LAPORAN PRAKTIKUM

BIOLOGI MIKROBA TROPIS

Oleh

KURNIAWAN
NIM. P2BA09003

PROGRAM STUDI MAGISTER BIOLOGI

PROGRAM PASCA SARJANA
UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
PURWOKERTO
2010

1
 KATA PENGANTAR

Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT sehingga penulis dapat
menyelesaikan penyusunan laporan praktikum biologi mikroba tropis program studi S 2 Biologi
Universitas Jenderal Soedirman ini yang sempat tertunda sekian lama.
Pada kesempatan kali ini penulis ingin menyampaikan ucapan terima kasih kepada Dosen
Pengampu Mata Kuliah Biologi Mikroba Tropis yaitu Prof. Agus Irianto Ph.D. Tidak lupa pula
ucapan terima kasih penulis tujukan kepada dua Asisten Praktikum Biologi Mikroba Tropis yaitu
Mba Yohana dan Arief Mulyanto yang telah dengan penuh dedikasi mengarahkan kami dalam
pelaksanaan praktikum ini.
Penyusunan laporan praktikum ini telah diusahakan sesuai dengan aturan penulisan
laporan yang telah ditetapkan baik tentang sistematika maupun isi laporan. Mengenai isi laporan
telah diupayakan sesuai dengan tujuan acara praktikum dengan didasarkan pada berbagai sumber
referensi yang relevan.
Akhirnya penulis berharap semoga laporan ini bisa memberikan sedikit manfaat bagi
studi biologi sel molekuler. Amin.

Purwokerto, Maret 2010

ttd

Penulis

2
 LEMBAR PENGESAHAN

LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MIKROBA TROPIS

PROGRAM STUDI S 2 BIOLOGI
PROGRAM PASCA SARJANA
UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN

Oleh
KURNIAWAN
P2BA09003

Diajukan sebagai salah satu kelengkapan penilaian mata kuliah Biologi Mikroba Tropis

Disetujui dan disahkan

Pada tanggal .................................

Asisten Praktikum

................................

3
 DAFTAR ISI

Kata Pengantar ....................................................................................................... 2

Lembar Pengesahan ............................................................................................... 3
Daftar Isi ................................................................................................................ 4
I. Asosiasi Mikroba – Tumbuhan (Bakteri Endofit) ....................................... 5
II. Mikroba di Lingkungan Tanah dan Penggunaan Metode Identifikasi Cepat 11

4
 I. ASOSIASI MIKROBA – TUMBUHAN (BAKTERI ENDOFIT)

1. Landasan Teori
Mikroba dapat kita jumpai pada seluruh lingkungan baik lingkungan normal
maupun ekstrim. Setiap mikroba membutuhkan kondisi lingkungan tertentu terkait dengan
karakter morfologi dan biokimia (metabolisme) yang dimilikinya. Oleh karena itu,
lingkungan hidup suatu mikroba akan berbeda – beda dan ada kalanya hanya spesifik untuk
mikroba tertentu.
Dalam suatu lingkungan, tidak dapat dihindari bahwa mikroba akan selalu
berinteraksi dengan organisme lain baik itu dari kelompoknya sendiri maupun dari
kelompok lain. Kondisi lingkungan yang kompleks telah membentuk suatu pola interaksi
diantara organisme yang ada di dalamnya.
Mikroba memiliki berbagai peran penting dalam suatu ekosistem. Peran ini bisa
diemban dalam kapasitasnya sebagai organisme tunggal (sel atau koloni) maupun dalam
kaitannya sebagai organisme yang memiliki kebutuhan dan kemampuan untuk berinteraksi
dengan organisme lain.
Proses interaksi akan terjadi secara kompleks yang melibatkan berbagai faktor
fisiologis, anatomis, perilaku dan lainnya. Semua itu terjadi dalam rangka untuk
menciptakan keseimbangan ekosistem untuk menjamin keberlangsungan kehidupan.
Interaksi diantara dua organisme secara umum disebut dengan simbiosis, yaitu
suatu interaksi yang stabil antara dua organisme yang berbeda dimana terjadi asosiasi atau
kontak fisik yang erat tanpa memperhatikan pengaruhnya pada masing – masing pihak.
Namun istilah ini kemudian berkembang untuk menggambarkan bentuk asosiasi yang saling
menguntungkan diantara dua organisme atau lebih (www.sith.itb.ac.id).
Salah satu bentuk interaksi mikroba adalah endosimbiosis, yaitu bentuk asosiasi
antara mikroba dengan organisme lain, dimana mikroba ini hidup dibagian dalam dari sel
organisme lain tersebut. Endosimbiosis ini salah satunya dapat kita jumpai pada interaksi
antara mikroba dengan tanaman. Oleh karena itu, pada praktikum ini dicoba dilakukan
pengkajian mikroba endofit dari suatu bagian tanaman.

