Professional Documents
Culture Documents
1
2
DENUMIRE AMINOACID
STRUCTURA (la pH neutru)
Grupari R nepolare (hidrofobice)
Glicina (Gly)
Alanina (Ala)
Valina (Val)
Leucina (Leu)
Isoleucina (Ile)
Prolina (Pro)
Metionina (Met)
3
Fenilalanina (Phe)
Triptofan (Trp)
Serina
(Ser)
Treonina
(Thr)
Tirozina
(Tyr)
Cisteina
(Cys)
4
Asparagina
(Asn)
Glutamina
(Gln)
Acid glutamic
(Glu)
5
Lizina
(Lys)
Arginina
(Arg)
Histidina
(His)
6
Catena
laterala
7
SISTEME DE CLASIFICARE A AMINOACIZILOR
8
Clasificarea aminoacizilor în funcţie de polaritate
9
monoaminodicarboxilici
Asp, Glu, Gln, Asn
diaminomonocarboxilici
Lys, Arg
- aminoacizi ciclici aromatici: Phe, Tyr
heterociclici: Trp, His, Pro
10
reacţiona cu alte grupări electrofile. Metionina este prezentă în gelatină şi în
keratine. Are rol de metilant (donor de grupare –CH3) în procesele metabolice.
11
Tirozina(Tyr)- are în structură o grupare fenilică. Gruparea ei hidroxil are
un caracter slab acid, ca şi al fenolului, putând forma legături de hidrogen şi este
o grupare funcţională importantă a unor enzime, găsindu-se în situsul catalitic
activ al acestora. Tyr este unul dintre cei mai răspândiţi aminoacizi naturali. Se
caracterizează prin slabă solubilitate în apă. Tyr are o deosebită însemnătate în
organismele animale prin faptul că poate forma adrelină, tiroxină şi tiramină.
CH2-SS- CH2
CH-NH2 CH-NH2
COOH COOH
12
parcursul proceselor de putrefacţie (sub acţiunea bacteriilor) trece în diamina
corespunzătoare, cadaverina.
H
N
COOH
HO
4-hidroxi-prolina
13
6 5 4 3 2 1
NH2-CH2-CH-CH2-CH2-CH-COOH
OH NH2
5-hidroxi-lizina
H2N COOH
CH
N 2)4
(CH
H2N
N
+ NH2
CH (CH2)4 (CH2)4 CH
HOOC COOH
(CH2)
CH
H2N COOH
Izodezmozina
H2N COOH
CH
N 2)4
(CH NH2
H2N
N
+
(CH2)4 CH COOH
CH (CH2)4
HOOC
(CH2)4 CH COOH 14
NH2
Din hidrolizatele unor proteine moleculare s-au separat:
3-metil-histidina şi ε -N-metil-lizina.
3-metil-histidina
CH 3
N CH 2 CH COOH
NH 2
NH-(CH2)4-CH-COOH
CH3 NH2
ε -N-metil-lizina
CH2-Se-H
Stereochimia aminoacizilor
15
legate la atomul de carbon sunt identice, atunci şi imaginea în oglindă este
aceeaşi.
Stereoizomerii aminoacizilor
În cazul tuturor aminoacizilor standard, cu excepţia Gly, atomul de carbon
α este legat la 4 grupări diferite:
- o grupare carboxil;
- o grupare amino;
- o grupare R (în cazul Gly R=H);
- un atom de H.
Existenţa a 4 substituenţi diferiţi la atomul Cα îi determină acestuia
structura unui centru de asimetrie sau centru chiral, iar aminoacizilor le conferă
activitate optică, adică capacitatea de a roti planul luminii polarizate. Activitatea
optică este o caracteristică a substanţelor ce conţin atomi de carbon hibridizaţi
sp3 (simetrie tetraedrică).
Datorită aranjamentului tetraedric al orbitalilor în jurul atomului Cα, cele 4
grupări diferite pot ocupa 2 tipuri de aranjări spaţiale, care sunt imagini în
oglindă una pentru cealaltă (imagini nesuperpozabile), respectiv o pereche de
enantiomeri.
