Welcome to Scribd, the world's digital library. Read, publish, and share books and documents. See more
Download
Standard view
Full view
of .
Look up keyword
Like this
16Activity
0 of .
Results for:
No results containing your search query
P. 1
jurnal kimia

jurnal kimia

Ratings:

3.0

(1)
|Views: 384 |Likes:
Published by rollingstar

More info:

Published by: rollingstar on Mar 18, 2010
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

07/25/2013

pdf

text

original

 
 Vol. 2 (1), 2007, h. 1-6 Artikel
 Review
 
Dapat dibaca di www.kimiawan.org/journal/jki
J
urnal
imia
I
ndonesia
Modifikasi Asetilkolinesterase dengan Mutasi Kombinasi Secara
In Silico 
 Untuk Biosensor Organofosfat
 
Sudarko, Devit Suwardiyanto dan A.A Istri Ratnadewi
 Jurusan Kimia, FMIPA, Universitas Jember  Jln. Kalimantan 37, Jember 68121
Email: darko@unej.ac.id
Abstrak
. Pengawasan lingkungan dari insektisida yang mempengaruhi kesehatan manusia danekosistem, telah menjadi pusat perhatian karena penggunaan insektisida di dunia. Deteksi insektisidadi lingkungan dapat dilakukan dengan biosensor yang menggunakan asetilkolinesterase. Dalam penelitian ini telah dilakukan modifikasi asetilkolinesterase
Torpedo californica
secara
in silico
 (simulasi komputer). Modifikasi ini bertujuan untuk meningkatkan sensitifitas dan kespesifikanterhadap organofosfat. Modifikasi asetilkolinesterase dilakukan secara
in silico
dengan programModeller 6.2 dan untuk mengetahui efek modifikasi terhadap sensitifitas dan kespesifikannyadigunakan program AutoDock 3.0. Strategi yang digunakan untuk memperoleh mutan yaitu dengankombinasi mutan tunggal yang diharapkan dapat meningkatkan sensitifitas enzim terhadaporganofosfat. Dalam penelitian ini tidak dapat diperoleh asetilkolinesterase yang lebih sensitif danspesifik terhadap organofosfat. Kesulitan prediksi efek mutasi terhadap inhibisi organofosfat terjadikarena adanya dua model pengikatan organofosfat yang dipengaruhi oleh konsentrasi. Namun denganstrategi ini diperoleh mutan yang lebih sensitif dan spesifik terhadap karbamat. Hasil terbaik untuk  peningkatan sensitifitas dan kespesifikan karbamat terjadi pada mutan F330A dengan peningkatan
i
 
sebesar 0,42 untuk karbaril dan 0,31 untuk karbofuran.
Kata kunci
: asetilkolinesterase, biosensor, insektisida, pemodelan homologi,
docking
.
Pendahuluan
Pengawasan lingkungan dari insektisida yangmempengaruhi manusia dan ekosistem, telahmenjadi pusat perhatian. Organofosfat dankarbamat merupakan insektisida yang banyak digunakan dan memiliki kemampuan untuk menggantikan organoklorin seperti DDT, aldrin,lindane, dan lain-lain. Insektisida ini memiliki persistansi lingkungan yang rendah dibandingorganoklorin, tetapi memiliki tingkat keracunanyang lebih tinggi.
1
 Biosensor berdasar inhibisi pada aktifitas beberapa enzim telah digunakan untuk pengukuran polutan dalam lingkungan.
2
Hal ini, karena sistemsensor tersebut telah mampu memberikan caraanalisis suatu polutan secara cepat, mudah danhandal pada jumlah renik. Dalam pengembangan biosensor, penggunaan enzim sangat bermanfaatdan menjanjikan.
3,4
Dari penelitian yang telah dilakukan Kovarik 
et al
5
dapat diketahui bahwa subtitusi residu F338Adan Y337A (penomoran berdasarkanasetilkolinesterase tikus), menghasilkan peningkatan konstanta inhibisi organofosfatsebesar dua kali lipat. Mutasi yang sama dapatdilakukan pada asetilkolinesterase
Torpedo c.
,yaitu pada F331 dan Y334
(Barril et.al, 2001).
6(??)
 Modifikasi asetilkolinesterase
 Drosophila m.
 untuk deteksi insektisida yang dilakukan olehBoublik 
et al
7
, menunjukkan bahwa mutasi F330L,Y370A, dan F371I dapat meningkatkan sensitifitasenzim terhadap organofosfat. Subtitusi residuF371I menghasilkan sensitifitas yang lebih tinggidibanding subtitusi residu F371A. Mutasi yangsama dapat dilakukan pada asetilkolinesterase
Torpedo c.
, yaitu pada residu F290, Y330, danF331.Salah satu strategi untuk meningkatkan kinerjaasetilkolinesterase untuk biosensor organofosfatadalah dengan meningkatkan kespesifikan dansensitifitas enzim terhadap organofosfat. Pada penelitian ini dilakukan modifikasi sisi aktif asetilkolinesterase secara
in silico
(simulasikomputer), selanjutnya untuk mengetahuikespesifikan dan sensitifitas enzim hasil modifikasitersebut dilakukan uji interaksi antara enzim hasilmodifikasi dengan substrat maupun beberapa jenisinhibitor (heptenofos, diklorfos, karbofuran,karbaril).
 
