
Una protena sin estructura nativa
- es afuncional
- tiende a agregarse con otras cadenas polipeptdicas
- suele ser degradada
- consume recursos celulares (materia y )
Amiloidosis
Enfermedades relacionadas con plegamientos anmalos de las protenas
Encefalopatas espongiformes causadas por priones
Enfermedades neurodegenerativas hereditarias dominantes
Creutzfeldt-Jakob (CJD), Gerstmann-Strussler-Sheinker (GSS)
Insomnio familiar fatal (FFI)
Enfermedades neurodegenerativas adquiridas
Kuru, variante del Creutzfeldt-Jakob (vCJD)
IMPORTANCIA DEL PLEGAMIENTO DE LAS PROTEINAS (I)
Enfermedad de Alzheimer
Depsitos de -amiloide, formando las placas neurticas
Enfermedad de Parkinson
Depositos de -sinuclena, formando los cuerpos de Lewy
Enfermedad de Huntington
Inclusiones de huntingtina mal plegada
Enfisema hereditario
La
1
-antitripsina se pliega muy lentamente, por lo que no puede bloquear
la accin de su diana, la elastasa, y sta ultima destruye el tejido pulmonar
Anemia falciforme
La hemoglobina alterada HbSC promueve la agregacin de la Hb dentro de
los eritrocitos, disminuyendo su flexibilidad y provocando que adopten una
forma de hoz
Importancia del plegamiento de las proteinas (II)
Prion Proteinaceous infectious particle (PrP)
El nombre procede del scrapie (enfermedad ovina)
Caractersticas de los priones
- glicoprotena hidrofbica de 208 con un GPI-anchor
- se localiza en la superficie de las neuronas
- la alta hidrofobicidad determina la formacin de agregados y el depsito
tipo placas de amiloide
- es el producto del gen endgeno Prn-p sin funcionalidad aparente
(estudios de knock-out en ratones)
Se transcribe con igual intensidad en organismos sanos que enfermos
PRIONES (I)
Mecanismo de accin de los priones
PrP
sc
(infeccioso) cataliza la transformacin del PrP
c
(celular) PrP
sc
PrP
c
y PrP
sc
son qumicamente idnticas
pero de conformacin diferente
PrP
c
: 3% de -lmina y 42% de -hlice
PrP
sc
: 54% de -lmina y 21% de -hlice
(Rogue conformer: modelo especulativo)
Priones (II)
Fuente de la imagen:
RCSB PDB. N. acceso: 1QM0
Estructura delaprotena prinica
humana,fragmento 90 230
Priones (III)
Caractersticas de PrP
sc
- Insoluble
- Resistente a la accin de proteasas
- Tiende a formar agregados
alteraciones autocatalticas en la conformacin tridimensional
- Se deposita en vesculas citoslicas en vez de unir GPI
- Parece que es una forma termodinmicamente ms estable
La proteina PrP
sc
posee un ncleo de 26-30 KDa C-terminal resistente a
proteasas y con estructura mayoritaria de -lmina que se agrega formando
placas tipo amiloide, ltimas responsables de la degeneracin neuronal
Paradoja de Levinthal
Debido a los grados de libertad de una cadena polipeptdica, encontrar el
estado nativo de una protena mediante bsqueda aleatoria entre todas
las configuraciones posibles llevara muchsimo tiempo, mientras que las
protenas se pliegan en nanosegundos
Ejemplo
Polipptido de 100
Si cada pudiera adoptar 2 conformaciones (rotacion de los angulos y ),
sin tener en cuenta las conformaciones de las cadenas laterales:
2
100
10
30
conformaciones
Si la interconversin entre dos conformaciones durase 10
-12
s:
Tiempo para que ocurra el plegamiento: 10
30
* 10
-12
= 10
18
s 10
10
aos
HIPOTESIS SOBRE EL PLEGAMIENTO DE PROTEINAS (I)
Consecuencia
El plegamiento de protenas no puede tener lugar por un proceso de
prueba y error ( trial & error )
Solucin a la Paradoja de Levinthal
El plegamiento de protenas est guiado por la formacin de interacciones
locales entre aminocidos que actan como ncleos de plegamiento
Prueba a favor de esta hiptesis
Se han encontrado estados intermedios en el plegamiento de una protena
Hiptesis sobre el plegamiento de las protenas (II)
Autoensamblamiento
La estructura nativa de una protena viene determinada por su secuencia
de aminocidos, es nica, estable y se corresponde con un mnimo
de energa libre
Hiptesis vlida para protenas globulares
Ejemplo
La ribonucleasa pancretica presenta 4 puentes disulfuro
(Cys
26
-Cys
84
, Cys
58
- Cys
110
, Cys
40
- Cys
95
& Cys
65
-Cys
72
)
Hiptesis termodinmica. Dogma de Afinsen
DesnaturalizacinconureaymercaptoEtOH:sereducenlosenlacesdisulfuro
Renaturalizacin progresiva:seformanlosenlacesdisulfuro correctos
LaRNasa pancreticaserenaturaliza espontneamente
Versin de la hiptesis termodinmica
El estado nativo de una protena se corresponde con un mnimo de
energa libre (G)
Existen mnimos locales que se corresponden con estados parcialmente
plegados que pueden actuar como trampas termodinmicas
Colapso hidrofbico hiptesis del glbulo fundido
La fuerza motora que determina el plegamiento de una protena
es la estabilizacin energtica que se logra secuestrando los residuos
hidrofbicos en el ncleo interior de la protena
Posteriormente, la G se minimiza mediante interacciones no covalentes
entre las cadenas laterales cargadas y contactos polares con el solvente
Hiptesis actual - Folding funnel (I)
Hiptesis actual - Folding funnel (II)
MnimoslocalesdeG
Estadosparcialmenteplegados
Trampastermodinmicas
Estructura nativa
Mnimo aG
E
n
e
r
g