Activitatea optică, cuantificată prin rotaţia planului luminii polarizate la
trecerea prin soluţia substanţei respective, a fost măsurată mult înainte ca
structura tridimensională a moleculelor să poată fi determinată prin metode ca
raze X, cromatografie, RMN. Determinarea experimentală a activităţii optice a
evidenţiat posibilitatea ca soluţiile de aminoacizi să rotească planul luminii
polarizate spre dreapta (d) sau spre stânga (l).
Din punct de vedere istoric, notaţiile d şi l au fost utilizate iniţial pentru
desemnarea activităţii optice a aminoacizilior astfel:
- molecule dextrogire (d) sau prefix (+) în cazul în care rotesc planul
luminii polarizate în sensul acelor de ceasornic când se priveşte dinspre sursa de
lumină;
- molecule levogire (l) sau prefix (-) în cazul în care rotesc planul luminii
polarizate în sensul invers acelor de ceasornic.
O măsură cantitativă a activităţii optice a unei molecule este rotaţia
specifică:
[α] 25D = rotaţia determinată (grade) / l·c
l = lungimea drumului optic parcurs de lumină;
c = concentraţia soluţiei, în g/100 ml;
250C = temperatura la care s-a realizat determinarea;
D = linia D a spectrului sodiului (589,3mm) = lumina monocromatică a
polarimetrului
16
Configuraţia absolută a grupărilor (aranjamentul spaţial) din jurul unui
centru asimetric a fost stabilită în 1891 de Emil Fischer, convenţional în raport
cu gliceraldehida.
Astfel, simbolurile „D” şi „L” au fost asociate cu configuraţia absolută a
unei substanţe de referinţă, aleasă în mod arbitrar dar ceea ce trebuie subliniat
este faptul că este vorba de desemnarea corectă a configuraţiei absolute a
formelor dextro şi levo ale gliceraldehidei. (Gliceraldehida este structură cu 3
atomi de carbon având un atom de carbon chiral central, ceea ce determină
existenţa celor 2 enantiomeri „D” şi „L”, în funcţie de activitatea lor optică
determinată de planul luminii polarizate ce trece prin soluţia unuia dintre cei 2
stereoizomeri).
Stereoizomerii (+) şi (-) ai gliceraldehidei au fost notaţi D, respectiv L.
17
- atomul de C asimetric (Cα) al unui α-aminoacid este aliniat cu atomul de
C asimetric (C2) al gliceraldehidei.
- grupările chimice similare din cele 2 structuri sunt orientate în mod
similar; astfel gruparea –COOH a aminoacidului este aliniată paralel cu gruparea
aldehidică (-CHO) a gliceraldehidei, gruparea α-NH2 a aminoacidului este
aliniată paralel cu gruparea hidroxil (-OH) ce se leagă de atomul de carbon al
gliceraldehidei.
- grupările variabile ale aminoacidului, respectiv radicalii R, sunt aliniaţi
cu gruparea metanol (-CH2-OH) a gliceraldehidei.
În această configuraţie, gruparea α-NH2 a oricărui L-aminoacid este
localizată în partea stângă şi din punct de vedere spaţial deasupra Cα, întocmai cu
gruparea OH legată de carbonul secundar (asimetric) al L-gliceraldehidei. În
mod similar, se procedează în cazul D-aminoacizilor.
18
În concluzie, L-aminoacizii vor avea gruparea amino pe aceeaşi parte ca
gruparea OH a L-gliceraldehidei, respectiv gruparea amino în partea stângă. D-
aminoacizi se află în acelaşi raport cu D-gliceraldehida, deci gruparea amino în
partea dreaptă.
19
Pe lângă izomerii D- şi L-, există şi izomerul meso. Dacă formele D- şi L-
se află într-un raport ca un obiect cu imaginea lui în oglindă, forma meso are un
plan de simetrie internă care dă naştere unei compensaţii intramoleculare ce
conduce la pierderea activităţii optice. Izomerul meso nu există în natură. Forma
meso indică aminoacizii şi derivaţii lor care, deşi conţin grupări chirale, sunt
achirali.
Un amestec echimolar de compuşi D şi L este un amestec racemic şi este
desemnat prin prefix DL sau prin prefix rac- sau prin prefix [+/-].
