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UNIDAD 1
AMINOÁCIDOS, PROTEÍNAS y
NUCLEÓTIDOS
Profª. Milagro León
Cátedra de Bioquímica
Facultad de Ciencias Veterinarias
Universidad Central de Venezuela
Objetivos específicos
1. Describir las características estructurales y funcionales de los
aminoácidos
a. Concepto de aminoácido, importancia, estructura general,
isomería y nomenclatura.
b. Criterios de clasificación:
• Presencia en la naturaleza
• Esencialidad nutricional
• Características físico – químicas de la cadena lateral.
c. Propiedades físicas (solubilidad y punto de fusión) y
propiedades químicas (propiedades ácido-básicas, formación
de sales y de ésteres) de los aminoácidos.
2. Describir las características estructurales y funcionales de los péptidos.
a. Formación y características del enlace peptídico.
b. Concepto de péptidos, nomenclatura, representación, ejemplos
e importancia.
3. Describir las características estructurales y funcionales de las
proteínas.
a. Concepto de proteína, ejemplos e importancia.
b. Criterios de clasificación de las proteínas.
• Solubilidad.
• Función biológica.
• Forma.
• Composición.
c. Niveles estructurales de las proteínas. Definiciones,
características, fuerzas que intervienen.
d. Desnaturalización de una proteína. Definición. Agentes
desnaturalizantes.
e. Características estructurales y funcionales de algunas proteínas
de importancia fisiológica. Mioglobina, Hemoglobina, Colágeno,
Queratina, Actina, Miosina, Inmunoglobulinas y Proteínas
plasmáticas
4. Describir las características estructurales y funcionales de los
nucleótidos.
a. Bases nitrogenadas púricas y pirimidínicas: estructura y función.
b. Nucleósidos: estructura y función.
c. Nucleótidos mono, di y trifosfato: estructura y función.
Aminoácidos
Compuestos orgánicos formados por un grupo amino
(NH2) y un grupo carboxilo (COOH).
Algunos aminoácidos se encuentran libres como
neurotransmisores, otros se unen entre sí formando
péptidos como hormonas, o formando proteínas con
múltiples funciones.
Estructura General
COO¯
+
H3N Cα H
R
Formas de los Aminoácidos
COOH COO¯
+
H2N C H H3N C H
R R
Íon híbrido
zwitterión
Predomina a pH fisiológico
Isomerismo de los Aminoácidos
(excepto la glicina)
COO¯ COO¯
+ +
H3N C H H C NH3
CH3 Carbono CH3
asimétrico
L- Alanina D- Alanina
Aminoácidos no proteicos:
todos los demás (ornitina, citrulina, ácido gamma-
aminobutírico (GABA), etc.)
2) Según su capacidad de interaccionar con en
agua:
Apolares neutros
Alifáticos: glicina, alanina, valina, leucina, isoleucina
y prolina.
Aromáticos: fenilalanina, tirosina y triptófano.
Fenilalanina, Phe, F
Serina, Ser, S
Treonina, Thr, T Cisteína, Cys, C
Aspartato, Asp, D
Glutamato, Glu, E
Aminoácidos Básicos:
Histidina, His, H
Lisina, Lys, K
Arginina, Arg, R
3) Esencialidad nutricional
Nutricionalmente esenciales:
no sintetizados por el organismo (valina, leucina, isoleucina,
treonina, metionina, lisina, fenilalanina y triptófano).
Nutricionalmente no esenciales:
pueden ser sintetizados por el organismo (glicina, alanina,
prolina, serina, glutamato, glutamina, aspartato, asparagina).
Nutricionalmente semiesenciales:
a) Sintetizados a partir de aminoácidos esenciales (cisteína, a
partir de metionina y tirosina, a partir de fenilalanina).
R-COOH R-COO¯ + H+
R-NH3+ R-NH2 + H+
pH Ácido pH Básico
pKA -+NH3
pKA Imidazol
pKA -COOH
Equivalentes de ¯OH
Propiedades químicas de los
aminoácidos
1. Formación de sales
Ácido + base sal + agua
2. Formación de ésteres
Ácido + alcohol éster + agua
+
α
Glicina Alanina
Enlace α +
peptídico Agua
Glicilalanina, Gli-Ala, GA
Formación de un dipéptido
HOH
COOH COOH O COOH
H2N C H + H2N C H CN C H
CH3 H CH
H H2N C H 3
• Es un híbrido de
resonancia con electrones
deslocalizados a lo largo
de los enlaces (C – N) y
(C – O).
• Presenta un carácter
parcial de doble enlace.
