Blast

Herramienta bioinformática muy útil para realizar alineamientos de secuencias

ya sean de ADN o proteínas. Este programa utiliza diferentes matrices de
sustitución dependiendo del tipo de secuencia que se esta trabajando. Utiliza
un algoritmo heurístico por lo que no se puede garantizar haber encontrado la
solución correcta a la comparación realizada. Posee muchas aplicaciones en el
sentido de que permite realizar comparaciones tanto para secuencias de ADN
como de proteínas.

Blastp

Es un tipo de BLAST con gaps o espacios que compara secuencias de

aminoácidos contra una base de datos del mismo tipo, utiliza una matriz de
sustitución BLOSUM o PAM .

Score

Puntaje que se designa a la similitud de la secuencia de interés al compararla

con secuencias que se encuentran almacenadas en las bases de datos
existentes. Permite obtener un valor de referencia para elegir la mejor
secuencia que se parece mas a la de interés para conocer su origen.

Positives

Valor que se obtiene al comparar secuencias el cual representa el número de

similitud o concordancias que encuentra la bases de datos con respecto a la
secuencia de interés. Por ejemplo en el caso de comparación de secuencias
de aminoácidos cuantos aminoácidos coinciden con las secuencias que se
están enfrentando en el momento del análisis.

Expect value

Valor estadístico que representa el numero de hit que uno puede esperar al
realizar un enfrentamiento de secuencias utilizando un programa bioinformática
adecuado. Por ejemplo es la esperanza que se calcula con los nucleótidos de
la secuencia de interés y las que se encuentran en la base de datos.

Gaps

Espacios existentes entre secuencias que han sido comparadas utilizando un

programa bioinformática adecuado los cuales representan deleciones,
sustituciones o inserciones que son nuevas y que no coinciden con las que
poseen las secuencias de las bases de datos haciendo diferentes estas
secuencias debido por ejemplo a alguna mutación presente en el organismo al
cual corresponde la secuencia (tanto de ADN como de proteína).

Sergio Barahona , Biotecnología , cuarto año .