2. Tujuan
Tujuan dari acara praktikum kali ini adalah untuk mengetahui interaksi mikroba
tanaman, sifat dan distribusinya

5
3. Alat dan Bahan
3.1. Alat
1. Cutter
2. Mortar dan pastle
3. Sprayer alcohol 70 %
4. Beaker glass 100 ml
5. Jarum ose
6. Bunsen
7. Cawan petri
8. Kamera digital
9. Objek glas
10. Cover glass
11. Spidol marker
12. Pipet tetes
13. Botol semprot
14. Mikrometer
15. Incubator
16. Refrigerator
17. Mikroskop
3.2. Bahan
1. Buah apel dan per
2. Medium Nutrient agar (NA)
3. Medium Nutrient broth (NB)
4. Pewarna gram (kristal violet, kalium iodida, alkohol aseton, dan safranin)
5. Reagent katalase

4. Cara Kerja
1. Siapkan satu macam buah lokal yaitu buah apel dan per untuk kemudian dipotong dan
diambil bagian dalamnya sebanyak 1 g. Disiapkan pula daun tebal (tanaman Sansievera
sp) kemudian diambil 1 gram dan juga potongan akar tanaman sepanjang ± 3 cm
2. Disiapkan media NA cawan sebanyak 3 – 6 buah
3. Disiapkan pula mortar, sterilisasi permukaan dengan alkohol 70 %
4. Bahan dari tanaman dicuci/disterilisasi permukaan dengan mencelupkannya dalam
alkohol, selanjutnya dikeringanginkan dan dikondisikan aseptis
5. Bahan ditumbuk dengan mortar

6
 6. Dengan ose, ambil sedikit materi yang sudah dihancurkan dan goreskan dalam kwadran
(4 bidang goresan) pada permukaan media NA supaya diperoleh koloni yang memisah
7. Dari masing – masing sampel dilihat berapa spesies yang ada (didasarkan pada ciri
koloni, catat dengan baik)
8. Selanjutnya pilih salah satu koloni dari masing – masing sampel untuk dilakukan uji
lanjutan seperti katalase, gram, pengamatan morfologi sel, ukuran sel, kisaran suhu, dan
pH pertumbuhan.

5. Hasil dan Pembahasan

Simbiosis merupakan interaksi antara dua organisme yang hidup berdampingan
(www.id.wikipedia.org). Definisi simbiosis ini mengandung arti yang luas dan tidak hanya
diartikan sebagai interaksi yang saling menguntungkan saja, tetapi juga bentuk – bentuk
interaksi lainnya tanpa memperhatikan pengaruhnya (www.answer.com)
Mikroba dapat melakukan asosiasi dengan organisme lain melalui tiga cara yaitu 1).
Ektosimbiosis, merupakan bentuk asosiasi antara mikroba dengan organisme lain, dimana
mikroba hidup dibagian luar dari organisme lain tersebut; 2). Endosimbiosis, merupakan
bentuk asosiasi antara mikroba dengan organisme lain, dimana mikroba masuk dan hidup di
bagian dalam dari organisme lain tersebut; 3). Endo/ektosimbiosis, merupakan bentuk
asosiasi antara mikroba dengan organisme lain, dimana mikroba dapat hidup diluar atau
masuk ke dalam organisme lain tersebut (www.mikrobiologi.edublogs.org)
Pada acara praktikum kali ini telah dilakukan isolasi dan identifikasi mikroba dari
tiga sampel berbeda yang keseluruhannya merupakan bagian dari tumbuhan yaitu buah,
daun, dan akar. Hasil isolasi dan identifikasi secara lengkap disajikan pada tabel I.5.1.
berikut ini.
Tabel I.5.1. Identifikasi dan karakterisasi isolat mikroba yang berhasil diisolasi dari sampel
buah apel, daun tebal dan akar tanaman
Sampel
No Pengujian
Buah Apel Daun Tebal Akar Tanaman
1. Morfologi Koloni bulat, koloni tidak koloni bulat,
Koloni permukaan putih beraturan, permukaan putih
mengkilap, tepi koloni permukaan mengkilap, tepi
rata dan halus, elevasi transparan dan rata dan halus,
rata mengkilap, tepi elevasi cembung
koloni berlekuk,
elevasi rata
2. Bentuk sel Batang (Basil) Batang (Basil) Bulat (coccus)
3. Ukuran sel P : 6,5 µl P : 7,8 µl P : 5,2 µl
L : 2,8 µl L : 3,1 µl L : 5,1 µl
4. Gram Positif (+) Negatif (-) Negatif (-)
5. Katalase Positif (+) Positif (+) Positif (+)