Representación de los péptidos
1. En zig-zag, con extremo amino a la izquierda.
Carboxilo terminal
O CH2 H O
Amino terminal H
H3N+ C C N C O¯
C N C C
H H H
CH2 O CH2
COO¯ OH
Asp-Tir-Ser DYS Aspartil-tirosil-serina
Nomenclatura de los péptidos
Los péptidos se nombran comenzando por el extremo N y
se les da el sufijo “il” a los aminoácidos excepto al último,
es decir, se nombran como derivados del aminoácido del
extremo carboxilo
Por ejemplo:
Alanil-seril-cisteinil-lisil-fenilalanil-histidil-treonina
SH
O CH2 H H O
C C N C O¯
CH2 N C C
H H
CH2 H O
H3N+ C H
COO¯
Funciones:
Descomposición del H2O2.
Metabolismo de sustancias tóxicas.
Antioxidante intracelular.
Transporte de aminoácidos
Péptidos de importancia fisiológica
Hormonas pancreáticas
Insulina:
Conformada por 2 cadenas, con un total de 51
aminoácidos, responsable de la entrada de
glucosa en las células del tejido muscular y
adiposo.
Glucagón:
Es una cadena de 29 aminoácidos, aumenta los
niveles de glucosa en sangre.
Insulina Humana:
S S
Gli-Ile-Val-Glu-Gln-Cis-Cis-Tre-Ser-Ile-Cis-Ser-Leu-Tir-Gln-Leu-Glu-Asn-Tir-Cis-Asn
S S
S S
Fen-Val-Asn-Gln-His-Leu-Cis-Gli-Ser-His-Leu-Val-Glu-Ala-Leu-Tir-Leu-Val-Cis-Gli-Glu-Arg-Gli-Fen-Fen-Tir-Ter-Pro-Lis-Ala
Insulina Bovina:
S S
Gli-Ile-Val-Glu-Gln-Cis-Cis-Ala-Ser-Val-Cis-Ser-Leu-Tir-Gln-Leu-Glu-Asn-Tir-Cis-Asn
S S
S S
Fen-Val-Asn-Gln-His-Leu-Cis-Gli-Ser-His-Leu-Val-Glu-Ala-Leu-Tir-Leu-Val-Cis-Gli-Glu-Arg-Gli-Fen-Fen-Tir-Ter-Pro-Lis-Ala
Péptidos de importancia fisiológica
Hormonas hipotalámicas
Hormona liberadora de tirotropina (tripéptido).
Hormonas hipofisiarias
Vasopresina u hormona antidiurética:
nonapéptido, promueve la resorción de agua
desde los túbulos renales distales.
Oxitocina:
nonapéptido, promueve la expulsión de leche
de las glándulas mamarias y la contracción
del músculo liso uterino.
Proteínas
Cadenas polipeptídicas de mas de 100
aminoácidos, con estructuras primaria,
secundaria y terciaria por lo menos (algunas
también cuaternaria).
Transporte y almacenamiento
Protección inmune
b) Fibrosas:
Relación longitud/ancho > 10
Insolubles en soluciones salinas acuosas.
Ejemplos: Colágeno, queratina.
2) Según su función
a) Catalítica (enzimas)
b) Transportadoras (hemoglobina, lipoproteínas)
c) Almacenadoras (mioglobina, ferritina)
d) Protectoras (inmunoglobulinas)
e) Estructurales (colágeno)
f) Reguladoras (hormonas, proteínas unidas a ADN)
g) Contráctiles o de movimiento (actina, miosina)
3) Según su composición
a) Simples: formadas solamente por residuos de
aminoácidos.
Ejemplo: Albúmina
Ejemplo:
Mioglobina
Ejemplo:
Hemoglobina (tetramérica)
5) Según su solubilidad
Lys
Lys
Gly Estructura terciaria Estructura cuaternaria
Gly
Leu
Val
Ala
His
Fuerzas que estabilizan los niveles
estructurales de las proteínas
1) Enlaces covalentes (fuertes) compartición de electrones:
a. Enlace peptídico: entre el grupo alfa NH2 de un aminoácido y el
grupo carboxilo de otro aminoácido
b. Enlace disulfuro: entre 2 cisteínas, inter o intra-cadena
Timina
Adenina
Estructura Primaria
Es la secuencia lineal de los residuos de aminoácidos
Las láminas -antiparalelas son más estables debido a que se forman puentes
de hidrógenos colineales
Láminas plegadas beta antiparalelas
Estructuras supersecundarias
Son combinaciones de estructuras secundarias de hélices
alfa y láminas beta
Unidades : Están constituidas por dos láminas -plegadas
paralelas interconectadas por un segmento de -hélice
Unidades : Están constituidas por dos -hélices sucesivas
separadas por un segmento no helicoidal.
Meandros: Están constituidos por láminas -plegadas anti-
paralelas interconectadas por segmentos de
aminoácidos polares y glicina que producen un cambio
brusco de la dirección de la cadena polipeptídica
Barril : Se produce cuando varias configuraciones de láminas
-plegadas se repliegan sobre ellas mismas.