Sudarko, Devit Suwardiyanto dan A.A Istri Ratnadewi
 Jurnal Kimia Indonesia Vol. 2(1), 2007
2
Metode Penelitian
Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Mei2005 sampai Juni 2005 di Jurusan kimia, FakultasMatematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,Universitas Jember. Alat yang digunakan dalam penelitian ini antara lain; komputer Intel Xeon 2,4MHz dual prosessor dengan memori 512 MB dansystem operasi Linux Debian Sarge Testing yangdilengkapi dengan program aplikasiAutoDockTools, Autodock 3.05 dan TRITON 3.0;serta komputer Intel Pentium 4 2,26 MHz denganmemori 128 MB dan sistem operasi MicrosoftWindows XP Pro, Linux Debian Sarge Testingyang dilengkapi dengan program aplikasiAutoDockTools, AutoDock 3.05, Pymol danChemOffice 2000
Preparasi Ligand dan Protein.
Ligand dibuatmenggunakan ChemOffice 2000. Pertama, struktur 2D ligand digambar dengan ChemDraw Ultra(modul ChemOffice 2000). Kemudian, struktur 2Ddiekspor ke struktur 3D dengan Chem3D, struktur 3D diminimalisasi energinya dengan teori PM3dalam MOPAC 7 (modul ChemOffice 2000).Struktur mutan dan
wild type Torpedo c
. dibuatdengan mutasi virtual dari pemodelan homologi.
Pemodelan Homologi.
Struktur X-ray tunggaldigunakan sebagai template untuk pemodelanhomologi. Struktur X-ray diperoleh dari proteindata bank (E105). Data struktur dimanipulasimenggunakan MODELLER 6.2 yang terdapat padaTRITON 3.0. MODELLER mengimplementasikan pendekatan pemodelan menggunakan perbandingan struktur protein.
(Sali
et al.,
1993).
8
Pemodelan dimulai dengan penataan
sequence
 yang akan dimodelkan (target) dengan struktur  protein tiga dimensi yang telah diketahui (cetakan).Setelah itu dilakukan penghitungan batasan pada
sequence
target yang dihitung dari penataannyadengan struktur tiga dimensi
template
. Batasantersebut diperoleh dari analisis statistik hubungan pasangan-pasangan protein homolog. Analisis ini berdasar pada database penataan 105 famili yangtermasuk 416 protein yang telah diketahui strukrur tiga dimensinya.
9
Dengan penelusuran database,akan diperoleh tabel mengenai berbagai korelasi,seperti korelasi antara jarak ekivalen C
α
- C
α
, atausudut dihedral dari dua protein yang berhubungan.Selanjutnya, batasan hubungan dan term energiCHARM memperkirakan stereokimia yang cocok,dan mengombinasikannya ke dalam fungsiobjektif. Terakhir, model diperoleh denganmengoptimasi fungsi objektif dalam ruangkartesian.
10
 Docking
. AutoDock merupakan program yangdikembangkan untuk memprediksi interaksi liganddengan target biomakromolekul. Dalam AutoDock,ligand pada awalnya diacak diluar protein,kemudian melakukan translasi, orientasi, dankonformasi sampai sisi ideal ditemukan.
11
ProgramAUTOTORS menentukan ikatan yang mungkin berotasi pada molekul ligand. Titik 
grid 
yangdigunakan dalam penelitian ini sebesar 80x80dengan spasi
grid 
3,75 Å yang dipusatkan pada sisiaktif serin. Energi potensial setiap titik 
grid 
 dihitung menggunakan program AUTOGRID.Kemudian program AutoDock menghitung energiinteraksi antara konformasi ligand fleksibel dansetiap titik 
grid 
melalui kombinasi algoritma pencarian. Tahap translasi yang digunakan sebesar 0,2 Å dan tahap rotasi 5°. Posisi awal dan sudutdihedral dipilih secara acak dan terakhir simulasi150
docking
dijalankan untuk memperoleh struktur kompleks dari ligand yang secara statistik diterima.AutoDock 3.0 dapat menggunakan algoritmagenetik (AG) Lamarckian sebagai fungsi pencarianuntuk simulasi
docking
. Konsep AG berdasar padaevolusi biologis. Dalam simulasi
docking
, penataanligand didefinisikan dengan sebuah set variabelkeadaan yang mendefinisikan translasi, orientasi,dan konformasi ligand. Dalam AG, setiap variabelsesuai dengan genotip dan koordinat atom sesuaidengan fenotip. Dari gen tersebut, fenotip liganddapat dihitung energinya berdasar fungsi energi bebas.AutoDock menggunakan AG sebagai metode pencarian global dan sebuah pencarian lokal (PL)
adaptive
. Pencarian lokal diturunkan dari sebuahalgoritma oleh Solis dan Wets, dimana langkah-langkahnya ditentukan, dan konformasi baru yangdiperoleh dievaluasi dengan fungsi energi.Perubahan energi antara dua konformasi dihitungseperti pada algoritma Monte Carlo. Jika perubahannya lebih disukai, maka diterima dansebalikknya jika tidak, maka algoritma akanmengambil langkah yang berlawanan.
12
Hasil dan Pembahasan
Proses Mutasi
in Silico
.
Mutasi kombinasimutan tunggal pada asetilkolinesterase, yangmeliputi F288L, F290L, F330A, F331I, danY334A dilakukan dengan program MODELLER.Proses tersebut membutuhkan waktu kurang lebih40 menit untuk tiap mutan. Kombinasi kelimamacam mutan tunggal tersebut menghasilkan tiga puluh dua macam mutan termasuk asetilkolinesterase asli (
wild type
) hasil optimasiMODELLER.
 