La fel ca şi izoformele gliceraldehidei, aminoacizii sunt optic activi. În
general, soluţiile pure ale oricărui aminoacid standard vor roti planul luminii, la
fel ca stereoizomerii gliceraldehidei. Totuşi, nu toţi L-aminoacizii sunt levogiri,
iar direcţia de rotaţie a luminii corespunzătoare unui anumit aminoacid depinde
de structura sa particulară într-un mod greu previzibil. Cu alte cuvinte, unii
aminoacizi sunt levogiri în timp ce alţii sunt dextrogiri din complicate
considerente structurale.
În concluzie, aminoacizii standard sunt L-aminoacizii indiferent de
proprietăţile lor optice particulare, structură bazată pe omologia lor structurală cu
L- şi D-gliceraldehida.
O moleculă poate avea, însă, mai multe centre asimetrice. Pentru astfel de
molecule, termenii de stereoizomerie şi izomerie optică se referă la moleculele
cu configuraţii diferite la cel puţin unul dintre centrele lor chirale. Deoarece
fiecare centru asimetric dintr-o moleculă chirală poate avea 2 configuraţii
posibile, o moleculă cu n centre chirale poate avea 2n stereoizomeri diferiţi şi 2n-1
perechi de enantiomeri
Pentru moleculele cu mai mult decât un centru asimetric se recomandă
folosirea convenţiei CAHN, INGOLD şi PRELOG, introdusă în 1956, în care
cele 4 grupări substituente ale unui centru chiral sunt considerate printr-o schemă
20
de prioritate specifică pe baza numărului atomic al atomului legat direct de
atomul de carbon asimetric, respectiv descreşterea numărului atomic.
Acest sistem utilizează simbolurile R (rectus-dreapta) şi S (sinister-
stânga).
Configuraţiile R şi S sunt desemnate astfel:
- pornind de la legătura cu substituentul ce are cea mai mică prioritate (cel
mai mare număr atomic), configuraţia R se regăseşte când ceilalţi 3 substituenţi
sunt aranjaţi (în ordine descrescătoare) în sensul acelor de ceasornic;
- forma S corespunde formei moleculare când substituenţii sunt aranjaţi în
sensul invers acelor de ceasornic.
Câteva din regulile de determinare ale configuraţiei R/S:
Grupuri prioritare: SH>OH>NH2>COOH>CHO>CH2OH>C6H5>CH3>H
Grupări mai mari sunt aranjate (ordonate) în funcţie de punctele lor de divergenţă
(respectiv de atomii ce îi deosebesc), de ex: CH2-CH2-OH, deoarece numărul
atomic al S>numărul atomic al O.
Dacă definirea stereochimiei izomerilor L şi D este într-o anumită măsură
intuitivă, bazându-se pe similitudinile dintre grupările chimice a 2 tipuri de
molecule, acest sistem (conversia R-S) este mai riguroasă şi este recomandată
pentru analiza detaliată a stereochimiei.
Conform acestei convenţii, D-gliceraldehida poate fi descrisă ca R-
gliceraldehidă, iar L-gliceraldehida ca S-gliceraldehidă.
În consecinţă, configuraţia L pe care o posedă aminoacizii chirali din
proteine, corespund aproape întotdeauna formei S din sistemul R/S, deoarece
în cazul majorităţii aminoacizilor, ordinea priorităţilor grupărilor din jurul C2
este: NH+3, COO-, R, H.
În cazul sistemului R/S, modificarea unui singur substituent poate
modifica ordinea, respectiv desemnarea izomerului. Acest lucru se întâmplă în
cazul L-cisteinei şi L-cistinei, când gruparea R precede COOH deoarece numărul
atomic al sulfului ataşat la C3 este mai mare decât cel al oxigenului ataşat la C.
Din această cauză, Cys şi Cys-Cys fac excepţie de la regula generală a
aminoacizilor standard, care sunt de tip 2S, aceşti 2 aminoacizi fiind de tip 2R.
L – cisteina Glicina
21
Treonina şi izoleucina au câte 2 centre chirale şi deci 22= 4 stereoizomeri
posibili, având şi la C3 un carbon asimetric.