Llave Griega: Se producen cuando una lámina -plegada anti-
paralela se dobla sobre sí misma.
Estructuras supersecundarias
Unidades : Unidades : Meandros:
Puente salino
Interacciones
hidrofóbicas
Puente
disulfuro
Puente de hidrógeno
Estructuras tipo de las proteínas globulares
Predominio Hélices Predominio Láminas Mezcla de Hélices y
Láminas
Estructura Cuaternaria
Es el ensamble de dos o más cadenas polipeptídicas
separadas que se unen por medio de interacciones no
covalentes y por entrecruzamientos covalentes.
1. Interacciones hidrófobas
3. Puentes de hidrógenos
Hemoglobina Inmunoglobulina
Niveles estructurales de la hemoglobina
Lys
Lys
Gly
Gly
Leu
Val
Ala
Estructura Estructura
His terciaria cuaternaria
Estructura
secundaria
Estructura
primaria
Desnaturalización de las proteínas
Pérdida de la estructura tridimensional de la proteína (estructuras
secundaria, terciaria y cuaternaria) por exposición a agentes físicos y/o
químicos.
Dependiendo del grado de desnaturalización, la molécula puede
perder parcial o totalmente su actividad biológica.
Ejemplos:
Queratinas
Colágeno
Elastina
Fibroína
Queratinas
α-QUERATINA: proteína fibrosa estructural.
Dímero enrollado
Protofilamento superenrollado:
Colágeno
Función: Glucoproteína fibrosa estructural del tejido conjuntivo.
Interacciones de
Van der Waals
Abundante en
glicina, (uno de
cada dos residuos
es glicina)
Proteínas Globulares
1. Forma esférica
4. Múltiples funciones
(catálisis, transporte,
regulación, protección),
excepto la función
estructural
Mioglobina Hemoglobina
(monomérica) (multimérica)
Mioglobina
Hemoproteína globular monomérica
Función: Almacena oxígeno en las mitocondrias del
músculo esquelético y cardíaco.
Carboxilo terminal
Amino terminal
Hemoglobina
Hemoproteína polimérica de los eritrocitos
Función: Transporte del oxígeno desde los pulmones hacia los tejidos y del
CO2 y protones desde los tejidos hacia los pulmones para ser
excretados.
Ubicación: Eritrocitos.
Estructura primaria: rica en todos los aminoácidos
Estructura secundaria: 8 alfa hélices (75%).
Estructura terciaria: globular, superficie polar e interior no polar, excepto las 2
histidinas cercanas al grupo hemo. Un grupo hemo en el
centro de cada monómero.
Estructura cuaternaria: tetrámero, 2 cadenas alfa (141 aa) y dos cadenas beta
(146 aa) Fija 4 moléculas de oxígeno (una por cada
Hemo).
Efecto cooperativo: La oxigenación de 1 cadena altera la conformación de la
segunda cadena favoreciendo su oxigenación y así
sucesivamente.
Estructura del grupo hemo
Consta de un anillo de
porfirina, formado por
cuatro pirroles, con un
átomo de Fe+2 en el
centro.
Imagen ampliada del bolsillo del
grupo hemo
Fibrinógeno
Funciones:
a) Ayuda a mantener la presión osmótica de la sangre.
b) Transporta ácidos grasos libres, algunas hormonas esteroideas
por la sangre, bilirrubina y una porción del triptófano plasmático y
una gran variedad de fármacos (aspirina, penicilina G,
sulfonamidas, etc).
c) Fija el calcio (50%) en la sangre y alrededor del 10% de cobre.
Estructura primaria: rica en aminoácidos proteicos.
Estructura secundaria: Predominantemente láminas beta antiparalela.
Globulinas
Proteínas plasmáticas globulares complejas.
Lugar de síntesis: hígado.
Clasificación:
• Alfa-1: lipoproteína de alta densidad (HDL:transporta colesterol)
• Alfa-2: Haptoglobulina, ceruloplasmina (transporte plasmático
de cobre).
• Pre-beta: lipoproteína de muy baja densidad (VLDL:transporte
de triglicéridos).
• Beta-1: Transferrina(transporte plasmático de hierro),
lipoproteína de baja densidad (LDL: transporte de colesterol).
• Gamma: anticuerpos
Inmunoglobulinas plasmáticas
(gamma globulinas)
Glucoproteínas de por lo menos 4 cadenas.
Dominio
variable
Dominio
constante
Tipos de Inmunoglobulinas
El tipo de cadena H determina la clase de la inmunoglobulina.
