High Quality
Open the downloaded document, and select print from the file menu (PDF reader required).
My Note on Artemis S. Saengamnatdej page 1
My Note on Artemis
สมชาย แสงอำานาจเดช
23
มีนาคม
2553
โปรแกรมสำาหรับตรวจดูลำาดับดีเอ็นเอจากยี โนมท่ีสำาคัญมี
Ensembl, UCSC genome browser,MapView
และ
Artemis (Rutherford,
et al
, 2000)
ในท่ีน้ีจะกลาวถึง
Artemis
โปรแกรมอาร์ทีมิส
1.
เป ็นโปรแกรมสำาหรับตรวจดูลำาดับดีเอ็นเอจากยี โนมท่ี ใชปฏิบัติงานประจำาในกลุ มศึกษายี
โนมของเช้ือกอโรคของสถาบัน
Sanger 2.
เป ็นโปรแกรมท่ีรวบรวมขอมูลหลายๆชุดและหลายชนิดเขามาพรอมกัน
3.
ใชสำาหรับหารายละเอียดขอมูล
(annotation)
ของลำาดับดีเอ็นเอและใชวิเคราะห์ ไดท้ังยี โนม
ของท้ังเซลล์ โปรคารี โอตส์และยูคารี โอตส์
4.
ใช ในการวิเคราะห์เชน ใชทำานายยีน
(gene prediction),
ศึกษาเปรียบเทียบระหวางยี โนม
(Comparative Genomics),
ใชจัดลำาดับชิ ้นดีเอ็นเอ
(contig ordering),
ใชวางสายลำาดับดีเอ็นเอ
ลงบนตำาแหนงท่ีตรงกันของลำาดับดีเอ็นเออางอิง
(mapping sequence data)
เป ็นตน
5.
ใชเปิดดูลำาดับดีเอ็นเอในไฟล์ธรรมดา หรือจากรายการท่ีนำามาจาก
EMBL/GenBank 6.
ใชเปิดดูผลการวิเคราะห์ลำาดับดีเอ็นเอในฟอร์แม็ทของกราฟตางๆ
7.
สามารถซูมภาพเขามาเพ่ือดูรายละเอียดของสวนโมทีฟ และซูมออกไปเพ่ือดูภาพรวม ดูการ
จัดวางตำาแหนงของยีน ในยี โนมขนาดหลายๆกิ โลเบสหรือท้ังยี โนมก็ ได
8.
การวิเคราะห์ดวยอาร์ทีมิสสามารถเก็บไฟล์ ไววิเคราะห์หรือตรวจดูภายหลัง
การติดตัง้
ไปท่ีเว็บไซต์ของโปรแกรมอาร์ทีมิสของสถาบันแซงเกอร์
(Wellcome Trust Sanger Institute
ท่ี
เลือกดาวน์ โหลดโปรแกรม ซึ ่งมีท้ังสำาหรับระบบปฏิบัติ
การวินโดวส์ แมคอินทอช และลินุกซ์ เวอร์ช่ันในวีดิทัศน์สาธิตคือ
v.12 (
มี
.
ค
. 53)
ซึ ่งไมมีการติดต้ังท่ี
ยุ งยากท้ังน้ีเพราะโปรแกรมเขียนดวยภาษา
java
เพียงแต ในคอมพิวเตอร์จะตองติดต้ัง ๋
Javaenvironment
ต้ังแตเวอร์ช่ัน
v.1.5
ขึ ้นไป
วิดีทัศน์
การแนะนำาโปรแกรม ไปท่ีเว็บไซต์
ตอนท่ี
หรือ
ตอนท่ี
ตอนท่ี
My Note on Artemis S. Saengamnatdej page 2
ตอนท่ี
ตอนท่ี
5 : coming up
รายละเอียดในวีดิทัศน์สาธิตมีดังน้ี
แบบฝึกหัดที ่
1
สำารวจฟังก์ชัน่ ของโปรแกรมขัน้ ตัน้
1.
เปิดโปรแกรมจากไอคอน
"art" (
ดับเบิลคลิก
)2.
ไปท่ี โฟลเดอร์เก็บไฟล์ขอมูล
3.
เปิดไฟล์ลำาดับดีเอ็นเอของเช้ือแบคทีเรีย
Salmonella (S_typhi.dna)4.
จะเห็นวาลำาดับดีเอ็นเอถูกเรียกเขา โดยเสนสีเทาตรงกลางสองเสนคือสายดีเอ็นเอท้ังสอง
สาย
(forward & reverse strands)
ถาซูมเขาโดยเล่ือนท่ีแถบเล่ือนท่ีซายมือของหนาตาง
(
เล่ือนขึ ้นซูมเขา
--
ขยาย และเล่ือนลงซูมออก
--
เห็นภาพรวม
)
ถาซูมเขาจนสุดเสนสีเทาน้ีจะ
เห็นลำาดับดีเอ็นเอขางใน
5.