Configuraţia absolută a Thr din proteinele normale, respectiv a L-Thr, este
L – treonina L - izoleucina
Importanţa enantiomerilor
Toţi α-aminoacizii obţinuţi prin hidroliza proteinelor au configuraţia
stereochimică L, dar nu toţi L-aminoacizii sunt levogiri. De ex., în hidrolizatele
proteice se regăsesc L (+)-Ala, L (+)-Val, L (+)-Ile, dar L (-)-Leu, L (-)-Phe,
L (-)-Ser.
În cele mai multe cazuri, enantiomerii au proprietăţi fizice şi chimice
identice. Totuşi, diferenţele dintre cei 2 enantiomeri pot avea un impact imens, în
22
special în cazul sistemelor biologice, deoarece multe molecule biologice
importante sunt chirale.
Cum toţi aminoacizii naturali există într-una sau alta din formele de
enantiomeri, prin extensie, toate proteinele şi enzimele sunt de asemenea chirale.
Distincţia dintre cei 2 enantiomeri este de multe ori critică din punct de
vedere a supravieţuirii organismului, încât există unele microorganisme care
utilizează D-aminoacizi pentru sinteza unor peptide ce sunt toxice pentru alte
organisme.
Astfel, D-aminoacizii sunt importanţi în structurile multor antibiotice, de
tipul bacitracinei, gramicidinei, actinomicinelor.
Rinichii animalelor au capacitatea de a distruge D-aminoacizii, eliminând
orice posibilitate de sinteză a unor peptide toxice.
D-aminoacizii sunt legaţi de 2 probleme biologice majore: cancerul şi
senescenţa:
- s-a pus în evidenţă că proteinele tumorale conţin D-aminoacizi;
- s-a emis ipoteza că menţinerea gradului de puritate a izomerilor optici
este în corelaţie cu vârsta şi vitalitatea organismului animal.
23
Aceste transformări se întâlnesc şi în cazul hidrolizei acide sau alcaline a
proteinelor când aceşti aminoacizi suferă modificări chimice sau sunt racemizaţi.
De remarcat faptul că triptofanul pur în soluţii acide este stabil, în timp ce
în amestecuri sau în hidrolizatele proteice se oxidează.
Aminoacizii sunt substanţe cu caracter amfoter datorită prezenţei
concomitente în moleculă a unei grupări funcţionale acide (-COOH) şi a unei
grupări funcţionale bazice (-NH2). De aceea, moleculele de aminoacizi au
structura unor amfioni bipolari de forma:
R
+
H3N-CH-COO-
Existenţa ionului bipolar explică utilizarea aminoacizilor pentru prepararea
soluţiilor tampon:
R R
+
- - +
H3N-CH-COO + (Cl ) + H3O H3N-CH-COOH + H2O + (Cl-)
Acid Acid slab Bază
Bază tare
tare slabă
R R
+
H3N-CH-COO- + (Na+) + OH- H2N-CH-COO- + H2O + (Na+)
Acid tare Bază tare Bază slabă Acid slab
Proprietăţile acido-bazice
24
descrisă de ka =[ A-]· [ H+]/ [ HA ](1)
Logaritmând ecuaţia se obţine: log ka= log [H+] + log [A-] /[HA] (2)
25
Valoarea pH-ului soluţiei aminoacizilor are un efect major asupra
maximului de absorbţie, de aceea dozările spectrofotometrice se realizează în
soluţii alcaline.
Punctele de intersecţie ale curbelor de absorbţie sunt la 257nm şi 294nm.
La aceste puncte, valorile extincţiei sunt proporţionale cu conţinutul total de Tyr
şi Trp.
La 280nm, concentraţia celor 2 aminoacizi poate fi calculată după formula
lui GOLWIN şi MORTON:
E280= y EM1+ (x-y) EM2
unde x = moli totali/l
y = moli Tyr/l
(x-y) = moli Trp/l
EM1 Şi EM2 = extincţiile molare ale Tyr şi Trp în soluţie alcalină (0,1N la
280nm).
Întrucât majoritatea proteinelor conţin resturi de Tyr, determinarea DO280nm
a unei soluţii proteice reprezintă o metodă de determinare a concentraţiei
proteice.
26
Din punct de vedere biochimic, o reacţie importantă este cea de
decarboxilare a aminoacizilor cu formare de amine. In vivo, reacţia are loc sub
acţiunea enzimelor specifice, decarboxilaze, care sunt piridoxal-5-fosfat
dependente.