A 66 KD
B 52 KD
46 KD
Cadena polipeptídica
Fibrinopéptido A
Fibrinopéptido B
Puente disulfuro
Lugar de corte de la Trombina
Actina
Polímero de doble hélice (actina F) de una proteína
globular (actina G)
Sitios de unión:
1. Con el ATP por un monómero de actina G,
conduciendo a la polimerización, hidrolizándose el
ATP.
2. Con la miosina en cada subunidad.
Cola fibrosa
Nucleótidos
Compuestos nitrogenados orgánicos,
formados por una base heterocíclica
aromática, un monosacárido y por lo menos
un ácido fosfórico.
Adenina
(Base aromática nitrogenada)
Ribosa
(Azúcar C5)
Grupos fosfatos
Anillos de Purina y pirimidina
C C
6 N 4
N 1 5 C 7
N 3 5 C
8 C
2 4 9 2 6
C 3 C C 1 C
N
N N
Purina Pirimidina
Bases Nitrogenadas
• Púricas
NH2 O
Adenina Guanina
C N C N
N C HN C
CH CH
HC C C C
N N H2N N N
H H
• Pirimidínicas:
O NH 2 O
C C C CH3
HN
N C
CH N C
CH HN C
C C
CH C C C C
CH
O N O N O N
Uracilo Citosina Timina
O
Bases nitrogenadas
CH3
H3C C N
N C
CH Café
C C Cafeína (1, 3, 7- trimetil-xantina)
O N N
O
CH3
H3C C N
N C
Té CH
Teofilina (1, 7- dimetil-xantina) C C
O N N
O H
CH3 CH3
C N
HN C
CH Cacao
C C
O N N Teobromina (3, 7- dimeti-xantina)
CH3
Bases nitrogenadas poco comunes
NH 2 NH 2
C CH3 C CH2OH
N C N C
C C C C
O N O N
H 5-metil-citosina
H
5-hidroximetil-citosina
H3C CH3
N
O
CH3
C N C
N C N
HN C
CH
CH
HC C
N C C
N N
H2N N
H
Dimeti-Adenina 7-metil-guanina
Conformaciones syn y anti
syn-Adenosina anti-Adenosina
Fórmula de la Base Nombre de la Base Nombre del Nombre del
nitrogenada nitrogenada nucleósido nucleótido
NH2
C
N C
N
Adenosina 5’
CH Adenina Adenosina monofosfato AMP
HC C
N N
H
O
C N
HN C Guanosina 5’
CH Guanina Guanosina monofosfato GMP
C C
H2N N N
H
HN
N
C
C
CH Uracilo Uridina Uridina 5’
monofosfato UMP
C C
CH
O N
NH 2
C Citidina 5’
N C
CH Citosina Citidina monofosfato CMP
C C
O N
C CH3 Timidina 5’
HN C Timina Timidina monofosfato TMP
C C
CH
O N
1. Nucleósidos: 2. Nucleótidos:
Adenosina 5’ monofosfato
Adenosina AMP
Funciones:
• Principal transductor energético.
• Precursor de coenzimas.
• El AMP es componente de los
Adenosina 5’ trifosfato
ATP ácidos nucleicos.
Hidrólisis del ATP para producir energía
Principal
transductor de
energía
Producto y
Sustrato en la
fosforilación oxidativa
Derivados del AMP
Coenzima R R’ R” n
S-Adonosil-
metionina Metionina* H H 0
Adenilatos de Aminoácido
aminoácidos H H 1
3’ 5’ AMPcíclico H H PO3-2
NAD+ H H 2
NADP+ PO3-2 H 2
FAD+ H H 2
CoA~SH H PO3-2 2
Funciones:
• Succinil CoA Succinato (ciclo
Krebs)
• Regulador y fuente de energía para
la síntesis de proteínas.
Guanosina 5’ Trifosfato • El GMP es componente de los
GTP ácidos nucleicos.
Segundos mensajeros
AMPc GMPc
Funciones:
• Interviene en la síntesis de
fosfoglicéridos.
• El CMP es componente de
los ácidos nucleicos.
Citidina 5’ Trifosfato
CTP
Funciones:
• Intervienen en el metabolismo
de los glúcidos.
• Interviene en reacciones de
conjugación del ácido
glucurónico.
• El UMP es componente del
Uridina 5’ Trifosfato ARN.
UTP
Timidina Timidina 5’ Trifosfato
TTP
Función:
• El TMP es componente del ADN.
ACIDOS NUCLEICOS
Polímeros de nucleótidos monofosfatos púricos y pirimidínicos, unidos
por enlaces fosfodiester.
ribosa Desoxirribosa
ARN ADN
Ácido ribonucleico Ácido desoxirribonucleico
Comparación entre el ADN y el ARN
ACIDO DESOXIRRIBONUCLEICO
(DNA)
5´
3´
3´ 5´
ADN circular
Apareamiento de bases en el ADN