7
 6. Pengaruh Suhu
a). 4 oC Negatif (-) Positif (+) Negatif (-)
b) 37 oC Positif (+) Positif (+) Positif (+)
c). 50 oC Positif (+) Negatif (-) Positif (+)
7. Pengaruh pH
a). pH 4 Negatif (-) Negatif (-) Negatif (-)
b). pH 7 Positif (+) Positif (+) Positif (+)
c). pH 9 Positif (+) Positif (+) Positif (+)

Berdasarkan data dari tabel di atas, kita dapat mengetahui bahwa di dalam buah
apel, daun, dan akar tanaman dapat kita jumpai mikroba. Hal ini menunjukkan bahwa
mikroba mampu hidup dengan cara berasosiasi dengan tumbuhan. Bentuk asosiasi seperti ini
kemudian dikenal dengan istilah endosimbiosis, dan mikroba yang hidup berendosimbiosis
disebut dengan mikroba endofit. Tanaka et all, (1999) dalam Simarmata et all (2007)
mendefinisikan mikroba endofit sebagai organisme hidup yang berukuran mikroskopis
(bakteri dan jamur) yang hidup di dalam jaringan tanaman (xylem, floem), daun, akar,
batang, dan buah.
Hasil pengamatan terhadap morfologi koloni menunjukkan bahwa mikroba –
mikroba yang diisolasi dari tiga sampel berbeda tersebut memiliki beberapa perbedaan
dalam hal bentuk koloni, ciri permukaan koloni, tepi koloni dan elevasi koloni. Namun
demikian, secara umum mikroba – mikroba hasil isolasi tersebut kemungkinan termasuk
dalam kelompok bakteri. Hal ini bisa dilihat dari ciri koloni yang tumbuh pada medium NA
cawan yaitu sifat semitransparan dan tidak berwarna. Menurut Soeroso (1983), bakteri
merupakan jasad renik uniseluler yang bersifat semi transparan dan tidak berwarna.

A B C

Gambar I.5.1. Pertumbuhan koloni mikroba hasil isolasi dari bagian tanaman tertentu pada
medium NA. Gambar A: hasil isolasi dari buah apel; Gambar B: hasil isolasi
dari daun tebal; Gambar C: hasil isolasi dari akar tanaman

Hasil pengecatan gram menunjukkan bahwa bakteri hasil isolasi dari sampel buah
apel bersifat gram positif dengan ciri sel berwarna ungu, sedangkan bakteri hasil isolasi dari

8
sampel daun dan akar tumbuhan berwarna merah sehingga bersifat gram negatif. Perbedaan
warna ini disebabkan oleh adanya respon penyerapan zat warna yang berbeda dari dinding
sel bakteri.
Dinding sel bakteri gram positif dan negatif memiliki komposisi yang berbeda.
Bakteri gram positif memiliki dinding sel yang sebagian besar ( >50 %) tersusun atas
peptidoglikan yang akan mempertahan zat warna kristal ungu ketika pewarnaan gram
berlangsung, sedangkan bakteri gram negatif memiliki dinding sel yang sebagian besar
berupa lipid yang akan tercuci oleh alkohol aseton ketika pewarnaan gram berlangsung
sehingga kompleks warna ungu pada dinding sel akan hilang dan diganti oleh pewarna
tandingan yaitu safranin yang berwarna merah. (blogbakteri.ftik-uinjkt.ac.id;
www.wikipedia.id.org,)
Hasil pengukuran sel bakteri yang diperoleh dari ketiga sampel menunjukkan
bahwa bakteri yang diperoleh dari sampel buah apel dan daun tebal berbentuk batang
(basil), sedangkan bakteri yang diperoleh dari akar tanaman berbentuk bulat (coccus).
Hasil uji katalase menunjukkan bahwa ketiga isolat bakteri dari ketiga sampel yang
diuji semuanya bersifat katalase positif. Hal ini terbukti dengan terbentuknya gelembung gas
ketika isolat – isolat tersebut ditetesi dengan reagent katalase (H2O2). Menurut Hardiningsih
et all, (2006), hasil reaksi katalase akan dianggap negatif apabila sel bakteri yang telah
ditetesi dengan H2O2 tidak menunjukkan adanya busa atau buih setelah 1 menit. Menurut
rgmaisyah.files.wordpress.com, Uji katalase merupakan salah satu uji biokimiawi yang
dijadikan dasar dalam identifikasi bakteri berdasarkan kemampuannya untuk memecah
hydrogen peroksida (H2O2) menjadi H2O dan O2 yang akan terlihat sebagai gelembung atau
buih.