ท่ีสองดานของเสนสีเทามีเสนดานละสามเสนเป
็นการอานรหัสดีเอ็นเอของแตละเสนในสาม
เฟรมของโคดอน ตรงตำาแหนงท่ีเป
็น
"stop codon”
จะแสดงดวยขีดแนวต้ังเล็กๆ
6.
ท่ีเมนู
"File"
เลือก
"Read an Entry"
แลวเปิดไฟล์รายละเอียดขอมูล
(annotation file)
ของเช้ือ
น้ีช่ือไฟล์
S_typhi.tab
จะเห็นวารายละเอียดวาสวนของดีเอ็นเอคืออะไร ปรากฏเป
็นแถบ
กลองตามตำาแหนงตางๆ บริเวณท่ีเป ็นแถบอาจเป ็นยีนซึ ่งปกติจะเรียกในท่ีน้ีวาเป ็น
CDSs(Coding Sequences)7.
การเลือกตำาแหนงของดีเอ็นเอใดๆ สามารถทำาโดยคลิกตรงตำาแหนงเริ ่มแลวกดปุมเมาส์
พรอมกับลากไปตามตองการ การยกเลิกตำาแหนงท่ีเลือกอาจเปิดรายการเมนู
"Select"
แลว
เลือก
"None"8.
สำารวจรายการในเมนู
"Goto"
เชนให ไปท่ีตำาแหนงเริ ่มของดีเอ็นเอท่ีเลือก
("Start of Selection")
หรือไปท่ีตำาแหนงสิ ้นสุดของสายดีเอ็นเอท่ีเลือกไว
("End of Selection")9.
ในเมนู
"Goto"
เลือก
"Navigator"
จะปรากฏหนาตางท่ี ให ไป
1.
ตำาแหนงเบสท่ีตองการ
2.
ไปท่ียีนช่ือท่ีตองการ
3.
ไปท่ีตำาแหนงท่ีมีคุณสมบัติท่ีตองการ
(qualifiers)
เชนบริเวณท่ีเป
็น
"pseudogene"4.
ไปท่ีคำาสำาคัญเชน
"tRNA"
มีท่ีตำาแหนงใดบาง
5.
ไปท่ีลำาดับเบสหรือกรดอะมิ โนท่ีตองการ
แบบฝึกหัดที ่
2
ฝึกใชฟังก์ชัน่ ตางๆในโปรแกรม
1.
ตอจากแบบฝึกหัดท่ี
1
คือขณะท่ียังเปิดโปรแกรมและมีขอมูลดีเอ็นเอของเช้ือซัลโมเนลลา
(S_typhi.dna)
และรายละเอียดบนดีเอ็นเอ
(S_typhi.tab)
อยู
2.
ให ใช โปรแกรมไปท่ีเบสระหวาง
2188349-2199512 (
บริเวณของยีน
fbaB
เก็บรหัสเอนไซม์
fructose-bisphosphate aldolase
โดยใชวิธี ใดก็ ไดตามตองการ เชนเปิดจากรายการเมนู
"Select"
แลวเลือก
Base Range...
เม่ือกลองปรากฏขึ ้นมาใหพิมพ์
2188349..2199512 (
หรือใชเคร่ืองหมายขีดระหวางสองตัวเลข
)
ลงไปแลวคลิก
OK
หรือจาก
"Goto"
เลือก
"Navigator"
แลวคลิกเลือกแลวใสเลขเบสลงท่ีวางในบรรทัด
"Goto Base: "
หรือคลิกเลือกแลวใสช่ือยีนลง
ในชองวางในบรรทัด
"Goto Feature With Gene Name"
หรืออาจใช
"Feature Selector"
ในเมนู
"Select"
ก็ ได
3.
สำารวจขอมูลท่ีเก่ียวกับตำาแหนงดีเอ็นเอในขอ
2
ตามหัวขอตอไปน้ี
My Note on Artemis S. Saengamnatdej page 3
1.