Modifikasi Asetilkolinesterase dengan Mutasi Kombinasi secara
In Silico 
untuk Biosensor Organofosfat
3
Efek Mutasi Asetilkolinesterase padaSubstrat
Asetilkolin sebagai substrat
didocking
kesemua mutan dan dibandingkan hasilnya denganasetilkolinesterase
wild type.
Proses perhitungan
docking
membutuhkan waktu rata-rata delapan jamtiap perhitungan. Dari hasil
docking
diketahui bahwa mutan tunggal dan kombinasinyameningkatkan
1
substrat (data hasil
docking
padasemua mutan tidak ditampilkan pada artikel ini).
 
Kombinasi mutan tunggal yang dilakukandalam penelitian ini menyebabkan bertambah besarnya ruang
gorge
asetilkolinesterase.Bertambahnya ukuran ruang menyebabkan energiinternal ligand berkurang dan substrat lebih mudahke sisi aktif, sehingga
1
substrat meningkat. Pada beberapa mutan, perbesaran ruang
gorge
 menyebabkan perubahan orientasi substrat. Darihasil
docking
, beberapa mutan memilki probabilitas pengikatan substrat pada sisi periperal.Ikatan asetilkolin seperti pada Gambar 1,distabilkan oleh kantung oksi anion yang terdiridari residu G118, G119, dan A201. Gugus asetilasetilkolin terikat pada kantung oksi anion melaluiikatan hidrogen antara gugus karbonil asetilkolindengan gugus NH peptida. Gugus ekor kuarterner trimetilamonium terikat pada sisi anionik yangterdiri dari residu W84, Y130 dan E199. W84 danY130 berikatan dengan bagian kation melaluiinteraksi kation-
π
dan interaksi hidrofobik,sedangkan E199 melalui interaksi elektrostatik.
Gambar 1.
Model Pengikatan
 