A B C

Gambar I.5.2. Hasil uji katalase pada ketiga isolate bakteri yang diperoleh dari sampel buah
apel (A), daun tebal (B), dan akar tanaman (C).

Isolat bakteri yang telah dimurnikan dari masing – masing sampel ditumbuhkan
pada medium NA miring dan NB yang kemudian diinkubasi pada kondisi suhu berbeda.

9
 Berdasarkan data tabel di atas, dapat kita ketahui bahwa isolat bakteri hasil isolasi dari daun
tebal memiliki kisaran suhu pertumbuhan dari suhu rendah sampai suhu sedang, sedangkan
isolat bakteri yang diperoleh dari sampel buah apel dan akar tumbuhan memiliki kisaran
suhu pertumbuhan yang lebih tinggi yaitu dari suhu sedang sampai suhu tinggi.
Pada praktikum kali ini, suhu yang digunakan adalah 4 oC, 37 oC, dan 50 oC.
berdasarkan kriteria yang disampaikan oleh Sumarsih07.files.wordpress.com, maka suhu 4
o
C termasuk dalam suhu rendah (dingin), suhu 37 oC termasuk suhu sedang (normal), dan
suhu 50 oC termasuk suhu tinggi (panas). Berdasarkan kriteria – criteria tersebut, maka isolat
bakteri yang diperoleh dari sampel daun tebal termasuk dalam bakteri psikrofilik, yaitu
bakteri yang suhu pertumbuhannya berkisar antara 0 – 30 oC, sedangkan isolat bakteri yang
diperoleh dari sampel buah apel dan akar termasuk dalam bakteri mesofilik, yaitu bakteri
yang mempunyai suhu pertumbuhan minimum 15 oC, suhu optimum 25 – 37 oC, dan suhu
maksimum 45 – 55 oC.
Selain ditumbuhkan pada kondisi suhu pertumbuhan berbeda, isolat – isolat bakteri
hasil isolasi juga ditumbuhkan pada lingkungan dengan kondisi pH berbeda. Pada praktikum
ini dicoba hasil isolasi ditumbuhkan pada medium pertumbuhan dengan pH 4, 7, dan 9. Dari
perlakuan ini diperoleh data bahwa semua isolat bakteri tidak mampu tumbuh pada pH asam
(pH 4), tetapi mampu tumbuh pada pH 7 dan 9. Menurut blogs.unpad.ac.id, pH merupakan
salah satu faktor pertumbuhan intrinsik dari mikroba. Umumnya bakteri hidup pada kisaran
pH netral yaitu pH 6 – 8. Namun ada beberapa bakteri yang hidup pada pH rendah yaitu
antara 3 – 6 yang sering disebut dengan bakteri asidofilik, sedangkan bakteri yang mampu
tumbuh pada pH tinggi (basa) disebut dengan bakteri basofilik. Berdasarkan uraian ini,
maka isolate – isolate mikroba yang diperoleh dari ketiga sampel tersebut termasuk dalam
kelompok bakteri yang menyukai pH netral (Neutrafilik) sampai pH basa (Basofilik).

6. Kesimpulan
Berdasarkan hasil praktikum dan pembahasan di atas, maka dapat diambil kesimpulan
bahwa mikroba memiliki kemampuan untuk berinteraksi dengan tumbuhan tingkat tinggi
sebagai mikroba endofit.