รายละเอียดขอมูล
(annotation)
ตำาแหนงบนยี โนมท่ีมีคุณสมบัติ ใดๆอยู
(Features)
เชนท่ีปรากฏเป ็นแถบกลองและมีช่ือ
กำากับ โดยสวนของ
features
ท่ีสำาคัญมีสองชนิดคือ
CDS features
และ
Misc features
จะมีขอมูลรายละเอียดแนบ
(
หรือลิงค์
)
อยู ดวย ใหคลิกเลือกท่ีตำาแหนงเหลาน้ีตำาแหนงใดก็ ได
จะสังเกตเห็นวาในชองลางสุดจะปรากฏแถบดำาบนขอมูล ใหคลิกขวาบนแถบขอมูลแลว
เล่ือนเมาส์ ไปท่ี
"Edit"
จะปรากฏรายการใหเลือกให ไปท่ี
"Selected Features in Editor"
จะ
แสดงกลองขอมูลในฟอร์แมทสำาหรับฐานขอมูล
EMBL
2.
ดูลำาดับโปรตีนหรือลำาดับกรดอะมิ โน
เปิดจากเมนู
"View"
สามารถเลือกใหแสดงท้ังลำาดับเบสหรือกรดอะมิ โนของบริเวณท่ี
เลือกไว อาจในรูปของฟอร์แมท
EMBL
หรือ
FASTA
ใหลองเลือกท่ี
"Amino Acids of Selection As FASTA”
จะแสดงลำาดับในหนาตางอันใหมซึ ่งสามารถตัดหรือคัดลอกไปวาง
สำาหรับวิเคราะห์ดวยเคร่ืองมือตางๆบนเว็บได
3.
สรางกราฟการทำานายบริเวณตางๆบนสายโปรตีนทีเ ่ ลือก
เปิดจากเมนู
"View"
แลวเลือกตัวเลือก
"Feature Plots" (
อยู ลางสุด
)
จะไดกราฟแสดงคา
Hydrophobicity, Hydrophilicity,
และ
Coiled Coils
ของยีนหรือท่ีมักเรียกวา
Codingsequences (CDSs)
ดังท่ีกลาวแลวในตอนตน
4.
เรียกขอมูลไฟล์เพิม ่ เติม
ขอมูลท่ีเป ็นผลจาก
Prosite
จะแสดงอยู แลวเป ็นแถบกลองสีเขียวจางๆ สวนขอมูลจาก
การคนบริเวณโมทีฟโปรตีนของ
Pfam
ยังไมมีแตสามารถเพิ ่มเติมได โดยการเรียกไฟล์
เขาเพิ ่มเติม ให ไปท่ีเมนู
"File"
แลวเลือก
"Read an Entry"
แลวเลือกเปิดไฟล์ช่ือ
PF.tab
ขอมูลจากไฟล์จะเขาไปปรากฏเป ็น
feature
สีฟาในชองหลักบนเสนดีเอ็นเอสีเทา การดู
รายละเอียดใหคลิกเลือก
"View"
แลวเลือก
"Selection"
หรือคลิก
"Edit"
แลวเลือก
"Selected Features in Editor"
5.
ใชดูผลที ไ ่ ดจากการคนฐานขอมูล
ในแตละ
feature
จะมีผลการคนขอมูลจากฐานขอมูลอยู แลว ใหเปิดท่ีเมนู
"View"
แลว
เลือก
"Search Results"
จากน้ันเลือก
"Fasta results"
ผลจากการคนฐานขอมูลจะปรากฏ
ในหนาตางใหม ถาคลิกปุมท่ีเขียนวา
"send to browser"
ใตหนาตางน้ี จะสงขอมูลผลเขา
บราวเซอร์ ท่ีลิงค์จะนำาไปสู รายการฐานขอมูลตนฉบับ รวมท้ังขอมูลท่ีเก็บใน
PubMed,PFAM,
และท่ีตางๆ
6.
การแสดงและอานขอมูลในรูปกราฟ
เปิดจากเมนู
"Graph"
สามารถเปิดใหแสดงกราฟสำาหรับคาตางๆ เชน เปอร์เซ็นต์
GC,GC deviation,
และ
Karlin Signature difference
การเลือกแตละกราฟน้ีจะปรากฏกราฟท่ี
ชองบนสุด สามารถปรับขยายขนาดชอง และสามารถปรับความสม เสมอของเสนกราฟ
ได
7.
สามารถซูมออกเพ่ือดูลักษณะทัง้ ยี โนม
ทำาโดยการใชแถบเล่ือน ขณะท่ีซูมออกอยางรวดเร็วในขณะท่ีลักษณะตางๆแสดงอยู ใน
โปรแกรมอาจทำาใหคอมพิวเตอร์ติดชะงักช่ัวครู การทำาใหเร็วขึ ้นและเห็นชัดขึ ้น ใหปิด
แสดงสวนของ
stop codon
โดยการคลิกท่ีปุมขวาของเมาส์ท่ีชองหลัก รายการเมนูจะ
ปรากฏแสดงเป ็น
"de-select stop codons"
นอกจากน้ีรายละเอียด
(annotation)
จะเล็กจน
Add a Comment