a
%

e
n

l
a

c
o
n
f
o
r
m
a
c
i

n
n
a
t
i
v
a
Glbulo fundido
Inicio deformacin delahlice ycolapso
Intermediarios en
elplegamiento
Glbulo fundido
Al suceder el colapso hidrofbico, la protena adopta una estructura de glbulo
fundido (molten globule)
El glbulo fundido se corresponde con una conformacin con cierta
estructura secundaria pero sin estructura terciaria
El estado en glbulo fundido se corresponde con una serie de intermediarios
enlos que el colapso hidrofbico ya ha tenido lugar, pero no se han
establecido todas las interacciones entre aminocidos
Posteriormente, el glbulo ha de franquear unas barreras de activacin,
transformndose en una serie de intermediarios hasta alcanzar su estado nativo
Hiptesis actual - Folding funnel (III)
Aproximaciones bioinformticas y simulaciones moleculares
- Prediccin de la estructura de una protena
- Importancia en el diseo de frmacos
Plegamiento en varios pasos
1. Formacin de estructuras secundarias (-hlice y -lmina)
Actan como ncleos de plegamiento, estabilizando otras regiones
ordenadas de la protena
2. Formacin de dominios
Por agregacin cooperativa de distintos ncleos de plegamiento
3. Formacin del glbulo fundido
En protenas con varios dominios, dichos dominios se agregan formando un
glbulo fundido
4. Transformacion del glbulo fundido en una estructura terciaria que
adopta la estructura nativa de una protena monomrica
Se logra mediante pequeos cambios conformacionales
5. Adquisicin de la estructura cuaternaria y obtencin de la forma nativa
Estructura cuaternaria exclusivamente en protenas multimricas
Los chaperones moleculares en el plegamiento de protenas (I)
Chaperones moleculares
Protenas que se unen a polipptidos en una conformacin inestable,
facilitando su correcto plegamiento, estado oligomrico destino final
Actan como enzimas al disminuir la barrera energtica que separa el
estado nativo de otros mal plegados aceleran el correcto plegamiento
No contienen informacin sobre modelos particulares de plegamiento, sino
que ayudan a las protenas mal plegadas a encontrar su conformacin nativa
Los chaperones moleculares en el plegamiento de protenas (II)
Presentes en las tres divisiones, Bacteria, Archaea y Eucarya
No todas las distintas familias de chaperones estn presentes en las tres
divisiones, sino que algunas son exclusivas
Los eucariontes presentan ms familias de chaperones y con ms miembros
que las otras dos divisiones. Causas: compartimentacin celular, mayor
diversidad de funciones?
Las protenas en el ER necesitan de las chaperoninas para plegarse, ya que la
alta concentracin de protenas en el lumen del ER dara lugar a interacciones
intermoleculares indeseadas
Agregosoma
Estructura que contiene varios chaperones as como componentes del
proteasoma
PROTEINAS DE CHOQUE TERMICO -HSP- (I)
Situacin de estrs (Q, radicales libres) cadenas polipeptdicas
desnaturalizadas Aumento en la expresin de HSP
HSP se expresan habitualmente en muchos compartimentos celulares
Conservadas durante la evolucin Localizacin y expresin ubicua
FamiliaHSP60 chaperoninas 60
GroEL:enelcitosol debacterias
Hsp60:enlamatrizmitocondrial
ProtenadeuninaRUBISCO:encloroplastos
FamiliaHSP70 estrs70
HSP70:enelcitosol delmamferos
BiP (binding protein):78KDa,enellumendelER
Grp75:enmitocondrias
DnaK:enbacterias
FamiliaHSP90 estrs90