De exemplu, prin decarboxilarea histidinei se obţine histamina, care este
implicată în reacţiile alergice. Histamina este un agent vasodilatator, creşte
permeabilitatea vaselor sanguine provocând pierderea proteinelor din plasmă în
spaţiul extracelular, creşte viteza bătăilor inimii, scade presiunea arterială. Forma
acută a acestor simptome se numeşte şoc histaminic.
+
NH3
27
Aminoacizii reacţionează cu dioxidul de carbon. Această reacţie se
regăseşte în cazul funcţiei hemoglobinei de transport a acestui gaz de la ţesuturile
periferice la plămâni.
NaOH
- +
R-CH-COO Na + CO2 R-CH-COO-Na+
NH2 NH-COO-Na+
derivat carbamino
Grupările α-amino ale aminoacizilor reacţionează reversibil cu aldehidele,
formând compuşi numiţi baze Schiff, care apar ca intermediari ai unor reacţii
enzimatice în cazul în care substratul este un compus carbonilic, iar enzima are
în centrul catalitic activ un rest de lizină. Baza Schiff poate fi redusă în prezenţa
LiBH4, formându-se un produs separabil, ceea ce în cazul particular al
compusuui intermediar dintre substrat şi enzimă permite separarea complexului
E-S.
R’-CH=O + R-CH-NH2 →R-CH-N=CH-R’ +H2O
COOH COOH
CH2-SH CH2-S-HgCl
28
Reacţii de identificare a aminoacizilor
a) Reacţia cu acidul azotos (metoda van Slyke) (vezi „Reacţii ale grupării
amino”)
Obs. În cazul glicinei (un aminoacid alifatic) se
constată o puternică eliberare de azot gazos
În cazul tirozinei (un aminoacid aromatic) se
formează, într-o primă etapă, o sare de diazoniu, care prin încălzire se
descompune în azot şi acid p-hidroxifenilen beta lactic.
R R R H
29
- concomitent, ninhidrina este redusă; ninhidrina redusă condensează cu un al
doilea mol de ninhidrină şi reacţionează cu amoniacul eliberat pe parcursul
reacţiei de dezaminare a aminoacidului, formând o substanţă purpurie ce are
absorbţia maximă la 570nm. Prolina formează un compus galben cu maxim de
absorbţie la 440nm.
O
O O
OH H+ H OHH
+
OH
OH OH
O
O O
ninhidrina ninhidrina redusa a doua molecula
de ninhidrina
-H2O
O OH
O NH3 O
HO
O N
-H2O
O O O O
4) Reacţia cu prolina
O
O H
N +
OH
COOH N + CO2
+
OH
O O-
30
Reacţia aminoacizilor cu ninhidrina este foarte sensibilă şi este
frecvent utilizată pentru identificarea aminoacizilor.
Deoarece absorbţia este proporţională cu cantitatea de aminoacid
prezent în probă, această reacţie furnizează o metodă colorimetrică de dozare
cantitativă a aminoacizilor.
31
Metode de determinare cantitativă a aminoacizilor
Metode microbiologice
Multe microorganisme cresc şi se dezvoltă pe medii ce includ cantităţi
adecvate de aminoacizi, vitamine, săruri, baze purinice şi pirimidinice.
Multe bacterii cresc cu o viteză scăzută când unul dintre aminoacizii
esenţiali este prezent în cantităţi mai mici decât cea optimă. Pornind de la această
constatare experimentală, se poate determina cantitativ un aminoacid în
următorul mod:
- I experienţă: se realizează un studiu al variaţiei
vitezei de creştere a unei bacterii în funcţie de diferite cantităţi cunoscute din
aminoacidul ce urmează a fi determinat;
- II experienţă: se determină viteza de creştere a
bacteriei în medii în care s-au introdus cantităţi variabile dintr-un amestec de
aminoacizi ce conţin şi aminoacidul ce urmează a fi determinat;
- calcularea rezultatelor: prin compararea vitezelor
de creştere în cele 2 tipuri de experienţe se poate calcula cantitatea de aminoacid
din amestec.