10
 DAFTAR REFERENSI

Hardiningsih, R., R.N.R. Napitupulu, dan T. Yulinery. 2006. Isolasi dan Uji Resistensi Beberapa
Isolat Lactobacillus pada pH Rendah. Biodiversitas, Volume 7 Nomor 1.

http://blogbakteri.fitk-uinjkt.ac.id/yuke_mardiati/files/2008/…/bakterippyuke.ppt.

http://blogs.unpad.ac.id/roostitabalia/wp-content/uploads/mikropangan02.pdf

http://id.wikipedia.org/wiki/Pewarnaan_Gram

http://id.wikipedia.org/wiki/Simbiosis

http://mikrobiologi.edublogs.org/files/2009/03/07-interaksi-mikroba.pdf

http://rgmaisyah.files.wordpress.com/2009/05/aktivitas-biokimia-mikroorganisme.pdf

http://sumiarsih07.files.wordpress.com/2008/11/ii-lingkungan-pertumbuhan-mikroba.pdf

http://www.answers.com/topic/symbiosis

http://www.sith.itb.ac.id/mgbm/KULIAH-4%20INTERAKSI%MIKROBA-TUMBUHAN.pdf

Soeroso, 1983. Petunjuk Praktikum Mikrobiologi untuk Mahasiswa Akademi Kesehatan

Lingkungan dan yang Sederajat. Fakultas Biologi Universitas Jenderal Soedirman.
Purwokerto

11
 II. MIKROBA DI LINGKUNGAN TANAH DAN PENGGUNAAN
METODE IDENTIFIKASI CEPAT

1. Landasan Teori
Setiap manusia memiliki berbagai kepentingan terhadap tanah. Tanah merupakan
sumber daya alam yang dapat dimanfaatkan oleh manusia untuk berbagai macam aktivitas
dalam rangka memenuhi kebutuhan hidupnya yang salah satunya adalah untuk pertanian.
Dalam bidang pertanian, tanah merupakan sumber utama bagi tumbuhan untuk
mendapatkan unsur hara yang penting bagi pertumbuhannya, tempat tumbuh, berlindung,
dan menancapnya akar tumbuhan serta sebagai tempat penyimpanan air alami. Oleh karena
itu, tanah merupakan hal yang sangat penting bagi tumbuhan.
Perkembangan system pertanian yang digunakan oleh manusia secara perlahan
telah mengubah pemanfaatan tanah secara massive sehingga memberikan dampak yang
merugikan bagi lingkungan. Sistem pertanian sekarang ini telah dijalankan secara intensif
melalui pemanfaatan pupuk kimiawi yang berlebihan secara kontinu tanpa
mempertimbangkan keseimbangan ekosistem tanah.
Secara alami, tanah terdiri atas populasi yang berlimpah meliputi tumbuhan dan
hewan mikroskopis yang berperan dalam menjaga keseimbangan lingkungan yang
berlangsung dinamis (Muntean, http://soilandplantlaboratory.com). Telah diketahui bahwa
tanah mengandung jutaan mikroba dari kelompok fungi, yeast, dan bakteri.
Komposisi mikroba tanah sangat beragam, dimana setiap mikroba tanah akan
berkompetisi antara satu dengan lainnya untuk memperoleh sumber makanan dan ruang.
Adanya perubahan kondisi lingkungan seperti suplai makanan, suhu, kelembaban, suplai
oksigen, dan kondisi lainnya dapat menyebabkan perubahan komposisi mikroba pada tanah
tersebut.
Tidak dapat kita pungkiri, bahwa mikroba tanah memiliki peran yang sangat
penting bagi tumbuhan tingkat tinggi karena melalui asosiasi langsung dengan akar
tanaman, mikroba dapat memecah bahan organik yang ada di tanah untuk menghasilkan
berbagai bahan mineral penting bagi tumbuhan dalam jumlah tinggi. Namun demikian,
adakalanya, mikroba tanah menjadi sumber penyakit bagi tumbuhan apabila kondisi
lingkungan tidak menguntungkan.
Dari uraian tersebut di atas, maka dapat kita ketahui bahwa mikroba tanah
memiliki diversitas yang sangat beragam tergantung pada kondisi lingkungan tempat
hidupnya. Oleh karena itu, pada praktikum kali ini akan dicoba peraktikum mengenai

12
 pengaruh tumbuhan terhadap pertumbuhan mikroba rhizosfer dan isolasi karakterisasi
bakteri.