Hsp83:enelcitosol deeucariontes
Grp94:enellumendelERenmamferos
HtgP:enbacterias
Calnexina
Chaperonina anclada a la cara luminal del ER
Se une a protenas glicosiladas, permitiendo su correcto plegamiento
Cuando la protena est plegada correctamente, la glicosilacin se detiene
se eliminan los restos de Glc y la protena se separa de la calnexina
la protena madura est lista para ser exportada al Golgi
Proteinas de choque trmico -HSP- (II)
HSP70
Localizacin ubicua: citosol, mitocondria, cloroplasto, ER, y en bacterias
Se une a protenas que estn siendo sintetizadas por los ribosomas
Se une a pequeos segmentos hidrofbicos, los estabiliza y evita un
plegamiento temprano y la agregacin con otras protenas
Cataliza el plegamiento de novo
Transfiere los polipptidos a otros chaperones, paso al ER, transporte a la
mitocondria etc.
HSP70 es una ATPasa: la unin y separacin de pptidos es ATP-dependiente
Proteinas de choque termico -HSP- (III)
Chaperoninas = ATPasas lentas
ADP-chaperonina: gran afinidad por protenas desnaturalizadas
Unin de un fragmento proteico: ADP ATP
ATP-chaperonina se separa del polipptido
Hidrlisis ATP ADP Nuevo ciclo
El intervalo entre liberacin y unin del polipptido determinado por la
velocidad de hidrlisis del ATP
El plegamiento de la protena viene determinado por las
leyes termodinmicas
La chaperonina simplemente suministra ms tiempo para que el
proceso tenga lugar
CHAPERONINAS
GroEL & GroES (I)
GroEL & GroEs
GroEL
-14 subunidades de 60 Kda
- forman 2 anillos concntricos con 7 subunidades por anillo
- cavidad interior para una protena de 90 KDa
GroES
- 7 subunidades de 10 KDa que forman un anillo
GroEL y GroES
- trabajan conjuntamente en un proceso ATP-dependiente
- encierran a un polipptido desplegado en una cavidad favorable para que
adopte su conformacin nativa
GroEL & GroES (II)
Fuente de las imgenes: RCSB PDB
N. acceso: 1PF9
Estructura deGroEL &GroES
GroEL
GroES
vistalateral vistadesde abajo
Mecanismo de GroEL y GroES
1. GroEL-14 ADPs + GroES se unen a un polipptido desplegado
Las paredes interiores de GroEL abierto son hidrofbicas
Se separan los 14 ADPs y GroES
2. GroEL une 14 ATPs
interaccin polipptido # GroEL
GroES se une a la otra cara de GroEL
Las paredes interiores de GroEL cerrado se vuelven hidroflicas
20s para que se pliegue antes de hidrolizar el ATP
3. Hidrlisis simultnea: ATP ADP + Pi
El polipptido se libera dentro de la cavidad
4. Si el polipptido se ha plegado en su forma nativa, es liberado de la cavidad
Si no es as, se repite el ciclo cuando GroEL gira 180
OTRAS PROTEINAS IMPLICADAS EN EL PLEGAMIENTO
PDIisomerasa Protenaisomerasa delospuentesdisulfuro
Cataliza la interconversin de los puentes disulfuro entre los residuos de
Cys correctos
Posee 3 Cys, una de las cuales ha de estar en la forma SH para ser
catalticamente activa
Mecanismo
La enzima cataliza la rotura aleatoria de puentes disulfuro en los
polipptidosyformandotransitoriamenteenlacesenzima sustrato
La protena retiene las conformaciones termodinmicamente ms estables
hastaqueseobtienelaestructuranativa
Prolil isomerasas (PPIase)
Catalizanlaisomerizacincistrans deenlacesXPro
Trigger Factor (TF): prolil isomerasa bacteriana que suele estar unida a
ribosomas (interacciona con el RNA de la subunidad 50S), interaccionando
conpptidos queestnsiendotraducidos