Viteza de creştere a unei bacterii în mediu lichid poate fi determinată prin
măsurarea creşterii turbidităţii suspensiei celulare în mediul de cultură sau prin
determinarea concentraţiei unui produs al metabolismului ei.
Metode enzimatice
Cele mai precise şi sensibile metode de dozare a aminoacizilor utilizează
enzime ce caracterizeză transformarea unui singur aminoacid (chiar a unui singur
stereoizomer al acestuia), cum ar fi decarboxilazele şi dezaminazele.
decarboxilazaza
NH2
aminoacid amină
dezaminază
R-CH-COOH + A + H2O R-C=O + NH3 + AH2
NH2 COOH
cetoacid
32
Metode cromatografice
Metoda cromatografică este o metodă fizico-chimică de separare a unor
amestecuri lichide sau gazoase în zone separate spaţial şi se bazează pe diferenţa
funcţiilor de repartiţie a substanţelor între 2 faze: lichid-lichid, lichid-gel, gaz-
lichid la suprafaţa unei faze solide.
Repartiţia între 2 faze se repetă în mod continuu în diferitele puncte ale
fazei staţionare prin care curge amestecul ce trebuie separat.
În cazul aminoacizilor se folosesc 2 tipuri de cromatografii:
cromatografia pe hârtie şi cromatografia în strat subţire. Cele 2 metode
cromatografice sunt similare atât din punct de vedere al principiului metodei, cât
şi din punct de vedere experimental, diferenţa constând în natura fazei staţionare
(suportul) care în primul caz este hârtia cromatografică (de obicei hârtie
Whatmann 1,2,3), iar în cel de-al doilea caz este un oxid de siliciu (de obicei,
Silicagel).
După direcţia de migrare se deosebesc mai multe tipuri de
cromatografie:
- ascendentă: când solventul migrează de jos în
sus;
- descendentă: când direcţia de migrare a
solventului este de sus în jos;
- radială şi sferică: când se utilizează rondele de
hârtie sau sfere compacte ale acesteia.
După numărul de migrări ale solventului:
- cromatografie unidimensională
- cromatografie bidimensională (solventul migrează în două direcţii
diferite şi perpendiculare una pe alta).
Etape ale cromatografiei
1. obţinerea amestecului de aminoacizi (de exemplu prin extracţii de
material vegetal sau din ser)
2. aplicarea probelor (0,2-0,4mg proteină)
3. irigarea hârtiei sau plăcii cromatografice cu un amestec de solvenţi,
care reprezintă faza mobilă
4. uscarea cromatogramelor
5. revelare cu o soluţie de ninhidrină 0,2-0,3% în alcool 960 prin
pulverizare.
6. uscare
7. determinare calitativă: spoturile colorate ce apar corespund
diverşilor aminoacizi din amestecul de analizat. Identificarea aminoacizilor se
face prin determinarea valorii Rf (factor de retenţie)
33
Rf = distanţa parcursă de o componentă a
amestecului/distanţa parcursă de frontul solventului
Pentru un compus, valoarea Rf reprezintă în condiţii bine standardizate o
constantă caracteristică prin care se poate identifica un anumit aminoacid prin
determinarea experimentală a valorii Rf şi compararea acesteia cu valorile din
tabele sau prin comparare cu un standard sau etalon al aminoacidului pur
respectiv, ce a fost tratat în mod similar cu amestecul de analizat.
Deoarece unii aminoacizi au în anumite amestecuri de solvenţi valori Rf
foarte apropiate, separarea lor necesită realizarea unei cromatograme
bidimensionale, folosind succesiv 2 solvenţi de irigare diferiţi, astfel aleşi încât
unul din cei 2 compuşi să aibă valori Rf diferite în unul din solvenţi.
8. determinarea cantitativă se face prin eluţia petelor (spoturilor) şi
anume: pe hârtia cromatografică se depunde fiecare probă în dublu exemplar, iar
după irigare se developează numai una, obţinându-se spoturi corespunzătoare
aminoacizilor. Probele nedevelopate se identifică prin comparaţie cu nivelul
spoturilor colorate, se taie şi se eluează în eprubete cu apă distilată, la
temperatura camerei timp de 15 minute. Probele se tratează cu CdCl2.
Eluţia se mai poate realiza şi după developarea cu ninhidrină.
34