Tabla 1.

Lista de aplicaciones y recursos bioinformáticos para el análisis de secuencias

de DNA y proteínas

Análisis y
Aplicación web Dirección en internet
herramientas

Búsqueda de genes
NCBI www.ncbi.nlm.nih.gov
y proteínas
Genómica y
TIGR www.tigr.org
proteómica
Genómica y
ERGO www.integratedgenomics.org
proteómica
Grupo de Genes
COG www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/index.html
Ortólogos
Alineamientos y
SOFTBERRY www.softberry.com/berry.phtml
predicciones

KEGG Rutas Metabólicas www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.htm

BLASTP Similitud www.ncbi.nlm.nih.gov/blastp

CLUSTAW Alineamientos www.ebi.ac.uk/ClustalW/

Parámetros de
PROTPARAM www.expasy.ch/tools/protparam.html
proteína

ORF FINDER Predicción de ORFs www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf

Dominios de http://prodes.toulouse.inra.fr/prodom/20
PRODOM
Proteínas 04.1/html/form.php?CG=0
Sitios funcionales
PROSITE www.expasy.ch/prosite
de Proteínas
Análisis de
INTERPRO www.ebi.ac.uk/interpro/
proteínas

Familias de
PFAM www.sanger.ac.uk/cgi-bin/pfam
Proteínas
Tabla 1. Lista de aplicaciones y recursos bioinformáticos para el análisis de secuencias
de DNA y proteínas (continuación)

Análisis y
Aplicación web Dirección en internet
herramientas

Motivos http://wingless.cs.washington.edu/htbin-
FOOTPRINTER conservados en post/unrestricted/FootPrinterWeb/FootP
DNA rinterInput2.pl

Motivos consensos www.bork.embl-heidelberg.de

CONSENSO
de DNA /Alignment/consensus.html

LOGO Motivos consensos

http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi
CONSENSO de DNA

www.softberry.com/berry.phtml?topic=
Predicción de
FGENESB fgenesb&group=programs&subgroup=g
operones
findb

PROMOTOR Predicción del www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.ht

PREDICTION promotor ml

www.softberry.com/berry.phtml?topic=
Predicción del
BPROM bprom&group=programs&subgroup=gf
promotor
indb

CLC-RNA Predicción del

www.clcrnaworkbench.com
Workbench terminador

Estructura 2ria del http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfac

MFOLD
RNA es/mfold-simple.html
Alinear dos
PAIRWISE www.ebi.ac.uk/emboss/align/
secuencias

Alinear dos www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/bl2seq/wbl

BLAST 2SEQ
secuencias ast2.cgi

MICROBES http://www.microbesonline.org/
Contexto genético
ONLINE