Substrat pada Sisi Aktif Serin
Dari data probabilitas orientasi substrat dapatdikelompokkan substrat yang memiliki jumlah probabilitas orientasi substrat ke sisi aktif serindengan nilai lebih besar dari 50% disajikan padaGambar 2.
 Efek Mutasi Asetilkolinesterase padaInhibisi Organofosfat
Data hasil perhitungan
docking
heptenofos dapat dibuat grafik seperti pada Gambar 3 (grafik hanya menampilkan mutanyang orientasi substratnya ke sisi aktif serin).Dari Gambar 3 dapat diketahui bahwa mutanF290L/F330A memilki
i
yang lebih tinggi dari
wild type
.
i
heptenofos pada mutan F290L/F330Amengalami peningkatan
i
 
sebesar 0,105x10
-5
terhadap
i
 
wild type
. Akan tetapi mutan tersebuttidak dapat digunakan karena terjadi peningkatan
1
substrat yang cukup besar, yaitu sebesar 4,44x10
-5
.Mutan F290L/F330A memiliki orientasi pengikatan heptenofos pada sisi periperal, seperti pada Gambar 4. Heptenofos membentuk ikatanhidrogen dengan residu S122 dan terjadi interaksidipol-dipol induksi antara gugus C=O residu N85dan Y70 dengan gugus –CH
3
organofosfat.
0.002.004.006.008.0010.0012.0014.0016.0018.0020.00
   W   i   l  d    T  y  p  e   F  2  8  8   L   F  3  3  0  A   F  3  3  1   I   F  2  8  8   L  /   F  2  9  0   L   F  2  8  8   L  /   F  3  3  0  A   F  2  8  8   L  /   Y  3  3  4  A   F  2  9  0   L  /   F  3  3  0  A   F  2  9  0   L  /   F  3  3  1   I   F  2  9  0   L  /   Y  3  3  4  A   F  3  3  0  A  /   Y  3  3  4  A   F  3  3  1   I  /   Y  3  3  4  A   F  2  8  8   L  /   F  3  3  0  A  /   Y  3  3  4  A   F  2  8  8   L  /   F  3  3  1   I  /   Y  3  3  4  A   F  2  9  0   L  /   F  3  3  0  A  /   Y  3  3  4  A   F  2  9  0   L  /   F  3  3  1   I  /   Y  3  3  4  A
Mutan
       k
       i
   (   1   0
  -   5
   )
 
Gambar 2
. Grafik 
1
 
Substrat dengan ProbabilitasLebih Besar dari 50%
0.0000.2000.4000.6000.8001.0001.200
   W   i   l  d    T  y  p  e   F  2  8  8   L   F  3  3  0  A   F  3  3  1   I   F  2  8  8   L  /   F  2  9  0   L   F  2  8  8   L  /   F  3  3  0  A   F  2  8  8   L  /   Y  3  3  4  A   F  2  9  0   L  /   F  3  3  0  A   F  2  9  0   L  /   F  3  3  1   I   F  2  9  0   L  /   Y  3  3  4  A   F  3  3  0  A  /   Y  3  3  4  A   F  3  3  1   I  /   Y  3  3  4  A   F  2  8  8   L  /   F  3  3  0  A  /   Y  3  3  4  A   F  2  8  8   L  /   F  3  3  1   I  /   Y  3  3  4  A   F  2  9  0   L  /   F  3  3  0  A  /   Y  3  3  4  A   F  2  9  0   L  /   F  3  3  1   I  /   Y  3  3  4  A
Mutan
       k
       i
   (   1   0
  -   5
   )
 
Gambar 3
. Grafik 
1
 
Substrat dengan ProbabilitasLebih Besar dari 50%
Gambar 4.
Ikatan Heptenofos pada Mutan F290L/F330A

Activity (16)

You've already reviewed this. Edit your review.
1 hundred reads
1 thousand reads
Wendhy Irlamsyah liked this
Rannu Dongke liked this
Nawaitsuk Icuz liked this
muldawati liked this
Yukhib Sazu liked this

You're Reading a Free Preview

Download
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->