2. Tujuan
Tujuan dari acara praktikum kali ini adalah untuk mengetahui pengaruh tumbuhan
terhadap pertumbuhan mikroba rhizosfer dan isolasi karakterisasi bakteri

3. Alat dan Bahan

3.1. Alat
1. Cawan petri
2. Tabung reaksi
3. Incubator
4. Timbangan analitik
5. Cangkul kecil
6. Mikropipet dan tip
7. Jarum ose
8. Spidol marker
3.2. Bahan
1. Sampel tanah dari daerah yang dekat dan yang jauh dari perakaran tanaman
2. Medium Nutrient agar (NA)
3. Medium Potato Dektrose Agar (PDA)
4. Medium Triptone Soya Broth (TSB)
5. Aquades steril
6. Medium Gelatin
7. Satu strip kit API 20NE
8. Parafin cair

4. Cara Kerja
1. Disiapkan medium NA dan PDA
2. Ambil 1 gram tanah dekat / yang menempel pada perakaran 15 cm dari permukaan
tanah (dicari tanaman soliter yang mudah dijangkau bagian – bagiannya, misalkan
tanaman kedelai atau rumpun padi)
3. Ambil pula 1 gram tanah dari tempat dan kedalaman yang sama tetapi berjarak 20 cm
dari tanaman atau lebih dimana akar tanaman tidak menjangkau bagian tersebut.
4. Untuk bakteri lakukan pengenceran hingga 10-7, tiga pengenceran terakhir diplating

13
 5. Untuk jamur plating diambil dari pengenceran 10-3 – 10-5
6. Inkubasi 1 – 2 hari dan amati ciri – ciri koloni
7. Diambil satu, yang menunjukkan ciri tipis, krem atau transparan, ukuran koloni sedang
(3 mm), gram negatif.
8. Jika tidak ada, ambil saja 1 yang gram negatif, dilihat kemampuan motilitasnya
selanjutnya disubkultur dan disimpan kembali hingga 1 – 2 hari.
9. Selanjutnya kultur yang terpilih dibuat suspensi dengan konsentrasi sekitar 10-8 sel per
ml sebanyak 35 – 50 ml
10. Siapkan 1 strip API 20NE untuk identifikasi cepat, isikan pada masing – masing kupula
(kantongan kecil) suspensi bakteri sesuai petunjuk API, inkubasikan 1 X 24 jam. Baca
hasilnya (ingat, ada yang harus anaerob dengan mengisikan parafin cair pada mulut
kupula)

5. Hasil dan Pembahasan

Pada praktikum kali ini digunakan metode pengenceran dari dua sampel tanah yang
berbeda dengan tujuan untuk menghindari pertumbuhan mikroba yang menumpuk pada
medium agar cawan. Total populasi mikroba tanah kemudian dihitung dengan menggunakan
metode plate count atau hitungan cawan sesuai dengan metode yang digunakan oleh
Purwaningsih et all, 2004 dan Purwaningsih, 2005. Metode ini dilakukan dengan cara
sampel tanah diencerkan dengan jumlah seri tertentu kemudian diinokulasikan ke medium
agar cawan (Herdiyantoro, 2009).
Pengenceran terhadap dua sampel tanah yang berbeda tersebut dilakukan sampai
tingkat 10-7, dimana pengenceran 10-3 sampai 10-5 diplating pada medium cawan PDA,
sedangkan pengenceran 10-5 sampai 10-7 diplating pada medium cawan NA. Hasil plating
pada kedua medium tersebut menunjukkan bahwa kedua sampel tanah tersebut memiliki
kandungan mikroba yang berbeda baik dilihat dari jenis maupun jumlah mikrobanya.
Herdiyantoro, (2009) menyatakan bahwa jumlah seri pengenceran untuk fungi adalah 10-4 -
10-5, sedangkan jumlah seri pengenceran untuk bakteri adalah 10-5 - 10-7.
Hasil penghitungan jumlah koloni mikroba yang tumbuh pada media cawan NA
dan PDA menunjukkan bahwa sampel tanah yang dekat perakaran memiliki jumlah mikroba
lebih tinggi daripada jumlah mikroba yang ditemui pada sampel tanah yang jauh dari
perakaran. Hal ini sesuai dengan hasil penelitian Purwaningsih et all, (2004) yang
menemukan populasi bakteri pada daerah perakaran tanaman lebih tinggi daripada populasi
bakteri pada daerah yang tanpa perakaran. Alexander (1977) dalam Purwaningsih (2005)

14
menyatakan bahwa jumlah bakteri di daerah perakaran tanaman jumlahnya berlimpah
hingga 109 sel/gram tanah.
Jumlah mikroba yang tinggi pada tanah dekat perakaran mungkin berkaitan dengan
hasil aktivitas metabolisme dari akar tanaman. Metabolisme akar tanaman akan
menghasilkan senyawa metabolit yang disebut dengan eksudat ke dalam tanah. Menurut
Waksman (1952) dalam Purwaningsih et all, (2004), mengemukakan bahwa eksudat
merupakan produk metabolit tanaman yang terdiri atas senyawa gula, asam amino, asam
organik, glikosida, senyawa nukleotida dan basanya, enzim, vitamin, dan senyawa indol.
Eksudat inilah yang digunakan oleh mikroba tanah sebagai sumber nutrisi sehingga mampu
bertahan hidup dan bereproduksi memperbanyak diri.
Analisis yang mendalam mengenai tipe – tipe koloni yang diperoleh dari dua
sampel tanah yang berbeda tersebut menunjukkan bahwa jenis mikroba yang diperoleh dari
tanah dekat perakaran memiliki keragaman yang lebih tinggi daripada jenis mikroba yang
ditemukan pada sampel tanah yang jauh dari perakaran. Pada praktikum ini, diperoleh tiga
jenis mikroba dari sampel tanah yang dekat perakaran yaitu fungi, bakteri, dan yeast;
sedangkan dari sampel tanah yang jauh dari perakaran hanya diperoleh satu jenis mikroba
yaitu bakteri.
Adanya perbedaan keragaman jenis mikroba pada tanah mungkin berkaitan dengan
kondisi lingkungan dan juga kandungan bahan organik dari masing – masing sampel tanah
tersebut. Populasi mikroba di dalam tanah dipengaruhi oleh beberapa faktor lingkungan
seperti kesuburan tanah, pH, ketersediaan sumber energi dan unsur hara, dan kondisi fisika,
kimia, dan biologi (Hoffman, 1914 dalam Waksman, 1952 dalam Purwaningsih et all,
2004). Tanah yang ditumbuhi oleh aneka tumbuhan tentunya memiliki kandungan bahan
organik yang memadai yang sangat dibutuhkan untuk kelangsungan hidup bakteri
(Purwaningsih, 2005). Pendapat lain menyebutkan bahwa perbedaan populasi antar marga
dan jenis mikroba mungkin disebabkan oleh perbedaan aktivitas metabolisme akar tanaman
sehingga menghasilkan eksudat yang berbeda pula. Adanya perbedaan komposisi eksudat
inilah yang kemudian mempengaruhi populasi dari marga atau jenis mikroba yang hidup di
tanah (Purwaningsih et all, 2004).
Untuk mengetahui spesies atau genus dari berbagai isolat mikroba yang telah
diperoleh tersebut, maka pada praktikum kali ini dilakukan identifikasi dengan
menggunakan kit API 20NE (bioMerieux®sa). API 20NE merupakan suatu system yang
telah distandarisasi untuk mengidentifikasi bakteri batang gram negatif non-enteric dan non-
fastidious seperti Pseudomonas, Acinetobacter, Flavobacterium, Moraxella, Vibrio,

15
Aeromonas, dan sebagainya yang merupakan hasil kombinasi dari delapan uji konvensional,
12 uji asimilasi, dan satu database (http://netropica.org/bacteriologia/Api20NE(1).pdf)
Untuk memperoleh data yang akurat, maka pada acara praktikum ini, terlebih
dahulu dilakukan skrining terhadap isolat – isolat bakteri yang telah diperoleh tadi dengan
cara mencari koloni mikroba dengan ciri – ciri koloni tipis, permukaannya berwarna krem
atau transparan, ukuran sedang, dan merupakan bakteri gram negatif. Dari proses skrining
ini, ternyata tidak ditemukan koloni bakteri dengan ciri – ciri seperti tersebut di atas.
Untuk mengatasi permasalah tersebut di atas, maka isolat – isolat yang telah
diperoleh tadi diuji dengan pewarnaan gram. Hasil pewarnaan gram menunjukkan bahwa
isolat – isolat bakteri yang diperoleh dari sampel tanah yang jauh dari perakaran semuanya
bersifat gram positif. Oleh karena itu, pewarnaan gram selanjutnya dilakukan terhadap isolat
– isolat bakteri yang diperoleh dari sampel tanah yang dekat perakaran. Hasil pewarnaan
gram menunjukkan bahwa isolat – isolat bakteri dari tanah yang dekat perakaran ada yang
bersifat gram positif dan ada pula yang gram negatif.
Isolat bakteri gram negatif yang telah diperoleh kemudian ditumbuhkan pada
medium NA miring dan medium gelatin semipadat. Medium NA miring digunakan untuk
memperbanyak jumlah bakteri yang nantinya akan digunakan dalam uji dengan kit API
20NE, sedangkan medium gelatin semipadat digunakan untuk mengetahui motilitas dari
bakteri tersebut. Dari uji motilitas diperoleh data, bahwa bakteri ini bersifat motil atau
mampu bergerak yang ditunjukkan dengan adanya pertumbuhan yang menyebar di sekitar
daerah tusukan pada media gelatin semipadat.
Bakteri yang tumbuh pada medium agar miring NA selanjutnya digunakan untuk
membuat suspensi bakteri pada medium TSB (triptone soya broth) yang kemudian diujikan
pada kit API 20NE. Hasil pengujian dengan menggunakan kit API 20NE secara lengkap
dapat dilihat pada tabel II.5.1. berikut ini.

Tabel II.5.1. Hasil uji isolat bakteri gram negatif dengan kit API 20NE
Interpretasi
No Jenis Uji Reaksi Hasil
Hasil
Reduksi nitrat menjadi nitrit +
1. NO3
Reduksi nitrat menjadi nitrogen -
1
2. TRP Produksi indol (triptofan) -
3. GLU Fermentasi glukosa -
4. ADH Dihidrolase arginin +
5. URE Urease + 7
6. ESC Hidrolisis β-glukosidase (ESCulin +
7. GEL Hidrolisis protein (gelatin) -
2
8. PNPG β-galaktosidase +

16
 9. [GLU] Asimilasi glukosa -
10. [ARA] Asimilasi arabinosa +
11. [MNE] Asimilasi manosa - 5
12. [MAN] Asimilasi manitol +
13. [NAG] Asimilasi N-asetil glucosamine +
14. [MAL] Asimilasi maltose + 7
15. [GNT] Asimilasi potassium glukonat +
16. [CAP] Asimilasi asam capric -
17. [ADI] Asimilasi asam adipic - 4
18. [MLT] Asimilasi asam malat +
19. [CIT] Asimilasi trisodium citrate -
20. [PAC] Asimilasi asam fenilasetat - 0
21. OX Sitokrom oksidase Tidak diujikan

Dari data tabel II.5.1 di atas, maka kita dapat mengetahui bahwa isolat bakteri gram
negatif hasil isolasi dari sampel tanah yang dekat perakaran memiliki kemampuan yang
beragam dalam hal asimilasi, fermentasi, hidrolisis, produksi, dan konversi suatu senyawa
tertentu. Informasi yang dimuat dalam http://netropica.org/bacteriologia/Api20NE(1).pdf,
menyatakan bahwa interpretasi hasil identifikasi dengan API 20NE akan menghasilkan
angka profil yang terdiri dari tujuh digit yang kemudian harus dicocokkan dengan analytical
profile index atau identification software untuk mengetahui jenis atau genus dari isolat
bakteri ini.
Hasil interpretasi diperoleh serangkaian angka profil yaitu 1 725 740. Proses
identifikasi ini ternyata tidak bisa dilanjutkan karena kita tidak memiliki analytical profile
index atau identification software.

6. Kesimpulan
Berdasarkan hasil praktikum dan pembahasan di atas, maka dapat diambil kesimpulan
bahwa pertumbuhan mikroba tanah dipengaruhi oleh tumbuhan dan karakter isolat mikroba
yang diperoleh dari sampel tanah yang dekat dengan perakaran menunjukkan keragaman
yang tinggi dalam hal jenis dan jumlah.

17
 DAFTAR REFERENSI

Herdiyantoro, 2009. Metode Mempelajari Pertumbuhan Mikroorganisme.

http://herdiyantoro.files.wordpress.com/2009/10/mikrum-metode-mempelajari-
pertumbuhan-mikroba-diyan-herdiyantoro.pdf. diakses tanggal 21 Februari 2010

http://netropica.org/bacteriologia/Api20NE(1).pdf. diakses tanggal 21 Februari 2010

Muntean, D.W. Beneficial Soil Microorganisms. http://soilandplantlaboratory.com. diakses

tanggal 21 Februari 2010

Purwaningsih, S., Riani H., Wardah, dan A. Sujadi. 2004. Populasi Bakteri dari Tanah di Desa
Tudu-Aog, Kecamatan Passi, Kabupaten Bolaang Mongondow, Sulawesi Utara.
Biodiversitas Volume 5 Nomor 1.

Purwaningsih, S. 2005. Isolasi, Enumerasi, dan Karakterisasi Bakteri Rhizobium dari Tanah
Kebun Biologi Wamena, Papua. Biodiversitas Volume 6 Nomor 2.

18